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FASP和iST酶切方案的比较分析:蛋白质输入量的影响
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作者 陆澳 廖焕玥 +4 位作者 楚甜甜 赵洋 江游 叶子弘 孟波 《质谱学报》 北大核心 2025年第3期292-300,共9页
微量蛋白样本的蛋白质组分析应用日益广泛。目前,过滤辅助样品制备(filter aided sample preparation,FASP)和管内原位酶切(in-stage tip, iST)方案在微量蛋白样本制备中的使用效果尚未得到深入探讨。本研究针对0.2~10μg微量蛋白样本,... 微量蛋白样本的蛋白质组分析应用日益广泛。目前,过滤辅助样品制备(filter aided sample preparation,FASP)和管内原位酶切(in-stage tip, iST)方案在微量蛋白样本制备中的使用效果尚未得到深入探讨。本研究针对0.2~10μg微量蛋白样本,探讨2种酶切方案的最佳蛋白输入量,并在相同蛋白输入量下比较2种酶切方案。对于iST酶切方案,当蛋白质输入量为5μg时,鉴定蛋白质的数目最多;对于FASP酶切方案,蛋白质的鉴定数目随着蛋白质输入量的增加而增加,但增加幅度逐渐降低。同时,分别从氨基酸序列覆盖率达到≥20%、鉴定频率为3以及变异系数<5%的蛋白质数目3个方面评价各组实验方案的稳定性。结果表明,当蛋白质输入量为5μg时,iST酶切方案鉴定的蛋白质数目均达到最大值,稳定性达到最佳;当蛋白质输入量从0.2μg增加到10μg时,FASP酶切方案鉴定的蛋白质数目逐渐增大,但增加幅度降低,稳定性趋向最佳。在相同蛋白质输入量下,当蛋白质输入量≤1μg时,i ST酶切方案在鉴定蛋白质数目以及实验方案稳定性方面均优于FASP酶切方案;而当蛋白质输入量>1μg时,FASP酶切方案更优。通过分析iST和FASP稳定鉴定的蛋白质,发现FASP酶切方案稳定鉴定的蛋白质数目更多,基因本体(gene ontology,GO)分析结果更丰富。 展开更多
关键词 液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS) 蛋白质组学 过滤辅助样品制备(FASP) 管内原位(ist)
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