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FASP和iST酶切方案的比较分析:蛋白质输入量的影响
1
作者
陆澳
廖焕玥
+4 位作者
楚甜甜
赵洋
江游
叶子弘
孟波
《质谱学报》
北大核心
2025年第3期292-300,共9页
微量蛋白样本的蛋白质组分析应用日益广泛。目前,过滤辅助样品制备(filter aided sample preparation,FASP)和管内原位酶切(in-stage tip, iST)方案在微量蛋白样本制备中的使用效果尚未得到深入探讨。本研究针对0.2~10μg微量蛋白样本,...
微量蛋白样本的蛋白质组分析应用日益广泛。目前,过滤辅助样品制备(filter aided sample preparation,FASP)和管内原位酶切(in-stage tip, iST)方案在微量蛋白样本制备中的使用效果尚未得到深入探讨。本研究针对0.2~10μg微量蛋白样本,探讨2种酶切方案的最佳蛋白输入量,并在相同蛋白输入量下比较2种酶切方案。对于iST酶切方案,当蛋白质输入量为5μg时,鉴定蛋白质的数目最多;对于FASP酶切方案,蛋白质的鉴定数目随着蛋白质输入量的增加而增加,但增加幅度逐渐降低。同时,分别从氨基酸序列覆盖率达到≥20%、鉴定频率为3以及变异系数<5%的蛋白质数目3个方面评价各组实验方案的稳定性。结果表明,当蛋白质输入量为5μg时,iST酶切方案鉴定的蛋白质数目均达到最大值,稳定性达到最佳;当蛋白质输入量从0.2μg增加到10μg时,FASP酶切方案鉴定的蛋白质数目逐渐增大,但增加幅度降低,稳定性趋向最佳。在相同蛋白质输入量下,当蛋白质输入量≤1μg时,i ST酶切方案在鉴定蛋白质数目以及实验方案稳定性方面均优于FASP酶切方案;而当蛋白质输入量>1μg时,FASP酶切方案更优。通过分析iST和FASP稳定鉴定的蛋白质,发现FASP酶切方案稳定鉴定的蛋白质数目更多,基因本体(gene ontology,GO)分析结果更丰富。
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关键词
液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)
蛋白质组学
过滤辅助样品制备(FASP)
管内
原位
酶
切
(
ist
)
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职称材料
题名
FASP和iST酶切方案的比较分析:蛋白质输入量的影响
1
作者
陆澳
廖焕玥
楚甜甜
赵洋
江游
叶子弘
孟波
机构
中国计量大学生命科学学院
中国计量科学研究院
出处
《质谱学报》
北大核心
2025年第3期292-300,共9页
基金
科技基础资源调查专项(2022FY101202)
基本科研业务费重点领域(AKYZD2111-1)
仪器共享项目(YQGX2402)。
文摘
微量蛋白样本的蛋白质组分析应用日益广泛。目前,过滤辅助样品制备(filter aided sample preparation,FASP)和管内原位酶切(in-stage tip, iST)方案在微量蛋白样本制备中的使用效果尚未得到深入探讨。本研究针对0.2~10μg微量蛋白样本,探讨2种酶切方案的最佳蛋白输入量,并在相同蛋白输入量下比较2种酶切方案。对于iST酶切方案,当蛋白质输入量为5μg时,鉴定蛋白质的数目最多;对于FASP酶切方案,蛋白质的鉴定数目随着蛋白质输入量的增加而增加,但增加幅度逐渐降低。同时,分别从氨基酸序列覆盖率达到≥20%、鉴定频率为3以及变异系数<5%的蛋白质数目3个方面评价各组实验方案的稳定性。结果表明,当蛋白质输入量为5μg时,iST酶切方案鉴定的蛋白质数目均达到最大值,稳定性达到最佳;当蛋白质输入量从0.2μg增加到10μg时,FASP酶切方案鉴定的蛋白质数目逐渐增大,但增加幅度降低,稳定性趋向最佳。在相同蛋白质输入量下,当蛋白质输入量≤1μg时,i ST酶切方案在鉴定蛋白质数目以及实验方案稳定性方面均优于FASP酶切方案;而当蛋白质输入量>1μg时,FASP酶切方案更优。通过分析iST和FASP稳定鉴定的蛋白质,发现FASP酶切方案稳定鉴定的蛋白质数目更多,基因本体(gene ontology,GO)分析结果更丰富。
关键词
液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)
蛋白质组学
过滤辅助样品制备(FASP)
管内
原位
酶
切
(
ist
)
Keywords
liquid chromatography-tandem mass spectrometry(LC-MS/MS)
proteomics
filter-aided sample preparation(FASP)
in-stage tip(
ist
)
分类号
O657.63 [理学—分析化学]
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作者
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1
FASP和iST酶切方案的比较分析:蛋白质输入量的影响
陆澳
廖焕玥
楚甜甜
赵洋
江游
叶子弘
孟波
《质谱学报》
北大核心
2025
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