利用基因组简约法开发烟草SNP标记及遗传作图 被引量：13

1

作者 肖炳光 邱杰 +4 位作者 曹培健 桂毅杰 卢秀萍 李永平 樊龙江 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期397-404,共8页

提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法,即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度,利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序,设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定。以烤烟DH群体为例,通过基因组简... 提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法,即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度,利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序,设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定。以烤烟DH群体为例,通过基因组简约法收集烟草基因组代表性片段和高通量测序产生11.4 Gb数据,经生物信息学分析获得了1015个高质量SNP位点。以SSR标记为骨架,绘制包括SNP标记在内、标记总数为1307的烤烟遗传连锁图。最后利用该遗传图谱和普通烟草2个祖先种的基因组序列,分析烟草24个连锁群(染色体)之间的同源关系,发现了大量染色体之间的重组或交换事件以及部分染色体之间的共线性。 展开更多

关键词 烤烟 SNP标记 基因组简约法 限制性内切酶 遗传图谱

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系统发育系统学——对现代生物系统学的理解与探讨——同源性与简约法则

2

作者 王晓鸣 孟津 《古脊椎动物学报》 CSCD 北大核心 1989年第1期72-76,共5页

本刊上期题为“生物系统学及其不同学派”一文中,我们对现代生物系统学的三大主流学派作了简明的阐述。该文中指出系统学的两个最基本的前提之一是祖先的遗传特征会被其后代所继承(另一前提是:生物演化确曾发生)。这一前提是重建所有生... 本刊上期题为“生物系统学及其不同学派”一文中,我们对现代生物系统学的三大主流学派作了简明的阐述。该文中指出系统学的两个最基本的前提之一是祖先的遗传特征会被其后代所继承(另一前提是:生物演化确曾发生)。这一前提是重建所有生物系统发育的起点。正是由于生物的遗传性,祖先形态的部分信息才得以保存,这使我们能够按照生物的同源性重建生物的发生史。本文将较详细地讨论这一重要概念——同源性以及其判断方法简约法则。 展开更多

关键词 生物系统学 系统发育系统学 简约法 同源性 生物演化 主流学派 发生史 支序图 文中 数值分类学

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系统发育分析中的最大简约法及其优化 被引量：2

3

作者 郑巍 罗阿蓉 +2 位作者 史卫峰 郑为民 朱朝东 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1217-1228,共12页

随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信... 随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信息的系统发育重建需要极大的计算量,因此数学方法、计算机技术以及其他辅助工具对于系统发育重建的效率和精确度起着至关重要的作用。最大简约法(maximum parsimony)是一种重要的系统发育重建方法,提高其计算效率对系统发育学研究具有重要意义,针对该算法的优化改进需要生物学家和计算机专家的共同努力。本文通过详细地阐述最大简约法的计算流程,分析其参数选择对计算效率的影响,帮助更多的计算机使用者,在并不了解系统发育学基础的情况下,更方便地针对实际的系统发育算法问题给出更好、更快、更精准的解决方案;同时为系统发育研究工作者,较为清晰地解释最大简约法的构树思想和计算逻辑,推动针对最大简约法的不断改进与优化。 展开更多

关键词 系统发育 系统发育重建 算法 最大简约法 计算流程 计算效率 优化

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基于广义简约梯度法的机械产品尺寸变型优化设计技术研究 被引量：2

4

作者 张丽珍 沈小青 +2 位作者 曹守启 马永梅 胡春裕 《机械设计》 CSCD 北大核心 2013年第6期81-85,共5页

为了快速高效地获得产品尺寸变型的设计参数值,文中结合了广义简约梯度优化算法和基于参数化的尺寸变型设计理论,提出了基于广义简约梯度法的尺寸变型优化设计方法,此方法通过广义简约梯度法对由变型经验公式计算得到的变型尺寸进行优化... 为了快速高效地获得产品尺寸变型的设计参数值,文中结合了广义简约梯度优化算法和基于参数化的尺寸变型设计理论,提出了基于广义简约梯度法的尺寸变型优化设计方法,此方法通过广义简约梯度法对由变型经验公式计算得到的变型尺寸进行优化,得到最优的产品变型方案。文中运用此方法对颚式破碎机进行了尺寸变型优化设计,设计了破碎最大进料粒度为1 300 mm的颚式破碎机,并以此过程介绍了基于广义简约梯度法的尺寸变型优化设计方法的步骤及过程。 展开更多

关键词 尺寸变型设计 广义简约梯度法 优化设计 颚式破碎机

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应用广义简约梯度算法增强遗传算法求解化工冶金相平衡 被引量：4

5

作者 张会刚 朱庆山 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第6期1035-1040,共6页

研究可靠的相平衡计算对化工冶金过程有很重要意义,本文采用广义简约梯度法(GRG)来增强遗传算法(GA)用于相平衡计算过程,在遗传算法演化快结束时引入GRG算子,演化结束后使用GRG精修结果,克服了GA局部搜索能力不强的缺点,加快了搜索速度.... 研究可靠的相平衡计算对化工冶金过程有很重要意义,本文采用广义简约梯度法(GRG)来增强遗传算法(GA)用于相平衡计算过程,在遗传算法演化快结束时引入GRG算子,演化结束后使用GRG精修结果,克服了GA局部搜索能力不强的缺点,加快了搜索速度.KClFeCl2体系相平衡计算结果显示这种混合算法(HybridAlgorithms)能够提高GA效率的同时保留了全局收敛的优点,因此其在化工冶金相平衡计算中将有广泛的应用前景. 展开更多

关键词 相平衡计算 Gibbs自由能最小化 遗传算法 简约梯度法

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几何规划的简约共轭梯度算法 被引量：1

6

作者 曹香莲 景书杰 郑淑贞 《济南大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2009年第1期106-109,共4页

利用对偶理论将正定式几何规划转化为带有非负约束和线性等式约束下的非线性凸规划,并且将简约梯度算法与共轭梯度算法恰当结合,应用于求解约束正定式几何规划的对偶问题,构造出了求解几何规划的一个有效算法,并在Armijo步长搜索和适当... 利用对偶理论将正定式几何规划转化为带有非负约束和线性等式约束下的非线性凸规划,并且将简约梯度算法与共轭梯度算法恰当结合,应用于求解约束正定式几何规划的对偶问题,构造出了求解几何规划的一个有效算法,并在Armijo步长搜索和适当的条件下证明了该算法的收敛性。 展开更多

关键词 正定式几何规划 对偶规划 简约梯度法 共轭梯度法

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基于OpenMP并行简约空间内点法的暂态稳定紧急控制 被引量：2

7

作者 王云 江全元 《电力自动化设备》 EI CSCD 北大核心 2014年第12期83-88,共6页

电力系统暂态稳定紧急控制问题是一类复杂的非线性动态优化问题,计算效率是其实用化瓶颈所在。利用差分化后紧急控制问题自由度很低的特点,应用简约空间内点算法进行求解。算法在C++环境下编程实现,对关键耗时部分多线程并行计算。算例... 电力系统暂态稳定紧急控制问题是一类复杂的非线性动态优化问题,计算效率是其实用化瓶颈所在。利用差分化后紧急控制问题自由度很低的特点,应用简约空间内点算法进行求解。算法在C++环境下编程实现,对关键耗时部分多线程并行计算。算例测试结果表明,所提并行算法是有效的,且与传统内点算法相比,该算法消耗的计算时间和内存更少,能够求解大规模的电力系统紧急控制问题。 展开更多

关键词 电力系统 暂态 稳定性 控制 简约空间内点法 并行计算 OPEN MP

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解线性等式—不等式约束问题的一种简约梯度法

8

作者 刘庆吉 程伟 张长海 《东北石油大学学报》 CAS 北大核心 1991年第4期105-109,共5页

对于同时带有线性等式—不等式约束的非线性规划问题,给出了一种简约梯度法。简约梯度的计算只用到起作用约束。我们证明了基本结果:在非K—T点的可行点处,用所给方法能得到可行的下降方向。

关键词 线性约束 简约梯度法 K—T点

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线性约束最优化问题的一类简约梯度法

9

作者 徐成贤 魏斌 《西安交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1991年第6期113-114,共2页

考虑求解线性约束最优化问题min{f(x)A_1x=b,σ_i^Tx≤b_i,i∈I,x≥0}的Wolfe简约梯度法,其中f为变量x∈R^n的连续可微函数,A_1为m×n(m≤n)矩阵,b∈R^m,I为有限的不等式约束指标集.设问题的可行域R非空,在无不等式约束(α_t^Tx≤b_... 考虑求解线性约束最优化问题min{f(x)A_1x=b,σ_i^Tx≤b_i,i∈I,x≥0}的Wolfe简约梯度法,其中f为变量x∈R^n的连续可微函数,A_1为m×n(m≤n)矩阵,b∈R^m,I为有限的不等式约束指标集.设问题的可行域R非空,在无不等式约束(α_t^Tx≤b_(ti),i∈I)时,把矩阵A_1与向量x分裂成A_1=[B:N]与x^T=(x_B^T,x_N^T)(不失一般性设A_1的前m列构成的m×m阶矩阵B非奇,且相应的x_B>0),则约束条件A_1x=b可化成x_B=B^(-1)(b-Nx_N).Wolfe简约梯度法的基本思想在于通过把x_B代入f(x)以消去变量x_B,使之成为一个对n-m维非负变量x_N求最优的无约束最优化问题.数值计算的实践表明。 展开更多

关键词 线性约束 最优化问题 简约梯度法

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梯度投影法与改进简约梯度法的关系

10

作者 魏斌 袁修干 《北京航空航天大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1997年第5期652-656,共5页

对带有线性等式和不等式约束非线性规划提出一种改进简约梯度法．通常的方法需增加松弛变量将不等式约束化为等式约束，从而增加原问题的维数．新方法通过引入一个松弛向量，不增加原问题的维数．文中给出了改进的简约梯度法与Ｒｏｓｅ... 对带有线性等式和不等式约束非线性规划提出一种改进简约梯度法．通常的方法需增加松弛变量将不等式约束化为等式约束，从而增加原问题的维数．新方法通过引入一个松弛向量，不增加原问题的维数．文中给出了改进的简约梯度法与Ｒｏｓｅｎ＇ｓ梯度投影法之间关系． 展开更多

关键词 非线性规划 梯度投影算法 简约梯度法

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利用DNA序列构建系统树的方法 被引量：25

11

作者 李涛 赖旭龙 钟扬 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期205-210,共6页

利用DNA序列进行系统发生分析是分子进化研究的必要手段。构建系统树的方法有距离法、简约法、最大似然法以及贝叶斯推断法等。要解决特定的系统发生问题,首先要挑选合理的分类群及序列,尽量减少数据的偏倚,然后选择构树方法,最后还要... 利用DNA序列进行系统发生分析是分子进化研究的必要手段。构建系统树的方法有距离法、简约法、最大似然法以及贝叶斯推断法等。要解决特定的系统发生问题,首先要挑选合理的分类群及序列,尽量减少数据的偏倚,然后选择构树方法,最后还要对结果进行评价并给出进化学上的解释。通过讨论挑选数据的原则及存在的问题,介绍了几种构树方法的基本原理及步骤,并列举了它们的优缺点。 展开更多

关键词 DNA序列 系统树 分子进化 距离法 简约法 贝叶斯推断法

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分子系统发育分析的生物信息学方法 被引量：17

12

作者 张树波 赖剑煌 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2010年第8期47-51,66,共6页

物种之间的系统发育分析研究物种的形成或进化历史,以及物种之间的进化关系,它是当代生命科学研究的一个重要分支。分子生物学和计算机科学的发展,为人类采用计算的方法从分子水平研究生物的进化历史以及探索生命的起源提供了新的思路... 物种之间的系统发育分析研究物种的形成或进化历史,以及物种之间的进化关系,它是当代生命科学研究的一个重要分支。分子生物学和计算机科学的发展,为人类采用计算的方法从分子水平研究生物的进化历史以及探索生命的起源提供了新的思路。在过去的几十年中,基于分子水平的系统发育学研究取得很大的进展,各种各样基于分子水平的系统发育树推断方法被提出来。现从物种进化距离刻画和系统发育树重构算法两个方面,总结和评述了在过去十几年里,人类利用生物信息学方法在分子水平上研究物种进化关系的进展和取得的成果,分析了物种进化研究存在的问题和面临的挑战,指出了物种进化研究今后的主要方向。 展开更多

关键词 生物信息学 系统发育分析 基因进化 最大简约法 最大似然法 邻接法

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基于经济流速的管径优化方法 被引量：10

13

作者 陈玲俐 叶志明 李杰 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期196-200,共5页

针对已有供水管网管径优化方法的缺点,该文提出了一种基于经济流速的启发式管径优化算法.该算法在应用前,无需人为规定管网的流量分配方案.算法分析步骤明确,计算简单.为了评价所提出的启发式算法的计算效率和优化结果的合理性,文中将... 针对已有供水管网管径优化方法的缺点,该文提出了一种基于经济流速的启发式管径优化算法.该算法在应用前,无需人为规定管网的流量分配方案.算法分析步骤明确,计算简单.为了评价所提出的启发式算法的计算效率和优化结果的合理性,文中将计算时间和分析结果同广义简约梯度法和遗传算法的结果进行了对比.结果表明,该文的启发式算法计算效率远高于上面两种方法,计算结果接近遗传算法得到的最优解. 展开更多

关键词 管径优化 启发式优化算法 遗传算法 广义简约梯度法

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给水管网优化设计的混合遗传算法 被引量：3

14

作者 许仕荣 葛琳 周永潮 《湖南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期47-51,共5页

利用遗传算法全局优化和广义简约梯度法(GRG法)局部收敛速度快的特点,将两者有机结合,构造出一种混合遗传算法应用于新建环状给水管网的优化设计.同时针对遗传算法,采用了实数编码技术,基于扩大采样空间的随机采样、惩罚策略、算术交叉... 利用遗传算法全局优化和广义简约梯度法(GRG法)局部收敛速度快的特点,将两者有机结合,构造出一种混合遗传算法应用于新建环状给水管网的优化设计.同时针对遗传算法,采用了实数编码技术,基于扩大采样空间的随机采样、惩罚策略、算术交叉及动态变异技术.最后结合工程实例验证了混合算法的高效性. 展开更多

关键词 管网优化设计 遗传算法 广义简约梯度法 混合遗传算法

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南水北调东线梁济运河段输水流量损失的经验估算方法 被引量：4

15

作者 赵然杭 储燕 +2 位作者 瞿潇 王兴菊 李典基 《南水北调与水利科技（中英文）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期48-55,共8页

传统Kostiakov经验公式计算结果为一定值,在未衬砌的沿程地质变化较大的河段应用时不能充分体现输水损失沿程变化的动态特点。为克服原公式局限性,采用积分学方法及广义简约梯度法对Kostiakov经验公式进行改进,形成改进Kostiakov经验公... 传统Kostiakov经验公式计算结果为一定值,在未衬砌的沿程地质变化较大的河段应用时不能充分体现输水损失沿程变化的动态特点。为克服原公式局限性,采用积分学方法及广义简约梯度法对Kostiakov经验公式进行改进,形成改进Kostiakov经验公式法,并以南水北调东线梁济运河段为例,利用2013—2019年实测数据,对改进Kostiakov经验公式中的参数进行率定。考虑梁济运河段运行期间易受春灌影响,分别利用受春灌影响显著的2019—2020年和影响一般的2020—2021年实测数据对改进Kostiakov经验公式进行验证。结果表明:改进Kostiakov经验公式法可克服原公式应用时的局限性,有效提升输水损失计算精度,扩大原公式的应用范围;改进后计算结果与两个时段实测数据的平均相对误差分别由原来的27.26%和11.72%降低为7.9%和6.84%,对调水工程运行调度具有重要意义。 展开更多

关键词 南水北调东线 输水损失 Kostiakov经验公式 广义简约梯度法 积分学方法

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电力系统发电机参数整体辨识的多情景并行内点算法 被引量：5

16

作者 王云 江全元 +2 位作者 宋军英 张文磊 陈跃辉 《电力系统自动化》 EI CSCD 北大核心 2013年第18期76-81,共6页

同步发电机模型的准确性对电力系统稳定性研究影响甚大,如何快速准确地确定系统中发电机模型参数是电力系统建模领域非常重要的问题之一。利用广域测量装置,提出一种同时对多台发电机在线辨识算法。对多机系统多台发电机同时辨识问题建... 同步发电机模型的准确性对电力系统稳定性研究影响甚大,如何快速准确地确定系统中发电机模型参数是电力系统建模领域非常重要的问题之一。利用广域测量装置,提出一种同时对多台发电机在线辨识算法。对多机系统多台发电机同时辨识问题建立了完整的数学模型,同时为了应对相量测量单元(PMU)测量误差,提出多情景参数辨识,提高辨识精度。多台发电机同时辨识问题是一类动态优化问题,采用内点法求解时,对大系统求解,计算时间过长。因参数辨识问题自由度较低,提出简约空间内点算法,极大地降低了计算时间,同时针对多情景辨识,提出情景解耦策略,并行求解该问题。对IEEE 9节点系统和IEEE 39节点系统进行算例测试发现,相对传统单机辨识算法,该方法对发电机辨识有较高的准确性,能较快地计算出辨识结果。 展开更多

关键词 同步发电机 参数辨识 简约空间内点法 并行计算

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一种认知MTD雷达脉间编码设计方法

17

作者 史常丽 张劲东 +1 位作者 邱晓燕 吴悦 《雷达科学与技术》 北大核心 2016年第4期349-354,363,共7页

认知动目标检测(MTD)雷达系统根据时变的杂波环境改变发射,从而改善回波的信杂噪比(SCNR)。针对在信号相关杂波中MTD雷达的发射设计问题,研究了基于慢时间域脉冲编码的MTD雷达模型,讨论了SCNR改善的可行性;提出了用于SCNR改善的脉间编... 认知动目标检测(MTD)雷达系统根据时变的杂波环境改变发射,从而改善回波的信杂噪比(SCNR)。针对在信号相关杂波中MTD雷达的发射设计问题,研究了基于慢时间域脉冲编码的MTD雷达模型,讨论了SCNR改善的可行性;提出了用于SCNR改善的脉间编码优化设计准则,给出了优化问题的简化方法,并针对锥约束下的二次型规划(CCQP)问题提出了一种基于简约梯度法的编码设计方法。仿真结果表明,慢时间域编码优化能够有效改善回波的SCNR,且该算法具有运算量小和实时性能好的特点。 展开更多

关键词 认知MTD雷达 脉间编码设计 信杂噪比 锥约束下二次型规划 简约梯度法

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汉坦病毒系统发生分析及其基因分型的研究 被引量：8

18

作者 张永振 屈勇刚 +2 位作者 杨东明 李莹 Zhen F.Fu 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期193-197,201,共6页

目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生... 目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生树。用M+S、M、G1、以及G2的2003-2302片段以NJ法构建的系统发生树将所选25株病毒分为5个分支,分别对应于HTN、SEO、DOB、PUU血清型及引起HPS的Sin Nombre血清族。但用G2区的2741-2950片段构建的系统发生树将DOB型与HTN型分为一支。以MP法用M、M+S及G1片段构建的发生树,结果与NJ法相同,但用S与G2的2003-2302、2741-2950片段构建的系统发生树则不能将所有的病毒株分在相应的血清型。因此,汉坦病毒的基因分型及系统发生分析时,NJ法优于MP法;用M片段的G1核苷酸序列可以替代M与S片段全序列进行基因分型及系统发生分析。 展开更多

关键词 汉坦病毒 系统发生分析 基因分型 邻位相连法 最大简约法

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系统发生树构建技术综述 被引量：17

19

作者 李建伏 郭茂祖 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期2047-2052,共6页

随着不同的分子测序技术的飞速发展使得大量的DNA分子数据不断涌现,这给生物学家提供了大量的数据使其实现重构地球上所有生命的进化树的梦想.并且,进化树的研究对于解决现代分子生物学中的许多问题都是非常关键的,如多序列比对、蛋白... 随着不同的分子测序技术的飞速发展使得大量的DNA分子数据不断涌现,这给生物学家提供了大量的数据使其实现重构地球上所有生命的进化树的梦想.并且,进化树的研究对于解决现代分子生物学中的许多问题都是非常关键的,如多序列比对、蛋白质结构和功能预测以及药物设计等等.但是构建进化树又是一个非常复杂的问题.因此,进化树的研究成了一个研究热点.本文介绍了进化树研究的发展、研究现状,最后在总结现有的进化树构建技术存在的问题的基础上探讨了该领域进一步的研究方向. 展开更多

关键词 系统发生树 邻接法 最大简约法 最大似然法

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结合叶绿体基因matK/trnK序列和生境分析不同生态型芦苇的系统发育 被引量：5

20

作者 龚晓洁 闫广为 浦铜良 《兰州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期50-54,共5页

以甘肃省临泽县境内的4种生态型芦苇(Phragmites communis Trin。)的18个样品为材料,采用PCR扩增技术,以通用引物"matK-FF74",和"matK-trnK-2R"扩增matK/trnK序列,对纯化后的产物进行序列测定和分析。序列比对软件... 以甘肃省临泽县境内的4种生态型芦苇(Phragmites communis Trin。)的18个样品为材料,采用PCR扩增技术,以通用引物"matK-FF74",和"matK-trnK-2R"扩增matK/trnK序列,对纯化后的产物进行序列测定和分析。序列比对软件为Clustal W,系统发育软件分析为PAUP4b10并用以构建MP和ML发育树和计算遗传距离,外群为芦竹(Arundo donax)。结果表明:matK/trnK序列长为1745～1753 bp,含有91个简约信息位点和120个可变位点,获得3个严格一致树。MP树和ML树共同说明水生芦苇是最古老的类群,它与沙丘芦苇之间的遗传距离最远,重度盐渍过渡型芦苇和轻度盐渍过渡型芦苇属于中间过渡类群。 展开更多

关键词 生态型芦苇 系统发育 遗传距离 最大简约法 最大似然法 甘肃省临泽县

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