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简并寡核苷酸引物PCR技术的建立及其检测灵敏度分析
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作者 邓建强 刘宝琴 +3 位作者 蔡继峰 李文慧 龙仁 侯一平 《法医学杂志》 CAS CSCD 2012年第1期41-43,共3页
目的建立基于简并寡核苷酸引物PCR(degenerate oligonucleotide primed-PCR,DOP-PCR)的全基因组检测体系,并对其可靠性、灵敏度进行研究。方法通过荧光标记STR复合扩增毛细管电泳检测系统,对DOP-PCR扩增产物进行检测,获得DOP-PCR检测体... 目的建立基于简并寡核苷酸引物PCR(degenerate oligonucleotide primed-PCR,DOP-PCR)的全基因组检测体系,并对其可靠性、灵敏度进行研究。方法通过荧光标记STR复合扩增毛细管电泳检测系统,对DOP-PCR扩增产物进行检测,获得DOP-PCR检测体系的灵敏度、可靠性。结果成功建立了可靠的DOP-PCR检测体系,经过DOP-PCR预处理再进行STR分型检验,其检测灵敏度可达到5个细胞量(相当于30 pg)。结论本研究建立的DOP-PCR技术可靠且可提高法医学微量检材的检测灵敏度。 展开更多
关键词 法医遗传学 基因扩增 简并寡核苷酸引物PCR
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简并寡核苷酸引物PCR扩增单细胞基因组的影响因素研究 被引量:1
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作者 王晶 乔龙 +3 位作者 孙海翔 胡娅莉 李洁 李朝军 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第16期6675-6677,共3页
[目的]研究影响简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(degenerate oligonucleotide primed PCR,DOP-PCR)扩增单细胞全基因组的因素。[方法]以单个人外周血淋巴细胞为材料,进行DOP-PCR,研究新鲜细胞与冷藏细胞及采用新鲜和冻存的细胞裂解物为模... [目的]研究影响简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(degenerate oligonucleotide primed PCR,DOP-PCR)扩增单细胞全基因组的因素。[方法]以单个人外周血淋巴细胞为材料,进行DOP-PCR,研究新鲜细胞与冷藏细胞及采用新鲜和冻存的细胞裂解物为模板对扩增产物的均匀性及特异性的影响。[结果]以新鲜的淋巴细胞为模板与以冷藏的淋巴细胞为模板相比,扩增产物的均匀性相当,特异性上新鲜细胞较好。细胞裂解后立即进行扩增的效果在产物的均匀性及特异性方面均明显优于冻存的细胞裂解物。[结论]对单细胞应用DOP-PCR方法进行全基因组扩增时,应尽量选取新鲜细胞进行裂解,裂解后避免冻存以保证扩增的均匀性及特异性。 展开更多
关键词 单细胞 简并寡核苷酸引物PCR 基因扩增 全基因组
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STR滑脱模型的构建及其影响因素 被引量:3
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作者 邓建强 李英碧 +1 位作者 吴谨 侯一平 《法医学杂志》 CAS CSCD 2006年第1期39-42,共4页
目的探索建立体外STR滑脱模型,研究STR滑脱产生的影响因素,探讨STR的发生机制。方法首先通过全基因组扩增技术—简并寡核苷酸引物PCR(Degenerateoligonucleotide-primedPCR,DOP)对模板DNA样本进行扩增放大,然后以其产物作为后续STR分析... 目的探索建立体外STR滑脱模型,研究STR滑脱产生的影响因素,探讨STR的发生机制。方法首先通过全基因组扩增技术—简并寡核苷酸引物PCR(Degenerateoligonucleotide-primedPCR,DOP)对模板DNA样本进行扩增放大,然后以其产物作为后续STR分析的模板,对以上实验过程中的一系列实验条件进行控制,观察滑脱现象的产生情况。结果初步建立了STR的滑脱模型,观察到了STR滑脱现象的发生。结论STR的发生是一系列综合因素作用的结果,DNA模板用量、MgCl2的浓度、DNA聚合酶的性质、样本以及STR的基序组成等因素均可能参与了这一过程。 展开更多
关键词 短串联重复 滑脱 模型 简并寡核苷酸引物
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硝普钠(SNP)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的白桦Ty1-copia类逆转座子的克隆及分析 被引量:2
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作者 梁楠松 曾凡锁 +2 位作者 李博 郭梁 詹亚光 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期69-74,共6页
利用Tvl—copia类逆转座子逆转录酶(RT)的保守区域设计引物,优化了扩增条件后利用RT—PCR从白桦愈伤组织中得到了1条逆转录酶序列。利用硝普钠(SNP)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导后分别扩增克隆了11条和9条逆转录酶序列。这2l条逆转录... 利用Tvl—copia类逆转座子逆转录酶(RT)的保守区域设计引物,优化了扩增条件后利用RT—PCR从白桦愈伤组织中得到了1条逆转录酶序列。利用硝普钠(SNP)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导后分别扩增克隆了11条和9条逆转录酶序列。这2l条逆转录酶序列(命名Bprtl-21)变化范围为205—290bp,一致性为71.93%,异质性为1.1%。50.9%,翻译成氨基酸的异质性为0~57.1%。经SNP和MeJA处理的样品中,获得的逆转录酶序列基本是分别聚类.初步证明不同的Tvl-copia类逆转座子能够分别响应不同的信号而被转录激活。分析所获得的21逆转录酶序列和苹果中19务逆转录转座子序列(DQ410748-DQ410766)进化关系发现.逆转录酶基本各自聚类。但是Bprt9、Bprtll和OQ4m750进化关系比较接近,Bprt15、Bprt19、DQ410751和DQ410753聚为一类,证明逆转座子存在水平传递。 展开更多
关键词 白桦 Tyl-copia类逆转座子 逆转录酶 转录活性 系统进化 异质性 简并杂交寡核苷酸引物
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巴斯德杆菌属CODEHOP PCR检测方法的建立与初步应用
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作者 邢进 冯育芳 +3 位作者 岳秉飞 贺争鸣 孙晓梅 代解杰 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第1期85-90,共6页
目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用2... 目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用21株参考菌株进行特异性和敏感性评价,并应用于实验动物中的巴斯德杆菌检测。结果简并引物Past F6/PastR5扩增标准菌株的目的片段为200 bp左右。能够区分受试的巴斯德杆菌和主要的实验动物呼吸道病原菌。敏感性为0.2 pg/μL^2 pg/μL。在受试的609只实验动物中呼吸道样品中检测出巴斯德杆菌阳性率为19.1%。样品阳性片段经测序验证,准确率为100%。结论所建立的方法具有良好的特异性和敏感性,可用于动物样品中巴斯德杆菌的检测。 展开更多
关键词 巴斯德杆菌 共有序列简并杂合寡核苷酸引物 PCR检测 实验动物
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