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马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发 被引量：1
1
作者 葛健辉 关文志 +7 位作者 任晋东 牛宝龙 胡金春 王伟 翁旭东 楼宝 于瑾 许晓军 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2584-2593,共10页
为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选... 为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群体马口鱼中共检测到106个等位基因,观测杂合度为0.125~0.813,期望杂合度为0.359~0.862,多态信息含量(PIC)为0.339~0.830,其中12对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据。 展开更多
关键词 马口鱼 全基因组 简单重复序列 多态性
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利用简单序列长度多态性(SSLP)定位水稻核育性恢复基因 被引量：6
2
作者 朱建清 廖金花 +3 位作者 刘柱 李姝晋 叶晓英 王丽华 《西南农业学报》 CSCD 2005年第2期122-124,共3页
利用397条SSR引物对D62A和红米水稻红宝石B的杂交F2代不育可育分离群体及双亲的12条染色体进行筛选,定位细胞质雄性不育恢复基因,发现在第7染色体上找到与主效恢复基因紧密连锁的分子标记RM182,遗传距离是7 4cM。
关键词 水稻 细胞质雄性不育 恢复基因 简单重复序列长度多态性
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玉米大斑病菌基因组SSR位点分析及其多态性引物筛选
3
作者 强强 畅引东 +2 位作者 孙瑛健 贾仡伟 张作刚 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期438-446,共9页
【目的】探究玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)基因组简单重复序列(SSR)位点信息特征,并筛选和验证其多态性引物,为后续玉米大斑病菌遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行... 【目的】探究玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)基因组简单重复序列(SSR)位点信息特征,并筛选和验证其多态性引物,为后续玉米大斑病菌遗传多样性分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索;采用Primer 3.0设计SSR引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR多态性引物进行筛选和验证。【结果】在玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12046个SSR位点,SSR位点平均密度为276.9个·Mb^(-1)。其中:三核苷酸重复型SSR最多,占总SSR数量的31.38%;五核苷酸重复型SSR最少,占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型,其中,C/G重复类型最多,SSR位点数量为2299个,占比19.09%,AC/GT次之(1669个,占比13.86%)。SSR位点的重复次数主要集中在5~16次,占总SSR数量的91.38%;重复10次的SSR位点数量最多,占总SSR数量的18.40%;SSR长度范围为10~300 bp,其中,10~20 bp占比最多,占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点,具有开发多态性SSR引物的潜力;筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等。 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 基因组 简单重复序列 分子标记 多态性引物
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基于水稻基因组序列SSR的多态性分析 被引量：9
4
作者 陈仲中 汪旭升 朱军 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期303-307,共5页
根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryzasativasubsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryzasativasubsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的145... 根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryzasativasubsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryzasativasubsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的1453个同源位点。在这些位点中,93-11和日本晴中分别搜索到了1449个和1451个SSR。通过对SSR的分类比较,发现在93-11和日本晴的相同位点存在1175个具有相同基序的SSR,其中371个具有相同的基序和重复个数,804个具有相同的基序但重复次数有差异。具有相同基序但重复次数有差异的SSR类型中,频率最高的是2个核苷酸的重复子,占62.94%,基序为5个和6个核苷酸的SSR则较少。对水稻这两个品种相应区域SSR的多态性比较分析,揭示了用这些特定类型的SSR可以在这两个品种的特定区域发展新的SSR标记,并为研究这两个品种之间遗传变异、基因组功能之间的差异等提供依据。 展开更多
关键词 简单重复序列 水稻 多态性
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大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发 被引量：5
5
作者 刘新雨 田洁 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第9期1615-1625,共11页
为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出14... 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 展开更多
关键词 大蒜 转录组 简单重复序列标记 多态性
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6个甜樱桃品种ACO基因多态性的检测 被引量：9
6
作者 王廿 张开春 +2 位作者 王晶 张晓明 闫国华 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期359-365,共7页
乙烯在植物果实成熟过程中起着重要的作用,ACC合酶(1-aminocyclop ropane-1-carboxylic acid synthase,ACS)和ACC氧化酶(1-aminocyclop ropane-1-carboxylic acid oxidase,ACO)是植物乙烯生物合成途径的限速酶。通过DNA序列分析,以不同... 乙烯在植物果实成熟过程中起着重要的作用,ACC合酶(1-aminocyclop ropane-1-carboxylic acid synthase,ACS)和ACC氧化酶(1-aminocyclop ropane-1-carboxylic acid oxidase,ACO)是植物乙烯生物合成途径的限速酶。通过DNA序列分析,以不同果实成熟期的6个甜樱桃品种(Prunus avium L.)为材料,检测ACO基因的多态性。获得甜樱桃ACO基因约1 kb,与桃(P.persica)ACO基因(GenBank登录号:AF532976)序列的同源性达96%,其预测的氨基酸序列与桃、梅(P.mume)、美洲李(P.armeniaca)和欧洲李(P.domestica)等ACO的氨基酸序列同源性超过95%。该片段包括4个外显子和4个内含子,内含子符合GT-AT规律。用DNAMAN进行多序列比对分别在内含子2和内含子4内发现2个多态性简单重复序列(AT)n。内含子2有3种片段:即(AT)6、(AT)7和(AT)8;内含子4有2种片段,即(AT)5和(AT)6,组合后共得到4种ACO单倍型。研究在甜樱桃ACO基因座上发现2个SSR标记,为进一步研究ACO基因多态性与果实成熟期相关性奠定基础。 展开更多
关键词 甜樱桃 ACO基因 简单重复序列 基因多态性
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翘嘴鳜EST-SSR标记的开发及3个群体遗传多态性分析 被引量：11
7
作者 朱滔 梁旭方 +2 位作者 彭敏燕 于海静 皮达峰 《暨南大学学报（自然科学与医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期347-352,共6页
为保护野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的种质资源以及遗传育种,本研究从翘嘴鳜的EST文库中开发微卫星并筛选出22对具有多态性的微卫星标记,对来自陆水水库(赤壁)和沅江流域(常德、怀化)的3个野生群体进行了遗传多样性分析.实验结果显示... 为保护野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的种质资源以及遗传育种,本研究从翘嘴鳜的EST文库中开发微卫星并筛选出22对具有多态性的微卫星标记,对来自陆水水库(赤壁)和沅江流域(常德、怀化)的3个野生群体进行了遗传多样性分析.实验结果显示,这些标记在3个群体中均表现出了丰富的多态性;共检测到134个等位基因;各基因座观测等位基因数4～8个;平均等位基因数为6.090 1;观测杂合度0.675 4;期望杂合度0.748 7;多态信息含量0.701 0,表明3个翘嘴鳜群体在各检测位点中具有较好多态性.对数据进行F-检测,平均Fst值为0.038 3,说明群体间的遗传分化程度低;而群体遗传相似度和遗传距离的计算结果显示:常德和怀化群体的遗传相似度最大,遗传距离最小;而常德与赤壁群体的遗传相似度最小,遗传距离最大.这恰恰与翘嘴鳜群体的流域分布一致. 展开更多
关键词 翘嘴鳜 表达序列标签一简单重复序列(EST-SSRs) 遗传多态性 野生群体
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基于RAPD和SSR分子标记的家蚕部分实用品种多态性及其亲缘关系分析 被引量：11
8
作者 姜振 蔡明文 +2 位作者 徐世清 房丽秀 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期157-164,共8页
分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位... 分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位点比例72.96%,品种间的遗传距离在0.157～0.352之间。采用32条SSR引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的片段数为86条,其中多态性带80条,多态性位点比例93.02%,遗传距离在0.214～0.600之间。对12个家蚕品种的2种分子标记的单独聚类结果表现出一定差异,但均把12个品种分为中系、日系两大类,其中7532和湘晖、871和57B的亲缘关系较近,而传统分类于中系品种东34却聚类于日系,但又独立于其余6个日系品种。结合RAPD标记和SSR标记的12个品种间的遗传距离与聚类结果,更能准确地从分子水平上反映品种间的亲缘关系及其来源,是家蚕杂交育种亲本选择的依据。 展开更多
关键词 家蚕实用品种 DNA多态性 随机扩增多态性DNA 简单重复序列
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福建不同水域水葫芦遗传多态性的ISSR分析 被引量：6
9
作者 林瑞余 孙红艳 +4 位作者 赵瑞宗 陈祥旭 苗利国 黄磊 林文雄 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2008年第2期175-179,共5页
在建立内部简单重复序列(ISSR)分析方法的基础上,以采自福建省主要河流和福州内河的12份水葫芦样本为材料,筛选出20个可扩增出清晰且具多态性片段的ISSR随机引物,通过PCR扩增,探讨其遗传多态性和亲缘关系.ISSR分析结果表明,从12份水葫... 在建立内部简单重复序列(ISSR)分析方法的基础上,以采自福建省主要河流和福州内河的12份水葫芦样本为材料,筛选出20个可扩增出清晰且具多态性片段的ISSR随机引物,通过PCR扩增,探讨其遗传多态性和亲缘关系.ISSR分析结果表明,从12份水葫芦样本中获得了150个DNA片段,其中75个片段呈现多态性,占总扩增片段的50.0%;Shannon信息指数均值(0.2739)和Nei′s基因多样性指数均值(0.1894)相对较小,但种群内的遗传多样性仍有一定的差异.聚类分析表明,当遗传距离为0.40时,供试的12份水葫芦样本分为3大类,第Ⅰ大类来自福建农林大学校内池塘,第Ⅱ类来自福州金山社区内河,而闽江、九龙江、木兰溪和晋江流域的聚为一类. 展开更多
关键词 水葫芦 内部简单重复序列(ISSR) 遗传多态性
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辣椒多态性EST-SSR标记开发及连锁图谱构建 被引量：1
10
作者 刘峰 谢玲玲 +2 位作者 欧阳娴 王运生 邹学校 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期162-167,共6页
采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每... 采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每条连锁群含45.75个EST-SSR。对匹配到番茄基因组上的EST-SSR进行GO(gene ontology)分类,结果有481条EST序列被分类,其中以初生代谢、细胞代谢、生物合成过程为主,分别占34.13%、28.35%、25.82%。在KEGG map中,91条EST序列共涉及到76条代谢途径(KEGG),约67条序列参与新陈代谢途径,32条序列参与次生代谢产物合成途径。 展开更多
关键词 辣椒 多态性 连锁图谱 表达序列标签技术 简单重复序列
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桑树杂交组合亲本的SSR标记多态性及遗传背景分析 被引量：5
11
作者 罗义维 亓希武 +5 位作者 帅琴 王裕鹏 卢承琼 向仲怀 唐翠明 何宁佳 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期576-581,共6页
在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号&#... 在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号×伦教109亲本间的多态性为54%。选用珍珠白×伦教109的F1群体进行SSR分子标记遗传连锁分析,对亲本的遗传背景分析发现:在母本珍珠白中,相引相分子标记数目为58对,相斥相分子标记数目为70对,符合1∶1分离比;而在父本伦教109中则没有检测到相斥相分子标记对。据此推测桑树品种珍珠白可能为异源四倍体,而伦教109可能为同源四倍体。 展开更多
关键词 桑树 简单重复序列标记 多态性 染色体组来源
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12份糯玉米自交系的SSR标记多态性和分子分类研究 被引量：4
12
作者 杨留启 杨文鹏 +1 位作者 王明春 任洪 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2009年第8期1-3,共3页
以贵州省旱粮研究所自育的12份糯玉米自交系为材料，用30个SSR标记检测其基因组DNA，以探究这些SSR标记位点的等位变异情况和自交系间的渊缘关系。结果共检测出95个等位基因变异，每对引物可检测到的等位基因不尽相同，范围在1～9个之... 以贵州省旱粮研究所自育的12份糯玉米自交系为材料，用30个SSR标记检测其基因组DNA，以探究这些SSR标记位点的等位变异情况和自交系间的渊缘关系。结果共检测出95个等位基因变异，每对引物可检测到的等位基因不尽相同，范围在1～9个之间，平均为3．17个．显示了较高的多态性。通过聚类分析将上述自交系进行了分子分类，将12个糯玉米自交系分为3个类群，并且能将选自同一杂交组合的4个二环系QCL5034、QCL5036S、QCL5036B和QCL5037聚在同一类群中，表明聚类分析的结果基本上是正确的。研究结果可为糯玉米的遗传育种提供参考。 展开更多
关键词 糯玉米 简单重复序列 等位变异 遗传多样性 SSR标记 多态性
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山西瘦肉型猪SD-Ⅲ系微卫星标记SW489和SW2049的遗传多态性分析
13
作者 范晓辉 王钦德 +1 位作者 程小强 刘彦清 《上海畜牧兽医通讯》 2007年第6期24-25,共2页
关键词 微卫星标记 多态性分析 瘦肉型猪 短串联重复序列 遗传 山西 简单重复序列 生物基因组
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基于转录组序列的万寿菊SSR标记开发及应用
14
作者 郭俊伟 马雪璟 +2 位作者 陈利文 唐道城 唐楠 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第22期23-30,共8页
万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉,具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点信息,并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和... 万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉,具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点信息,并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明,转录组测序共挖掘到10 182个SSR位点,出现频率为16.07%,平均6.15 kb出现1个SSR位点。SSR位点共出现259种基序重复类型,其中三核苷酸是主要重复类型(48.51%),其次是二核苷酸(27.05%),二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元分别为AG/CT(37.22%)、ATC/ATG(28.63%)。筛选出10个多态性位点用于万寿菊资源的遗传多样性分析,平均期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为0.361、0.364。26份万寿菊材料的平均Shannon息指数(Ⅰ)、期望杂合度(He)分别为0.642、0.475,遗传距离介于0.027~0.913之间,表明供试材料的遗传多样性较丰富。非加权配对算数平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,26份万寿菊材料在相似系数0.69处可分为两大类,其中花色相同的万寿菊属品种(系)聚为一类。综上,万寿菊转录组中SSR的出现频率较高、类型丰富、多态性高,为万寿菊种质资源鉴别与利用、遗传图谱构建和分子标记辅助选择等提供了备用分子标记,研究结果为今后万寿菊核心种质的选择、新品种的选育奠定了理论基础。 展开更多
关键词 万寿菊 简单重复序列(SSR) 多态性引物 遗传多样性
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中甸刺玫的叶绿体基因组特征及种内变异 被引量：1
15
作者 王其刚 曹世睿 +5 位作者 王慧纯 马长乐 晏慧君 邱显钦 景维坤 蹇洪英 《广西植物》 北大核心 2025年第1期15-30,共16页
中甸刺玫(Rosa praelucens)是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物,也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源,种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景,该文利用二代测序技术对40... 中甸刺玫(Rosa praelucens)是云南香格里拉市的特有“极危”植物和国家二级重点保护植物,也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源,种内存在丰富的表型多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景,该文利用二代测序技术对40个不同表型的中甸刺玫代表性个体的叶绿体基因组进行测序、组装注释和比较分析。结果表明:(1)中甸刺玫的基因组序列长157173~157261 bp,植株间仅相差88 bp,共编码132个功能基因,主要为与光合作用和自我复制相关的基因。全部基因共由27155个密码子编码,以A-和U-为末端的密码子较常见。(2)中甸刺玫的叶绿体基因组共鉴定出36个重复序列和73个简单重复序列(SSRs),后者大部分为单核苷酸SSRs,主要位于大单拷贝(LSC)区的基因间隔区。(3)中甸刺玫种内叶绿体全基因组的单倍型多样性为0.928±0.027,核酸多态性(P_(i))为0.00012;位于LSC的pet N-trn D、psa A-ycf 3等基因间隔区,以及rps 16和ycf 1等基因的核酸多态性相对较高;不同表型的代表性个体的叶绿体基因组间在结构上不存在大片段或基因的逆转或者丢失。该研究结果表明,中甸刺玫种内在叶绿体基因组大小、序列和结构等方面均高度保守,其种内丰富的表型多样性并非由叶绿体基因组变异而引起。 展开更多
关键词 中甸刺玫 叶绿体基因组 比较基因组 简单重复序列 核酸多态性 密码子偏好
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基于SSR分子标记的新疆83个常规陆地棉品种亲缘关系分析
16
作者 牛清东 杨延龙 《中国棉花》 2025年第7期32-37,共6页
采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0... 采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0343132)对样品SSR数据位点进行两两比较,分别利用Powermarker V3.25、NTSYSpc-2.10e、Structure 2.3.4、GenALEx 6.502进行SSR多态性分析、亲缘关系分析、群体结构分析和主成分分析。结果表明,60对SSR引物共扩增出153个等位变异,平均等位变异数为2.55,平均多态性信息含量为0.32。83份品种两两比较共产生了3403个组合,差异位点范围为0~47,位点差异大于2的组合有3290个,占组合数的96.7%。亲缘关系分析、群体结构分析和主坐标分析的分类结果基本一致,83份样品被划分为2个群体pop1和pop2,pop2包含pop2A和pop2B亚群。亲缘关系分析显示,棉种样品间的相似系数在0.503~1.000,平均值为0.690,说明棉种样品间遗传背景较窄、亲缘关系较近。主坐标分析结果显示:pop1共有样品15份,均为早熟品种;pop2A共有样品52份,其中含早熟品种29份、早中熟品种23份;pop2B共有样品16份,其中有早熟品种9份、早中熟品种7份,并没有明显的地理分类特征。这些结果可为新疆棉花品种选育和管理提供参考。 展开更多
关键词 陆地棉 简单重复序列(simple repeated sequence SSR) 分子标记 亲缘关系 近似品种 群体结构分析 主成分分析 多态性
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花椒cpSSR标记开发及在种间、种内的通用性分析 被引量：5
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作者 李思巧 韦伊 +4 位作者 刘洪妤 张志东 张野 王丽华 刘玉林 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1241-1246,共6页
叶绿体基因组为母系遗传,保守性高,因此叶绿体基因组中的简单序列重复(SSR)标记可在更高分类水平上进行种质资源鉴定和群体遗传结构分析。利用TRF软件和SSR Hunter软件相结合对花椒Zanthoxylum bungeanum叶绿体基因组中的SSR位点进行筛... 叶绿体基因组为母系遗传,保守性高,因此叶绿体基因组中的简单序列重复(SSR)标记可在更高分类水平上进行种质资源鉴定和群体遗传结构分析。利用TRF软件和SSR Hunter软件相结合对花椒Zanthoxylum bungeanum叶绿体基因组中的SSR位点进行筛选。结果显示:花椒叶绿体基因组中共有144个SSR位点,位点间的平均分布距离为1 100.00 bp。基于检测软件设置参数,SSR重复类型主要集中在一、三核苷酸重复,二者占SSR位点总数的91.67%。此外,随机设计合成30对SSR引物对10份花椒种质、5份竹叶花椒Zanthoxylum armatum种质和1份日本花椒Zanthoxylum piperitum种质进行PCR扩增检测,共筛选出10对多态性引物,其中单核苷酸重复位点的多态性高于多核苷酸重复位点。本研究开发的叶绿体SSR标记可有效区分花椒、竹叶花椒和日本花椒,但在花椒种内并未检测出多态性。表明花椒叶绿体基因组的SSR标记可用于花椒属Zanthoxylum不同种间的遗传多样性分析。 展开更多
关键词 植物学 花椒 叶绿体基因组 简单序列重复(SSR) 多态性分析
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基于基因组survey数据的疣吻沙蚕微卫星特征分析及多态标记开发 被引量：3
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作者 杨尉 司圆圆 +1 位作者 许瑞雯 陈兴汉 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期123-133,共11页
为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复... 为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复序列比例45.92%;初步组装获得2181621条scaffold,全长为840375821 bp。在基因组序列中检测到130216个微卫星位点,丰度为154.9个·Mb^(−1)。微卫星重复次数集中在4~18拷贝;单碱基重复比例最高(35.00%),二碱基(32.48%)、三碱基(14.42%)次之;二碱基、三碱基优势基序分别是AT/AT、AAT/ATT,表现出A/T碱基优势。从随机挑选的50对引物中筛选到15对多态标记,在30尾样本中共检测到87个等位基因,等位基因数(N_(a))为2.000~12.000(平均5.800),有效等位基因数(Ne)为1.164~6.713(平均3.328),期望杂合度(H_(e))为0.141~0.789(平均0.561),多态信息含量(PIC)为0.136~0.776(平均0.511);其中13个为高度或中度多态性位点,在遗传分析中有较高的实用价值。结果表明,疣吻沙蚕基因组为复杂基因组,其微卫星位点类型丰富且具备良好的多态性潜能,可为种质资源评价、群体遗传学及分子育种研究提供有效的标记资源。 展开更多
关键词 疣吻沙蚕 全基因组survey 简单重复序列 多态性位点
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23株酿酒酵母ISSR指纹图谱分析及SCAR标记的建立
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作者 栾春艳 李晓玲 +2 位作者 郑国斌 姚娟 王健 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期163-167,共5页
目的:构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区(sequence characterized amplifi ed region,SCAR)标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据... 目的:构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区(sequence characterized amplifi ed region,SCAR)标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据。方法:在简单重复序列间多态性(inter-simple sequence repeat,ISSR)指纹数据分析基础上进行聚类分析并对菌种进行分类鉴定,同时将酿酒酵母菌株9号和15号中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR分子标记。结果:构建23株酿酒酵母的ISSR指纹图谱,并在相似系数为0.85水平上将23个供试菌株分为3大类,其中,1、2、4、7、15、16、17、19、20、21、23聚为第一类;10、11、12、13、14、18号菌株聚为第二类且10号和11号菌为同一菌株;3、5、6、8、9、22号菌聚为第三类且属于同一菌株。此外,利用所获得的2个特异性条带成功转化为序列特异性扩增区分子标记。结论:在生产上酿酒酵母菌株遗传背景差异不大,常存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR分子标记技术快速鉴定酿酒酵母菌株在工业生产上具有重要意义。 展开更多
关键词 酿酒酵母菌 简单重复序列间多态性 DNA指纹图谱 序列特异性扩增区
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茶树ISSR-PCR反应体系的建立 被引量：37
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作者 姚明哲 王新超 +1 位作者 陈亮 杨亚军 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期172-176,206,共6页
通过优化影响茶树 ISSR-PCR 的主要参数,确立了适用于茶树的 ISSR 反应体系和扩增条件。结果表明在 20 μl 反应体系中,模板 DNA、引物、Mg++、dNTP 和 Taq DNA 聚合酶五种主要成分的最适浓度分别为 10ng、150 nmol/L、1.5 mmol/L、150 ... 通过优化影响茶树 ISSR-PCR 的主要参数,确立了适用于茶树的 ISSR 反应体系和扩增条件。结果表明在 20 μl 反应体系中,模板 DNA、引物、Mg++、dNTP 和 Taq DNA 聚合酶五种主要成分的最适浓度分别为 10ng、150 nmol/L、1.5 mmol/L、150 μmol/L、0.5 U。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其 Tm 值平均高 4.5℃,扩增出足量产物至少需要 30 个热循环。利用该优化反应体系和扩增条件,对 13 份不同茶树种质资源进行ISSR-PCR 扩增,扩增产物的多态性为 77.6%。引物 TRI18 构建的 ISSR 指纹图谱,可以区分 13 份茶树资源中的 12 份,分辨率达 92.3%。 展开更多
关键词 茶树 ISSR-PCR 模板DNA 引物 简单重复间序列 核苷酸
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