大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发 被引量：5

1

作者 刘新雨 田洁 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第9期1615-1625,共11页

为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出14... 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 展开更多

关键词 大蒜 转录组 简单重复序列标记 多态性

在线阅读 下载PDF 职称材料

镉胁迫对不同甜玉米自交系幼苗生长的影响及其相关简单重复序列分子标记初筛 被引量：3

2

作者 姜昊梁 黄允 +7 位作者 梁绍芳 谢梦晨 徐天成 宋芷婷 向文文 陈青春 万小荣 孙伟 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第8期1582-1590,共9页

为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单... 为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单重复序列(SSR)分子标记。结果显示,从耐镉性判断,KY188、M114A为敏感型自交系,T96-4、M3、T35和T8-1为耐受型自交系。与对照处理相比:KY188(敏感型)经过镉胁迫处理后,叶绿素含量随时间推进显著(P<0.05)降低,苗高、总根数、根长、地上部鲜重和干重、地下部鲜重和干重、总鲜重、总干重分别显著(P<0.05)降低了18.87%、24.32%、21.13%、58.86%、2.04%、33.77%、26.11%、47.11%、14.29%;T96-4(耐受型)经过镉胁迫处理后,上述指标无显著变化。通过相关性分析,共检测到9个与甜玉米苗期耐镉性状相关的SSR标记,分别位于第2、3、4、5、6、8、9、10号染色体上。 展开更多

关键词 镉胁迫 主成分分析 耐镉性 简单重复序列分子标记 甜玉米

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SSR标记分析108份金豆种质资源遗传多样性

3

作者 卢小转 周淑芬 +2 位作者 赵阳宇 王小安 田大刚 《福建农业学报》 北大核心 2025年第5期441-448,共8页

【目的】评估金豆(Fortunella hindsii var.chintou)种质资源遗传多样性,为其育种亲本组合的合理配置提供科学依据,进而提高育种效率。【方法】以108份金豆种质为材料,调查13个农艺性状,并利用10对简单序列重复(simple sequence repeat,... 【目的】评估金豆(Fortunella hindsii var.chintou)种质资源遗传多样性,为其育种亲本组合的合理配置提供科学依据,进而提高育种效率。【方法】以108份金豆种质为材料,调查13个农艺性状,并利用10对简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)引物进行遗传多样性分析。通过计算变异系数、多态信息含量(polymorphism information content,PIC)、遗传分化指数(genetic differentiation index,F_(st))等参数,结合聚类分析和分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA),解析其遗传变异特征。【结果】表型分析显示,金豆农艺性状变异系数10.51%~50.79%,表现出丰富的表型多样性。SSR标记分析共检测到41个等位基因,平均等位基因数4.1,PIC平均值为0.459(B18位点最高,达0.729),香农指数(shannon's information index,I)平均为0.945,观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)平均为0.324,期望杂合度(expected heterozygosity,He)平均为0.515,表明群体具有丰富的遗传多样性,但存在一定近交现象。聚类分析将种质划分为5个亚群,但未呈现地理分布相关性;AMOVA显示遗传变异主要来源于个体内(53%),其次为个体间(31%)。亚群间遗传分化从中等至高度分化(F_(st)=0.071~0.226),其中亚群Ⅰ与其他亚群的分化达到高度分化水平(F_(st)>0.18)。【结论】金豆种质资源具有较高的遗传多样性,SSR标记分析可为其种质保护与育种利用提供科学依据。 展开更多

关键词 金豆 表型变异 简单序列重复(SSR)标记 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

水芹SSR分子标记开发与遗传多样性分析 被引量：1

4

作者 邢啸林 陈丹 +3 位作者 况勇 徐文娟 黄然 甘德芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1285-1296,共12页

水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水... 水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水芹的遗传多样性并用非加权组平均法(UPGMA)构建系统进化树,同时用SSR扩增条带数据构建DNA指纹图谱。结果显示,共鉴定到325699个SSR位点,其中单核苷酸SSR重复单元、二核苷酸SSR重复单元、三核苷酸SSR重复单元、四核苷酸SSR重复单元、五核苷酸SSR重复单元、六核苷酸SSR重复单元的出现频率分别为33.94%、54.62%、9.31%、1.66%、0.17%、0.29%,其中二核苷酸SSR重复单元数最多,有177887个,且A/T(占比为29.98%)和AT/AT(占比为35.70%)是较丰富的重复类型。UPGMA分析结果表明,33对高多态性引物[多态信息含量(PIC)>0.25]可将55份水芹材料分为4组。利用筛选出的4对引物(Oj-084、Oj-110、Oj-112、Oj-156)可以将55份水芹材料完全区分开,并且可构建指纹图谱。研究结果可为水芹种质资源鉴定、保护及分子遗传育种提供有力依据。 展开更多

关键词 水芹 简单重复序列(SSR)分子标记 聚类分析 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

原生质体融合获得羊肚菌黑色栽培种与黄色非栽培种间杂交高产菌株 被引量：1

5

作者 廖武俊 钟啟萍 +2 位作者 李荣光 霍达 霍光华 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第2期349-359,共11页

【目的】目前限制江西地区羊肚菌产业发展的主要问题为产量低、高产难重复及优质菌种少,而解决这些问题的关键在于菌种。本研究旨在选育适合江西本土栽培的高产羊肚菌新菌株。【方法】根据遗传与环境互作理论,有针对性的选择江西本土采... 【目的】目前限制江西地区羊肚菌产业发展的主要问题为产量低、高产难重复及优质菌种少,而解决这些问题的关键在于菌种。本研究旨在选育适合江西本土栽培的高产羊肚菌新菌株。【方法】根据遗传与环境互作理论,有针对性的选择江西本土采集到的野生黄色羊肚菌JFRL01-161和在江西鹰潭地区商业栽培的梯棱羊肚菌JFRL01-107、六妹羊肚菌JFRL01-217作为原始菌种,通过20 g/L溶壁酶+10 g/L蜗牛酶组成的复合酶溶解细胞壁制取原生质体,再通过高温和紫外双灭活获得2种灭活原生质体,将不同灭活的原生质体进行两两融合获得融合子。对得到的融合子进行拮抗试验,栽培品比以及区间简单重复序列标记(ISSR)鉴定确定种源关系。【结果】经原生质体融合共获得融合菌株16株,即A11、A37、A39、B7、B12、B17、B18、B25、B26、B29、C1、C2、C5、C6、C11和C12;其中菌株A11、A37、A39和B18出菇并形成产量,特别是融合菌株A11产量达到351.90g/m^(2),显著高于亲本JFRL01-107产量264.51g/m^(2),年度重复栽培验证试验确认A11产量可达527.8g/m^(2),亲本JFRL01-107产量为262.4 g/m^(2)。非加权算数平均聚类系统发生树(UPGMA)显示A11分别与亲本JFRL01-161(相似水平系数0.24)和JFRL01-107(相似系数水平0.696)处于不同分支,证明融合菌株A11是不同于两亲本的新菌株。【结论】融合菌株A11产量显著高于亲本,经过重复栽培试验确认其种质稳定,经ISSR确定是不同于亲本的菌株,因此融合菌株A11可作为适应江西本土栽培的高产羊肚菌新菌株。 展开更多

关键词 羊肚菌 高产羊肚菌新菌株A11 紫外和热双灭活 原生质体融合 区间简单重复序列标记分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

桑树杂交组合亲本的SSR标记多态性及遗传背景分析 被引量：5

6

作者 罗义维 亓希武 +5 位作者 帅琴 王裕鹏 卢承琼 向仲怀 唐翠明 何宁佳 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期576-581,共6页

在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号&#... 在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号×伦教109亲本间的多态性为54%。选用珍珠白×伦教109的F1群体进行SSR分子标记遗传连锁分析,对亲本的遗传背景分析发现:在母本珍珠白中,相引相分子标记数目为58对,相斥相分子标记数目为70对,符合1∶1分离比;而在父本伦教109中则没有检测到相斥相分子标记对。据此推测桑树品种珍珠白可能为异源四倍体,而伦教109可能为同源四倍体。 展开更多

关键词 桑树 简单重复序列标记 多态性 染色体组来源

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于表型性状和SSR标记的9份万寿菊种质遗传多样性分析 被引量：9

7

作者 宋江琴 唐楠 +2 位作者 唐道城 丁圆圆 马洪强 《种子》 北大核心 2021年第10期6-11,19,共7页

基于9个形态学标记和11个SSR分子标记对9个万寿菊雄性不育两用系进行性状间主成分分析,材料间聚类分析,构建指纹图谱,并计算材料性状之间的变异系数和多样性指数。结果表明,9个万寿菊雄性不育两用系各表型性状具有明显差异,株高、冠幅... 基于9个形态学标记和11个SSR分子标记对9个万寿菊雄性不育两用系进行性状间主成分分析,材料间聚类分析,构建指纹图谱,并计算材料性状之间的变异系数和多样性指数。结果表明,9个万寿菊雄性不育两用系各表型性状具有明显差异,株高、冠幅、花朵数、一级分枝数、花径、千粒重和开花前期在品系间差异均达到极显著水平(p<0.01)。9个两用系的Shannon-Wiener信息指数为1.49。主成分分析结果显示,前3个主成分因子主要包括株高、冠幅、一级分枝数、花朵数等性状,累计贡献率达到了83.348%。11对SSR引物共检测到29个条带,其中27个具有多态性,多态性比率为93.1%,每对SSR引物可扩增条带数2~4条,平均每个位点等位基因数为2.45个。Shannon信息指数和PIC值分别为0.6613和0.353,表型及SSR标记显示9个材料具有较高的遗传多样性,且两种聚类结果总体上具有一致性。3个SSR引物将9个两用系完全区分开来,并构建了供试材料的数字指纹图谱。 展开更多

关键词 万寿菊 简单重复序列标记 表型性状 多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于高通量测序的日本医蛭转录组及SSR序列分析 被引量：2

8

作者 余米 封孝兰 +2 位作者 周梦 张承露 曹敏 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期250-259,共10页

【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共... 【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共获得125.08 G有效数据,平均错误率为0.03%。经Trinity软件混合拼接后共得到202 570条transcripts和52 206条unigene,平均长度分别为1 826 bp和1 390 bp,最大长度均为30 853 bp。将unigene与公共数据库进行比对,得到注释的unigene为29 352条,占总数的56.22%。对unigene进行SSR检测,共检测到29 926个SSR位点,发生频率是57.32%。SSR的核苷酸基元重复数都在5次以上,主要集中在5~10次(86.27%)之间,以三核苷酸和单核苷酸重复SSR为主,所占比例分别为74.07%和15.10%,核苷酸重复基元中,以A/T (4 255,14.22%)为主,在三核苷酸重复基元中,ATC/ATG (9 496,31.73%)所占比例最高。不同温度下日本医蛭转录组基因表达量差异比较数据显示,样本间表达差异基因共1 603个。【结论】不同温度处理后日本医蛭的SSR发生频率较高,可为日本医蛭筛选分子遗传标记提供大量基础数据。 展开更多

关键词 日本医蛭 转录组 简单重复序列标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SSR标记构建叶子花品种的分子身份证 被引量：3

9

作者 郭云 郑勇奇 +3 位作者 宗亦臣 楚爱香 林富荣 黄平 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第5期640-648,共9页

以219个叶子花栽培品种为研究对象,在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增,共扩增出414条带型,平均每对引物扩增出20.7条;20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189~0.823,平均值为0.696,当P... 以219个叶子花栽培品种为研究对象,在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增,共扩增出414条带型,平均每对引物扩增出20.7条;20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189~0.823,平均值为0.696,当PIC>0.50时可以认为该引物为高度多态性信息引物;20对引物在219个品种中共检测出219个等位基因,平均每对引物检测出10.95个;20对引物在219个品种组成的群体中,其平均有效等位基因数为4.212个,平均Shannon多样性指数为1.633,平均观测杂合度为0.430。在构建叶子花品种分子身份证方面,通过SSR标记技术,根据PIC的高低选择引物组合,采用数字与英文大小写字母相结合的方法,对不同长度的扩增片段进行赋值,最终用20对引物构建了219个叶子花品种的分子身份证,并通过在线软件进一步转换成唯一可识别的品种信息二维码。叶子花品种分子身份证和信息二维码的构建,可避免出现由于品种繁多及命名混乱而导致的同名异物和同物异名的现象,促进品种知识产权保护,做到种质可追溯。 展开更多

关键词 叶子花 简单重复序列标记 分子身份证

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记的烟属植物遗传多样性分析 被引量：10

10

作者 曾建敏 陈学军 +4 位作者 吴兴富 焦芳婵 肖炳光 李永平 童治军 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第4期89-97,共9页

利用本实验室前期开发的烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记,对属于3个烟草亚属、9个组共35份野生烟草种质资源进行了遗传多样性分析。利用20对SSR引物在35份野生烟草材料中共扩增获得176个多态性条带,每对SSR引物可检测的多态性条... 利用本实验室前期开发的烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR标记,对属于3个烟草亚属、9个组共35份野生烟草种质资源进行了遗传多样性分析。利用20对SSR引物在35份野生烟草材料中共扩增获得176个多态性条带,每对SSR引物可检测的多态性条带数为2~19个,平均为8.8个。35份材料间遗传相似性系数（GS）在0.20~1.00之间,平均为0.57,表明烟属种间的遗传多样性丰富,遗传差异较大,亲缘关系较远。虽然3个亚属间的界限不明显,但在适当的遗传相似性系数条件下,除香甜烟草组外,35份野生烟草按其组可清晰地聚为7类,表明2种细胞器基因组SSR标记适合用于烟草种间进化、分类、遗传分析等方面研究。 展开更多

关键词 野生烟草 遗传多样性分析 简单序列重复标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

桑树种质资源SSR标记的遗传多样性分析 被引量：9

11

作者 彭波 胡兴明 +2 位作者 邓文 叶楚华 张鸿 《湖北农业科学》 北大核心 2010年第4期779-784,共6页

利用简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记技术分析了172个桑树品种(系)的遗传多样性,结果表明,10对SSR引物在172份材料中共检测出了67个等位变异,平均每对引物检测到6.7个等位变异,其中多态性标记为66个,多态性比率为98.... 利用简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记技术分析了172个桑树品种(系)的遗传多样性,结果表明,10对SSR引物在172份材料中共检测出了67个等位变异,平均每对引物检测到6.7个等位变异,其中多态性标记为66个,多态性比率为98.51%。利用种间的遗传相似性系数进行聚类分析,可将5个种分为三类,白桑、鲁桑、广东桑可聚为一类,山桑、瑞穗桑各为一类。其中白桑与鲁桑的亲缘关系最近,相似性系数为0.9935,山桑和瑞穗桑的亲缘关系最远,相似性系数为0.6866,这一结果与桑树形态学的分类结果大体一致。 展开更多

关键词 桑树 种质资源 简单重复序列分子标记 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

光皮桦SSR分子标记体系的建立 被引量：6

12

作者 尤卫艳 黄华宏 +2 位作者 程龙军 童再康 朱玉球 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期464-469,共6页

采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别... 采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度(max ident值)均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。 展开更多

关键词 林木育种学 光皮桦 简单重复序列(SSR)分子标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

高羊茅单株耐热性相关分子标记的筛选及其与越夏性的关系研究 被引量：10

13

作者 陈群 袁晓君 何亚丽 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期84-95,共12页

筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性... 筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性和越夏性鉴定。运用简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)和随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)分子标记技术,采用改良的集团分离分析法(modified bulked segregant analysis,BSA),从800个RAPD和100个ISSR分子标记中筛选与耐热性相关分子标记,并研究其与单株越夏性的关系。结果表明,单株的耐热性与越夏性的相关程度较低(决定系数为3.4%);引物351扩增的750bp条带(351-T750)与耐热性显著相关,而引物138扩增的950bp条带(138-T950)则与耐热性和越夏性均显著相关。可以推论,耐热性强和/或越夏性强单株材料需要分别在人工高温和夏季田间自然条件下加以鉴定筛选;351-T750可应用于耐热性强单株的辅助选择,而138-T950则可以用于耐热性强与越夏性强单株的辅助选择。 展开更多

关键词 高羊茅 耐热性 越夏性 简单重复序列区间分子标记(ISSR) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 集团分离分析法(BSA)

在线阅读 下载PDF 职称材料

华仁杏EST-SSR标记引物设计与开发 被引量：2

14

作者 秦玥 傅大立 +4 位作者 吴硕 刘梦培 朱高浦 赵罕 马履一 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期517-520,共4页

随着生物科技的进步,ESTs(表达序列标签)已经成为开发SSR(简单重复序列)标记的重要资源。本文利用NCBI公共数据库下载蔷薇科EST序列22 458条,使用SSRHunter1.3软件进行了SSR搜索,从中获得22 527条SSR,应用Primer5.0软件设计并经由Oligo... 随着生物科技的进步,ESTs(表达序列标签)已经成为开发SSR(简单重复序列)标记的重要资源。本文利用NCBI公共数据库下载蔷薇科EST序列22 458条,使用SSRHunter1.3软件进行了SSR搜索,从中获得22 527条SSR,应用Primer5.0软件设计并经由Oligo7.0软件检测,共得到61对EST-SSR引物。利用这些引物对8个华仁杏品种进行了PCR扩增及检测,得到10对能产生清晰多态性条带的EST-SSR标记,标明了10对引物的序列,为进一步开展华仁杏SSR分子标记辅助育种研究奠定了基础。 展开更多

关键词 华仁杏 EST序列(表达序列标签) SSR(简单重复序列)分子标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于ISSR标记的油茶种质资源遗传基础分析 被引量：4

15

作者 姜德志 方应有 +4 位作者 肖贤 程华 张雪花 程军勇 李琳玲 《湖北农业科学》 2018年第2期119-125,共7页

以油茶(Camellia oleifera Abel.)主产区的109个种质材料为试材,采用简单序列重复区间分子标记(ISSR)和非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,研究了这109个油茶种质材料遗传相似系数及... 以油茶(Camellia oleifera Abel.)主产区的109个种质材料为试材,采用简单序列重复区间分子标记(ISSR)和非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,研究了这109个油茶种质材料遗传相似系数及亲缘关系分析,并构建了其进化树关系。结果表明,(1)从49条ISSR引物中筛选出23条能够扩增出清晰,稳定条带的引物,23条引物共扩增出487条带,其中多态性条带有335条,多态性条带比率为68.79%;(2)应用NTSYS2.10e软件对扩增结果进行UPGMA法聚类分析,109个油茶种质材料的遗传相似系数从0.61到0.93;(3)油茶种质资源丰富,遗传相似系数在0.735时,可将109个油茶种质材料划分为11个类群。类群I包括79个种质材料,该类群在相似系数为0.75处又可划分为7个亚类群,且这些油茶种质材料间的亲缘关系较近。但由聚类分析划分的油茶类群来看,这些油茶材料的遗传背景又比较复杂,具有丰富的遗传多样性。分析结果可为油茶主产区的品种资源开发、基因资源保存、后期品种审定及鉴别提供理论依据。 展开更多

关键词 油茶(Camellia oleifera Abel.) 种质资源 简单序列重复区间标记 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于SSR标记的云南35个玉米自交系遗传多样性分析 被引量：6

16

作者 李松 施德林 +2 位作者 董云武 杨亚丽 余娇娇 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第5期732-738,共7页

【目的】合理利用国内外玉米种质资源进行玉米品种改良。【方法】利用农业标准(NY/T 1432—2014)推荐的简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)核心引物,以云南玉溪培育的35个稳定玉米自交系为研究材料进行遗传多样性分析。【结... 【目的】合理利用国内外玉米种质资源进行玉米品种改良。【方法】利用农业标准(NY/T 1432—2014)推荐的简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)核心引物,以云南玉溪培育的35个稳定玉米自交系为研究材料进行遗传多样性分析。【结果】共有20对引物在品种间存在105个多态性片段,每对引物扩增出3~9个多态性片段,平均每个引物5.25个;Nei’s遗传多样性指数为0.134~0.365,平均为0.240;Shannon’s信息指数为0.247~0.538,平均为0.385;SSR多态信息量平均值为0.644,变幅为0.482~0.832。聚类分析结果显示:遗传相似系数平均为0.704,变幅为0.505~0.962;在遗传相似系数0.650处可将35个品种聚为4大类群。【结论】35个玉米自交系遗传多样性丰富,含有杂种优势。研究结果可为云南玉溪玉米品种的选育和推广提供理论依据及实践指导。 展开更多

关键词 玉米 简单重复序列标记(SSR) 聚类分析 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用SSR分子标记初步分析广西莪术种质资源的遗传多样性 被引量：4

17

作者 杨妮 王建 《湖北农业科学》 2015年第10期2408-2411,2415,共5页

利用简单重复序列分子标记技术对广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang)种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明,筛选出的14对引物在50份广西莪术种质资源中共扩增出78个条带,其中60条呈现多态性,多态性比率为76.92%,... 利用简单重复序列分子标记技术对广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang)种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明,筛选出的14对引物在50份广西莪术种质资源中共扩增出78个条带,其中60条呈现多态性,多态性比率为76.92%,反映出广西莪术种质资源在分子水平上存在较大的差异;广西莪术不同种质资源间的差异主要由遗传因素决定,但也与环境因素有关。聚类结果将50份广西莪术种质资源分成2大类,揭示了它们之间的遗传差异,这为今后广西莪术优良品种的选育提供了依据。 展开更多

关键词 简单重复序列分子标记 广西莪术(Curcuma kwangsiensis S.G.Lee ET C.F.Liang) 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

罗田甜柿种质资源ISSR分子标记初步鉴定 被引量：3

18

作者 程华 陈小玲 +5 位作者 李琳玲 程军勇 邓先珍 张雪花 黄兵杰 程水源 《湖北农业科学》 2015年第2期370-376,共7页

分别采集湖北省罗田县、麻城市自然分布的28、8株罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb cv.Oriental persimmon)古树优系及小涩柿、无核、宝盖、秋焰甜柿优系为研究材料,利用简单重复序列间扩增分子标记(Inter simple sequence repeat,ISSR)... 分别采集湖北省罗田县、麻城市自然分布的28、8株罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb cv.Oriental persimmon)古树优系及小涩柿、无核、宝盖、秋焰甜柿优系为研究材料,利用简单重复序列间扩增分子标记(Inter simple sequence repeat,ISSR)技术对40个甜柿优系进行初步认证及亲缘关系分析。结果表明:1从21条ISSR引物中筛选出了9条能够扩增出清晰、稳定条带的引物,9条引物共扩增出185条谱带,其中多态性条带有185条,多态性条带比率为100%;2应用NTSYS2.10e软件对扩增结果进行非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,40个甜柿优系大致被分为两大类,遗传相似系数从0.39到0.92;3罗田甜柿古树基因资源丰富,每个基因型都有其独特的指纹图谱,遗传多样性高。罗田甜柿优系间的亲缘关系与地理来源有一定的相关性,麻城市与罗田县地理位置交界区域的罗田甜柿资源相对集中在A区,其他地理位置采集优系集中在B区。分析结果可为罗田甜柿种质资源开发、基因资源保存、后期品种审定及鉴别提供理论依据。 展开更多

关键词 罗田甜柿(Diospyros kaki THUNB cv.Oriental persimmon) 简单重复序列间扩增分子标记 种质资源 鉴定

在线阅读 下载PDF 职称材料

半夏SSR分子标记开发与遗传多样性 被引量：11

19

作者 张景 李晓东 +6 位作者 宗庆波 何贝贝 拉基 景纳良 王柯月 钟淑梅 舒少华 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期19-26,共8页

对半夏转录组数据进行分析,设计开发SSR引物,利用筛选出的SSR引物分析不同居群间半夏的遗传多样性,为半夏分子标记辅助育种提供支撑。结果显示:筛选出的19对多态性较高的引物在17个半夏居群中共检测到49个多态性位点,具有较高的多态性;... 对半夏转录组数据进行分析,设计开发SSR引物,利用筛选出的SSR引物分析不同居群间半夏的遗传多样性,为半夏分子标记辅助育种提供支撑。结果显示:筛选出的19对多态性较高的引物在17个半夏居群中共检测到49个多态性位点,具有较高的多态性;利用UPGMA作图共将17个半夏居群分为3个类群;通过分子方差分析(AMOVA)发现半夏居群内的变异达到88%,说明群体与群体间的差异相对较小,遗传变异主要来源于个体间;居群间平均分化系数Fst为0.124,居群间基因流Nm值为1.765,表明居群间能正常地进行基因交流,且居群间遗传分化受基因流的影响较大。本研究利用SSR技术开发的19对SSR引物在不同半夏居群间具有一定的通用性、多态性,能将17份半夏材料明确区分。 展开更多

关键词 半夏 转录组 简单重复序列分子标记 遗传多样性 居群

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于ISSR分子标记的黄花倒水莲遗传多样性分析 被引量：5

20

作者 苏秀丽 梁惠凌 +2 位作者 刘宝玉 黄夕洋 唐辉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期605-610,共6页

旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行... 旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,用11条引物共扩增得到132条条带,其中91条为多态性条带(PPB),多态性条带比例为68.94%。在物种水平上,黄花倒水莲10个居群的Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为0.1637、0.2501,表现出较高的遗传多样性,而在居群水平上,H、I的均值分别为0.0634、0.0988,表现出偏低的遗传多样性。Nei’s遗传多样性和分子方差分析(AMOVA)结果表明,黄花倒水莲的遗传变异主要发生在居群间,遗传分化程度较高(基因分化系数=0.6109,基因流=0.3185)。遗传一致度及聚类分析结果显示,黄花倒水莲各居群间的亲缘关系较近(遗传距离为0.032~0.182),与荷包山桂花居群的亲缘关系较远(遗传距离为0.428~0.536),在遗传一致度为0.630处可以将黄花倒水莲与荷包山桂花区分开,在遗传一致度为0.867处可以将10个黄花倒水莲居群分为3类。由于黄花倒水莲居群水平上的遗传多样性水平较低,今后应对黄花倒水莲野生资源进行合理利用与保护。 展开更多

关键词 黄花倒水莲 简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记 遗传多样性分析 遗传分化

在线阅读 下载PDF 职称材料