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应用简单序列重复区间扩增多态性分子标记鉴定我国12个城市与地区常见嗜尸蝇类的研究 被引量：2
1
作者 胡佳林 郑学礼 +2 位作者 王倩 陈晓光 黄勇平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期524-528,共5页
目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金... 目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomyia megacephala),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾别麻蝇(Boetthcherisca peregrina)。设计22个ISSR引物,对采集的蝇类基因组DNA进行PCR扩增,从中筛选出8个引物用于我国不同地区法医蝇类的鉴定,进行ISSR分析,用PAUP聚类分析软件绘制聚类图。结果8种ISSR引物鉴定我国部分城市与地区5种蝇类,总共扩增样品次数为121,可放大679个清晰和稳定的带,其中516个是多态性。结果表明我国不同城市与地区的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、棕尾麻蝇、黑尾麻蝇分别呈现不同带谱,不同地区的家蝇呈现种内与地域多态性的遗传带谱,而5种腐尸性蝇种间呈现完全不同的带谱,发现种特异性的片段。聚类分析结果显示:10个不同地区的家蝇聚类为一棵分枝树,细分为4个不同层次的类群,不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇的绝大多数种类聚类在一起,亦存在种内基因型与地理株的基因组DNA差异。结论应用ISSR技术,首次对我国12个城市和地区的常见嗜尸蝇类做出鉴定,揭示我国10个城市与地区的家蝇种类存在种内基因型和遗传的差异;不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇亦存在种内基因型与地理株基因组DNA的差异。 展开更多
关键词 法医昆虫 中国不同地区 嗜尸蝇 分子标记 简单序列重复区间扩增多态性
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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析
2
作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页
为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多
关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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镉胁迫对不同甜玉米自交系幼苗生长的影响及其相关简单重复序列分子标记初筛 被引量：3
3
作者 姜昊梁 黄允 +7 位作者 梁绍芳 谢梦晨 徐天成 宋芷婷 向文文 陈青春 万小荣 孙伟 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第8期1582-1590,共9页
为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单... 为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单重复序列(SSR)分子标记。结果显示,从耐镉性判断,KY188、M114A为敏感型自交系,T96-4、M3、T35和T8-1为耐受型自交系。与对照处理相比:KY188(敏感型)经过镉胁迫处理后,叶绿素含量随时间推进显著(P<0.05)降低,苗高、总根数、根长、地上部鲜重和干重、地下部鲜重和干重、总鲜重、总干重分别显著(P<0.05)降低了18.87%、24.32%、21.13%、58.86%、2.04%、33.77%、26.11%、47.11%、14.29%;T96-4(耐受型)经过镉胁迫处理后,上述指标无显著变化。通过相关性分析,共检测到9个与甜玉米苗期耐镉性状相关的SSR标记,分别位于第2、3、4、5、6、8、9、10号染色体上。 展开更多
关键词 镉胁迫 主成分分析 耐镉性 简单重复序列分子标记 甜玉米
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甜槠种群遗传多样性的简单重复序列区间初步分析 被引量：4
4
作者 金则新 李钧敏 潘冠琼 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期672-678,共7页
应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为9... 应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为98．02％．各种群多态位点百分率在60．40％～70．30％，平均为65．29％．甜槠物种水平的Shannon信息指数（I）为0．5322、Nei指数（h）为0．3597．各种群J平均为0．3635、h平均为0．2468．AMOVA分子差异分析表明，65．96％的变异存在于种群内，34．04％的变异存在于种群间，种群间的基因分化系数（GST）为0．3138．甜槠种群间的基因流（Nm）为1．0933．9个种群的平均遗传距离为0．1849，遗传距离与地理距离呈显著正相关．利用UPGMA法对9个种群进行聚类，结果显示浙江省内的8个种群聚成一类，庐山种群单独成一类． 展开更多
关键词 甜槠 遗传多样性 遗传分化 简单重复序列区间(issr)
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狼尾草属叶绿体基因组特征与分子标记开发 被引量：1
5
作者 江转转 陈红 +1 位作者 鲍红艳 代雨童 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第2期365-372,共8页
【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草... 【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草属叶绿体完整基因组序列,利用生物信息学手段分析其重复序列、密码子偏好性、多态性、共线性并开发简单重复序列(SSR)分子标记。【结果】4种狼尾草属植物的叶绿体基因组长度及GC含量都较为接近且密码子偏倚程度不高;边界扩张分析显示各区域间收缩不显著;共线性分析表明4种狼尾草植物的种间共线性较强;基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明白草P.flaccidum和御谷P.glaucum、象草P.purpureum和狼尾草P.alopecuroides的亲缘关系最近。5对SSR分子标记在狼尾草属植物中有较高的实用性,引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。SSR1、SSR3和SSR4在4种狼尾草属植物中显示出较高的保守性,SSR1的种间保守性最高。【结论】4种狼尾草叶绿体基因组较为保守,且白草与御谷、象草与狼尾草的亲缘关系最为接近,同时引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。 展开更多
关键词 狼尾草属 叶绿体基因组 分子标记 简单重复序列(SSR)
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基于SSR分子标记的新疆83个常规陆地棉品种亲缘关系分析
6
作者 牛清东 杨延龙 《中国棉花》 2025年第7期32-37,共6页
采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0... 采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0343132)对样品SSR数据位点进行两两比较,分别利用Powermarker V3.25、NTSYSpc-2.10e、Structure 2.3.4、GenALEx 6.502进行SSR多态性分析、亲缘关系分析、群体结构分析和主成分分析。结果表明,60对SSR引物共扩增出153个等位变异,平均等位变异数为2.55,平均多态性信息含量为0.32。83份品种两两比较共产生了3403个组合,差异位点范围为0~47,位点差异大于2的组合有3290个,占组合数的96.7%。亲缘关系分析、群体结构分析和主坐标分析的分类结果基本一致,83份样品被划分为2个群体pop1和pop2,pop2包含pop2A和pop2B亚群。亲缘关系分析显示,棉种样品间的相似系数在0.503~1.000,平均值为0.690,说明棉种样品间遗传背景较窄、亲缘关系较近。主坐标分析结果显示:pop1共有样品15份,均为早熟品种;pop2A共有样品52份,其中含早熟品种29份、早中熟品种23份;pop2B共有样品16份,其中有早熟品种9份、早中熟品种7份,并没有明显的地理分类特征。这些结果可为新疆棉花品种选育和管理提供参考。 展开更多
关键词 陆地棉 简单重复序列(simple repeated sequence SSR) 分子标记 亲缘关系 近似品种 群体结构分析 主成分分析 多态性
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ISSR分子标记及其在树木遗传育种研究中的应用 被引量：31
7
作者 杨玉玲 马祥庆 张木清 《亚热带农业研究》 2006年第1期18-24,共7页
在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域... 在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域存在的问题,并提出今后的研究方向。 展开更多
关键词 简单序列重复间区(issr) 分子标记 树木遗传育种
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罗田甜柿种质资源ISSR分子标记初步鉴定 被引量：3
8
作者 程华 陈小玲 +5 位作者 李琳玲 程军勇 邓先珍 张雪花 黄兵杰 程水源 《湖北农业科学》 2015年第2期370-376,共7页
分别采集湖北省罗田县、麻城市自然分布的28、8株罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb cv.Oriental persimmon)古树优系及小涩柿、无核、宝盖、秋焰甜柿优系为研究材料,利用简单重复序列间扩增分子标记(Inter simple sequence repeat,ISSR)... 分别采集湖北省罗田县、麻城市自然分布的28、8株罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb cv.Oriental persimmon)古树优系及小涩柿、无核、宝盖、秋焰甜柿优系为研究材料,利用简单重复序列间扩增分子标记(Inter simple sequence repeat,ISSR)技术对40个甜柿优系进行初步认证及亲缘关系分析。结果表明:1从21条ISSR引物中筛选出了9条能够扩增出清晰、稳定条带的引物,9条引物共扩增出185条谱带,其中多态性条带有185条,多态性条带比率为100%;2应用NTSYS2.10e软件对扩增结果进行非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,40个甜柿优系大致被分为两大类,遗传相似系数从0.39到0.92;3罗田甜柿古树基因资源丰富,每个基因型都有其独特的指纹图谱,遗传多样性高。罗田甜柿优系间的亲缘关系与地理来源有一定的相关性,麻城市与罗田县地理位置交界区域的罗田甜柿资源相对集中在A区,其他地理位置采集优系集中在B区。分析结果可为罗田甜柿种质资源开发、基因资源保存、后期品种审定及鉴别提供理论依据。 展开更多
关键词 罗田甜柿(Diospyros kaki THUNB cv.Oriental persimmon) 简单重复序列间扩增分子标记 种质资源 鉴定
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简单序列重复(SSR)及其在农作物研究中的应用 被引量：24
9
作者 李汝玉 《山东农业科学》 1999年第4期45-49,共5页
ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类... ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类、数量、分布、分离及特性分析方法，ＳＳＲ多态性的检测，ＳＳＲ在品种鉴定与检测、种质资源及育种、基因组作图等方面的研究现状作了简要叙述，并对该技术的未来发展进行了预测。 展开更多
关键词 分子标记 基因组作图 PCR 农作物 简单序列重复
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水芹SSR分子标记开发与遗传多样性分析 被引量：1
10
作者 邢啸林 陈丹 +3 位作者 况勇 徐文娟 黄然 甘德芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1285-1296,共12页
水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水... 水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水芹的遗传多样性并用非加权组平均法(UPGMA)构建系统进化树,同时用SSR扩增条带数据构建DNA指纹图谱。结果显示,共鉴定到325699个SSR位点,其中单核苷酸SSR重复单元、二核苷酸SSR重复单元、三核苷酸SSR重复单元、四核苷酸SSR重复单元、五核苷酸SSR重复单元、六核苷酸SSR重复单元的出现频率分别为33.94%、54.62%、9.31%、1.66%、0.17%、0.29%,其中二核苷酸SSR重复单元数最多,有177887个,且A/T(占比为29.98%)和AT/AT(占比为35.70%)是较丰富的重复类型。UPGMA分析结果表明,33对高多态性引物[多态信息含量(PIC)>0.25]可将55份水芹材料分为4组。利用筛选出的4对引物(Oj-084、Oj-110、Oj-112、Oj-156)可以将55份水芹材料完全区分开,并且可构建指纹图谱。研究结果可为水芹种质资源鉴定、保护及分子遗传育种提供有力依据。 展开更多
关键词 水芹 简单重复序列(SSR)分子标记 聚类分析 遗传多样性
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基于ISSR分子标记的黄花倒水莲遗传多样性分析 被引量：5
11
作者 苏秀丽 梁惠凌 +2 位作者 刘宝玉 黄夕洋 唐辉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期605-610,共6页
旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行... 旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,用11条引物共扩增得到132条条带,其中91条为多态性条带(PPB),多态性条带比例为68.94%。在物种水平上,黄花倒水莲10个居群的Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为0.1637、0.2501,表现出较高的遗传多样性,而在居群水平上,H、I的均值分别为0.0634、0.0988,表现出偏低的遗传多样性。Nei’s遗传多样性和分子方差分析(AMOVA)结果表明,黄花倒水莲的遗传变异主要发生在居群间,遗传分化程度较高(基因分化系数=0.6109,基因流=0.3185)。遗传一致度及聚类分析结果显示,黄花倒水莲各居群间的亲缘关系较近(遗传距离为0.032~0.182),与荷包山桂花居群的亲缘关系较远(遗传距离为0.428~0.536),在遗传一致度为0.630处可以将黄花倒水莲与荷包山桂花区分开,在遗传一致度为0.867处可以将10个黄花倒水莲居群分为3类。由于黄花倒水莲居群水平上的遗传多样性水平较低,今后应对黄花倒水莲野生资源进行合理利用与保护。 展开更多
关键词 黄花倒水莲 简单重复序列间扩增(issr)分子标记 遗传多样性分析 遗传分化
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基因组中的简单重复序列 被引量：2
12
作者 陈茹冰 黄原 《陕西师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第S2期16-20,共5页
简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑 动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应 环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的... 简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑 动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应 环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的编码和调控元件.启动子区域的SSR在 其基因表达中起增强子作用.由于SSR具有高度多态性,所以可作为一种良好的分子标记应用于 各个领域.目前已对果蝇、线虫、酵母等模式生物做了全基因组范围的SSR探查.这些工作提供了 大量的SSR分子标记,为其更细致广泛的应用奠定了基础.该文就SSR的特征、组成、进化机制以 及功能和应用做了介绍和探讨. 展开更多
关键词 简单重复序列 基因组 SSR 分子标记
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高羊茅单株耐热性相关分子标记的筛选及其与越夏性的关系研究 被引量：10
13
作者 陈群 袁晓君 何亚丽 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期84-95,共12页
筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性... 筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性和越夏性鉴定。运用简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)和随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)分子标记技术,采用改良的集团分离分析法(modified bulked segregant analysis,BSA),从800个RAPD和100个ISSR分子标记中筛选与耐热性相关分子标记,并研究其与单株越夏性的关系。结果表明,单株的耐热性与越夏性的相关程度较低(决定系数为3.4%);引物351扩增的750bp条带(351-T750)与耐热性显著相关,而引物138扩增的950bp条带(138-T950)则与耐热性和越夏性均显著相关。可以推论,耐热性强和/或越夏性强单株材料需要分别在人工高温和夏季田间自然条件下加以鉴定筛选;351-T750可应用于耐热性强单株的辅助选择,而138-T950则可以用于耐热性强与越夏性强单株的辅助选择。 展开更多
关键词 高羊茅 耐热性 越夏性 简单重复序列区间分子标记(issr) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 集团分离分析法(BSA)
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几种江蓠属海藻的ISSR标记分析 被引量：22
14
作者 孙雪 张学成 +4 位作者 茅云翔 刘金姐 隋正红 秦松 费修绠 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第9期89-93,共5页
用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条... 用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条可扩增出清晰可辨条带。这6条引物在7种材料中共扩增出151条带,其中117条(77.48％)表现出多态性。根据Nei等的遗传相似性系数(S)对7种材料进行分析,结果显示青岛产龙须菜与其选育种的相似性最高(S为0.939)。在3株不同产地龙须菜中,青岛龙须菜与南非龙须菜的遗传距离最近(S为0.643),委内瑞拉龙须菜与前两者的S分别为0.167和0.192,因此初步推断委内瑞拉龙须菜不属于龙须菜种。包括龙须菜(产自青岛或南非)在内的4种江蓠间的相似性系数在0～0.143之间。 展开更多
关键词 江蓠属海藻 龙须菜 issr标记 遗传多样性 遗传相似性 简单串联重复序列 DNA
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花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发 被引量：15
15
作者 林珲 李永平 +3 位作者 薛珠政 陈敏氡 朱海生 温庆放 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2019年第3期85-93,共9页
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花... 【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 展开更多
关键词 花椰菜 简单重复序列 转录组 多态性 分子标记 基因位点分析
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尖孢镰刀菌胡麻专化型(Fusarium oxysporum f.sp.lini)ISSR标记聚类分析 被引量：10
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作者 苑琳 刘姗姗 +3 位作者 路福平 李子钦 张辉 陈佩文 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期193-200,共8页
结合形态学特征和分子生物学方法对我国尖孢镰刀菌胡麻专化型菌株进行鉴定、聚类分析和遗传变异分析。结合传统分类方法和ITS序列分析,确定6省区96株菌株为尖孢镰刀菌。采用ISSR(简单重复序列区间)分子标记技术对这96株菌株进行分析,12... 结合形态学特征和分子生物学方法对我国尖孢镰刀菌胡麻专化型菌株进行鉴定、聚类分析和遗传变异分析。结合传统分类方法和ITS序列分析,确定6省区96株菌株为尖孢镰刀菌。采用ISSR(简单重复序列区间)分子标记技术对这96株菌株进行分析,12条引物共扩增出800个条带,多态率条带数为797条,多态率为99.62%;在相似性系数为0.88处,96株供试菌株被分为5个类群。聚类结果表明,胡麻枯萎病菌种内存在明显的多态性,且ISSR类群与地理来源存在相关性。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌胡麻专化型 issr(简单重复序列区间) 聚类分析 ITS
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山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较 被引量：12
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作者 李元春 沈林 曾燕如 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期505-512,共8页
以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mm... 以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mmol.L-1,脱氧核糖核苷酸(dNTPs),0.20μmol.L-1引物,2.00 mmol.L-1镁离子(Mg2+),33.34 nkat Taq DNA聚合酶,0.80 mg.L-1基因组DNA(以上均为终浓度)。反应条件为94℃预变性5 min;94℃变性30 s,35℃退火30 s,72℃延伸2 min,5个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸2 min,30个循环;72℃延伸8 min,4℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA(RAPD),简单序列重复区间(ISSR),SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。 展开更多
关键词 经济林学 山核桃 相关序列扩增多态性(SRAP) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 简单序列重复区间(issr)
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光皮桦SSR分子标记体系的建立 被引量：6
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作者 尤卫艳 黄华宏 +2 位作者 程龙军 童再康 朱玉球 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期464-469,共6页
采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别... 采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度(max ident值)均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。 展开更多
关键词 林木育种学 光皮桦 简单重复序列(SSR)分子标记
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花椰菜自交不亲和性的分子标记研究 被引量：6
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作者 宋丽娜 张赛群 +2 位作者 张丽芳 陈德海 周涵韬 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第B06期140-143,共4页
运用随机扩增多态性DNA(RAPD)和inter简单重复序列(ISSR)等分子标记技术,分别对5组花椰菜自交不亲和系和对应的自交亲和系的基因组进行指纹差异分析.采用10个10mer随机引物和5个ISSR引物进行PCR扩增,结果表明,扩增片段分子量在0.3～5kb... 运用随机扩增多态性DNA(RAPD)和inter简单重复序列(ISSR)等分子标记技术,分别对5组花椰菜自交不亲和系和对应的自交亲和系的基因组进行指纹差异分析.采用10个10mer随机引物和5个ISSR引物进行PCR扩增,结果表明,扩增片段分子量在0.3～5kb之间,指纹图谱的稳定性和重复性较好.经过3次以上重复发现,ISSR4引物扩增图谱中,自交亲和系比不亲和系多扩增出3800bp片段;ISSR6引物扩增图谱中,除第3组外,不亲和系比亲和系多扩增出1100bp片段.结果表明,花椰菜自交不亲和系与自交系基因组DNA之间存在差异,扩增出的差异片段与花椰菜自交不亲和性相关,并可作为自交不亲和系和自交亲和系育种筛选的分子标记.初步探讨了花椰菜自交不亲和性的遗传机制及RAPD和ISSR技术在自交不亲和系选育过程中的应用前景. 展开更多
关键词 自交不亲和性 花椰菜 随机扩增多态性DNA(RAPD) 自交不亲和系 分子标记技术 简单重复序列 基因组DNA 扩增图谱 PCR扩增 SSR引物 SSR技术 随机引物 差异分析 扩增片段 指纹图谱 选育过程 遗传机制 分子量 重复性 稳定性
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基于ISSR标记的油茶种质资源遗传基础分析 被引量：4
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作者 姜德志 方应有 +4 位作者 肖贤 程华 张雪花 程军勇 李琳玲 《湖北农业科学》 2018年第2期119-125,共7页
以油茶(Camellia oleifera Abel.)主产区的109个种质材料为试材,采用简单序列重复区间分子标记(ISSR)和非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,研究了这109个油茶种质材料遗传相似系数及... 以油茶(Camellia oleifera Abel.)主产区的109个种质材料为试材,采用简单序列重复区间分子标记(ISSR)和非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,研究了这109个油茶种质材料遗传相似系数及亲缘关系分析,并构建了其进化树关系。结果表明,(1)从49条ISSR引物中筛选出23条能够扩增出清晰,稳定条带的引物,23条引物共扩增出487条带,其中多态性条带有335条,多态性条带比率为68.79%;(2)应用NTSYS2.10e软件对扩增结果进行UPGMA法聚类分析,109个油茶种质材料的遗传相似系数从0.61到0.93;(3)油茶种质资源丰富,遗传相似系数在0.735时,可将109个油茶种质材料划分为11个类群。类群I包括79个种质材料,该类群在相似系数为0.75处又可划分为7个亚类群,且这些油茶种质材料间的亲缘关系较近。但由聚类分析划分的油茶类群来看,这些油茶材料的遗传背景又比较复杂,具有丰富的遗传多样性。分析结果可为油茶主产区的品种资源开发、基因资源保存、后期品种审定及鉴别提供理论依据。 展开更多
关键词 油茶(Camellia oleifera Abel.) 种质资源 简单序列重复区间标记 遗传多样性
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