镉胁迫对不同甜玉米自交系幼苗生长的影响及其相关简单重复序列分子标记初筛 被引量：3

1

作者 姜昊梁 黄允 +7 位作者 梁绍芳 谢梦晨 徐天成 宋芷婷 向文文 陈青春 万小荣 孙伟 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第8期1582-1590,共9页

为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单... 为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单重复序列(SSR)分子标记。结果显示,从耐镉性判断,KY188、M114A为敏感型自交系,T96-4、M3、T35和T8-1为耐受型自交系。与对照处理相比:KY188(敏感型)经过镉胁迫处理后,叶绿素含量随时间推进显著(P<0.05)降低,苗高、总根数、根长、地上部鲜重和干重、地下部鲜重和干重、总鲜重、总干重分别显著(P<0.05)降低了18.87%、24.32%、21.13%、58.86%、2.04%、33.77%、26.11%、47.11%、14.29%;T96-4(耐受型)经过镉胁迫处理后,上述指标无显著变化。通过相关性分析,共检测到9个与甜玉米苗期耐镉性状相关的SSR标记,分别位于第2、3、4、5、6、8、9、10号染色体上。 展开更多

关键词 镉胁迫 主成分分析 耐镉性 简单重复序列分子标记 甜玉米

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大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发 被引量：5

2

作者 刘新雨 田洁 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第9期1615-1625,共11页

为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出14... 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 展开更多

关键词 大蒜 转录组 简单重复序列标记 多态性

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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析

3

作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页

为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多

关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性

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狼尾草属叶绿体基因组特征与分子标记开发 被引量：1

4

作者 江转转 陈红 +1 位作者 鲍红艳 代雨童 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第2期365-372,共8页

【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草... 【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草属叶绿体完整基因组序列,利用生物信息学手段分析其重复序列、密码子偏好性、多态性、共线性并开发简单重复序列(SSR)分子标记。【结果】4种狼尾草属植物的叶绿体基因组长度及GC含量都较为接近且密码子偏倚程度不高;边界扩张分析显示各区域间收缩不显著;共线性分析表明4种狼尾草植物的种间共线性较强;基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明白草P.flaccidum和御谷P.glaucum、象草P.purpureum和狼尾草P.alopecuroides的亲缘关系最近。5对SSR分子标记在狼尾草属植物中有较高的实用性,引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。SSR1、SSR3和SSR4在4种狼尾草属植物中显示出较高的保守性,SSR1的种间保守性最高。【结论】4种狼尾草叶绿体基因组较为保守,且白草与御谷、象草与狼尾草的亲缘关系最为接近,同时引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。 展开更多

关键词 狼尾草属 叶绿体基因组 分子标记 简单重复序列(SSR)

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酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立 被引量：1

5

作者 马文瑞 严密 +5 位作者 刘业伟 江伟 全莉 王雪薇 武运 薛洁 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期232-238,共7页

以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分... 以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。 展开更多

关键词 酿酒葡萄品种 简单序列重复(simple SEQUENCE repeats SSR) 遗传多样性分析 分子身份证编码 荧光图谱

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简单序列重复(SSR)及其在农作物研究中的应用 被引量：24

6

作者 李汝玉 《山东农业科学》 1999年第4期45-49,共5页

ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类... ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类、数量、分布、分离及特性分析方法，ＳＳＲ多态性的检测，ＳＳＲ在品种鉴定与检测、种质资源及育种、基因组作图等方面的研究现状作了简要叙述，并对该技术的未来发展进行了预测。 展开更多

关键词 分子标记 基因组作图 PCR 农作物 简单序列重复

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光皮桦SSR分子标记体系的建立 被引量：6

7

作者 尤卫艳 黄华宏 +2 位作者 程龙军 童再康 朱玉球 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期464-469,共6页

采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别... 采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度(max ident值)均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。 展开更多

关键词 林木育种学 光皮桦 简单重复序列(SSR)分子标记

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高羊茅单株耐热性相关分子标记的筛选及其与越夏性的关系研究 被引量：10

8

作者 陈群 袁晓君 何亚丽 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期84-95,共12页

筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性... 筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性和越夏性鉴定。运用简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)和随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)分子标记技术,采用改良的集团分离分析法(modified bulked segregant analysis,BSA),从800个RAPD和100个ISSR分子标记中筛选与耐热性相关分子标记,并研究其与单株越夏性的关系。结果表明,单株的耐热性与越夏性的相关程度较低(决定系数为3.4%);引物351扩增的750bp条带(351-T750)与耐热性显著相关,而引物138扩增的950bp条带(138-T950)则与耐热性和越夏性均显著相关。可以推论,耐热性强和/或越夏性强单株材料需要分别在人工高温和夏季田间自然条件下加以鉴定筛选;351-T750可应用于耐热性强单株的辅助选择,而138-T950则可以用于耐热性强与越夏性强单株的辅助选择。 展开更多

关键词 高羊茅 耐热性 越夏性 简单重复序列区间分子标记(ISSR) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 集团分离分析法(BSA)

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不同产区黄芩SSR分子标记鉴别研究 被引量：3

9

作者 刘美娟 郑司浩 +3 位作者 赵莎 秦义杰 曾燕 王继永 《中国现代中药》 CAS 2021年第11期1876-1882,共7页

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术鉴定不同产区黄芩种质资源。方法:基于黄芩基因组数据设计SSR引物,并对来自河北、东北(辽宁、吉林地区)、内蒙古、山东、山陕(山西和陕西)地区共计5个产区的黄芩进行遗传多样性分析及聚类分析。... 目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术鉴定不同产区黄芩种质资源。方法:基于黄芩基因组数据设计SSR引物,并对来自河北、东北(辽宁、吉林地区)、内蒙古、山东、山陕(山西和陕西)地区共计5个产区的黄芩进行遗传多样性分析及聚类分析。结果:引物组合Sb2、Sb16、Sb22、Sb23、Sb26可以对产地为辽宁、吉林的黄芩进行鉴定区分;引物组合Sb21、Sb22、Sb28可以对产地为内蒙古的黄芩进行鉴定区分;引物组合Sb5、Sb13、Sb16、Sb22可以对产地为陕西、山西的黄芩进行鉴定区分。结论:研究结果可为不同产区黄芩种质资源的鉴定提供一种准确、高效的技术方法。 展开更多

关键词 黄芩 简单重复序列分子标记 遗传多样性 种质鉴定

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植物SSR分子标记技术的应用 被引量：4

10

作者 刘何 辛艳 《天津农林科技》 2015年第5期34-37,共4页

目前,植物基因组学研究中SSR标记的应用较为活跃。该种标记具有近于均匀覆盖基因组、多态性高等优点,在植物高密度遗传图谱绘制、DNA指纹图谱构建、种系纯度与亲缘关系鉴定以及植物遗传进化方面具有公认的优越性。不足之处在于位点特异... 目前,植物基因组学研究中SSR标记的应用较为活跃。该种标记具有近于均匀覆盖基因组、多态性高等优点,在植物高密度遗传图谱绘制、DNA指纹图谱构建、种系纯度与亲缘关系鉴定以及植物遗传进化方面具有公认的优越性。不足之处在于位点特异性SSR标记的建立先要根据微卫星侧翼序列进行引物设计,所以引物的高开发成本一直是非商业化物种SSR标记遗传研究的主要障碍,而且很多根据检索得到的引物的多态性效果不佳,因此寻找一种快速廉价的引物筛选方法已成为SSR应用的热点问题。这几年开发出了多种基于SSR标记的方法,如ISSR、SAMPL等。 展开更多

关键词 简单序列重复 微卫星 DNA标记 植物育种

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分子标记技术在黑麦研究中的应用 被引量：8

11

作者 尹冬冬 安调过 +1 位作者 李立会 许红星 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期477-483,共7页

黑麦(Secale cereal L.)作为小麦的近缘植物,是改良小麦抗病性、产量和品质等性状的重要基因源。分子标记技术作为分子生物学研究中极具价值的一种研究工具已被广泛用于黑麦研究。本文论述了目前分子标记技术在黑麦遗传连锁图谱构建、... 黑麦(Secale cereal L.)作为小麦的近缘植物,是改良小麦抗病性、产量和品质等性状的重要基因源。分子标记技术作为分子生物学研究中极具价值的一种研究工具已被广泛用于黑麦研究。本文论述了目前分子标记技术在黑麦遗传连锁图谱构建、有益基因定位和黑麦特异性分子标记开发应用等方面的研究进展,并分析了该技术在黑麦研究中的应用前景。 展开更多

关键词 黑麦 分子标记技术 简单重复序列 分子标记辅助选择

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川芎SSR标记开发及遗传多样性分析

12

作者 毛常清 沙秀芬 +5 位作者 陶珊 吴宇 彭芳 廖海浪 袁灿 张超 《中国现代中药》 CAS 2024年第11期1854-1866,共13页

目的:基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列(SSR)标记,对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析,为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法:基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物,筛选多态... 目的:基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列(SSR)标记,对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析,为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法:基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物,筛选多态性高的引物,对109份川芎种质资源进行遗传多样性和遗传分化分析,并在川芎及其近缘物种中进行通用性验证。结果:36对引物在109份川芎种质资源中共检测到102个等位基因位点,观测等位基因数为2.8333,期望杂合度为0.4885,Shannon's指数为0.8071,Nei基因多样性为0.4860,多态信息含量为0.4194,采集的109份川芎种质资源具有丰富的遗传多样性。基于遗传距离的聚类分析显示,在遗传相似系数为0.76处,109份川芎聚为两大类,但其与地理分布关系不大。通用性验证显示,36对SSR引物在川芎及其近缘物种中通用性较好。结论:开发的36对SSR标记能很好地揭示川芎的遗传多样性,供试109份川芎种质遗传分化小、基因流较大。 展开更多

关键词 川芎 简单重复序列标记 遗传多样性 遗传分化

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蜜蜂遗传育种新技术(二)--分子遗传标记

13

作者 薛运波 《中国蜂业》 2022年第7期27-28,共2页

分子标记技术以其共显性、多态性和准确性等优点已广泛应用于动植物的遗传学研究,常用的分子标记包括以分子杂交为基础的RFLP标记和ISH标记,以简单重复序列为基础的SSR标记、ISSR标记,以PCR为基础的RAPD标记、AFLP标记和InDel标记,以单... 分子标记技术以其共显性、多态性和准确性等优点已广泛应用于动植物的遗传学研究,常用的分子标记包括以分子杂交为基础的RFLP标记和ISH标记,以简单重复序列为基础的SSR标记、ISSR标记,以PCR为基础的RAPD标记、AFLP标记和InDel标记,以单核苷酸多态性为基础的SNP标记等。这里简单介绍几种常用的分子标记技术。 展开更多

关键词 育种新技术 简单重复序列 分子遗传标记 SSR标记 RFLP标记 单核苷酸多态性 分子标记技术 共显性

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分子标记和尾孢菌素分析方法研究阿根廷大豆紫斑病菌遗传多样性

14

作者 李雪光 Maria Cristina Lura +5 位作者 Maria Gabriela Latorre Rapela Maria Celia Vaccari Roxana Maumary Anabel Soldano Monica Mattio Ana Maria Gonzalez 《大豆科技》 2015年第1期36-36,共1页

在阿根廷由大豆紫斑病菌Cercospora kikuchii引起的叶斑和种子变紫是大豆上非常重要的病害。该研究主要进行了以下工作：1、采用内部简单序列重复（ISSR）标记和内转录间隔区r DNA序列信息方法,鉴定在圣达菲省不同大豆产区采集的大豆紫... 在阿根廷由大豆紫斑病菌Cercospora kikuchii引起的叶斑和种子变紫是大豆上非常重要的病害。该研究主要进行了以下工作：1、采用内部简单序列重复（ISSR）标记和内转录间隔区r DNA序列信息方法,鉴定在圣达菲省不同大豆产区采集的大豆紫斑病菌不同菌株间的遗传变异;2、分析不同地区大豆紫斑病菌的尾孢菌素产品,以评价该地区菌株间分子分布和毒素产品是否有关系。 展开更多

关键词 分子标记 阿根廷 尾孢菌 遗传多样性 大豆 病菌 内转录间隔区 简单序列重复

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几种江蓠属海藻的ISSR标记分析 被引量：22

15

作者 孙雪 张学成 +4 位作者 茅云翔 刘金姐 隋正红 秦松 费修绠 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第9期89-93,共5页

用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条... 用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条可扩增出清晰可辨条带。这6条引物在7种材料中共扩增出151条带,其中117条(77.48％)表现出多态性。根据Nei等的遗传相似性系数(S)对7种材料进行分析,结果显示青岛产龙须菜与其选育种的相似性最高(S为0.939)。在3株不同产地龙须菜中,青岛龙须菜与南非龙须菜的遗传距离最近(S为0.643),委内瑞拉龙须菜与前两者的S分别为0.167和0.192,因此初步推断委内瑞拉龙须菜不属于龙须菜种。包括龙须菜(产自青岛或南非)在内的4种江蓠间的相似性系数在0～0.143之间。 展开更多

关键词 江蓠属海藻 龙须菜 ISSR标记 遗传多样性 遗传相似性 简单串联重复序列 DNA

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粗柄羊肚菌转录组的SSR分布和序列特征分析 被引量：9

16

作者 刘伟 蔡英丽 何培新 《轻工学报》 CAS 2017年第2期33-39,共7页

基于第二代转录组测序技术,对采集自河南省新郑市的粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)M10菌株进行了深度转录组测序,分析了全转录组简单重复序列SSR(simple sequence repeat)分布和序列特征.结果表明:1)总计检测到13 044个SSR位点,分布在... 基于第二代转录组测序技术,对采集自河南省新郑市的粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)M10菌株进行了深度转录组测序,分析了全转录组简单重复序列SSR(simple sequence repeat)分布和序列特征.结果表明:1)总计检测到13 044个SSR位点,分布在8851条Trinity genes中,SSR在转录组序列中的平均密度为2067.77 bp/个,远高于其他真菌,其中2858条Trinity genes中包含超过1个SSR位点,复合型SSR位点1925个.2)单碱基重复基元最多,为8600个,其中A/T重复类型远高于C/G重复类型,与多数大型真菌相同;其次是三碱基重复基元,为2497个,其中ACC/GGT,AGC/CTG和AGG/CCT重复类型占60%以上,且明显以GC的高频概率出现,在SSR分子标记或其他重复序列多态性标记的开发上,可优选富含GC的SSR设计引物. 展开更多

关键词 简单重复序列 粗柄羊肚菌 遗传标记 转录组测序

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石蒜属种间杂交种的鉴定和分子身份证构建 被引量：4

17

作者 王黎 周琪 高燕会 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期562-570,共9页

【目的】鉴定石蒜属Lycoris种间杂交种F_(1)的真实性。【方法】利用荧光标记表达序列标签简单序列重复(ESTSSR)方法,构建亲本石蒜L.radiata、中国石蒜L.chinensis、换锦花L.sprengeri和石蒜-中国石蒜、石蒜-换锦花杂交种F_(1)共78个样... 【目的】鉴定石蒜属Lycoris种间杂交种F_(1)的真实性。【方法】利用荧光标记表达序列标签简单序列重复(ESTSSR)方法,构建亲本石蒜L.radiata、中国石蒜L.chinensis、换锦花L.sprengeri和石蒜-中国石蒜、石蒜-换锦花杂交种F_(1)共78个样品的分子身份证,并分析遗传关系。【结果】15对多态性强的荧光标记EST-SSR引物得到扩增条带92条,每对引物平均扩增6.13条;多态性信息量(PIC)为0.6292~1.0000,平均为0.9137。引物SSR203+SSR115对石蒜-换锦花、石蒜-中国石蒜杂交种F_(1)代的真实性鉴定率分别为96.30%和96.15%。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析表明:石蒜、中国石蒜、换锦花及其种间杂交种的遗传相似系数为0.76~0.98,在相似系数为0.77处25个亲本和53个杂交种聚为Ⅰ和Ⅱ两大类,Ⅰ类包括亲本换锦花、石蒜-换锦花杂交种,Ⅱ类包括石蒜、中国石蒜以及中国石蒜-石蒜杂交种,Ⅱ类又可分为Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc等3个亚类。利用荧光标记EST-SSR基因型编码,构建了78个石蒜属亲本及杂交种的分子身份证。【结论】荧光标记EST-SSR可用于石蒜属种间杂交种的早期鉴定。 展开更多

关键词 石蒜属 杂种鉴定 简单序列重复(SSR) 分子身份证

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燕麦D基因组特异标记开发 被引量：2

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作者 翟志文 柴国师 +3 位作者 候莎莎 剌士潇 靳艳婷 贾举庆 《农学学报》 2015年第10期88-92,共5页

为了提高燕麦分子育种的效率,旨在开发燕麦D基因组特异分子标记。先利用300条10碱基随机引物对9种燕麦种材料进行随机多态性扩增(random amplified polymorphic DNA,RAPD),扩增出燕麦D基因组特异性条带,命名为OPAB011287,经Blast比对后... 为了提高燕麦分子育种的效率,旨在开发燕麦D基因组特异分子标记。先利用300条10碱基随机引物对9种燕麦种材料进行随机多态性扩增(random amplified polymorphic DNA,RAPD),扩增出燕麦D基因组特异性条带,命名为OPAB011287,经Blast比对后发现该条带为一反转座子重复序列,根据此条带序列设计特异性引物,建立更简便稳定的SCAR标记。结果发现该SCAR标记可以准确特异的检测到9种试验材料中含有D基因组的燕麦品种,结论表明该标记可用于燕麦分子标记辅助育种,有效服务于燕麦优良品种培育。 展开更多

关键词 燕麦 D基因组 重复序列 分子标记

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微卫星DNA标记技术在养猪业中的应用 被引量：1

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作者 杨虎 徐兴莉 《猪业科学》 2011年第11期102-103,共2页

1微卫星DNA的结构 微卫星DNA又称短串联重复或简单重复序列,由侧翼序列和重复串联的核心序列2部分组成,核心序列长度一般为1～6个碱基,首尾相连组成重复串联序列[1],其中最常见的是2个碱基的双核苷酸重复,即（TG）n和（CA）n,每个微卫... 1微卫星DNA的结构 微卫星DNA又称短串联重复或简单重复序列,由侧翼序列和重复串联的核心序列2部分组成,核心序列长度一般为1～6个碱基,首尾相连组成重复串联序列[1],其中最常见的是2个碱基的双核苷酸重复,即（TG）n和（CA）n,每个微卫星DNA的核心序列结构相同, 展开更多

关键词 微卫星DNA DNA标记技术 简单重复序列 养猪业 短串联重复 应用 侧翼序列 序列长度

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基于高通量测序的日本医蛭转录组及SSR序列分析 被引量：2

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作者 余米 封孝兰 +2 位作者 周梦 张承露 曹敏 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期250-259,共10页

【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共... 【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共获得125.08 G有效数据,平均错误率为0.03%。经Trinity软件混合拼接后共得到202 570条transcripts和52 206条unigene,平均长度分别为1 826 bp和1 390 bp,最大长度均为30 853 bp。将unigene与公共数据库进行比对,得到注释的unigene为29 352条,占总数的56.22%。对unigene进行SSR检测,共检测到29 926个SSR位点,发生频率是57.32%。SSR的核苷酸基元重复数都在5次以上,主要集中在5~10次(86.27%)之间,以三核苷酸和单核苷酸重复SSR为主,所占比例分别为74.07%和15.10%,核苷酸重复基元中,以A/T (4 255,14.22%)为主,在三核苷酸重复基元中,ATC/ATG (9 496,31.73%)所占比例最高。不同温度下日本医蛭转录组基因表达量差异比较数据显示,样本间表达差异基因共1 603个。【结论】不同温度处理后日本医蛭的SSR发生频率较高,可为日本医蛭筛选分子遗传标记提供大量基础数据。 展开更多

关键词 日本医蛭 转录组 简单重复序列标记

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