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简单重复序列区间(ISSR)引物反应条件优化与筛选 被引量：153
1
作者 余艳 陈海山 葛学军 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期15-19,共5页
以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的... 以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的PCR反应条件。用100个ISSR引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的15个引物,得到121个位点,其中43个多态位点,多态位点比例为36%。 展开更多
关键词 简单重复序列 基因组 豆科 Issr 引物筛选 沙冬青
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简单序列重复(SSR)及其在农作物研究中的应用 被引量：24
2
作者 李汝玉 《山东农业科学》 1999年第4期45-49,共5页
ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类... ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类、数量、分布、分离及特性分析方法，ＳＳＲ多态性的检测，ＳＳＲ在品种鉴定与检测、种质资源及育种、基因组作图等方面的研究现状作了简要叙述，并对该技术的未来发展进行了预测。 展开更多
关键词 分子标记 基因组作图 PCR 农作物 简单序列重复
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脆蜜金柑果肉转录组SSR分布及其序列特征分析
3
作者 黄秋岚 田程飘 +3 位作者 刘功德 毛立彦 邓小红 龙凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期583-591,共9页
【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转... 【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转录组测序,高质量测序数据经严格过滤、拼接及组装后,使用MISA对转录组测序得到的Unigenes进行SSR位点检索,并分析其分布情况及序列特征。【结果】脆蜜金柑果肉转录组测序数据经质控及组装后共获得32257条Unigenes,Unigenes总长度为63342722 bp;经MISA搜索,鉴定出22447个SSR位点,分布在11119条Unigenes上,SSR发生频率为34.47%,平均分布距离为2.82 kb。在22447个SSR位点中,以单核苷酸重复类型数量最多(14002个),占62.38%;其次是二核苷酸重复类型(3949个)和三核苷酸重复类型(3980个),分别占17.59%和17.73%。从22447个SSR位点共搜索出116种重复基元种类,且以A/T、AG/CT和AT/AT这3种重复基元的数量占绝对优势(合计占73.99%);A/T是单核苷酸重复基元中的绝对优势基元,占59.41%;AG/CT是二核苷酸重复基元中的优势基元,占8.87%;AAT/ATT是三核苷酸重复基元中的优势基元,占4.55%。SSR重复基元出现频次从5次到44次均有分布,以出现频次大于10次的SSR重复基元数量最多(10395个,占46.31%),其次是出现频次为10次的SSR重复基元(4997个,占22.26%)。脆蜜金柑果肉转录组SSR位点的平均基序长度为29.63 bp,以基序长度在12~20 bp的SSR位点数量最多(12692个,占56.54%),呈中度多态性。采用Primer3设计SSR引物,共有17118个SSR位点可设计出引物,成功率为76.26%。【结论】脆蜜金柑果肉转录组SSR位点数量庞大,基元类型丰富,呈中度以上多态性,可用于开发SSR分子标记,为金柑及其他柑橘属植物的遗传图谱绘制、病害抗病分析及种质资源鉴定等研究提供技术支撑。 展开更多
关键词 脆蜜金柑 转录组 简单重复序列(ssr) 序列特征 重复基元
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简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较 被引量：9
4
作者 忻雅 方献平 +4 位作者 王淑珍 童建新 来文国 汪建荣 余红 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期278-287,共10页
利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态... 利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)值为0.6284;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.9114。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。 展开更多
关键词 草莓 简单重复序列 序列相关扩增多态性 遗传多样性
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玉米简单重复序列不对等交换的热点区域定位 被引量：1
5
作者 汤继华 马西青 +3 位作者 滕文涛 严建兵 戴景瑞 李建生 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期958-961,共4页
生物基因组中简单重复序列的多态性是同源染色体不对等交换的结果之一,因此明确不对等交换的热点区域具有重要的理论意义。利用来源于优良玉米杂交种豫玉22的一套重组近交系(RIL)群体,对其遗传组成进行了SSR标记分析,发现40个不对等交换... 生物基因组中简单重复序列的多态性是同源染色体不对等交换的结果之一,因此明确不对等交换的热点区域具有重要的理论意义。利用来源于优良玉米杂交种豫玉22的一套重组近交系(RIL)群体,对其遗传组成进行了SSR标记分析,发现40个不对等交换的SSR标记,不对等交换在群体间发生的概率介于0.34%～14.63%之间,每世代发生的频率为10-2～10-1,其中(AG)n重复的标记占发生不对等交换总标记的58.3%。有31个不对等交换标记分布于染色体上的11个热点区域,位于第9染色体以外的其他染色体上,其中第3和第5染色体上各分布2个不对等交换的热点区域。 展开更多
关键词 玉米 简单重复序列(ssr) 不对等交换 热点区域
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核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析 被引量：7
6
作者 李伟 陈怀谷 +2 位作者 张爱香 陈丽华 姜伟丽 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1154-1160,共7页
利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magna... 利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)和黑粉菌(Ustilago maydis)等几种植物病原真菌基因组中的SSRs进行了比较。结果表明:核盘菌和灰葡萄孢基因组中的SSRs非常丰富,分别为6539和8627个,并且在结构类型和分布规律上具有一定的相似性;与其他几种病原真菌相比,核盘菌和灰葡萄孢基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,从而使得这两种真菌具有更高的变异性。同时,我们发现真菌基因组中SSRs的丰度与基因组的大小及GC含量没有必然的关系。文章对核盘菌和灰葡萄孢基因组中SSRs的丰度、出现频率及最长基序的分析为快速、便捷地设计多态性丰富的SSRs引物提供了有益的信息。 展开更多
关键词 核盘菌 灰葡萄孢 简单重复序列 群体遗传学
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甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测 被引量：5
7
作者 吴静 丁勇 刘成友 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期42-47,共6页
目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2... 目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008～2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008～2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。 展开更多
关键词 时间序列 ARIMA模型 简单重复序列 甲型H1N1流感病毒 预测
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梨属植物收录序列中简单重复序列的分析 被引量：2
8
作者 易芍文 胡忠荣 +2 位作者 陈伟 高正清 李坤明 《西南农业学报》 CSCD 2004年第1期65-70,共6页
植物基因组计划使模式植物和许多重要农作物的基因组序列、表达序列数据迅速增加。利用基因库中果树表达序列标签(EST)既可用于结构、功能的分析,又可用于简单重复序列(SSR)标记的开发。本文根据目前基因库中梨的DNA收录序列,共挖掘出30... 植物基因组计划使模式植物和许多重要农作物的基因组序列、表达序列数据迅速增加。利用基因库中果树表达序列标签(EST)既可用于结构、功能的分析,又可用于简单重复序列(SSR)标记的开发。本文根据目前基因库中梨的DNA收录序列,共挖掘出300个简单重复序列。其中231个是从以EST为主的收录序列中挖掘的。这些分析为梨属资源的遗传变异、品种鉴别、基因标记及进化研究提供了重要的信息依据。 展开更多
关键词 梨 简单重复序列 基因库 收录序列
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甜槠种群遗传多样性的简单重复序列区间初步分析 被引量：4
9
作者 金则新 李钧敏 潘冠琼 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期672-678,共7页
应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为9... 应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为98．02％．各种群多态位点百分率在60．40％～70．30％，平均为65．29％．甜槠物种水平的Shannon信息指数（I）为0．5322、Nei指数（h）为0．3597．各种群J平均为0．3635、h平均为0．2468．AMOVA分子差异分析表明，65．96％的变异存在于种群内，34．04％的变异存在于种群间，种群间的基因分化系数（GST）为0．3138．甜槠种群间的基因流（Nm）为1．0933．9个种群的平均遗传距离为0．1849，遗传距离与地理距离呈显著正相关．利用UPGMA法对9个种群进行聚类，结果显示浙江省内的8个种群聚成一类，庐山种群单独成一类． 展开更多
关键词 甜槠 遗传多样性 遗传分化 简单重复序列区间(Issr)
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水稻白叶枯病菌基因组简单重复序列分析 被引量：4
10
作者 樊颖伦 吕山花 刘立科 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第20期9387-9390,共4页
［目的］分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列（simple sequence repeats，SSRs），为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息。［方法］利用开放的基因组数据库资源，对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10... ［目的］分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列（simple sequence repeats，SSRs），为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息。［方法］利用开放的基因组数据库资源，对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10331、MAFF311018和PXO99^A进行系统的比较分析，包括基因组中SSR的结构类型、分布、丰度等;并以实例解读了在应用中可能遇到的问题。［结果］在这3个白叶枯病菌菌株的基因组中，由1～6个核苷酸为基序的SSR序列分别有940、926和1 035个;平均每隔5.26、5.34和5.06 kb的距离就有1个大于15 bp的SSR序列。在1～6个核苷酸为基序的SSR序列中，数量最多的是6碱基重复，其次分别是3、5、4、2碱基重复序列，而单碱基重复数目极少。在这3个菌株的基因组中，种类丰富、变异性高的是4、5、6个核苷酸的重复基序，但等位序列上3种菌株间的基序可能不同。［结论］3种白叶枯病菌菌株的SSR在结构类型和分布规律上均具有一定的相似性。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 基因组 简单重复序列
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应用简单序列重复区间扩增多态性分子标记鉴定我国12个城市与地区常见嗜尸蝇类的研究 被引量：2
11
作者 胡佳林 郑学礼 +2 位作者 王倩 陈晓光 黄勇平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期524-528,共5页
目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金... 目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomyia megacephala),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾别麻蝇(Boetthcherisca peregrina)。设计22个ISSR引物,对采集的蝇类基因组DNA进行PCR扩增,从中筛选出8个引物用于我国不同地区法医蝇类的鉴定,进行ISSR分析,用PAUP聚类分析软件绘制聚类图。结果8种ISSR引物鉴定我国部分城市与地区5种蝇类,总共扩增样品次数为121,可放大679个清晰和稳定的带,其中516个是多态性。结果表明我国不同城市与地区的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、棕尾麻蝇、黑尾麻蝇分别呈现不同带谱,不同地区的家蝇呈现种内与地域多态性的遗传带谱,而5种腐尸性蝇种间呈现完全不同的带谱,发现种特异性的片段。聚类分析结果显示:10个不同地区的家蝇聚类为一棵分枝树,细分为4个不同层次的类群,不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇的绝大多数种类聚类在一起,亦存在种内基因型与地理株的基因组DNA差异。结论应用ISSR技术,首次对我国12个城市和地区的常见嗜尸蝇类做出鉴定,揭示我国10个城市与地区的家蝇种类存在种内基因型和遗传的差异;不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇亦存在种内基因型与地理株基因组DNA的差异。 展开更多
关键词 法医昆虫 中国不同地区 嗜尸蝇 分子标记 简单序列重复区间扩增多态性
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丁香假单胞菌基因组内简单重复序列的比较分析 被引量：2
12
作者 连玲丽 洪旭鸿 +3 位作者 郑璐平 黄碧芳 谢荔岩 林奇英 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2012年第2期150-155,共6页
【目的】分析丁香假单胞菌3个致病变种基因组内简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),为病菌SSR标记开发和遗传多样性研究提供有用信息。【方法】基于公共的基因组数据库资源,对3个菌株的完全重复SSR和不完全重复SSR的丰度和组成... 【目的】分析丁香假单胞菌3个致病变种基因组内简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),为病菌SSR标记开发和遗传多样性研究提供有用信息。【方法】基于公共的基因组数据库资源,对3个菌株的完全重复SSR和不完全重复SSR的丰度和组成类型等进行分析。【结果】3个菌株完全重复SSR的分布规律较为相似,其中单碱基的短重复SSR均占绝对优势,多碱基和长重复SSR则较少;菌株B728a、1448A和DC3000的不完全重复SSR总数也较相近,分别为562、529和567,其中数量最多的均为六碱基重复。但3个菌株以四、五和六碱基为基序的SSR在基序组成和数量上则表现出较高的变异性,完全重复SSR中,除AGCC、ACCTGC等基序在两个菌株中同时出现,绝大多数基序仅在单个菌株基因组内出现;不完全重复SSR中,部分基序如CCCTG、ACGCA等的出现频率在不同菌株间存在明显差异。【结论】3个菌株的不完全重复SSR在数量和结构类型上均具有较大的相似性,而菌株间的完全重复SSR在数量和组成上则存在一定差异。 展开更多
关键词 丁香假单胞菌 简单重复序列 基因组
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天麻简单重复序列与天麻素相关性初探 被引量：4
13
作者 王晓丽 宋聚先 +2 位作者 李宝忠 何国栋 郑伟耀 《世界科学技术-中医药现代化》 2009年第6期880-884,共5页
目的:探讨天麻遗传变异与其品质的关系、为天麻优良种质的选育提供科学途径。方法:采用简单重复序列标记技术和高效液相检测不同种质的天麻,进行相关性分析。结果:本研究特异引物产生的特异带型与天麻素含量具有一定的关系,扩增最大片段... 目的:探讨天麻遗传变异与其品质的关系、为天麻优良种质的选育提供科学途径。方法:采用简单重复序列标记技术和高效液相检测不同种质的天麻,进行相关性分析。结果:本研究特异引物产生的特异带型与天麻素含量具有一定的关系,扩增最大片段为520bp最小片段为320bp,出现单上带及双带的样品天麻素含量≥0.20%,出现单下带的样品天麻素含量约为0.20%或<0.20%。结论:本研究初步显示出现高分子量条带类型的样品天麻素含量较高,天麻SSR特异带型与天麻素含量的相关性具有进一步探讨的价值。 展开更多
关键词 天麻苷含量 简单重复序列
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简单重复序列(AAG)_5在百萨偃麦草染色体上的分布 被引量：3
14
作者 温辉芹 裴自友 任永康 《山西农业科学》 2011年第6期505-507,511,共4页
百萨偃麦草是小麦亲缘物种之一,对环境胁迫和生物胁迫具有很强的抗性,是小麦遗传改良的重要资源。为了对导入的外源染色体及片段进行有效鉴定,利用荧光原位杂交方法,研究了合成的简单重复序列(AAG)5在百萨偃麦草染色体上的分布情况。结... 百萨偃麦草是小麦亲缘物种之一,对环境胁迫和生物胁迫具有很强的抗性,是小麦遗传改良的重要资源。为了对导入的外源染色体及片段进行有效鉴定,利用荧光原位杂交方法,研究了合成的简单重复序列(AAG)5在百萨偃麦草染色体上的分布情况。结果表明,(AAG)5在百萨偃麦草上有多个位点,利用(AAG)5作探针可以将百萨偃麦草的各条染色体区分开来。 展开更多
关键词 简单重复序列 百萨偃麦草 荧光原位杂交(FISH)
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基于SSR标记的余甘子遗传多样性分析与核心种质构建
15
作者 王建超 张小艳 +2 位作者 张立杰 李韬 谢丽雪 《果树学报》 北大核心 2025年第8期1672-1686,共15页
【目的】利用SSR分子标记开展余甘子遗传多样性分析和核心种质构建研究,为余甘子种质资源保存、遗传育种和高效利用提供科学依据。【方法】利用余甘子SSR分子标记分析192份余甘子(Phyllanthus emblica Linn.)与1份近缘种小果叶下珠(P.re... 【目的】利用SSR分子标记开展余甘子遗传多样性分析和核心种质构建研究,为余甘子种质资源保存、遗传育种和高效利用提供科学依据。【方法】利用余甘子SSR分子标记分析192份余甘子(Phyllanthus emblica Linn.)与1份近缘种小果叶下珠(P.reticulatus Poir.)的遗传多样性和亲缘关系;从聚类方法、取样策略和取样比例筛选构建余甘子核心种质最佳方案,并检验其有效性。【结果】10对SSR引物在193个样本中共检测到85条多态性条带,多态信息含量0.77,余甘子遗传距离范围0~0.9583,余甘子种质资源间的遗传分化水平高,多样性丰富。经聚类分析,192份余甘子可分为3个组别,相同生态分布区的种质亲缘关系相对较近。筛选出构建余甘子核心种质最佳方案为Jaccard遗传距离+类平均法+优先取样策略+10%取样比例,经检验,构建出的初级核心种质既有效排除了原种质遗传冗余,又确保了代表性和异质性。【结论】余甘子种质资源的遗传分化水平高,遗传多样性丰富;利用余甘子SSR多样性数据构建核心种质最佳方案为Jaccard遗传距离+类平均法+优先取样策略+10%取样比例,构建包含20份余甘子的核心种质,为种质资源收集保存及创新利用提供了科学依据。 展开更多
关键词 余甘子 简单重复序列 遗传多样性 核心种质
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基于转录组序列的万寿菊SSR标记开发及应用
16
作者 郭俊伟 马雪璟 +2 位作者 陈利文 唐道城 唐楠 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第22期23-30,共8页
万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉,具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点信息,并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和... 万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉,具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点信息,并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明,转录组测序共挖掘到10 182个SSR位点,出现频率为16.07%,平均6.15 kb出现1个SSR位点。SSR位点共出现259种基序重复类型,其中三核苷酸是主要重复类型(48.51%),其次是二核苷酸(27.05%),二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元分别为AG/CT(37.22%)、ATC/ATG(28.63%)。筛选出10个多态性位点用于万寿菊资源的遗传多样性分析,平均期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为0.361、0.364。26份万寿菊材料的平均Shannon息指数(Ⅰ)、期望杂合度(He)分别为0.642、0.475,遗传距离介于0.027~0.913之间,表明供试材料的遗传多样性较丰富。非加权配对算数平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,26份万寿菊材料在相似系数0.69处可分为两大类,其中花色相同的万寿菊属品种(系)聚为一类。综上,万寿菊转录组中SSR的出现频率较高、类型丰富、多态性高,为万寿菊种质资源鉴别与利用、遗传图谱构建和分子标记辅助选择等提供了备用分子标记,研究结果为今后万寿菊核心种质的选择、新品种的选育奠定了理论基础。 展开更多
关键词 万寿菊 简单重复序列(ssr) 多态性引物 遗传多样性
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简单重复DNA序列在哺乳动物mtDNA D-loop区的分布及进化特征 被引量：6
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作者 危金普 潘学峰 +1 位作者 李红权 段斐 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期67-74,共8页
简单重复序列广泛分布于从原核到真核生物的基因组中,其形成的分子机理目前尚不明确。对NCBI数据库中已有256种哺乳动物线粒体DNA(mtDNA)D-loop区进行序列比对分析,根据其所含有的简单重复序列类型分为3组,分别是53种哺乳动物含有六核... 简单重复序列广泛分布于从原核到真核生物的基因组中,其形成的分子机理目前尚不明确。对NCBI数据库中已有256种哺乳动物线粒体DNA(mtDNA)D-loop区进行序列比对分析,根据其所含有的简单重复序列类型分为3组,分别是53种哺乳动物含有六核苷酸重复序列;104种哺乳动物含有非六核苷酸重复序列(>6bp);99种哺乳动物不含有任何重复序列。通过碱基序列分析比对,发现六核苷酸重复序列集中分布在CSB1-CSB2间隔区,而非六核苷酸重复可以分布于终止区(TAS)、中央保守区(Central domain)以及CSB(Central sequence block)区。通过比较含有重复序列与不含重复序列的功能保守区发现,简单重复序列的存在并不明确影响D-loop区内的中央保守区以及CSB1、CSB2、CSB3三个功能保守区的碱基序列保守性。在此基础上,利用N-J法构建了256种哺乳动物的进化树,分析了哺乳动物D-Loop区内重复序列在进化过程中的可能变化规律,发现简单重复序列随着物种的进化地位的升高而呈现消失趋势。 展开更多
关键词 哺乳动物 线粒体DNA D-LOOP区 简单重复序列 分子进化
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基因组中的简单重复序列 被引量：2
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作者 陈茹冰 黄原 《陕西师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第S2期16-20,共5页
简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑 动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应 环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的... 简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑 动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应 环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的编码和调控元件.启动子区域的SSR在 其基因表达中起增强子作用.由于SSR具有高度多态性,所以可作为一种良好的分子标记应用于 各个领域.目前已对果蝇、线虫、酵母等模式生物做了全基因组范围的SSR探查.这些工作提供了 大量的SSR分子标记,为其更细致广泛的应用奠定了基础.该文就SSR的特征、组成、进化机制以 及功能和应用做了介绍和探讨. 展开更多
关键词 简单重复序列 基因组 ssr 分子标记
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酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立 被引量：2
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作者 马文瑞 严密 +5 位作者 刘业伟 江伟 全莉 王雪薇 武运 薛洁 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期232-238,共7页
以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分... 以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。 展开更多
关键词 酿酒葡萄品种 简单序列重复(simple sequence repeats ssr) 遗传多样性分析 分子身份证编码 荧光图谱
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大银鱼全基因组简单重复序列标记开发及在不同生态型群体中的检验 被引量：1
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作者 唐雪梅 周彦锋 +6 位作者 方弟安 罗宇婷 张敏莹 蒋书伦 张希昭 彭飞 尤洋 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期413-423,共11页
利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 ... 利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 803 017 bp,占全基因组长度的2.53%;在6种重复类型的微卫星中,二核苷酸数量最多(401 585个,占比68.35%)。针对微卫星位点设计的99对引物中,有39对具有多态性,选择其中多态性较好的14个微卫星标记分别对大银鱼洄游型群体、陆封型群体及移植型群体中选择的1个具有代表性的群体进行检验,结果表明,多态性较好的14个微卫星标记在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增。对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析发现,洄游型群体(崇明岛群体)遗传变异丰富(平均期望杂合度为0.614、平均多态信息含量为0.576),与淡水群体[太湖群体(陆封型)和连环湖群体(移植型)]分属于2个不同的遗传群组,两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平(遗传分化指数高于0.25,P<0.05);淡水群体(太湖和连环湖群体)的遗传变异相对匮乏,2个群体间的遗传距离较小,虽存在显著的遗传分化,但遗传分化水平较低(遗传分化指数为0.102,P<0.05)。本研究结果表明,洄游型群体具有潜在的种质资源保护价值,可为后续大银鱼全基因组微卫星标记开发和遗传图谱构建等提供依据,并为后续更大范围的群体种质资源评估与管理提供参考。 展开更多
关键词 大银鱼 基因组简单重复序列 生态型群体 遗传分化
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