大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发 被引量：4

1

作者 刘新雨 田洁 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第9期1615-1625,共11页

为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出14... 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 展开更多

关键词 大蒜 转录组 简单重复序列标记 多态性

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镉胁迫对不同甜玉米自交系幼苗生长的影响及其相关简单重复序列分子标记初筛 被引量：3

2

作者 姜昊梁 黄允 +7 位作者 梁绍芳 谢梦晨 徐天成 宋芷婷 向文文 陈青春 万小荣 孙伟 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第8期1582-1590,共9页

为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单... 为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单重复序列(SSR)分子标记。结果显示,从耐镉性判断,KY188、M114A为敏感型自交系,T96-4、M3、T35和T8-1为耐受型自交系。与对照处理相比:KY188(敏感型)经过镉胁迫处理后,叶绿素含量随时间推进显著(P<0.05)降低,苗高、总根数、根长、地上部鲜重和干重、地下部鲜重和干重、总鲜重、总干重分别显著(P<0.05)降低了18.87%、24.32%、21.13%、58.86%、2.04%、33.77%、26.11%、47.11%、14.29%;T96-4(耐受型)经过镉胁迫处理后,上述指标无显著变化。通过相关性分析,共检测到9个与甜玉米苗期耐镉性状相关的SSR标记,分别位于第2、3、4、5、6、8、9、10号染色体上。 展开更多

关键词 镉胁迫 主成分分析 耐镉性 简单重复序列分子标记 甜玉米

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川芎SSR标记开发及遗传多样性分析

3

作者 毛常清 沙秀芬 +5 位作者 陶珊 吴宇 彭芳 廖海浪 袁灿 张超 《中国现代中药》 CAS 2024年第11期1854-1866,共13页

目的:基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列(SSR)标记,对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析,为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法:基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物,筛选多态... 目的:基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列(SSR)标记,对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析,为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法:基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物,筛选多态性高的引物,对109份川芎种质资源进行遗传多样性和遗传分化分析,并在川芎及其近缘物种中进行通用性验证。结果:36对引物在109份川芎种质资源中共检测到102个等位基因位点,观测等位基因数为2.8333,期望杂合度为0.4885,Shannon's指数为0.8071,Nei基因多样性为0.4860,多态信息含量为0.4194,采集的109份川芎种质资源具有丰富的遗传多样性。基于遗传距离的聚类分析显示,在遗传相似系数为0.76处,109份川芎聚为两大类,但其与地理分布关系不大。通用性验证显示,36对SSR引物在川芎及其近缘物种中通用性较好。结论:开发的36对SSR标记能很好地揭示川芎的遗传多样性,供试109份川芎种质遗传分化小、基因流较大。 展开更多

关键词 川芎 简单重复序列标记 遗传多样性 遗传分化

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光皮桦SSR分子标记体系的建立 被引量：6

4

作者 尤卫艳 黄华宏 +2 位作者 程龙军 童再康 朱玉球 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期464-469,共6页

采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别... 采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度(max ident值)均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。 展开更多

关键词 林木育种学 光皮桦 简单重复序列(SSR)分子标记

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高羊茅单株耐热性相关分子标记的筛选及其与越夏性的关系研究 被引量：10

5

作者 陈群 袁晓君 何亚丽 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期84-95,共12页

筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性... 筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记有利于建立高效育种体系。以来自于耐热性不同的12个高羊茅种质资源的216个单株为耐热性分子标记筛选的基础群体,在人工高温(40℃/35℃,昼/夜各12h)和夏季田间自然条件下分别进行了耐热性和越夏性鉴定。运用简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)和随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphism DNA,RAPD)分子标记技术,采用改良的集团分离分析法(modified bulked segregant analysis,BSA),从800个RAPD和100个ISSR分子标记中筛选与耐热性相关分子标记,并研究其与单株越夏性的关系。结果表明,单株的耐热性与越夏性的相关程度较低(决定系数为3.4%);引物351扩增的750bp条带(351-T750)与耐热性显著相关,而引物138扩增的950bp条带(138-T950)则与耐热性和越夏性均显著相关。可以推论,耐热性强和/或越夏性强单株材料需要分别在人工高温和夏季田间自然条件下加以鉴定筛选;351-T750可应用于耐热性强单株的辅助选择,而138-T950则可以用于耐热性强与越夏性强单株的辅助选择。 展开更多

关键词 高羊茅 耐热性 越夏性 简单重复序列区间分子标记(ISSR) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 集团分离分析法(BSA)

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基于高通量测序的日本医蛭转录组及SSR序列分析 被引量：1

6

作者 余米 封孝兰 +2 位作者 周梦 张承露 曹敏 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期250-259,共10页

【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共... 【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共获得125.08 G有效数据,平均错误率为0.03%。经Trinity软件混合拼接后共得到202 570条transcripts和52 206条unigene,平均长度分别为1 826 bp和1 390 bp,最大长度均为30 853 bp。将unigene与公共数据库进行比对,得到注释的unigene为29 352条,占总数的56.22%。对unigene进行SSR检测,共检测到29 926个SSR位点,发生频率是57.32%。SSR的核苷酸基元重复数都在5次以上,主要集中在5~10次(86.27%)之间,以三核苷酸和单核苷酸重复SSR为主,所占比例分别为74.07%和15.10%,核苷酸重复基元中,以A/T (4 255,14.22%)为主,在三核苷酸重复基元中,ATC/ATG (9 496,31.73%)所占比例最高。不同温度下日本医蛭转录组基因表达量差异比较数据显示,样本间表达差异基因共1 603个。【结论】不同温度处理后日本医蛭的SSR发生频率较高,可为日本医蛭筛选分子遗传标记提供大量基础数据。 展开更多

关键词 日本医蛭 转录组 简单重复序列标记

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基于SSR标记的不同粒色大麦品种(系)的遗传差异分析 被引量：1

7

作者 王楠 慕芳 +3 位作者 金子航 张园 樊瑞泉 陈升位 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第5期739-745,共7页

【目的】研究不同粒色大麦品种(系)的遗传差异,为有色籽粒大麦的品种选育奠定基础。【方法】基于大麦7条染色体上的51个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记位点,分析25份不同粒色大麦品种(系)的遗传差异。【结果】在25份参... 【目的】研究不同粒色大麦品种(系)的遗传差异,为有色籽粒大麦的品种选育奠定基础。【方法】基于大麦7条染色体上的51个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记位点,分析25份不同粒色大麦品种(系)的遗传差异。【结果】在25份参试品种(系)基因组中,51个SSR位点发生2~16个等位变异,PIC值变幅为0.491~0.922。品种(系)间的遗传相似系数变幅为0.569~0.872,其中wn6与wn16的遗传相似系数最小,wn16与wn17的遗传相似系数最大。聚类分析结果显示:3个黑色籽粒品系(wn-16、wn-17、wn-18)聚为第1类,3个紫黑色籽粒品种(wn-13、wn-14、wn-15)和6个蓝色籽粒品种(wn-20、wn-21、wn-22、wn-23、wn-24、wn-25)聚为第2类,5个褐色籽粒品种(wn-1、wn-2、wn-3、wn-4、wn-5)、3个黄色籽粒品种(wn-6、wn-7、wn-8)和4个紫色籽粒品种(wn-9、wn-10、wn-11、wn-12)聚为第3类。【结论】相同粒色的大麦品种(系)具有较高的遗传相似性,wn-6与wn-16、wn-6与wn-18、wn-1与wn-24等配对品种(系)的遗传相似系数较低,可用作有色籽粒大麦品种选育的杂交亲本。 展开更多

关键词 大麦 粒色 简单重复序列(SSR)标记 遗传差异

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基于SSR标记的云南35个玉米自交系遗传多样性分析 被引量：4

8

作者 李松 施德林 +2 位作者 董云武 杨亚丽 余娇娇 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第5期732-738,共7页

【目的】合理利用国内外玉米种质资源进行玉米品种改良。【方法】利用农业标准(NY/T 1432—2014)推荐的简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)核心引物,以云南玉溪培育的35个稳定玉米自交系为研究材料进行遗传多样性分析。【结... 【目的】合理利用国内外玉米种质资源进行玉米品种改良。【方法】利用农业标准(NY/T 1432—2014)推荐的简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)核心引物,以云南玉溪培育的35个稳定玉米自交系为研究材料进行遗传多样性分析。【结果】共有20对引物在品种间存在105个多态性片段,每对引物扩增出3~9个多态性片段,平均每个引物5.25个;Nei’s遗传多样性指数为0.134~0.365,平均为0.240;Shannon’s信息指数为0.247~0.538,平均为0.385;SSR多态信息量平均值为0.644,变幅为0.482~0.832。聚类分析结果显示:遗传相似系数平均为0.704,变幅为0.505~0.962;在遗传相似系数0.650处可将35个品种聚为4大类群。【结论】35个玉米自交系遗传多样性丰富,含有杂种优势。研究结果可为云南玉溪玉米品种的选育和推广提供理论依据及实践指导。 展开更多

关键词 玉米 简单重复序列标记(SSR) 聚类分析 遗传多样性

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不同产地野生金荞麦SSR标记鉴定 被引量：3

9

作者 赵莎 郑司浩 +5 位作者 李进瞳 刘美娟 林晖才 熊啟相 曾燕 王继永 《中国现代中药》 CAS 2021年第12期2067-2071,共5页

目的:开发简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记用于鉴定不同产地野生金荞麦种质资源。方法:基于金荞麦全基因组数据设计SSR标记引物,对来自云南、贵州、四川的野生金荞麦样本进行遗传多样性分析及聚类分析。结果:引物组合JQ... 目的:开发简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记用于鉴定不同产地野生金荞麦种质资源。方法:基于金荞麦全基因组数据设计SSR标记引物,对来自云南、贵州、四川的野生金荞麦样本进行遗传多样性分析及聚类分析。结果:引物组合JQM03、JQM04、JQM07、JQM19、JQM21可以对产地为四川的野生金荞麦进行鉴定;引物组合JQM04、JQM07、JQM19、JQM21可以对产地为贵州的野生金荞麦进行鉴定区分。结论:开发的金荞麦SSR分子标记可成功鉴定四川、贵州产地的野生金荞麦种质资源。 展开更多

关键词 金荞麦 简单重复序列标记 遗传多样性 鉴定

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不同产区黄芩SSR分子标记鉴别研究 被引量：3

10

作者 刘美娟 郑司浩 +3 位作者 赵莎 秦义杰 曾燕 王继永 《中国现代中药》 CAS 2021年第11期1876-1882,共7页

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术鉴定不同产区黄芩种质资源。方法:基于黄芩基因组数据设计SSR引物,并对来自河北、东北(辽宁、吉林地区)、内蒙古、山东、山陕(山西和陕西)地区共计5个产区的黄芩进行遗传多样性分析及聚类分析。... 目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术鉴定不同产区黄芩种质资源。方法:基于黄芩基因组数据设计SSR引物,并对来自河北、东北(辽宁、吉林地区)、内蒙古、山东、山陕(山西和陕西)地区共计5个产区的黄芩进行遗传多样性分析及聚类分析。结果:引物组合Sb2、Sb16、Sb22、Sb23、Sb26可以对产地为辽宁、吉林的黄芩进行鉴定区分;引物组合Sb21、Sb22、Sb28可以对产地为内蒙古的黄芩进行鉴定区分;引物组合Sb5、Sb13、Sb16、Sb22可以对产地为陕西、山西的黄芩进行鉴定区分。结论:研究结果可为不同产区黄芩种质资源的鉴定提供一种准确、高效的技术方法。 展开更多

关键词 黄芩 简单重复序列分子标记 遗传多样性 种质鉴定

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大顶苦瓜种质资源的遗传多样性分析与指纹图谱构建

11

作者 杨天文 王静 +5 位作者 李炯 徐彬其 程蛟文 洪宇 曹毅 崔竣杰 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期103-114,共12页

为实现对大顶苦瓜种质的快速精准鉴定,以包含主栽品种在内的26份大顶苦瓜种质为材料,通过筛选高多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心标记,对其进行聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:在苦瓜基因组6种SSR基序单元类型中... 为实现对大顶苦瓜种质的快速精准鉴定,以包含主栽品种在内的26份大顶苦瓜种质为材料,通过筛选高多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心标记,对其进行聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:在苦瓜基因组6种SSR基序单元类型中,二核苷酸SSR标记的多态性最好,适用于进一步从中筛选苦瓜SSR核心标记。在遗传相似系数0.80处,40个SSR标记将26份大顶苦瓜种质分为3个类群,第一类群包含18份种质,果形以短圆锥形为主;第二类群包含5份种质,果形以长圆锥形为主;第三类群包含3份种质,其果形与大顶苦瓜相似,但含有非大顶苦瓜种质背景。利用MC05_69594、MC04_50530、MC06_87314和MC10_146038这4个SSR核心标记可对26份大顶苦瓜种质进行有效鉴定,并为每份大顶苦瓜种质建立独特的QR编码指纹图谱,其中,1号大顶和3号大顶疑为相似材料。构建的大顶苦瓜指纹图谱可以为大顶苦瓜种质鉴定与育种利用提供科学依据。 展开更多

关键词 大顶苦瓜 简单重复序列标记 遗传多样性 种质鉴定 指纹图谱

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酿酒葡萄新品系‘黑珍珠’果实品质分析 被引量：3

12

作者 彭文婷 王雯染 +4 位作者 杨航宇 陈为凯 杨哲 何非 王军 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第11期62-69,共8页

为了研究‘黑珍珠’葡萄果实的酿酒特性,探究其亲本信息,分别利用高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spectrometry,HPLC-MS)和气相色谱-质谱(gas chromatography-mass spectrometer,GC-MS)技术分析了‘黑... 为了研究‘黑珍珠’葡萄果实的酿酒特性,探究其亲本信息,分别利用高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spectrometry,HPLC-MS)和气相色谱-质谱(gas chromatography-mass spectrometer,GC-MS)技术分析了‘黑珍珠’葡萄果实的花色苷和香气化合物的组成及含量。HPLC-MS分析结果表明,‘黑珍珠’葡萄果皮中花色苷总量为2 774.76 mg/kg mf,以花色素双葡萄糖苷为主(71.2%),推测其含有非欧亚种葡萄的血缘。GC-MS分析结果表明,‘黑珍珠’葡萄果实香气化合物以游离态与糖苷结合态形式存在,共检测到123种化合物。简单序列重复分析结果表明,在供试品种(‘贝达’、‘烟73’和‘Kolor’)中未发现‘黑珍珠’的亲本。由于‘黑珍珠’果皮花色苷的种类与含量丰富,且其单品种葡萄酒颜色深,未来可以作为酿造具有地区特色红葡萄酒的新品种或调色新品种。 展开更多

关键词 酿酒葡萄'黑珍珠’ 花色苷 挥发性香气物质 简单序列重复标记

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日本落叶松种子园群体遗传多样性评价 被引量：10

13

作者 杜超群 许业洲 孙晓梅 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期406-411,共6页

利用16个表达序列标签简单重复序列(EST-SSR)标记对日本落叶松种子园遗传多样性进行分析评价,旨在明确该种子园的遗传基础,为后期育种策略的制定和遗传改良的可持续发展提供参考依据。结果表明:群体平均有效等位基因数(Ne)为2.542,平均... 利用16个表达序列标签简单重复序列(EST-SSR)标记对日本落叶松种子园遗传多样性进行分析评价,旨在明确该种子园的遗传基础,为后期育种策略的制定和遗传改良的可持续发展提供参考依据。结果表明:群体平均有效等位基因数(Ne)为2.542,平均观测杂合度(Ho)为0.578,平均期望杂合度(He)为0.528,平均Shannon多样性指数为0.972,平均多态信息含量指数(PIC)为0.485,日本落叶松种子园遗传多样性较高;群体中大部分位点均符合哈迪-温伯格平衡(HWE),群体内近交系数(Fis)、群体总近交系数(Fit)均为负值,群体表现为轻微杂合子过量,不存在近交衰退;不同来源的5个群体遗传多样性各参数值差异不大,群体间遗传距离计算、分子方差分析和主坐标分析结果均表明群体间遗传分化非常小,主要原因在于国内各栽培区引种交流频繁。 展开更多

关键词 日本落叶松 种子园 表达序列标签 简单重复序列标记 遗传多样性

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余甘子种质资源的遗传多样性分析 被引量：7

14

作者 王建超 何银莺 +2 位作者 黄旭萍 陈发兴 郭林榕 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2021年第4期396-401,共6页

采用简单重复序列区间(ISSR)标记技术对38份余甘子种质资源和1份近缘种进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,100条通用引物共筛选出17条适用于余甘子的分子标记研究;筛选的17条ISSR引物共扩增获得136条带,其中多态性条带126条,多态... 采用简单重复序列区间(ISSR)标记技术对38份余甘子种质资源和1份近缘种进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,100条通用引物共筛选出17条适用于余甘子的分子标记研究;筛选的17条ISSR引物共扩增获得136条带,其中多态性条带126条,多态百分率为92.65%,具有丰富的遗传多样性;从聚类结果看,遗传相似系数为0.715时,可将39份供试材料分为8种类型(第1类为缅甸种,第2类为广东种,第3类为‘珍珠品系05’,第4类为泰国野生种质,第5类为云南种质,第6类为福建种质,第7类为福建种质‘山甘’,第8类为来源泰国的近缘种);福建、广东、云南3个余甘子主栽省份均表现丰富的遗传多样性,生境相似与来源相近地区的种质资源亲缘关系较近,存在明显的地域分布规律。ISSR标记可有效揭示余甘子种质资源的遗传多样性和种间亲缘关系。 展开更多

关键词 余甘子 种质资源 简单重复序列区间分子标记 遗传多样性

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九里香全长转录组测序分析

15

作者 梁细妹 梁莹 +6 位作者 韦坤华 秦双双 胡营 韦桂丽 韦筱媚 韦范 缪剑华 《中国现代中药》 CAS 2023年第7期1505-1514,共10页

目的:获得九里香Murraya exotica L.Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考。方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析。结... 目的:获得九里香Murraya exotica L.Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考。方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析。结果:共获得94435个转录本,平均长度为76476.23 bp,80583条环形一致性序列,通过聚类、校正和去冗余后最终得到108443个高质量的isoforms,其中在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt共注释了100219个isoforms,同时检测出34182个简单序列重复(SSR)位点,其中18482个单核苷酸数量占主导位置;检测了2574个转录因子,29592个长链非编码RNAs(lncRNAs)和30322个mRNAs。结论:获得了较为可靠的九里香全长转录组数据,为深入研究九里香的生长发育、相关代谢途径、功能基因利用、基原物种鉴定等提供数据参考。 展开更多

关键词 九里香 单分子实时测序技术 简单序列重复标记 功能注释

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甘蓝型油菜2009-2010年候选品种遗传多样性及群体结构 被引量：2

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作者 许鲲 谷铁城 +4 位作者 刘凤兰 李浩 陈碧云 高桂珍 伍晓明 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期142-151,共10页

利用45对SSR(简单序列重复)和5对EST(表达序列标签)-STS(序列标签位点)标记对2009-2010年度165份新育成甘蓝型冬油菜品种进行遗传多样性及群体结构分析。50个标记检测到131个多态性片段,每个标记等位变异数由1至7不等,平均为2.62,多态... 利用45对SSR(简单序列重复)和5对EST(表达序列标签)-STS(序列标签位点)标记对2009-2010年度165份新育成甘蓝型冬油菜品种进行遗传多样性及群体结构分析。50个标记检测到131个多态性片段,每个标记等位变异数由1至7不等,平均为2.62,多态性比率为95.83%,PIC均值0.519 8。165份品种在遗传相似系数0.519 0～0.938 0范围内聚类,平均为0.721 4。全部品种多样性指数Shannon(H)0.314 4,Simpson(I)0.470 3。杂交种整体多样性水平要高于常规种,细胞质不育杂交种略高于细胞核不育杂交种。4个生态区域中华东地区所育品种的两种指数最高,分别为0.314 0(H)和0.466 3(I),西北地区最低,为0.271 1(H)和0.405 9(I)。主成分(PCA)以及群体结构分析均显示细胞核不育杂交种与细胞质不育杂交种两种类型间以及中南与西北区域细胞质不育杂交种间存在遗传差异。165份材料群体结构分为8个组。组Ⅰ中质不育杂交种占50%,核不育杂交种和常规种各占近25%;组Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ、Ⅶ基本为细胞质不育杂交种;Ⅲ、Ⅴ、Ⅷ三个组以细胞核不育杂交种为主。在细胞质不育杂交种为主的组中,西北区域与中南区域育成品种存在较明显的遗传差异。细胞核不育类型品种为主的3个组显示出更为复杂的遗传背景。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 候选品种 简单序列重复(SSR)分子标记 遗传多样性 群体结构

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白及种质资源遗传多样性分析 被引量：3

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作者 王洁 朱锡彭 +4 位作者 王腾斐 朱建军 李文俊 邢丙聪 郑颖 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期321-329,共9页

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对S... 【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。【结论】本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。 展开更多

关键词 白及 遗传多样性 简单重复序列间扩增(ISSR)标记 相关序列扩增多态性(SRAP)标记

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棉花植株形态学性状遗传网络的关联分析（英文）

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作者 梅拥军 余霁雯 +6 位作者 薛昂立 范术丽 宋美珍 庞朝友 裴文锋 喻树迅 朱军 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期127-136,共10页

棉花形态性状对于棉株营养生长至关重要,同时,对其生殖生长也有着关键影响。该研究对来源于3个不同种植环境下的39个陆地棉品种材料及其178个F1组合的株高、茎秆粗、第一果节数和果枝数的遗传结构进行了剖析。关联分析采用基于混合线性... 棉花形态性状对于棉株营养生长至关重要,同时,对其生殖生长也有着关键影响。该研究对来源于3个不同种植环境下的39个陆地棉品种材料及其178个F1组合的株高、茎秆粗、第一果节数和果枝数的遗传结构进行了剖析。关联分析采用基于混合线性模型的统计方法,剖析的遗传效应包括加性效应、显性效应、上位性效应及其与环境的互作效应。结果共检测到25个数量性状SSR（simple sequence repeat,简单重复序列）位点与这4个形态学性状显著相关,总遗传率达到63.08%～78.28%;加性、显性及其与环境的互作效应是棉花形态性状遗传的重要遗传资源,直接选择显著的SSR位点可优化棉株的形态性状。 展开更多

关键词 棉花 关联分析 形态性状 上位性 简单重复序列标记

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浙江4个主要茶树群体种资源表型性状及遗传多样性分析 被引量：5

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作者 丁一 郑旭霞 +2 位作者 黄海涛 毛宇骁 赵芸 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期364-372,共9页

以分别取自当地茶园的天台、龙山、木禾及鸠坑群体材料为研究对象,通过统计及相关性分析对共330份材料的16项表型性状进行对比及遗传多样性研究,结果表明:除雌雄蕊相对高度在4个群体中均无显著性差异(雌高雄低)外,其余性状在品种间的差... 以分别取自当地茶园的天台、龙山、木禾及鸠坑群体材料为研究对象,通过统计及相关性分析对共330份材料的16项表型性状进行对比及遗传多样性研究,结果表明:除雌雄蕊相对高度在4个群体中均无显著性差异(雌高雄低)外,其余性状在品种间的差异较大,性状参数变异系数在4.46%~44.90%,平均为25.28%,其中叶片着生状态平均变异系数最大,达41.43%;以茶花为研究对象,遗传多样性较为丰富的群体为天台群体,且其在简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记下展现出较高的分子多态性;以叶为研究对象,鸠坑群体是更为理想的材料;花叶兼用则木禾群体是较优的材料,其拥有遗传多样性高的表型性状最多。此外,不同地理条件对龙山群体影响较大。总的来说,4个茶树群体表型多样性丰富且各具特异性,均具有较高的定向育种潜力。 展开更多

关键词 茶树群体 表型性状多样性 简单重复序列标记

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四十八份青花菜品种SSR指纹图谱构建 被引量：4

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作者 林朦婕 温慧萍 +1 位作者 肖建中 郑强 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第12期2304-2312,共9页

为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳... 为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳检测技术,从945对芸薹属SSR引物中筛选出20对引物作为青花菜品种的核心SSR引物。利用该套核心SSR引物在48份青花菜主要栽培品种中共扩增出等位基因位点79个,平均每对引物扩增得到等位基因与基因型数量为3.95、5.55个;引物多态性信息含量(PIC)介于0.302~0.750,平均为0.547;20对核心SSR引物的杂合度介于0.3500~0.7849,均值为0.6082。用该套核心SSR引物构建的48份青花菜品种的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可表征一个品种,该指纹图谱为青花菜品种鉴定与资源保护提供了科学依据。 展开更多

关键词 青花菜 简单重复序列标记 指纹图谱 等位基因 多态性信息含量

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