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牛FOXP2基因的单等位基因表达和DNA甲基化状态分析
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作者 郑云畅 侯睿霖 +6 位作者 梁晓贺 杨利丹 张银蛟 霍浩楠 陈玮娜 张萃 李世杰 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第9期4369-4378,共10页
旨在研究叉头框P2(forkhead box P2,FOXP2)基因在牛组织和胎盘中的单等位基因表达和DNA甲基化状态。本研究采集了2个不同时期(出生0 d犊牛和4~5岁成年牛)的健康雌性荷斯坦奶牛的组织和自然分娩的足月胎盘,通过荧光定量PCR方法分析FOXP2... 旨在研究叉头框P2(forkhead box P2,FOXP2)基因在牛组织和胎盘中的单等位基因表达和DNA甲基化状态。本研究采集了2个不同时期(出生0 d犊牛和4~5岁成年牛)的健康雌性荷斯坦奶牛的组织和自然分娩的足月胎盘,通过荧光定量PCR方法分析FOXP2基因牛6个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和大脑)和胎盘中的表达;应用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的RT-PCR产物直接测序的方法分析FOXP2基因在牛组织和胎盘中单等位基因表达状态;采用亚硫酸盐测序法对牛组织、精子和胎盘的DNA甲基化状态进行分析。结果表明,FOXP2基因在成年牛6个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和大脑)中的表达水平均高于犊牛组织。基于FOXP2基因3'非编码区的1个SNP位点(g.53771685G>A),发现FOXP2基因在犊牛的6个组织中为单等位基因表达;而在成年牛中仅大脑组织中为单等位基因表达,其余的5个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏)中为双等位基因表达;在胎盘中,FOXP2基因呈现为母源等位基因表达。FOXP2基因X1剪接体的启动子区和5'端在犊牛和成年牛组织、胎盘和精子均处于低甲基化状态。以上研究结果表明,FOXP2基因在牛胎盘中为母源等位基因表达的印记基因,而其在组织中的单等位基因表达呈现生长时期和组织特异性,基因启动子和5'端处于低甲基化状态,提示DNA甲基化未参与调控牛FOXP2基因的单等位基因表达。 展开更多
关键词 叉头框P2(FOXP2)基因 等位基因表达 DNA甲基化
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花生ahFAD2A等位基因表达变异与种子油酸积累关系 被引量:6
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作者 黄冰艳 张新友 +5 位作者 苗利娟 高伟 韩锁义 董文召 汤丰收 刘志勇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1752-1759,共8页
花生ahFAD2A是控制种子油酸、亚油酸含量和油亚比的关键基因。利用ahFAD2A基因特异引物检测远杂9102、豫花9416等52个花生品种的ahFAD2A基因等位变异,并比较其中13个品种的ahFAD2A基因序列。结果表明,花生ahFAD2A基因存在G-A两种单核苷... 花生ahFAD2A是控制种子油酸、亚油酸含量和油亚比的关键基因。利用ahFAD2A基因特异引物检测远杂9102、豫花9416等52个花生品种的ahFAD2A基因等位变异,并比较其中13个品种的ahFAD2A基因序列。结果表明,花生ahFAD2A基因存在G-A两种单核苷酸等位变异(野生型ahFAD2A-wt和突变体ahFAD2A-m)。DNA序列比对结果证实,豫花9416等10个品种(突变体)与远杂9102、延津花籽和开农白2号(野生型)相比,在ahFAD2A基因的448bp处存在核苷酸G-A突变。应用real-timePCR检测ahFAD2A等位基因在种子不同发育时期的表达动态显示,突变体豫花9416等位基因(ahFAD2A-m)在种子发育中期表达量稍高,种子发育后期表达量下降速度较野生型远杂9102(ahFAD2A-wt)更快。进一步测定豫花9416和远杂9102在种子不同发育时期的油酸、亚油酸积累和油亚比动态,发现2个品种间存在明显差异,豫花9416在籽粒发育前期油酸相对含量已超过亚油酸,油亚比大于1并逐渐增加,而远杂9102到籽粒发育中后期油酸相对含量才高于亚油酸,油亚比逐渐接近于1左右。 展开更多
关键词 花生 油酸含量 亚油酸含量 ahFAD2A 等位变异 等位基因表达变异
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等位基因结构变异及差异表达研究进展 被引量:2
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作者 吴建勇 杨光圣 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期455-460,共6页
等位基因的结构变异及差异表达在多种生物中普遍存在。等位基因差异表达对基因的表达起了很重要的调控作用,并最终可能与生物的表型多态性联系起来。但是,由于问题的复杂性和缺乏有效的技术,等位差异表达与基因表达变化乃至表型变化之... 等位基因的结构变异及差异表达在多种生物中普遍存在。等位基因差异表达对基因的表达起了很重要的调控作用,并最终可能与生物的表型多态性联系起来。但是,由于问题的复杂性和缺乏有效的技术,等位差异表达与基因表达变化乃至表型变化之间的关系至今没有解决,因此对等位差异表达在各种生物中所起的作用仍然是低估的。本文从等位基因差异表达产生的原因、其生物学意义以及检测方法等方面对目前等位基因结构变异及差异表达的研究进展做一简单介绍。 展开更多
关键词 等位基因差异表达 表型多态性 单核甘酸多态性 单倍体模型
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eQTL结合ASE分析显示帕金森病相关基因Lrrk2表达受顺式作用调控
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作者 黄嘉睿 殷冬梅 沈勤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1161-1166,共6页
富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因与家族性及散发性帕金森病(Parkinson's disease,PD)密切相关,但其作用机制仍不十分清楚.本文以单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为切入点,对其调控机制进行研究.以近交系C57BL/6J(... 富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因与家族性及散发性帕金森病(Parkinson's disease,PD)密切相关,但其作用机制仍不十分清楚.本文以单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为切入点,对其调控机制进行研究.以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠杂交1代小鼠为实验动物,借助基因表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)分析技术,结合等位基因特异性表达(allele specific expression difference,ASE)技术,验证帕金森病相关基因Lrrk2的顺式调控机制.eQTL分析显示,Lrrk2基因所在的位置有1个具有显著统计学意义(LRS值≥20)的顺式调节基因座.针对Lrrk2基因外显子区域错意突变SNP的ASE分析得出:rs50098646位点在cDNA水平上G∶A两碱基比值偏离1∶1,与gDNA水平中G∶A两碱基比值差异显著(P<0.01),表达受顺式作用调节.本研究结果表明,Lrrk2基因的表达受到顺式作用的调控. 展开更多
关键词 帕金森病 富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因 单核苷酸多态性 基因表达数量性状定位 等位基因特异性表达
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牛DSCAM基因的基因组印记和DNA甲基化状态分析 被引量:1
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作者 靳兰杰 霍浩楠 +4 位作者 张银蛟 李冬杰 陈玮娜 张萃 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期91-96,129,共7页
为鉴定牛DSCAM基因的印记状态以及DNA甲基化修饰在调控印记表达中的作用,本研究以牛胎盘和成年牛组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪和大脑)为试验材料,利用基于单核苷酸多态(SNP)的RT-PCR直接测序法分析DSCAM基因的印记状态,采用亚... 为鉴定牛DSCAM基因的印记状态以及DNA甲基化修饰在调控印记表达中的作用,本研究以牛胎盘和成年牛组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪和大脑)为试验材料,利用基于单核苷酸多态(SNP)的RT-PCR直接测序法分析DSCAM基因的印记状态,采用亚硫酸氢盐测序法分析基因启动子区的甲基化状态。结果发现,在DSCAM基因的第32个外显子上存在1个A/G杂合的SNP位点(rs136908595),利用该SNP位点区分亲本等位基因发现,在被检测的成年牛组织中,DSCAM基因为双等位基因表达;而在胎盘中DSCAM基因为母源等位基因表达。对牛DSCAM基因启动子区及第一个外显子处402 bp的CpG岛甲基化进行分析,发现在单等位基因表达的胎盘中,2条亲本链间存在差异甲基化区,而在双等位基因表达的组织中,未发现差异甲基化区。结果表明,DNA甲基化修饰参与调控牛DSCAM基因的胎盘特异性父源印记,可为深入探讨牛DSCAM基因功能和调控机制提供参考依据。 展开更多
关键词 DSCAM基因 基因组印记 等位基因表达 差异甲基化区
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