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基于三代测序技术高温和中高温大曲真菌多样性解析及酵母菌的分离鉴定 被引量:4
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作者 崔梦君 王玉荣 +4 位作者 侯强川 张海波 田龙新 叶明波 郭壮 《食品工业科技》 北大核心 2025年第2期175-183,共9页
为明确不同类型大曲真菌多样性及可培养酵母菌的差异,本研究采用三代测序技术对高温和中高温大曲的真菌类群进行了解析,并结合传统微生物纯培养方法和分子生物学技术对其蕴含的酵母菌资源进行挖掘。α多样性分析结果表明,2种类型大曲真... 为明确不同类型大曲真菌多样性及可培养酵母菌的差异,本研究采用三代测序技术对高温和中高温大曲的真菌类群进行了解析,并结合传统微生物纯培养方法和分子生物学技术对其蕴含的酵母菌资源进行挖掘。α多样性分析结果表明,2种类型大曲真菌群落丰富度和多样性上存在显著差异(P<0.05);种属分析结果表明,高温大曲主要以疏棉状嗜热霉(Thermomyces lanuginosus)为主,平均相对含量为73.81%,中高温大曲主要以多育曲霉(Aspergillus proliferans)为主,平均相对含量为52.58%;β多样性分析结果表明,高温和中高温大曲真菌群落结构存在非常显著的差异(P<0.01);LEfSe分析表明,嗜热真菌属(Thermomyces)和曲霉科(Aspergillaceae)可以分别作为高温和中高温大曲的生物标志物;纯培养技术结果表明,从10份大曲样品中共分离得到18株酵母菌,高温和中高温大曲的优势分离株均为扣囊复膜孢酵母(Saccharomycopsis fibuligera)。由此可见,高温和中高温大曲真菌多样性上存在明显差异。 展开更多
关键词 高温大曲 中高温大曲 技术 真菌类群
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靶向二代测序技术对无痰肺结核患者的诊断效能评估
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作者 杨泽亮 马子淳 +4 位作者 尚媛媛 石金 荆玮 逄宇 秦林 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第7期878-883,共6页
目的:评估靶向二代测序(targeted next generation sequencing, tNGS)技术对无痰肺结核患者的诊断效能。方法:收集2023年12月至2024年3月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例无痰肺结核患者的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar l... 目的:评估靶向二代测序(targeted next generation sequencing, tNGS)技术对无痰肺结核患者的诊断效能。方法:收集2023年12月至2024年3月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例无痰肺结核患者的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)标本,分别进行BECTEC MGIT 960液体培养(简称“培养”)、GeneXpert MTB/RIF(简称“Xpert”)和tNGS检测。分别以微生物学参考标准(microbiological reference standard, MRS)和临床参考标准(clinical reference standard, CRS)为标准,对比3种检测方法的肺结核诊断效能。结果:培养、Xpert和tNGS技术的阳性检出率分别为47.0%(70/149)、53.0%(79/149)和89.3%(133/149)。以MRS作为诊断标准,tNGS的敏感度为100.0%(81/81),与Xpert的97.5%(79/81)相比,差异无统计学意义(χ^(2)=2.025,P=0.155),高于培养的86.4%(70/81),差异有统计学意义(χ^(2)=11.801,P=0.001)。将CRS作为诊断标准后,tNGS的敏感度和特异度分别为96.3%(131/136)和84.6%(11/13),敏感度高于Xpert的59.6%(81/136)和培养的51.5%(70/136),差异均有统计学意义(χ^(2)=53.459,P<0.001;χ^(2)=70.921,P<0.001)。结论:tNGS技术对无痰肺结核患者的BALF标本具有良好的诊断效能,可以用于疑似肺结核患者的早期诊断。 展开更多
关键词 结核 支气管肺泡灌洗液 诊断技术和方法 靶向二
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基于二代测序技术的肉瘤分子特征及其在诊疗中的潜在应用 被引量:1
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作者 范晓雯 张军良 +3 位作者 高子凡 凌冬冬 施鑫 周幸 《医学研究与战创伤救治》 北大核心 2025年第3期258-262,共5页
目的对肉瘤患者的基因突变特征进行系统分析,并探索这些特征在疾病诊断、预后评估及个性化治疗中的潜在应用价值。方法使用二代测序技术(NGS)对50例肉瘤患者的肿瘤样本进行了基因组分析,重点分析了与肉瘤发生、发展相关的基因突变及其... 目的对肉瘤患者的基因突变特征进行系统分析,并探索这些特征在疾病诊断、预后评估及个性化治疗中的潜在应用价值。方法使用二代测序技术(NGS)对50例肉瘤患者的肿瘤样本进行了基因组分析,重点分析了与肉瘤发生、发展相关的基因突变及其在不同组织学亚型中的差异性。结果研究发现TP53、PTEN、CDKN2A、MYC等基因在肉瘤中突变频率较高,且不同组织学亚型的基因突变谱存在显著差异。骨肉瘤中存在大量的基因融合和拷贝数变异,特别是TP53基因的多种突变类型揭示了其复杂的突变机制,并与不良预后密切相关。RB1通路相关基因的高突变率进一步证明了其在肉瘤发生中的关键作用。此外,该队列中存在21.9%的可操作的突变基因,与先前的研究结果一致,突出了NGS检测对识别潜在可操作突变的重要个性化治疗。结论为肉瘤的分子特征提供了全面的图谱,揭示了其异质性和复杂的突变机制,为肉瘤的精准医学提供了重要基础。 展开更多
关键词 肉瘤 基因突变 技术
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基于第三代测序技术分析云南鹤庆猪肝鲊微生物多样性
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作者 王高 魏光强 《食品科学》 北大核心 2025年第13期124-132,共9页
采用第三代测序技术对猪肝鲊中细菌和真菌分别进行16S全长和内部转录间隔全长测序,分析云南鹤庆猪肝鲊中细菌和真菌多样性,并注释到种水平。猪肝鲊微生物群落呈现复杂多样性,门水平上,优势细菌和真菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)和子囊菌... 采用第三代测序技术对猪肝鲊中细菌和真菌分别进行16S全长和内部转录间隔全长测序,分析云南鹤庆猪肝鲊中细菌和真菌多样性,并注释到种水平。猪肝鲊微生物群落呈现复杂多样性,门水平上,优势细菌和真菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)和子囊菌门(Ascomycota);属水平上,优势细菌属为四联球菌属(Tetragenococcus),真菌属为米勒酵母属(Millerozyma);种水平上,优势细菌为嗜盐四联球菌(Tetragenococcus_halophilus),优势真菌为粉状米勒酵母(Millerozyma_farinosa),参与发酵的真菌种类多于细菌。由群落热图可知,ZGZ201、ZGZ202、ZGZ302样品的细菌和真菌组成最为相似。鹤庆猪肝鲊微生物群落构成以真菌为主,细菌为辅,注释出嗜盐四联球菌和粉状米勒酵母,可为后续潜在发酵菌株的筛选、发酵剂的研发以及产业发展提供参考。 展开更多
关键词 猪肝鲊 第三技术 种水平 微生物多样性
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宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值 被引量:1
5
作者 齐齐 蔡青山 +2 位作者 陈园园 周丽红 周建英 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期4-8,共5页
目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核... 目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。 展开更多
关键词 宏基因组二 结核 胸内淋巴结 诊断技术和方法 对比研究
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新一代DNA测序技术给农业育种带来革命 被引量:3
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作者 黄三文 戴小枫 +1 位作者 王俊 汪建 《生物产业技术》 2008年第2期20-25,共6页
利用新一代DNA测序技术,可以高效,廉价地测定所钉重要农业生物的荩因组序列,测定农业核心种质的展囚组序列,全面了解农作物遗传变异情况,进而大规模地签定、克隆功能基闪。基于新一代DNA测序技术的种质基因组学,将实现农业育种由... 利用新一代DNA测序技术,可以高效,廉价地测定所钉重要农业生物的荩因组序列,测定农业核心种质的展囚组序列,全面了解农作物遗传变异情况,进而大规模地签定、克隆功能基闪。基于新一代DNA测序技术的种质基因组学,将实现农业育种由经验依赖型向知识决定型的转变,给农业发展带来革命。我囤应该把握这个稍纵即逝的历史机遇,树立我国农业育种强国的地位。 展开更多
关键词 dna技术 农业生物 育种 核心种质 遗传变异 基因组学 农业发展 农作物
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基于二代测序技术的浙江畲族线粒体DNA多态性
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作者 杨琪 张静怡 +8 位作者 张晓春 夏若成 于欢 屈轶龄 王紫薇 谭睿 张素华 李成涛 高玉振 《法医学杂志》 CAS CSCD 2021年第3期358-365,共8页
目的研究线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)全基因组在浙江畲族的遗传多态性,探究畲族的母系遗传结构。方法对浙江畲族231名无关个体进行mtDNA全基因组测序,统计变异位点信息及单倍型多样性(haplotype diversity,HD)、个体识别率(disc... 目的研究线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)全基因组在浙江畲族的遗传多态性,探究畲族的母系遗传结构。方法对浙江畲族231名无关个体进行mtDNA全基因组测序,统计变异位点信息及单倍型多样性(haplotype diversity,HD)、个体识别率(discrimination power,DP)、随机匹配概率(random match probabilities,RMP)等群体遗传学参数。对浙江畲族样本mtDNA进行单倍群划分,并与中国其他9个群体进行母系遗传关系比较。结果在231例浙江畲族样本中共检测到8507个变异位点(702种),可划分为94个单倍群。HD、DP和RMP分别为0.9986、0.9942和0.0058。浙江畲族与南方汉族群体之间的遗传分化程度最小(Fst=0.00689),主成分分析及中介网络分析表明浙江畲族虽与广西瑶族、云南傣族、南方汉族遗传距离较近,但亦具有相对独特的遗传特征。结论mtDNA全基因组在浙江畲族中具有良好的遗传多态性,浙江畲族的遗传组分较为复杂多元,与广西瑶族、云南傣族、南方汉族的母系遗传关系较近,同时也保留了其独特的母系遗传成分。 展开更多
关键词 法医遗传学 多态现象 遗传 线粒体dna 畲族
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高深度全基因组测序技术的产前应用进展
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作者 孔祥东 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期861-864,共4页
全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)是一种新兴的基因检测技术,其原理为基于二代测序,使用合适的测序深度对人体基因组进行全范围的测序,分析其遗传信息,有检测类型全面、基因组覆盖度高、测序流程误差少等优点。但由于其检测... 全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)是一种新兴的基因检测技术,其原理为基于二代测序,使用合适的测序深度对人体基因组进行全范围的测序,分析其遗传信息,有检测类型全面、基因组覆盖度高、测序流程误差少等优点。但由于其检测成本较高、产出数据量大、测序数据分析复杂等特点,在临床中的实际应用仍较少,目前主要针对临床罕见病进行病因探索研究,在产前诊断领域中的应用尚不成熟。由于产前诊断领域对检测技术的准确性和时效性要求较高,产前有对胎儿遗传病进行全面筛查的需求,近年来逐渐有研究尝试在产前诊断领域使用高深度WGS作为诊断方法,以探索其是否有作为产前诊断手段的潜力及优势,本文收集了目前国内外发表的产前WGS队列研究,浅论其在产前诊断中的应用进展。 展开更多
关键词 产前诊断 罕见病 全基因组 基因检技术 队列研究 成本 WGS
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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量:15
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作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页
水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多
关键词 环境dna技术 标准化 水生生物监 宏条形码技术 宏基因组技术 edna数据库
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第四纪晚期中国大型哺乳动物古DNA研究进展 被引量:1
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作者 盛桂莲 郑铭旻 +1 位作者 肖博 袁俊霞 《遗传》 北大核心 2025年第1期46-57,共12页
从古DNA视角探讨古代生物的遗传组成已有40多年历史。自2005年开始,随着高通量测序技术平台的开发应用及对小片段DNA分子提取能力的加强,古DNA研究跨入全新的深时古基因组时代,不仅解决了诸多生物谱系系统学问题,丰富了包括人类在内的... 从古DNA视角探讨古代生物的遗传组成已有40多年历史。自2005年开始,随着高通量测序技术平台的开发应用及对小片段DNA分子提取能力的加强,古DNA研究跨入全新的深时古基因组时代,不仅解决了诸多生物谱系系统学问题,丰富了包括人类在内的多种生物的迁移、演化细节,而且启动了“全基因组-大数据-多物种”尺度研究生物对气候变化的分子响应,将古DNA研究涉及的样品年代从10万年以内拓展到近200万年前的早更新世。中国科学家近几年在东亚人群遗传演化和迁徙融合方面实现了诸多有影响力的突破,填补了现代人类演化进程中的重要“缺环”。相比而言,学界对除人类之外的脊椎动物古DNA研究关注度较低。本文回顾了第四纪晚期中国大型哺乳动物古DNA研究系列进展,分别总结了相关研究在揭示古代群体与现生群体的系统演化关系、古哺乳动物基因交流、动物种群对气候变化的分子响应等方面的研究突破,并对中国哺乳动物古基因组领域面临的机遇和挑战进行了展望。 展开更多
关键词 dna 第四纪晚期 哺乳动物 分子演化
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DNA测序技术的发展历史与最新进展 被引量:48
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作者 解增言 林俊华 +1 位作者 谭军 舒坤贤 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期64-70,共7页
DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每... DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每一代测序技术的特点,并重点介绍了第二代测序技术及其应用。展望新的测序技术对于未来生物学研究及人们自身健康与人类疾病等方面研究的影响。 展开更多
关键词 第一dna技术 第二dna技术 第三dna技术 高通量 单分子
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DNA测序技术及其应用研究进展 被引量:17
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作者 刘朋虎 林冬梅 +1 位作者 林占熺 李晶 《福建农业学报》 CAS 2012年第10期1130-1133,共4页
本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大... 本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大规模测序的需要。第二代测序技术以高通量、低成本为主要特点,主要包括Illumina公司的Solexa测序技术、罗氏公司的454测序技术和ABI公司的SOLiD测序技术,目前已广泛应用于生命科学研究的各个领域。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已经初见端倪,但是还没有被大规模广泛应用。 展开更多
关键词 dna技术 第二技术 第三技术 高通量 基因组学
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第二代测序技术的发展及应用 被引量:27
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作者 张丁予 章婷曦 王国祥 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期96-102,共7页
基于双脱氧核苷酸末端终止测序法的第一代测序技术,由于其通量低、成本高的缺点,逐步被第二代测序技术取代。基于高通量测序的第二代测序技术由于其通量大、可定量、成本低廉的优点,在各个领域方面的研究越来越广泛。该文首先详细介绍了... 基于双脱氧核苷酸末端终止测序法的第一代测序技术,由于其通量低、成本高的缺点,逐步被第二代测序技术取代。基于高通量测序的第二代测序技术由于其通量大、可定量、成本低廉的优点,在各个领域方面的研究越来越广泛。该文首先详细介绍了以454测序、Solexa测序和SOLiD测序为代表的第二代高通量测序技术的原理、方法,并将以这3种测序方法为基础构建的3种测序平台的优缺点、适用研究对象、测序精确度等进行了对比总结,然后对第二代测序技术目前在土壤、沉积物、人体、海洋和污水方面等领域的应用情况进行了介绍。最后,对第三代测序技术的发展作了相应展望。 展开更多
关键词 第二技术 土壤 沉积物 人体 海洋 污水
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快速低成本全基因组DNA测序技术 被引量:10
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作者 陆祖宏 吕华 +1 位作者 肖鹏峰 白云飞 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期182-186,190,共6页
人类个体的全基因组序列信息,是最为重要的生物医学信息,是实现未来个体化医疗的基础;实现个体全基因组DNA序列的快速低成本检测,是人类基因组计划完成后又一个重要的技术挑战。对该技术当前的发展现状进行回顾和分析,预计在不长的时间... 人类个体的全基因组序列信息,是最为重要的生物医学信息,是实现未来个体化医疗的基础;实现个体全基因组DNA序列的快速低成本检测,是人类基因组计划完成后又一个重要的技术挑战。对该技术当前的发展现状进行回顾和分析,预计在不长的时间内人类个体全基因组的测序成本能够降低到1万元人民币以下。 展开更多
关键词 全基因组 个体化医疗 功能基因组学 快速dna技术
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应用DNA测序技术检测血友病B患者FⅨ基因突变 被引量:12
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作者 张媛 杨林花 +4 位作者 陆晔玲 丁秋兰 王学锋 刘秀娥 侯丽虹 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2009年第2期476-478,共3页
为了研究3名中国汉族非亲缘系血友病B患者凝血因子Ⅸ(FⅨ)基因突变的类型,常规检测患者血浆APTT及FⅨ∶C,进行表型诊断;抽提患者外周血白细胞基因组DNA,应用PCR技术分8段扩增FⅨ基因外显子序列,用双脱氧终止法检测核酸序列。结果表明:... 为了研究3名中国汉族非亲缘系血友病B患者凝血因子Ⅸ(FⅨ)基因突变的类型,常规检测患者血浆APTT及FⅨ∶C,进行表型诊断;抽提患者外周血白细胞基因组DNA,应用PCR技术分8段扩增FⅨ基因外显子序列,用双脱氧终止法检测核酸序列。结果表明:与正常对照者相比,HB患者APTT测定值明显升高,FⅨ∶C测定值明显降低,PT测定值正常。测序结果显示3例HB患者均有相应的基因序列改变,患者1有外显子6G22119A点突变,患者2有外显子1G7932C点突变,患者3有外显子T32685C点突变。结论:3例HB患者均检测到相应的基因序列改变,这为HB患者基因缺陷的分子机制提供了证据。 展开更多
关键词 血友病B 凝血因子Ⅸ 基因突变 dna技术
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宏基因二代测序技术对脊柱感染的诊断效率及预后的影响 被引量:8
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作者 郭超峰 张广 +7 位作者 胡小江 徐东宬 唐博 张宏其 唐明星 刘少华 李艳冰 高琪乐 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期865-871,共7页
目的:脊柱感染是一种比较少见且治疗棘手的感染性疾病。由于经验性使用抗生素使多重耐药菌感染发生率增加,同时检测技术进步导致检出率增加,因此脊柱感染的发病率呈上升趋势。传统检测方法诊断脊柱感染存在敏感性低和耗时长等局限性。... 目的:脊柱感染是一种比较少见且治疗棘手的感染性疾病。由于经验性使用抗生素使多重耐药菌感染发生率增加,同时检测技术进步导致检出率增加,因此脊柱感染的发病率呈上升趋势。传统检测方法诊断脊柱感染存在敏感性低和耗时长等局限性。在脊柱感染的临床诊疗中,判断病原体的类型从而有针对性地使用抗生素一直是重点和难点。许多患者在脊柱感染早期因传统检测方法的局限性不能得到快速精准的诊断,造成诊断延迟,错过最佳治疗时间,给患者带来灾难性后果。临床上急需一种高特异度、高灵敏度、耗时少的检测脊柱感染病原体的技术。宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)是近几年新兴的前沿技术,其可以检测样本中已知的所有病原体,已应用于诊断临床上非典型的、罕见的感染性疾病。本研究旨在分析mNGS技术在脊柱感染术后诊断病原体中的敏感度,以及其对预后的影响。方法:回顾性分析2019年1月至2021年12月中南大学湘雅医院收治的82例脊柱感染患者的临床资料,术前检测其外周血C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)、红细胞沉降率(erythrocyte sedimentation rate,ESR)、降钙素原(procalcitonin,PCT),在术中取得患者病灶组织标本,并进行微生物培养、组织病理学检查和mNGS检测。根据mNGS检测结果,将82例患者分为针对用药组(n=71)和经验用药组(n=11)。术后定期随访,根据病理学及病原学检查结果,评价m NGS检测脊柱感染病原体的敏感度及其对预后的影响。结果:mNGS检测脊柱感染病原体的阳性率(86.59%,71/82)显著高于微生物培养(18.99%,15/79)和PCT检测(30.23%,13/43)。针对用药组与经验用药组的术前体温、白细胞计数、中性粒细胞比值和入院视觉模拟评分差异均无统计学意义(均P>0.05);术前是否使用抗生素对mNGS检测结果和微生物培养结果阳性率无明显影响(P=0.681)。针对用药组患者的术后CRP、ESR呈下降趋势;术后30 d,针对用药组的ESR较经验用药组明显下降(P=0.044)。结论:相比于微生物培养和PCT检测,mNGS检测脊柱感染病原体的敏感度更高;与经验用药相比,根据mNGS检测结果针对性使用抗生素的患者预后更好。 展开更多
关键词 宏基因二技术 脊柱感染 诊断 预后
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二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用 被引量:9
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作者 高阳 薛大伟 +1 位作者 钱前 高振宇 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期208-214,共7页
二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包... 二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因组学研究提供了新的研究方法和解决方案。概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包括结构基因组学和功能基因组学以及转录组学研究中的应用,并就当前测序技术的发展趋势作了展望。 展开更多
关键词 技术 水稻 基因组学 转录组学
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超声组织快速处理技术对小活检组织二代测序质控参数的影响 被引量:10
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作者 石晨曦 李秀明 +3 位作者 陈志 黄山 朱卫东 郭凌川 《临床与实验病理学杂志》 CAS 北大核心 2023年第1期112-114,共3页
目的探讨超声组织快速处理技术对小活检组织二代测序(next-generation sequencing,NGS)相关质控参数的影响。方法收集苏州大学附属第一医院2019年9月~2022年6月采用超声快速系统处理的26例小活检标本,其中肺癌8例,淋巴瘤15例,肠癌3例;... 目的探讨超声组织快速处理技术对小活检组织二代测序(next-generation sequencing,NGS)相关质控参数的影响。方法收集苏州大学附属第一医院2019年9月~2022年6月采用超声快速系统处理的26例小活检标本,其中肺癌8例,淋巴瘤15例,肠癌3例;另收集82例采用传统常规组织处理程序处理的小活检标本作为对照,其中肺癌11例,淋巴瘤68例,肠癌3例。HE切片肿瘤组织占比评估合格后提取DNA进行NGS检测,分析两者病理质控、抽提质控、建库质控、上机质控及数据分析质控等的一致性。结果与传统常规组织处理程序相比,使用超声快速处理技术处理的小活检标本DNA片段降解程度相对较高,预文库总量、平均测序深度、文库多样性、插入片段长度、覆盖均一性、序列回贴比率、碱基质量Q30占比等质控参数结果相近。结论超声组织快速处理技术能够高效地缩短组织处理时间,可应用于小活检组织NGS检测的前期处理。 展开更多
关键词 超声组织快速处理技术 小活检组织 质量控制
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宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值 被引量:10
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作者 姚黎明 姚晓伟 +3 位作者 董昭良 刘丰胜 王连波 贾晨光 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2023年第3期292-296,共5页
目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关... 目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料,按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准,比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ^(2)=7.575,P=0.015;χ^(2)=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准,mNGS诊断髋/膝关节结核的敏感度[93.8%(15/16)]、阴性预测值[94.7%(18/19)]和Kappa值(0.942)均明显高于常规培养[分别为25.0%(4/16)、60.0%(18/30)和0.260]和MTB-DNA扩增检测[分别为50.0%(8/16)、69.2%(18/26)和0.515],但3种检测方法的特异度和阳性预测值均为100.0%。结论:mNGS技术可有效检出髋/膝关节感染性疾病病原菌,在关节结核诊断中具有更高的诊断效能,可提供重要临床指导。 展开更多
关键词 结核 骨关节 宏基因组二 诊断技术和方法 对比研究
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应用二代测序技术排除PCR-SBT零错配的HLA-C基因型 被引量:4
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作者 钟艳平 陈浩 +1 位作者 周丹 邹红岩 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1213-1218,共6页
目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT... 目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT分型结果分别为HLA-C*03:04,HLA-C*12:167;HLA-C*07:291,HLA-C*15:02;HLA-C*01:43,HLA-C*08:16;除HLA-C*03:04、HLA-C*15:02为HLA常见等位基因,其他等位基因均不在中国常见及确认HLA等位基因CWD表(2.3版本)中。NGS全长测序发现3例样本HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,3个新等位基因分别在第6、2、4外显子存在一个碱基突变。新鉴定的等位基因序列已提交给Genbank数据库(MK629722、MK335474、MK641803),被WHO HLA命名委员会正式命名为HLA-C*03:04:74、HLA-C*15:192、HLA-C*08:01:25。3例样本的HLA高分辨分型结果应该为HLA-C*03:04:74,12:03;HLA-C*07:02,15:192;HLA-C*01:02,08:01:25。结论:HLA分型结果中含有罕见等位基因的零错配结果应谨慎对待,须通过NGS或克隆等方法对全长序列加以复核确认。本实验室通过加做NGS最终确认3例PCR-SBT零错配的HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,为临床移植配型提供了准确依据,丰富了人类HLA遗传数据库。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 新等位基因 聚合酶链反应-分型法 技术
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