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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析
被引量：
8
1
作者
贾小勇
杨光友
+1 位作者
古小彬
赖松家
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别...
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。
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关键词
痒螨
痒螨株
分类地位
兔
水牛
第二
内部
转录
间隔
区
(
its-
2)
系统发育
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职称材料
基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定
被引量：
14
2
作者
高婷
姚辉
陈士林
《世界科学技术-中医药现代化》
2011年第2期418-423,共6页
本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序，并运用MEGA软件对该区进行序列分析，比较了ITS2碱基序列的差异及其规律，同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小，而与其主...
本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序，并运用MEGA软件对该区进行序列分析，比较了ITS2碱基序列的差异及其规律，同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小，而与其主要混伪品间存在较大的变异，差异性范围为5．7％～35．3％。根据ITS2序列特征构建的系统树，药材藁本的样品紧密的聚在一起，和其混伪品可以明确区分，支持率为100％。此外，ITS2的二级结构可作为鉴定药材藁本及混伪品种的一个方法，具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明rDNA ITS2序列分析可作为药材藁本与混伪品的一种有效的分子鉴定方法，具有重要的应用价值。
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关键词
藁本
混伪品
核糖体DNA
第二
内
转录
间隔
区
(rDNA
ITS
2
)
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职称材料
用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分
被引量：
1
3
作者
陈雪贞
李兆雯
+1 位作者
吴新
芦春斌
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期94-100,共7页
日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、...
日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、芥末和辣根,为该技术应用于芥辣类产品质量检测提供参考。以3种植物材料(山葵、辣根、白芥末)为实验材料,提取基因组DNA,通过引物ITS2S2进行PCR扩增得到ITS2片段,测序结果通过生物信息学分析进行物种鉴定。MEGA7.0(Molecular evolutionary genetics analysis)分析ITS2序列结果表明,山葵、白芥末和辣根K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离在0.088~0.171,均大于0.01,种间变异位点有36个,初步推断利用ITS2序列能将山葵、白芥末和辣根3物种区分开来。另外,GenBank中获得山葵以及近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的ITS2序列,MEGA7.0进行种间序列分析,计算K2P,并用邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建进化树,山葵与近亲西北山嵛菜聚为一支,棕芥末与白芥末、黑芥末聚为一大支,而辣根单独为一支。通过分析ITS2序列,发现山葵与近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的种间K2P遗传距离在0.030~0.105,均大于0.01。研究表明,利用ITS2技术可以鉴别山葵、辣根和芥末等近缘物种,此技术可以用于芥辣类调味品特定原料成分鉴定及定量,为食品质量控制和食品安全提供科学依据。
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关键词
山葵
辣根
芥末
内部
转录
间隔
区
Ⅱ(ITS2)
物种鉴定
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职称材料
题名
兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析
被引量：
8
1
作者
贾小勇
杨光友
古小彬
赖松家
机构
四川农业大学动物医学院
四川农业大学动物科技学院
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第5期545-550,共6页
基金
四川省学术带头人培养基金资助项目(SS-035)
文摘
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。
关键词
痒螨
痒螨株
分类地位
兔
水牛
第二
内部
转录
间隔
区
(
its-
2)
系统发育
Keywords
Psoroptes
Psoroptes isolates
taxonomic status
rabbit
buffalo
second internal transcribedspacer （
its-
2
）
phylogeny
分类号
S187 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定
被引量：
14
2
作者
高婷
姚辉
陈士林
机构
青岛农业大学生命科学学院
中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所
出处
《世界科学技术-中医药现代化》
2011年第2期418-423,共6页
基金
卫生部卫生行业科研专项(200802043):药用植物DNA barcoding(条形码)鉴定研究
负责人:陈士林
文摘
本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序，并运用MEGA软件对该区进行序列分析，比较了ITS2碱基序列的差异及其规律，同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小，而与其主要混伪品间存在较大的变异，差异性范围为5．7％～35．3％。根据ITS2序列特征构建的系统树，药材藁本的样品紧密的聚在一起，和其混伪品可以明确区分，支持率为100％。此外，ITS2的二级结构可作为鉴定药材藁本及混伪品种的一个方法，具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明rDNA ITS2序列分析可作为药材藁本与混伪品的一种有效的分子鉴定方法，具有重要的应用价值。
关键词
藁本
混伪品
核糖体DNA
第二
内
转录
间隔
区
(rDNA
ITS
2
)
Keywords
Ligustici Rhizoma et Radix, adulterant, second internal transcribed spacer of ribosomal DNA （rDNA ITS
2
）
分类号
R384.1 [医药卫生—医学寄生虫学]
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职称材料
题名
用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分
被引量：
1
3
作者
陈雪贞
李兆雯
吴新
芦春斌
机构
暨南大学生命科学技术学院
珠海天禾食品有限公司
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期94-100,共7页
基金
暨南大学联合培养研究生示范基地项目(82619149)
暨南大学山葵和辣根分子标记筛选及其在加工产品中的定量检测技术研究项目(40118137)。
文摘
日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、芥末和辣根,为该技术应用于芥辣类产品质量检测提供参考。以3种植物材料(山葵、辣根、白芥末)为实验材料,提取基因组DNA,通过引物ITS2S2进行PCR扩增得到ITS2片段,测序结果通过生物信息学分析进行物种鉴定。MEGA7.0(Molecular evolutionary genetics analysis)分析ITS2序列结果表明,山葵、白芥末和辣根K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离在0.088~0.171,均大于0.01,种间变异位点有36个,初步推断利用ITS2序列能将山葵、白芥末和辣根3物种区分开来。另外,GenBank中获得山葵以及近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的ITS2序列,MEGA7.0进行种间序列分析,计算K2P,并用邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建进化树,山葵与近亲西北山嵛菜聚为一支,棕芥末与白芥末、黑芥末聚为一大支,而辣根单独为一支。通过分析ITS2序列,发现山葵与近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的种间K2P遗传距离在0.030~0.105,均大于0.01。研究表明,利用ITS2技术可以鉴别山葵、辣根和芥末等近缘物种,此技术可以用于芥辣类调味品特定原料成分鉴定及定量,为食品质量控制和食品安全提供科学依据。
关键词
山葵
辣根
芥末
内部
转录
间隔
区
Ⅱ(ITS2)
物种鉴定
Keywords
Eutrema wasabi
Armoracia rusticana
mustard
internal transcribed spacer Ⅱ(ITS
2
)
species identification
分类号
S5-33 [农业科学—作物学]
TS207.7 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析
贾小勇
杨光友
古小彬
赖松家
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定
高婷
姚辉
陈士林
《世界科学技术-中医药现代化》
2011
14
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分
陈雪贞
李兆雯
吴新
芦春斌
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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