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我国人源蛔虫和猪源蛔虫核糖体第一内转录间隔区的扩增克隆及序列分析 被引量:5
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作者 靳元春 李芬 +2 位作者 刘进辉 刘梦婷 吴昌义 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第5期6-9,共4页
本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程... 本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。本结果显示,人蛔虫和猪蛔虫的ITS-1 r DNA序列长度分别为447~448 bp和447~451 bp;人蛔虫和猪蛔虫ITS-1 r DNA序列的差异性为0.4%~1.6%。种系发育树表明,人蛔虫和猪蛔虫分离株位于两个不同分支。本研究结果支持人蛔虫和猪蛔虫可能为同一个种不同基因型的结论。 展开更多
关键词 人蛔虫 猪蛔虫 核糖体DNA 第一内转录间隔区(ITS-1 rDNA) 序列分析
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贵州省安顺地区蛇源裂头蚴分离株的分子鉴定及种系发育关系分析 被引量:3
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作者 李金福 刘艳丹 +1 位作者 陈艳 裘学丽 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期376-382,共7页
目的对贵州省安顺地区蛇源裂头蚴分离株进行分子鉴定及种系发育关系的分析。方法采集贵州安顺地区4种常见野生蛇(王锦蛇、乌梢蛇、黑眉锦蛇、灰鼠蛇)来源的裂头蚴,分别提取各裂头蚴基因组DNA,PCR扩增ITS1和cox1基因,所得PCR扩增产物... 目的对贵州省安顺地区蛇源裂头蚴分离株进行分子鉴定及种系发育关系的分析。方法采集贵州安顺地区4种常见野生蛇(王锦蛇、乌梢蛇、黑眉锦蛇、灰鼠蛇)来源的裂头蚴,分别提取各裂头蚴基因组DNA,PCR扩增ITS1和cox1基因,所得PCR扩增产物经纯化并T-A克隆后测序。运用ClustalX1.81生物分析软件,将所得序列与GenBank所录迭宫属绦虫和其它属绦虫基因序列进行多重序列比对分析,并应用软件MEGA 6.0构建系统发育树(邻位连接法)。结果成功扩增出8株裂头蚴的ITS1和cox1基因序列,ITS1大小为822~863bp,cox1大小为404~415bp,与预期的基因片段大小一致。基于ITS1和cox1基因序列构建的种系发育树与所有的猬迭宫绦虫均构成同一亚群,总分支的自展值高于50%,二者在不同的分离株之间呈现基因多态性。对8株裂头蚴ITS1和cox1序列的同源性进行比较,ITS1的同源性为70.27%~82.84%,而cox1的同源性为95.63%~99.50%,显示cox1的同源性高于ITS1。已向GenBank提交ITS1和cox1新序列各一条,登录号分别为KF990161和KJ418421。结论贵州安顺地区不同蛇源裂头蚴分离株之间存在基因多态性。从总分支的自展值来看,cox1比ITS1更适合用于种内遗传多态性研究,ITS1适合做定种的分子标记。 展开更多
关键词 裂头蚴 第一内转录间隔区 细胞色素C氧化酶第一基因 种系发育分析
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用PCR-RFLP技术鉴别鲁道夫对盲囊线虫姊妹种的研究 被引量:5
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作者 何芳 屈仁建 +3 位作者 吴绍强 宋慧群 林瑞庆 朱兴全 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期115-117,共3页
用保守引物扩增鲁道夫对盲囊线虫Contracaecumrudolphii姊妹种和C .septentrionalerDNA第一内转录间隔区(ITS 1)片段并纯化,根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionalerDNAITS 1序列,选用限制性内切酶MspΙ和NsiI酶... 用保守引物扩增鲁道夫对盲囊线虫Contracaecumrudolphii姊妹种和C .septentrionalerDNA第一内转录间隔区(ITS 1)片段并纯化,根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionalerDNAITS 1序列,选用限制性内切酶MspΙ和NsiI酶切,酶切产物用琼脂糖凝胶电泳分析.结果经MspΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫姊妹种与C .septentrionale表现出不同的条带;经NsiΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionale结果一致,与鲁道夫对盲囊线虫A不同.用MspΙ可以鉴定出C .septentrionale ,用NsiΙ可以鉴定出鲁道夫对盲囊线虫A ,2个限制性内切酶合用可以将鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionale分别鉴定出来.根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionalerDNAITS 1基因序列建立的鲁道夫对盲囊线虫姊妹种PCR RFLP鉴别技术能够对鲁道夫对盲囊线虫姊妹种进行准确。 展开更多
关键词 PCR-RFLP 鲁道夫对盲囊线虫 姊妹种 RDNA 第一内转录间隔区 鉴别技术
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贵州2种地方鲫鱼群体rDNA ITS-1序列分析 被引量:2
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作者 郭健康 安苗 +1 位作者 周其椿 曹恒源 《贵州农业科学》 CAS 2015年第11期28-31,共4页
为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明:24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296-297bp、300-301bp和337-339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基... 为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明:24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296-297bp、300-301bp和337-339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基插入和1个碱基缺失,其GC含量(70.8%)明显高于AT含量(29.2%)。14尾普安鲫ITS-1序列长度仅有1种为337-339bp,共检测到18个多态位点,存在1个碱基缺失和1个碱基插入,其GC含量为71.2%,远远高于AT含量(28.8%)。所有序列共产生11种单倍型,单倍型的平均遗传距离(P)以及平均核苷酸差异系数(K)草海鲫低于普安鲫;Tajima’s D和Fu and Li’s D中性检验表明,草海鲫未经历种群扩张,而普安鲫可能经历种群扩张。普安鲫遗传多样性较草海鲫丰富。 展开更多
关键词 鲫鱼 第一内转录间隔区 遗传多样性 普安 草海
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奶山羊弓形虫ITS1和529bp基因序列分析
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作者 阚松鹤 刘侠 +3 位作者 李日飞 朱振邦 梁雪伟 林青 《畜牧兽医杂志》 2015年第1期9-12,共4页
采集关中某羊场奶山羊的血液样品,以提取的血液基因组DNA为模板对弓形虫ITS1及529bp基因进行PCR扩增、测序,并对测序结果进行比对,基于529bp重复序列构建系统进化树。序列分析结果表明,待测样品与GenBank中弓形虫RH虫株的ITS1序列(AY259... 采集关中某羊场奶山羊的血液样品,以提取的血液基因组DNA为模板对弓形虫ITS1及529bp基因进行PCR扩增、测序,并对测序结果进行比对,基于529bp重复序列构建系统进化树。序列分析结果表明,待测样品与GenBank中弓形虫RH虫株的ITS1序列(AY259044)完全一致,与529bp重复序列(FJ656209.1)存在差异;基于529bp重复序列构建的系统进化树分析结果显示,待测样品弓形虫与RH虫株遗传距离最近。该结果为奶山羊弓形虫病的分子流行病学、诊断方法的建立等方面的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 第一内转录间隔区 529 bp重复序列 奶山羊 弓形虫 序列分析
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