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题名空间转录组技术在植物研究中的应用及前景
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作者
梅曼
王晨璨
蔺宏霞
张玉倩
丁文静
赵媛媛
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机构
北京林业大学生物科学与技术学院
北京林业大学生物科学与技术学院林木遗传育种全国重点实验室
北京林业大学树木与基因编辑研究院
北京林业大学林木育种与生态修复国家工程研究中心
河北省农林科学院植物保护研究所
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出处
《植物研究》
北大核心
2025年第1期3-14,共12页
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基金
中国林木种子集团合作项目(2024-HXFW-168)
北京林业大学“5?5工程”科研创新团队项目(BLRC2023C06)。
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文摘
空间转录组(spatial transcriptomics,ST)是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,利用该技术解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中编码和获取位置信息成为可能。与传统的转录组技术相比,空间转录组技术能获得细胞在组织原位环境下真实的基因表达特征,以及与微环境的关系,为基因表达提供高精度、高分辨率原位的空间信息。近年来,空间转录组技术取得了重要进展,检测的细胞通量、转录本数量和质量不断提高,空间定位信息更加准确全面,并已在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、杨树(Populus)等植物中展开研究。该文阐述了空间转录组技术在植物动态发育轨迹、不同组织和细胞类型差异分析、解码植物与微生物群相互作用等研究中的成功应用,讨论了空间转录组测序在植物组织原位测序中存在的问题和挑战,揭示了其在植物研究中的巨大潜力,为相关领域的进一步研究和应用提供了新的视角。
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关键词
空间转录组技术
空间分布模式
发育谱系
细胞类型鉴定
细胞间相互作用
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Keywords
spatial transcriptome technology
spatial distribution patterns
developmental lineages
cell type identification
cell-to-cell interactions
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分类号
Q33
[生物学—遗传学]
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