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题名生物序列的语义分析与第二密码规则的探索
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作者
沈世镒
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机构
南开大学数学科学学院与LPMC
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出处
《工程数学学报》
CSCD
北大核心
2004年第5期665-674,679,共11页
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基金
国家自然科学基金(10271061
90208022)
+2 种基金
天津大学
南开大学联合研究项目
刘徽应用数学研究中心资助.
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文摘
生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。生物序列语义分析的内容包括词法与语法的分析,它们是在分子水平基础上的生物语言分析,有关的变化规则我们称之为生物序列中的第二密码规则。本文以Swiss-Prot数据库为基础,利用频率统计、组合分析与信息的度量关系等数学工具,分析蛋白质一级结构序列中的词法规则,给出了关于蛋白质一级结构序列的几种稳定性的度量指标及其相应的稳定性理论,并探讨了它们在蛋白质演变与蛋白质工程中可能产生的应用。
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关键词
生物序列结构的语义分析
第二密码规则
蛋白质~级序列结构数据库的信息、统计分析
稳定性度量与原理
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Keywords
semantics analysis of biological sequences
second cipher rules
information and statistics analysis of primary structure database of proteins
stability measurement and principle
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分类号
O236
[理学—运筹学与控制论]
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