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基于单细胞转录组的水稻稀有气孔细胞类型鉴定
1
作者
刘开燕
孙桂玲
郭振华
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第1期44-54,共11页
为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞...
为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞的聚类,分别包括了12个保卫细胞和17个副卫细胞。GO富集分析揭示了“基于维管的运动”“信号转导”和“对刺激的响应”等气孔后期发育的生物学特征;基因调控网络分析揭示了OsDOF11、OsMAPK2、OsNAC75、OsABCG4、OsERF52和OsSWEET2b等基因及其潜在的相互作用网络。研究结果为植物稀有细胞类型的鉴定提供了方法参考,同时也为其他禾本科植物气孔细胞的研究提供了新的标记基因。
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关键词
稀有细胞类型
气孔
水稻
单
细胞
转录组
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题名
基于单细胞转录组的水稻稀有气孔细胞类型鉴定
1
作者
刘开燕
孙桂玲
郭振华
机构
中国科学院昆明植物研究所
中国科学院大学
中国科学院西双版纳热带植物园
出处
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第1期44-54,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目(32270716)资助。
文摘
为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞的聚类,分别包括了12个保卫细胞和17个副卫细胞。GO富集分析揭示了“基于维管的运动”“信号转导”和“对刺激的响应”等气孔后期发育的生物学特征;基因调控网络分析揭示了OsDOF11、OsMAPK2、OsNAC75、OsABCG4、OsERF52和OsSWEET2b等基因及其潜在的相互作用网络。研究结果为植物稀有细胞类型的鉴定提供了方法参考,同时也为其他禾本科植物气孔细胞的研究提供了新的标记基因。
关键词
稀有细胞类型
气孔
水稻
单
细胞
转录组
Keywords
rare cell type
stomata
rice
single-cell transcriptome
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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作者
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1
基于单细胞转录组的水稻稀有气孔细胞类型鉴定
刘开燕
孙桂玲
郭振华
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025
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