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基于单细胞转录组的水稻稀有气孔细胞类型鉴定
1
作者
刘开燕
孙桂玲
郭振华
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第1期44-54,共11页
为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞...
为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞的聚类,分别包括了12个保卫细胞和17个副卫细胞。GO富集分析揭示了“基于维管的运动”“信号转导”和“对刺激的响应”等气孔后期发育的生物学特征;基因调控网络分析揭示了OsDOF11、OsMAPK2、OsNAC75、OsABCG4、OsERF52和OsSWEET2b等基因及其潜在的相互作用网络。研究结果为植物稀有细胞类型的鉴定提供了方法参考,同时也为其他禾本科植物气孔细胞的研究提供了新的标记基因。
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关键词
稀有细胞类型
气孔
水稻
单
细胞
转录组
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职称材料
一种应用于单细胞RNA测序数据的稀有类型细胞检测算法
2
作者
马安琪
《计算机应用与软件》
北大核心
2021年第10期316-320,共5页
与批量RNA测序数据相比,单细胞RNA测序数据提供了单个细胞层面粒度的信息,能够揭示细胞之间的异质性。稀有类型细胞检测作为其重要的数据下游分析之一,具有显著的生物意义。针对现有算法时间复杂度高、精确度较低等问题,提出一种新的稀...
与批量RNA测序数据相比,单细胞RNA测序数据提供了单个细胞层面粒度的信息,能够揭示细胞之间的异质性。稀有类型细胞检测作为其重要的数据下游分析之一,具有显著的生物意义。针对现有算法时间复杂度高、精确度较低等问题,提出一种新的稀有类型细胞检测算法。该算法通过多轮快速随机划分,对每个细胞的稀有程度进行打分,然后将结果基于最近邻算法进行调整,最终预测出稀有类型细胞。在有标签的单细胞RNA测序数据集上的结果表明,与其他方法相比,该算法能够更有效地检测出稀有类型细胞。
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关键词
单
细胞
RNA测序
稀有
类型
细胞
检测
随机算法
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职称材料
题名
基于单细胞转录组的水稻稀有气孔细胞类型鉴定
1
作者
刘开燕
孙桂玲
郭振华
机构
中国科学院昆明植物研究所
中国科学院大学
中国科学院西双版纳热带植物园
出处
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025年第1期44-54,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目(32270716)资助。
文摘
为探讨禾本科植物气孔发育和运动的调控机制,在初次聚类的基础上,利用获得的所有表皮细胞进行亚聚类分析;同时结合更多标记基因,在亚聚类Resolution值为2.6时成功地从水稻叶片单细胞转录组数据中获得了独立且稳定的保卫细胞和副卫细胞的聚类,分别包括了12个保卫细胞和17个副卫细胞。GO富集分析揭示了“基于维管的运动”“信号转导”和“对刺激的响应”等气孔后期发育的生物学特征;基因调控网络分析揭示了OsDOF11、OsMAPK2、OsNAC75、OsABCG4、OsERF52和OsSWEET2b等基因及其潜在的相互作用网络。研究结果为植物稀有细胞类型的鉴定提供了方法参考,同时也为其他禾本科植物气孔细胞的研究提供了新的标记基因。
关键词
稀有细胞类型
气孔
水稻
单
细胞
转录组
Keywords
rare cell type
stomata
rice
single-cell transcriptome
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
一种应用于单细胞RNA测序数据的稀有类型细胞检测算法
2
作者
马安琪
机构
复旦大学计算机科学技术学院智能信息处理重点实验室
出处
《计算机应用与软件》
北大核心
2021年第10期316-320,共5页
文摘
与批量RNA测序数据相比,单细胞RNA测序数据提供了单个细胞层面粒度的信息,能够揭示细胞之间的异质性。稀有类型细胞检测作为其重要的数据下游分析之一,具有显著的生物意义。针对现有算法时间复杂度高、精确度较低等问题,提出一种新的稀有类型细胞检测算法。该算法通过多轮快速随机划分,对每个细胞的稀有程度进行打分,然后将结果基于最近邻算法进行调整,最终预测出稀有类型细胞。在有标签的单细胞RNA测序数据集上的结果表明,与其他方法相比,该算法能够更有效地检测出稀有类型细胞。
关键词
单
细胞
RNA测序
稀有
类型
细胞
检测
随机算法
Keywords
Single cell RNA sequencing
Rare cell-type detection
Random algorithm
分类号
TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于单细胞转录组的水稻稀有气孔细胞类型鉴定
刘开燕
孙桂玲
郭振华
《西南林业大学学报(自然科学)》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
一种应用于单细胞RNA测序数据的稀有类型细胞检测算法
马安琪
《计算机应用与软件》
北大核心
2021
0
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职称材料
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