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一种应用于单细胞RNA测序数据的稀有类型细胞检测算法
1
作者
马安琪
《计算机应用与软件》
北大核心
2021年第10期316-320,共5页
与批量RNA测序数据相比,单细胞RNA测序数据提供了单个细胞层面粒度的信息,能够揭示细胞之间的异质性。稀有类型细胞检测作为其重要的数据下游分析之一,具有显著的生物意义。针对现有算法时间复杂度高、精确度较低等问题,提出一种新的稀...
与批量RNA测序数据相比,单细胞RNA测序数据提供了单个细胞层面粒度的信息,能够揭示细胞之间的异质性。稀有类型细胞检测作为其重要的数据下游分析之一,具有显著的生物意义。针对现有算法时间复杂度高、精确度较低等问题,提出一种新的稀有类型细胞检测算法。该算法通过多轮快速随机划分,对每个细胞的稀有程度进行打分,然后将结果基于最近邻算法进行调整,最终预测出稀有类型细胞。在有标签的单细胞RNA测序数据集上的结果表明,与其他方法相比,该算法能够更有效地检测出稀有类型细胞。
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关键词
单
细胞
RNA测序
稀有类型细胞检测
随机算法
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题名
一种应用于单细胞RNA测序数据的稀有类型细胞检测算法
1
作者
马安琪
机构
复旦大学计算机科学技术学院智能信息处理重点实验室
出处
《计算机应用与软件》
北大核心
2021年第10期316-320,共5页
文摘
与批量RNA测序数据相比,单细胞RNA测序数据提供了单个细胞层面粒度的信息,能够揭示细胞之间的异质性。稀有类型细胞检测作为其重要的数据下游分析之一,具有显著的生物意义。针对现有算法时间复杂度高、精确度较低等问题,提出一种新的稀有类型细胞检测算法。该算法通过多轮快速随机划分,对每个细胞的稀有程度进行打分,然后将结果基于最近邻算法进行调整,最终预测出稀有类型细胞。在有标签的单细胞RNA测序数据集上的结果表明,与其他方法相比,该算法能够更有效地检测出稀有类型细胞。
关键词
单
细胞
RNA测序
稀有类型细胞检测
随机算法
Keywords
Single cell RNA sequencing
Rare cell-type detection
Random algorithm
分类号
TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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题名
作者
出处
发文年
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1
一种应用于单细胞RNA测序数据的稀有类型细胞检测算法
马安琪
《计算机应用与软件》
北大核心
2021
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