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长江中游鳤的遗传多样性及种群历史动态分析
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作者 翟东东 王东 +8 位作者 何天琪 蔡方陶 段辛斌 胡兴坤 朱滨 谢仲桂 夏明 刘红艳 熊飞 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1736-1744,共9页
为研究长江中游鳤群体的遗传多样性,利用两个线粒体基因和两个核基因序列作为分子标记,分析了汉江下游、南洞庭湖、藕池河和长江公安段4个鳤群体的遗传多样性、遗传分化和种群历史动态。研究结果显示,长江中游鳤单倍型多样性较高,核苷... 为研究长江中游鳤群体的遗传多样性,利用两个线粒体基因和两个核基因序列作为分子标记,分析了汉江下游、南洞庭湖、藕池河和长江公安段4个鳤群体的遗传多样性、遗传分化和种群历史动态。研究结果显示,长江中游鳤单倍型多样性较高,核苷酸多样性较低,整体遗传多样性处于中等水平。分子方差变异分析(AMOVA)和遗传分化指数FST显示长江中游鳤群体间不存在遗传分化现象。种群历史动态分析表明长江中游鳤群体在历史上可能发生过种群扩张现象,扩张时间约在16.54万年前,处于庐山冰期和大理冰期间较为温暖的间冰期。STRUCTURE分析表明长江中游和西江中下游鳤群体间存在较明显的分化,推算其分化时间约在5.55万年前,建议在制定保护策略时将这两个水系的鳤群体视作两个保护单元。 展开更多
关键词 长江中游 遗传多样性 分化时间 种群历史动态
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金沙江中下游圆口铜鱼遗传多样性与种群历史动态分析 被引量:10
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作者 何勇凤 朱永久 +5 位作者 龚进玲 朱挺兵 吴兴兵 李学梅 孟子豪 杨德国 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期37-47,共11页
以线粒体Cyt b和COⅠ基因作为分子标记,对金沙江中下游江段的圆口铜鱼进行遗传多样性和种群历史动态分析。结果显示,393尾圆口铜鱼样本共检测出91个串联基因序列单倍型,呈现较高的单倍型多样性(0.936±0.006)和较低的核苷酸多样性(0... 以线粒体Cyt b和COⅠ基因作为分子标记,对金沙江中下游江段的圆口铜鱼进行遗传多样性和种群历史动态分析。结果显示,393尾圆口铜鱼样本共检测出91个串联基因序列单倍型,呈现较高的单倍型多样性(0.936±0.006)和较低的核苷酸多样性(0.00489±0.00009);基于单倍型构建的分子系统发育树及Medianjoining网络关系图表明,金沙江中下游的圆口铜鱼单倍型不呈现明显的地理分布格局,但呈现出3个较明显的单倍型谱系分支(Clade 1、Clade 2和Clade 3),出现Clade 1谱系分支的时间大约在3.66 Ma,出现Clade 2和Clade 3谱系分支的时间大约在2.93 Ma;分子方差分析(AMOVA)显示金沙江中下游圆口铜鱼的遗传差异主要来自不同地理群体内(占96.62%)和不同谱系分支间(占81.29%),不同地理群体间和不同谱系分支内部的遗传差异分别约占3.38%和18.71%;金沙江中下游不同地理群体间的遗传分化指数(F_(st))为–0.008—0.045,除屏山群体与其他群体间未达到显著水平外,其他两两群体间均达到低等显著分化水平(F_(st)<0.05,P<0.05),但3个谱系分支之间呈现极大遗传分化水平(F_(st)>0.25,P<0.001);中性检验、错配分析及BSP(Bayesian Skyline Plot)分析表明,金沙江中下游圆口铜鱼野生群体在近期发生过种群扩张现象,扩张时间大约在0.0007—0.0004 Ma。综合分析表明,青藏高原隆升和全新世小冰川时期冰川的演化在金沙江圆口铜鱼种群历史动态方面发挥了重要影响作用。因此,为了更好地保护圆口铜鱼野生资源,作者建议特别关注金沙江中下游圆口铜鱼3个线粒体DNA谱系分支,并用于有效指导养殖生产。 展开更多
关键词 圆口铜鱼 金沙江 遗传多样性 种群历史动态
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赤水河半的遗传多样性和种群历史动态分析 被引量:17
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作者 李文静 王环珊 +4 位作者 刘焕章 曹文宣 王小明 于江 朱昕 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期106-113,共8页
在赤水河的水潦、茅台、二合、太平、赤水市5个样点共采集了168尾半Hemiculterella sauvagei,通过线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b)基因序列分析了半种群遗传多样性和种群历史动态。获得序列长度为1137 bp,其中包含42个变异位点,13个单... 在赤水河的水潦、茅台、二合、太平、赤水市5个样点共采集了168尾半Hemiculterella sauvagei,通过线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b)基因序列分析了半种群遗传多样性和种群历史动态。获得序列长度为1137 bp,其中包含42个变异位点,13个单突变位点,29个简约信息位点。168条序列共检测到38种单倍型,单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.895±0.012和0.00487±0.00695。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance,AMOVA)显示:遗传变异主要来源于种群内部(80.95%)。F_(st)值统计表明,赤水市种群与茅台、二合、水潦种群之间存在高度分化,与太平镇种群之间存在中度分化,其他种群之间无显著差异,这表明分布在赤水市和其他4个地理种群的半应作为不同的管理单元(MU)进行保护。Mega 6.0软件计算5个种群之间的平均净遗传距离范围为0.004—0.006。中性检验结果为水潦、太平和赤水市的F_s值为负值,表明这3个地理种群的半曾发生过种群扩张。采用1%per Myr的突变速率推算出半水潦种群扩张时间大约在0.43百万年前,太平镇种群大约在0.40百万年前,赤水市种群大约在0.37百万年前。 展开更多
关键词 赤水河 半 遗传多样性 种群历史动态 遗传分化
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基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析 被引量:15
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作者 俞丹 张智 +4 位作者 张健 林鹏程 熊淑蓉 唐芬莲 刘焕章 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期923-930,共8页
以线粒体Cyt b基因为分子标记,对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示,167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型,呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)... 以线粒体Cyt b基因为分子标记,对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示,167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型,呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)。基于单倍型构建的分子系统发育树及Network网络关系图表明,所有来自墨脱江段及察隅河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起。不同地理种群间的遗传分化指数(FS T)为–0.014—0.771,其中金珠藏布(JZZB)与其他种群呈现出高度分化(FS T:0.372—0.771)。分子方差分析(AMOVA)显示当JZZB种群为一组,剩余6个种群为一组时,组间遗传差异最大,表明JZZB种群与其他种群具有显著分化。相反,虽然察隅河与墨脱江段的地理距离较远,但是察隅河与墨脱江段其他种群之间(除了JZZB)的FST为0.093—0.169,仅显示中等分化水平,表明察隅河种群与雅鲁藏布江种群尚有少量的基因交流。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼种群在末次间冰期(0—0.137 Ma)发生过种群扩张现象。 展开更多
关键词 雅鲁藏布江 墨脱裂腹鱼 遗传多样性 种群历史动态
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高原鼢鼠种群历史动态研究 被引量:4
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作者 唐利洲 于龙 +4 位作者 陈建刚 朱磊 王俊杰 丁伟 苏建平 《四川动物》 CSCD 北大核心 2010年第5期521-526,共6页
利用细胞色素b基因序列作为分子遗传标记,分析了高原鼢鼠Eospalax baileyi整个分布区及4个地理种群历史动态变化。结果显示,0.33~0.16百万年前(Ma),该物种有效种群大小出现最高值与最低值,种群剧烈波动;0.16~0.08Ma,种群大小基本保持... 利用细胞色素b基因序列作为分子遗传标记,分析了高原鼢鼠Eospalax baileyi整个分布区及4个地理种群历史动态变化。结果显示,0.33~0.16百万年前(Ma),该物种有效种群大小出现最高值与最低值,种群剧烈波动;0.16~0.08Ma,种群大小基本保持不变;0.08Ma至今,基本呈现缓慢下降趋势。结果充分说明倒数第二次冰期造成了高原鼢鼠有效种群大小的急剧下降或波动,间冰期有利于该物种种群数量稳定水平的维持,而末次冰期仅仅限制了有效种群大小的增加,并未导致种群崩溃或灭绝。 展开更多
关键词 高原鼢鼠 种群历史动态 有效种群大小 突变速率 冰期
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黑龙江省张广才岭北部小飞鼠的遗传多样性与种群历史动态 被引量:4
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作者 田新民 廉明栋 +3 位作者 宋雅祺 刘小慧 杨孟平 陈红 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期398-409,共12页
小飞鼠(Pteromys volans)为树栖夜行滑行类啮齿动物,在森林种子传播和维持生态系统平衡等方面发挥着重要的生态学作用。本研究利用mtDNA Cyt b、控制区和nDNA微卫星3种分子标记,对黑龙江省张广才岭北部的小飞鼠种群进行遗传多样性与历... 小飞鼠(Pteromys volans)为树栖夜行滑行类啮齿动物,在森林种子传播和维持生态系统平衡等方面发挥着重要的生态学作用。本研究利用mtDNA Cyt b、控制区和nDNA微卫星3种分子标记,对黑龙江省张广才岭北部的小飞鼠种群进行遗传多样性与历史动态分析。检测出Cyt b全序列(1140 bp)的平均单倍型多样性为0.909,平均核苷酸多样性为0.616%;控制区全序列(1066 bp)的平均单倍型多样性为0.945,平均核苷酸多样性为1.698%;微卫星检测出种群平均等位基因数13.167个,观测杂合度0.727,期望杂合度0.864,近交系数0.159。结果表明,小飞鼠种群遗传多样性丰富,但存在一定程度的杂合度不足和近亲繁殖;未检测到种群近期遗传瓶颈效应,种群内无遗传分化。高比例的稀有单倍型(≥60%)、低频率等位基因与近亲繁殖,提示未来种群面临遗传多样性下降的风险,建议加大对该物种的关注和保护力度。基于Cyt b基因的系统进化关系结果表明,小飞鼠存在3个明显的遗传谱系:远东、欧亚大陆北部和日本北海道,本研究中张广才岭和大兴安岭的样本单倍型归属为远东谱系。 展开更多
关键词 小飞鼠 MTDNA 微卫星 遗传多样性 种群历史动态
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岩原鲤遗传多样性和种群历史动态研究 被引量:14
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作者 张晓宇 张富铁 +1 位作者 姚富城 王剑伟 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期330-338,共9页
研究基于线粒体DNA细胞色素b(mtDNA Cyt b)基因序列,对2013—2017年间采自我国长江上游贵州省赤水市和重庆市万州区共161尾岩原鲤(Procypris rabaudi)个体进行了遗传多样性分析。结果表明,在所有个体序列中,A、T、C、G碱基的平均含量分... 研究基于线粒体DNA细胞色素b(mtDNA Cyt b)基因序列,对2013—2017年间采自我国长江上游贵州省赤水市和重庆市万州区共161尾岩原鲤(Procypris rabaudi)个体进行了遗传多样性分析。结果表明,在所有个体序列中,A、T、C、G碱基的平均含量分别为30.2%、27.9%、28.2%和13.7%,(A+T)含量(58.1%)明显大于(G+C)含量(41.9%),表现出较强的反G偏倚性。161条序列检测到18个变异位点,定义了15种单倍型,整体单倍型多样性指数(Hd)、核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.590、0.00132;岩原鲤赤水群体遗传多样性水平低于万州群体;万州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均呈现逐年降低的趋势,但是赤水群体的单倍型多样性和核苷酸多样性呈现逐年增加的趋势。基于最大似然法构建的系统发育树和单倍型网络图结果一致,万州和赤水群体并未形成明显的地理分布格局。Mega 6.0软件计算2个群体之间的遗传距离为0.001。Fst值统计表明,2个地理群体间Fst值为0.01749(P>0.05),群体间没有出现遗传分化现象。两群体间基因交流频繁,基因流Nm=24.71。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance,AMOVA)显示:98.25%的遗传变异是由群体内产生的。中性检验结果表明万州岩原鲤群体历史上曾发生过种群扩张事件,时间约为0.15百万年前。岩原鲤群体整体上遗传多样性偏低,急需提出合理的管理措施,以加强长江流域岩原鲤物种的资源保护。 展开更多
关键词 岩原鲤 CYT B基因 遗传多样性 种群历史动态 赤水 万州
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基于线粒体控制区的中国近海竹荚鱼种群遗传结构和种群历史动态分析 被引量:1
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作者 任慧敏 张衡 +4 位作者 许莎莎 李圣法 李建生 李治洪 何利军 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期36-44,共9页
竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一,在海洋食物网中扮演了重要角色,然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局,文章以线粒体DNA控制区为遗传标记... 竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一,在海洋食物网中扮演了重要角色,然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局,文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明,中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(H_(d)=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系,利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化,遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构,可以作为一个单一的种群加以管理,人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。 展开更多
关键词 竹荚鱼 遗传多态性 种群遗传结构 种群历史动态 线粒体控制区
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分子标记在种群历史动态研究中的应用 被引量:6
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作者 刘丽丽 李建辉 程海翔 《农业科技通讯》 2014年第7期207-211,共5页
种群历史动态是分子系统地理学研究的核心内容,可用于阐明过去的地质气候变化以及人类活动等历史事件对当前物种分布的影响,同时也有助于制定合理有效的濒危物种保护策略。研究种群历史动态最常用的分子标记是微卫星标记以及基于线粒体... 种群历史动态是分子系统地理学研究的核心内容,可用于阐明过去的地质气候变化以及人类活动等历史事件对当前物种分布的影响,同时也有助于制定合理有效的濒危物种保护策略。研究种群历史动态最常用的分子标记是微卫星标记以及基于线粒体DNA和叶绿体DNA的片段分析,最常用的分析软件是DnaSP v5.10、ARLEQUIN v3.5、msvar 1.3以及DIYABC v1.0.4.46。通过对分子标记在种群历史动态研究中的一些应用案例进行分析,探讨了当前此项研究中存在的问题,揭示了今后的发展趋势。 展开更多
关键词 分子标记 种群历史动态 分子系统地理学
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基于查尔酮合酶基因探讨鲜卑花的种群动态历史与遗传分化 被引量:2
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作者 付鹏程 高庆波 +1 位作者 张发起 陈世龙 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期700-705,共6页
以高山灌木鲜卑花为研究材料,收集其在中国全部分布区域内的13个居群共139个个体,以查尔酮合酶基因(CHS)的内含子区域为分子标记,探讨鲜卑花的种群动态历史、遗传分化的时间与成因。在鲜卑花中CHS共鉴定了29种单倍型,单倍型多样性和核... 以高山灌木鲜卑花为研究材料,收集其在中国全部分布区域内的13个居群共139个个体,以查尔酮合酶基因(CHS)的内含子区域为分子标记,探讨鲜卑花的种群动态历史、遗传分化的时间与成因。在鲜卑花中CHS共鉴定了29种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.9248和0.007 545,遗传变异大;贝叶斯分析说明鲜卑花种内遗传分化的时间始于4.37 Ma左右。中性检验与歧点分布分析一致表明鲜卑花在近期经历了明显的居群扩张,估算的扩张时间在55.8 ka左右。研究结果表明鲜卑花在末次冰期间冰阶时期从冰期避难所向外经历了明显的居群扩张;而青藏高原的整体隆升导致的环境剧变,加剧了鲜卑花居群间的遗传分化。 展开更多
关键词 鲜卑花 种群动态历史 遗传分化 查尔酮合酶
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青藏高原钻叶龙胆的遗传分化与种群动态历史研究 被引量:1
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作者 付鹏程 刘玉玉 史明艳 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1294-1301,共8页
青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。龙胆属小龙胆组(Gentiana section Chondrophyllae s.l.)占整个龙胆属物种数目的近一半,以青藏高原为分化中心,但组内物种的遗传分化及其影响因素并不清楚。... 青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。龙胆属小龙胆组(Gentiana section Chondrophyllae s.l.)占整个龙胆属物种数目的近一半,以青藏高原为分化中心,但组内物种的遗传分化及其影响因素并不清楚。该研究以小龙胆组青藏高原特有植物——钻叶龙胆(G.haynaldii Kanitz)为研究对象,基于不同遗传方式的分子标记,通过种群遗传结构、遗传分化、种群动态历史和物种分布模型等分析,探讨其在青藏高原的分化历史。结果表明:(1)钻叶龙胆具有高的遗传多样性,种内遗传分化程度很高(叶绿体FST=0.532;ITS FST=0.511)。(2)钻叶龙胆种内的遗传分化主要发生在第四纪冰期以来,表明第四纪气候波动是钻叶龙胆分化的主要外部因素。(3)种群动态历史分析中,钻叶龙胆种群大小发生过扩张;物种分布模型分析表明,钻叶龙胆的分布区域在近期比较稳定,未发生明显扩张或收缩。该研究结果为龙胆属及青藏高原植物类群的物种分化和适应性研究提供了参考。 展开更多
关键词 钻叶龙胆 遗传分化 种群动态历史 物种分布模型 青藏高原
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青藏高原岷县龙胆的遗传分化与种群动态历史分析
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作者 付鹏程 韦秋前 史明艳 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期556-564,共9页
青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。岷县龙胆(Gentiana algida var. purdomii)是青藏高原地区特有植物,具有很高的药用价值。本研究以岷县龙胆种群为对象,基于不同遗传方式的分子标记,通过种群... 青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。岷县龙胆(Gentiana algida var. purdomii)是青藏高原地区特有植物,具有很高的药用价值。本研究以岷县龙胆种群为对象,基于不同遗传方式的分子标记,通过种群遗传结构、遗传分化、种群动态历史和物种分布模型等分析,探讨其在青藏高原的分化历史。结果表明:岷县龙胆具有高的遗传多样性,叶绿体数据表明种内遗传分化程度很高(FST=0.452),但核基因数据表明种内遗传分化程度很低(FST=0.022),揭示岷县龙胆种内存在强烈的基因流。种群动态历史分析表明岷县龙胆种群大小经历了近期扩张,物种分布模型的结果表明岷县龙胆在末次盛冰期以来分布范围略有扩张。分子钟模型的结果表明岷县龙胆种内的遗传分化主要发生在第四纪冰期以来。以上结果一致表明,第四纪气候波动是岷县龙胆分化的主要外部因素。本研究为龙胆属及青藏高原植物类群的物种分化、适应性研究以及资源开发与保护提供了参考。 展开更多
关键词 岷县龙胆 遗传分化 种群动态历史 物种分布模型 青藏高原
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基于COⅠ基因的中国沿海青蚶野生群体遗传结构及种群动态研究 被引量:11
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作者 王玲 李琪 +1 位作者 孔令锋 于红 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期87-95,共9页
本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地... 本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地理种群间表现出显著形态差异(P<0.05)。经PCR扩增测序获得长度为587bp的COⅠ基因片段,112个个体共检测到18个多态性位点、17个单倍型,每个群体均有特有单倍型。青蚶群体的遗传多样性水平较低,总群体的平均单倍型多样度为0.5472,平均核苷酸多样度为0.000974。AMOVA分析表明,群体内个体间的遗传分化是青蚶群体遗传变异的主要原因,占87.40%。阳江群体与其他群体之间存在显著的低程度的遗传分化,而其他群体间的遗传分化不显著。单倍型网络关系图呈典型的星状拓扑结构,没有表现出显著的地理谱系结构。单倍型邻接树结果也没有明显分支,未呈现出地域性差异。中性检验和核苷酸不配对分析结果揭示青蚶种群历史上经历了群体扩事件,扩张时间约为26万年前。研究结果为青蚶资源的保护和可持续利用提供了基础资料。 展开更多
关键词 青蚶 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ 遗传多样性 遗传结构 种群历史动态
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东亚孑遗植物柳杉属的遗传分化及其种群进化历史 被引量:1
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作者 李鑫玉 王敏求 +5 位作者 袁美灵 Saneyoshi Ueno 武星彤 蔡梦颖 Yoshihiko Tsumura 文亚峰 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第6期66-78,共13页
【目的】研究解析东亚地区柳杉属树种的遗传变异格局与种群分化,模拟其种群历史动态,为东亚植物区系演化研究和柳杉遗传资源保护提供科学依据。【方法】基于14个核基因组微卫星标记(nSSR),检测来自中国和日本共18个天然(或古树)种群的... 【目的】研究解析东亚地区柳杉属树种的遗传变异格局与种群分化,模拟其种群历史动态,为东亚植物区系演化研究和柳杉遗传资源保护提供科学依据。【方法】基于14个核基因组微卫星标记(nSSR),检测来自中国和日本共18个天然(或古树)种群的遗传变异,分析其遗传分化水平和模式,利用DIY ABC模拟其种群进化历史。【结果】柳杉属表现中等程度的遗传多样性(H_(o)=0.472,H_(e)=0.488),种群间具有较高的遗传分化(F_(ST)=0.136)。分子方差分析(AMOVA)结果显示,遗传变异主要来自种群内的个体间,种群内遗传变异占总变异的86.37%(P<0.001)。与地理来源一致,STRUCTURE与DAPC分析将柳杉属树种分为柳杉和日本柳杉2个地理种群,以及中国东南部、中国庐山、日本海沿岸和太平洋沿岸4个谱系。柳杉的遗传多样性(N_(a)=4.571,H_(o)=0.442)低于日本柳杉(N_(a)=4.634,H_(o)=0.510),但种群间存在较高的遗传分化。DIY ABC模拟结果显示,柳杉与日本柳杉的种群和谱系分化发生在11万~34万年前。【结论】受第四纪第三次冰期(庐山亚冰期)影响,柳杉属树种的种群数量迅速减少,退缩至中国东南部和日本西南部避难所,最终分化成柳杉和日本柳杉,分化后的种群有各自独立的进化路线。第四纪气候变化、地理隔离和全新世以来的人为干扰是柳杉属遗传变异格局形成的主要原因。与日本柳杉相比,柳杉资源丰富,但其遗传多样性较低,天然林种群受到严重破坏,亟待有效的科学保护。 展开更多
关键词 柳杉属 遗传分化 遗传结构 种群历史动态 微卫星标记
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华南地区大刺鳅的遗传结构与群体动态历史研究 被引量:3
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作者 高尚 李跃飞 +1 位作者 李捷 陈蔚涛 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期42-49,共8页
为掌握华南地区大刺鳅(Mastacembelus armatus)的遗传种质资源现状,并为其管理和保护提供科学依据,采集了华南地区7个独立水系的16个地理群体共计140尾大刺鳅样本,基于Sanger测序获得了2个线粒体基因(COI和Cytb),综合多种分析方法对其... 为掌握华南地区大刺鳅(Mastacembelus armatus)的遗传种质资源现状,并为其管理和保护提供科学依据,采集了华南地区7个独立水系的16个地理群体共计140尾大刺鳅样本,基于Sanger测序获得了2个线粒体基因(COI和Cytb),综合多种分析方法对其遗传结构和群体动态史展开研究。结果表明,华南地区大刺鳅群体形成了3个谱系(I、II和III),分化时间介于0.596~0.676 Ma(百万年前)。此外,单倍型网状图发现不同谱系群体存在共域分布的现象,并提示海南岛群体与大陆群体之间可能存在两条扩散路线。群体遗传分析发现大刺鳅群体间存在显著的遗传分化(F_(ST)=0.676,P<0.001),并且符合距离隔离模式(R=0.463,P=0.001),暗示空间距离是造成大刺鳅遗传分化的一个重要因素。种群动态历史分析表明,大刺鳅群体可能在0.025 Ma经历了种群扩张事件。 展开更多
关键词 大刺鳅 遗传结构 遗传分化 种群动态历史
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基于线粒体CO I基因序列的广东鲂遗传多样性分析 被引量:1
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作者 罗纯 谭细畅 翁士创 《海洋渔业》 北大核心 2025年第1期1-9,共9页
为了解广东鲂(Megalobrama terminalis)遗传多样性和种群结构,提出合理的广东鲂种质资源保护策略,测定并分析了珠江及南方沿海5个地理群体(桂平、梧州、肇庆、阳江、琼海)广东鲂104条线粒体CO I基因序列。在平均长度652 bp的CO I序列中... 为了解广东鲂(Megalobrama terminalis)遗传多样性和种群结构,提出合理的广东鲂种质资源保护策略,测定并分析了珠江及南方沿海5个地理群体(桂平、梧州、肇庆、阳江、琼海)广东鲂104条线粒体CO I基因序列。在平均长度652 bp的CO I序列中共检测到10个变异位点、11个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(Hd=0.508±0.058)和低核苷酸多样性(π=0.00116±0.00017)特点。中性检验结果显示,Tajima’s D(-1.6190,0.01<P<0.05)为显著性负值,单倍型网络图具明显的星状结构,且核酸错配分布图为明显单峰,表明广东鲂在历史上经历过种群扩张。AMOVA分析表明,西江水系3个群体(梧州、桂平和肇庆)间几乎不存在遗传分化(F_(st)=-0.01578~0.00286),可能为单一种群,推测原因可能与广东鲂洄游习性以及连续性生境有关;漠阳江水系与西江水系群体间出现轻度遗传分化(F_(st)=0.05531~0.11932),原因可能与更新世时期云开山脉的形成有关;海南岛与大陆群组存在中度遗传分化(F_(st)=0.23700,P<0.005),原因可能与琼州海峡地理阻隔以及样本数量有限有关。阳江群体Hd=0、π=0,可能与瓶颈效应和人工干预以及采样范围受限有关。梧州、桂平和肇庆群体π较高,可作为广东鲂种质资源保护和开发利用的核心群体。阳江和琼海群体π较低,应建立保护区进行优先保护。 展开更多
关键词 广东鲂 CO I基因 遗传多样性 种群历史动态
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中国近海角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)种群遗传多样性研究 被引量:6
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作者 朱叶 章群 +4 位作者 李贵生 刘海林 马奔 黄小彧 司从利 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期552-556,共5页
测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd... 测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(P)i结果分别为0.979±0.008和0.00655±0.0037,呈现出高单倍型多样度和低核苷酸多态度分布模式。中性检验结果显示,角木叶鲽种群的Fu's Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明角木叶鲽在历史上经历过种群扩张事件。群体内个体间的平均遗传距离为0.0065,群体间遗传分化指数都为负值(-0.0067^-0.0460)但不显著(P>0.1),AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内个体间(102.15%),均表明我国近海角木叶鲽种群无明显的分化,可以作为一个渔业管理单位加以保护和利用。 展开更多
关键词 角木叶鲽 线粒体控制区 遗传多样性 群体遗传分化 种群历史动态
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基于线粒体基因的广西变色树蜥种群分子系统关系与遗传多样性 被引量:2
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作者 韦筱媚 刘凡 +6 位作者 颜琳妙 潘亚姐 张月云 赵成坚 徐永莉 李力 黄勇 《四川动物》 北大核心 2017年第5期519-530,共12页
物种分子系统关系是进化生物学领域最基本也是最重要的问题之一。本研究通过测序分析了来自广西等地90个变色树蜥Calotes versicolor的ND2-tRNA基因片段,分析了不同地理种群的单倍型、种群间的遗传分化程度(F_(st))和历史动态,构建了单... 物种分子系统关系是进化生物学领域最基本也是最重要的问题之一。本研究通过测序分析了来自广西等地90个变色树蜥Calotes versicolor的ND2-tRNA基因片段,分析了不同地理种群的单倍型、种群间的遗传分化程度(F_(st))和历史动态,构建了单倍型之间的分子系统关系。结果发现,所研究的地理种群共检测到45个单倍型,总体呈现较高的单倍型多样性(0.941 8)和较低的核苷酸多样性(0.005 5),其中有6个地理种群的个体共享1个单倍型。大部分种群间F_(st)值较高且差异显著,遗传分化程度较高。分子方差分析结果表明,遗传变异主要来自种群内的遗传差异。系统进化分析结果表明,所研究的地理种群并没有出现明显的遗传分支且在地理上没有严格的分布范围和分化,这可能是由于种群间存在渐渗杂交或不完全的谱系筛选。网络关系图也显示各采样种群间不存在明显的谱系结构。种群历史动态分析表明,各地理种群不存在扩张现象。把所有地理种群合并在一起分析表明,贝叶斯轮廓图分析与碱基错配分析方法均检测到种群在历史上发生过快速扩张,约0.05 Ma前存在种群扩张现象。 展开更多
关键词 树蜥属 系统发育 分子进化 种群历史动态 谱系地理
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中国北方黑唇苜蓿盲蝽种群遗传多样性和遗传分化分析 被引量:4
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作者 王梦琦 张利娟 +1 位作者 张宏瑞 孙跃先 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1516-1524,共9页
【目的】本研究旨在基于线粒体基因序列检测中国北方黑唇苜蓿盲蝽Adelphocoris nigritylus地理种群遗传多样性和遗传分化。【方法】使用采自中国北方地区12个地理种群的233头黑唇苜蓿盲蝽成虫标本,通过PCR扩增线粒体ND5,ND4和Cytb基因片... 【目的】本研究旨在基于线粒体基因序列检测中国北方黑唇苜蓿盲蝽Adelphocoris nigritylus地理种群遗传多样性和遗传分化。【方法】使用采自中国北方地区12个地理种群的233头黑唇苜蓿盲蝽成虫标本,通过PCR扩增线粒体ND5,ND4和Cytb基因片段;利用MEGA,DnaSP和Arlequin等软件对黑唇苜蓿盲蝽种群遗传多样性、遗传分化和分子变异等进行分析。【结果】本研究获得的黑唇苜蓿盲蝽线粒体ND5,ND4和Cytb基因的串联序列长度为2226 bp,共检测到87个单倍型,其中单倍型Hap3,Hap9和Hap8被多个个体共享。遗传多样性分析结果显示,黑唇苜蓿盲蝽种群具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。SAMOVA分析结果表明遗传变异主要来自组内的种群间;Mantel检验结果显示黑唇苜蓿盲蝽种群间遗传距离与地理距离两者不具有显著相关性。【结论】中国北方黑唇苜蓿盲蝽种群整体遗传多样性较高,可能经历了近期种群扩张。 展开更多
关键词 黑唇苜蓿盲蝽 线粒体分子标记 遗传多样性 遗传结构 种群历史动态
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基于线粒体16S rRNA基因的舟山群岛碧蛾蜡蝉种群遗传多样性分析 被引量:1
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作者 李奎 周传江 梁爱萍 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期502-511,共10页
【目的】揭示岛屿隔离效应对舟山群岛及邻近大陆碧蛾蜡蝉Geisha distinctissima种群遗传多样性的影响。【方法】依据本研究获取的舟山群岛(11个岛屿)及邻近大陆15个种群共247头碧蛾蜡蝉样本的16S rRNA基因序列,对该地区种群进行遗传多... 【目的】揭示岛屿隔离效应对舟山群岛及邻近大陆碧蛾蜡蝉Geisha distinctissima种群遗传多样性的影响。【方法】依据本研究获取的舟山群岛(11个岛屿)及邻近大陆15个种群共247头碧蛾蜡蝉样本的16S rRNA基因序列,对该地区种群进行遗传多样性评估;采用贝叶斯推断法构建系统发育树并绘制单倍型网络图,以解析种群间的遗传结构;通过中性检验、错配分布分析和贝叶斯天空线(Bayesian skyline plot, BSP)分析,探讨该地区碧蛾蜡蝉的种群历史动态。【结果】贝叶斯系统树及单倍型网络图均没有解析出舟山群岛碧蛾蜡蝉种群明显的遗传结构。且分子方差分析发现,遗传变异主要集中在种群内部(种群内变异占68.26%),种群间没有明显的遗传分化,显示了该地区碧蛾蜡蝉种群遗传多样性的均质化。不同种群间的单倍型多态性和核苷酸多态性与大陆-岛屿距离及岛屿隔离时间不相关。中性检验分析检测到Tajima’s D和Fu’s Fs均呈显著的负值,且错配分布分析呈现出典型的单峰,表明该地区碧蛾蜡蝉种群发生了近期的种群扩张事件。BSP分析表明,这种扩张事件发生在大约0.5~3.5千年前。【结论】岛屿隔离效应可能不足以驱使舟山群岛及邻近大陆的碧蛾蜡蝉种群遗传多样性产生明显的差异。 展开更多
关键词 碧蛾蜡蝉 岛屿隔离 16S RRNA 单倍型 遗传多样性 种群历史动态 舟山群岛
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