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利用SNP高密度遗传连锁图谱定位甘蓝型油菜种子硫苷含量的QTL(英文)
被引量：
7
1
作者
荐红举
魏丽娟
+3 位作者
李加纳
徐新福
谌利
刘列钊
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第8期1386-1391,共6页
种子硫苷在甘蓝型油菜中有着重要的生物学作用和经济价值。本文旨在通过复合区间作图法利用高密度SNP 遗传连锁图谱定位种子硫苷的 QTL。用近红外扫描获得种子硫苷含量,每株系扫描3次,取平均值。所用的高密度SNP遗传图谱包含2795个SNP...
种子硫苷在甘蓝型油菜中有着重要的生物学作用和经济价值。本文旨在通过复合区间作图法利用高密度SNP 遗传连锁图谱定位种子硫苷的 QTL。用近红外扫描获得种子硫苷含量,每株系扫描3次,取平均值。所用的高密度SNP遗传图谱包含2795个SNP多态性标记位点,图谱总长1832.9 cM,相邻标记间平均距离为0.66 cM。定位了2年的种子硫苷含量QTL,其中有5个QTL在2年内被重复检测到,分别分布在A03、A09和C02染色体上, LOD阈值在2.90～10.40之间。这些QTL在2011和2012年试验中分别解释了56.9%和55.1%的表型变异。另外有5个QTL仅在其中一年被检测到,这些QTL能够解释4.1%～7.9%的表型变异, QTL阈值在2.53～3.83之间。
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关键词
甘蓝型油菜
单核苷酸多态性
数量性状位点
种子硫苷含量
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职称材料
用全基因组关联作图和共表达网络分析鉴定油菜种子硫苷含量的候选基因
被引量：
4
2
作者
魏大勇
崔艺馨
+4 位作者
熊清
汤青林
梅家琴
李加纳
钱伟
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期629-641,共13页
油菜籽饼粕是畜禽养殖中重要的蛋白原料,但饼粕中的硫苷是一种抗营养物质,食用过多会对禽畜产生毒害,因此挖掘油菜籽粒硫苷含量的候选基因对油菜种子低硫苷育种具有重要现实意义。本研究连续4年种植1个含157份材料的油菜自然群体,结合...
油菜籽饼粕是畜禽养殖中重要的蛋白原料,但饼粕中的硫苷是一种抗营养物质,食用过多会对禽畜产生毒害,因此挖掘油菜籽粒硫苷含量的候选基因对油菜种子低硫苷育种具有重要现实意义。本研究连续4年种植1个含157份材料的油菜自然群体,结合重测序数据对种子硫苷含量进行全基因组关联分析(GWAS),并对15份低硫苷和15份高硫苷材料进行种子发育早期的转录组测序,通过权重基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定种子硫苷含量的候选基因。用GWAS共检测到45个与种子硫苷含量显著相关的SNP,单个位点解释的表型变异为13.5%~23.3%,主要分布在A09、C02和C09染色体的3个区间中,覆盖5个已知的硫苷代谢基因。用WGCNA分析发现高、低硫苷材料之间的2275个差异表达基因,可分为12个基因模块,其中1个模块的基因显著富集在已知的硫苷生物合成途径,对该模块内163个基因的权重分析得到13个候选基因。经检测,GWAS和WGCNA共得到的18个候选基因中,有14个候选基因的表达量与种子硫苷含量显著相关(r=0.376~0.638,P<0.05)。用两种方法鉴定到1个共同的候选基因Bna C02g41790D(基因名MAM1),与该基因连锁的5个SNP构成5种单体型,等位基因效应分析发现,自然群体中63%的材料(99/157)为Hap 5,平均硫苷含量为50.79μmol g^(-1),与另外4种单体型(95.04~110.28μmol g^(-1))存在极显著差异(P<0.01)。本研究结合GWAS和WGCNA两种方法鉴定了油菜种子硫苷含量的候选基因,可为复杂性状候选基因的筛选提供参考。
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关键词
甘蓝型油菜
全基因组关联分析
权重基因共表达网络分析
重测序
转录组测序
种子硫苷含量
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职称材料
甘蓝型油菜种子硫代葡萄糖苷含量的QTL定位及候选基因分析
被引量：
2
3
作者
赵卫国
塔娜
王灏
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期1261-1272,共12页
【目的】解析甘蓝型油菜种子硫代葡萄糖苷性状的重要遗传位点及候选基因,为甘蓝型油菜硫苷基因克隆和品种品质改良奠定基础。【方法】以甘蓝型油菜KN DH群体种子为材料,对在4个种植环境的种子硫苷含量进行QTL定位和候选基因分析。【结果...
【目的】解析甘蓝型油菜种子硫代葡萄糖苷性状的重要遗传位点及候选基因,为甘蓝型油菜硫苷基因克隆和品种品质改良奠定基础。【方法】以甘蓝型油菜KN DH群体种子为材料,对在4个种植环境的种子硫苷含量进行QTL定位和候选基因分析。【结果】(1)甘蓝型油菜种子硫苷含量变异系数较高且较为稳定,服从数量性状的遗传特点。(2)7个一致性QTL(cqGC.A9-5、cqGC.A9-7、cqGC.A9-9、cqGC.C2-9、cqGC.C2-10、cqGC.C9-5和cqGC.C9-6)为环境稳定表达QTL,包括3个主效QTL(cqGC.A9-5、cqGC.C2-10和cqGC.C9-5)。(3)在主效QTL cqGC.A9-5和cqGC.C9-5鉴定到3个候选基因(BnaA09g05480D、BnaC09g05620D和BnaC09g05810D),主要涉及硫苷生物合成途径中吲哚-3-乙醛肟、3-烷基-苹果酸的合成及硫苷的转运与分配。【结论】甘蓝型油菜种子硫苷含量为数量性状。3个甘蓝型油菜硫苷含量主效QTL被鉴定到,其置信区间候选基因的拟南芥同源基因参与硫苷合成途径中间产物合成及促进硫苷的转运与分配。
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关键词
甘蓝型油菜
种子硫苷含量
QTL定位
候选基因
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职称材料
题名
利用SNP高密度遗传连锁图谱定位甘蓝型油菜种子硫苷含量的QTL(英文)
被引量：
7
1
作者
荐红举
魏丽娟
李加纳
徐新福
谌利
刘列钊
机构
西南大学农学与生物科技学院/重庆市油菜工程技术研究中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第8期1386-1391,共6页
基金
supported by the National Natural Science Foundation of China(No.31171584)
the Natural Science Foundation of Chongqing(No.cstc2011jjA8000g)
The Program of Introducing International Super Agricultural Science and Technology(948 Program)(No.2011-G23)
文摘
种子硫苷在甘蓝型油菜中有着重要的生物学作用和经济价值。本文旨在通过复合区间作图法利用高密度SNP 遗传连锁图谱定位种子硫苷的 QTL。用近红外扫描获得种子硫苷含量,每株系扫描3次,取平均值。所用的高密度SNP遗传图谱包含2795个SNP多态性标记位点,图谱总长1832.9 cM,相邻标记间平均距离为0.66 cM。定位了2年的种子硫苷含量QTL,其中有5个QTL在2年内被重复检测到,分别分布在A03、A09和C02染色体上, LOD阈值在2.90～10.40之间。这些QTL在2011和2012年试验中分别解释了56.9%和55.1%的表型变异。另外有5个QTL仅在其中一年被检测到,这些QTL能够解释4.1%～7.9%的表型变异, QTL阈值在2.53～3.83之间。
关键词
甘蓝型油菜
单核苷酸多态性
数量性状位点
种子硫苷含量
Keywords
Brassica napus
Single nucleotide polymorphism
Quantitative trait loci
Seed glucosinolate content
分类号
S565.4 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
用全基因组关联作图和共表达网络分析鉴定油菜种子硫苷含量的候选基因
被引量：
4
2
作者
魏大勇
崔艺馨
熊清
汤青林
梅家琴
李加纳
钱伟
机构
西南大学园艺园林学院
南方山地园艺学教育部重点实验室
西南大学农学与生物科技学院
西南大学计算机与信息科学学院
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期629-641,共13页
基金
国家自然科学基金项目(31601333)
国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(2015CB150201)
中央高校基本科研业务专项(XDJK2017B036)资助~~
文摘
油菜籽饼粕是畜禽养殖中重要的蛋白原料,但饼粕中的硫苷是一种抗营养物质,食用过多会对禽畜产生毒害,因此挖掘油菜籽粒硫苷含量的候选基因对油菜种子低硫苷育种具有重要现实意义。本研究连续4年种植1个含157份材料的油菜自然群体,结合重测序数据对种子硫苷含量进行全基因组关联分析(GWAS),并对15份低硫苷和15份高硫苷材料进行种子发育早期的转录组测序,通过权重基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定种子硫苷含量的候选基因。用GWAS共检测到45个与种子硫苷含量显著相关的SNP,单个位点解释的表型变异为13.5%~23.3%,主要分布在A09、C02和C09染色体的3个区间中,覆盖5个已知的硫苷代谢基因。用WGCNA分析发现高、低硫苷材料之间的2275个差异表达基因,可分为12个基因模块,其中1个模块的基因显著富集在已知的硫苷生物合成途径,对该模块内163个基因的权重分析得到13个候选基因。经检测,GWAS和WGCNA共得到的18个候选基因中,有14个候选基因的表达量与种子硫苷含量显著相关(r=0.376~0.638,P<0.05)。用两种方法鉴定到1个共同的候选基因Bna C02g41790D(基因名MAM1),与该基因连锁的5个SNP构成5种单体型,等位基因效应分析发现,自然群体中63%的材料(99/157)为Hap 5,平均硫苷含量为50.79μmol g^(-1),与另外4种单体型(95.04~110.28μmol g^(-1))存在极显著差异(P<0.01)。本研究结合GWAS和WGCNA两种方法鉴定了油菜种子硫苷含量的候选基因,可为复杂性状候选基因的筛选提供参考。
关键词
甘蓝型油菜
全基因组关联分析
权重基因共表达网络分析
重测序
转录组测序
种子硫苷含量
Keywords
Brassica napus
GWAS
WGCNA
Re-sequencing
RNA-seq
Seed GSL content
分类号
S565.4 [农业科学—作物学]
在线阅读
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职称材料
题名
甘蓝型油菜种子硫代葡萄糖苷含量的QTL定位及候选基因分析
被引量：
2
3
作者
赵卫国
塔娜
王灏
机构
安康学院现代农业与生物科技学院
陕西省杂交油菜研究中心
出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期1261-1272,共12页
基金
陕西高校青年创新团队项目(2023AYTD01)
陕西省大学生创新创业训练计划项目(S202311397010)
+2 种基金
陕西省重点研发计划项目(2020ZDLNY04-01)
陕西省茶产业协同创新项目(23JY001,23JY003)
安康学院高层次人才引进项目(2021AYQDZR12)。
文摘
【目的】解析甘蓝型油菜种子硫代葡萄糖苷性状的重要遗传位点及候选基因,为甘蓝型油菜硫苷基因克隆和品种品质改良奠定基础。【方法】以甘蓝型油菜KN DH群体种子为材料,对在4个种植环境的种子硫苷含量进行QTL定位和候选基因分析。【结果】(1)甘蓝型油菜种子硫苷含量变异系数较高且较为稳定,服从数量性状的遗传特点。(2)7个一致性QTL(cqGC.A9-5、cqGC.A9-7、cqGC.A9-9、cqGC.C2-9、cqGC.C2-10、cqGC.C9-5和cqGC.C9-6)为环境稳定表达QTL,包括3个主效QTL(cqGC.A9-5、cqGC.C2-10和cqGC.C9-5)。(3)在主效QTL cqGC.A9-5和cqGC.C9-5鉴定到3个候选基因(BnaA09g05480D、BnaC09g05620D和BnaC09g05810D),主要涉及硫苷生物合成途径中吲哚-3-乙醛肟、3-烷基-苹果酸的合成及硫苷的转运与分配。【结论】甘蓝型油菜种子硫苷含量为数量性状。3个甘蓝型油菜硫苷含量主效QTL被鉴定到,其置信区间候选基因的拟南芥同源基因参与硫苷合成途径中间产物合成及促进硫苷的转运与分配。
关键词
甘蓝型油菜
种子硫苷含量
QTL定位
候选基因
Keywords
Brassica napus L.
seed glucosinolate content
QTL mapping
candidate gene
分类号
S565.4 [农业科学—作物学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用SNP高密度遗传连锁图谱定位甘蓝型油菜种子硫苷含量的QTL(英文)
荐红举
魏丽娟
李加纳
徐新福
谌利
刘列钊
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
用全基因组关联作图和共表达网络分析鉴定油菜种子硫苷含量的候选基因
魏大勇
崔艺馨
熊清
汤青林
梅家琴
李加纳
钱伟
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
4
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下载PDF
职称材料
3
甘蓝型油菜种子硫代葡萄糖苷含量的QTL定位及候选基因分析
赵卫国
塔娜
王灏
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
2
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职称材料
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