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日本鳗鲡离散SNP标记筛选及群体遗传多样性分析
被引量：
5
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作者
于磊
刘炳舰
刘进贤
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期37-47,共11页
日本鳗鲡(Anguilla japonica)野生资源数量锐减,亟需对其开展群体遗传学和保护遗传学研究。单核苷酸多态性标记(SNP)是重要的遗传标记,然而在日本鳗鲡中还尚未有报道。本研究采用酶切位点相关DNA测序技术开发了日本鳗鲡的离散SNP标记,利...
日本鳗鲡(Anguilla japonica)野生资源数量锐减,亟需对其开展群体遗传学和保护遗传学研究。单核苷酸多态性标记(SNP)是重要的遗传标记,然而在日本鳗鲡中还尚未有报道。本研究采用酶切位点相关DNA测序技术开发了日本鳗鲡的离散SNP标记,利用KASPar技术对辽宁丹东和福建三沙两个群体共61尾玻璃鳗样品进行SNP分型,验证所开发SNP标记的多态性。研究共得到38个多态性较高的离散SNP标记。在丹东群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.000~0.407,期望杂合度(He)为0.033~0.484;在三沙群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.032~0.500,期望杂合度(He)为0.032~0.494。这表明已处于濒危状态的日本鳗鲡依然具有较高的遗传多样性水平。丹东群体中的AJ_SNP_03位点和三沙群体中的AJ_SNP_25和AJ_SNP_35位点偏离哈温平衡,所有位点间均不存在连锁不平衡现象。丹东群体和三沙群体间的遗传距离FST值为-0.005(P=0.898),表明这两个群体间无显著的遗传分化,符合日本鳗鲡随机交配的属性。研究结果表明,本研究开发的SNP标记可以用于解析日本鳗鲡的群体遗传结构及探究其本地适应性,为其资源的保护提供基础资料。
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关键词
酶切位点相关DNA测序技术
日本鳗鲡
离散snp标记
保护遗传学
遗传多样性
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职称材料
题名
日本鳗鲡离散SNP标记筛选及群体遗传多样性分析
被引量：
5
1
作者
于磊
刘炳舰
刘进贤
机构
中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室
中国科学院大学
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期37-47,共11页
基金
国家自然科学基金项目(41676137)
青岛海洋科学与技术国家实验室鳌山人才项目(2015ASTP-ES05)
+1 种基金
国家基金委-山东省联合基金项目(U1606404)
中国科学院百人计划项目资助~~
文摘
日本鳗鲡(Anguilla japonica)野生资源数量锐减,亟需对其开展群体遗传学和保护遗传学研究。单核苷酸多态性标记(SNP)是重要的遗传标记,然而在日本鳗鲡中还尚未有报道。本研究采用酶切位点相关DNA测序技术开发了日本鳗鲡的离散SNP标记,利用KASPar技术对辽宁丹东和福建三沙两个群体共61尾玻璃鳗样品进行SNP分型,验证所开发SNP标记的多态性。研究共得到38个多态性较高的离散SNP标记。在丹东群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.000~0.407,期望杂合度(He)为0.033~0.484;在三沙群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.032~0.500,期望杂合度(He)为0.032~0.494。这表明已处于濒危状态的日本鳗鲡依然具有较高的遗传多样性水平。丹东群体中的AJ_SNP_03位点和三沙群体中的AJ_SNP_25和AJ_SNP_35位点偏离哈温平衡,所有位点间均不存在连锁不平衡现象。丹东群体和三沙群体间的遗传距离FST值为-0.005(P=0.898),表明这两个群体间无显著的遗传分化,符合日本鳗鲡随机交配的属性。研究结果表明,本研究开发的SNP标记可以用于解析日本鳗鲡的群体遗传结构及探究其本地适应性,为其资源的保护提供基础资料。
关键词
酶切位点相关DNA测序技术
日本鳗鲡
离散snp标记
保护遗传学
遗传多样性
Keywords
restriction site-associated DNA sequencing
Japanese eel
outlier
snp
marker
conservation genetics
genetic diversity
分类号
S931.3 [农业科学—渔业资源]
Q346 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
日本鳗鲡离散SNP标记筛选及群体遗传多样性分析
于磊
刘炳舰
刘进贤
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
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职称材料
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