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福尔马林固定石蜡包埋组织中DNA提取 被引量:32
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作者 谭卓毅 丁梅 王保捷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2006年第6期455-458,共4页
由于甲醛介导的DNA损伤和石蜡对DNA提取的阻碍作用,使得常规DNA提取方法很难从福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中获取高质量的DNA。近年来,众多学者的研究表明,通过改良预处理方法,优化蛋白酶K消化作用,简化DNA提取步骤,纯化DNA提取物... 由于甲醛介导的DNA损伤和石蜡对DNA提取的阻碍作用,使得常规DNA提取方法很难从福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中获取高质量的DNA。近年来,众多学者的研究表明,通过改良预处理方法,优化蛋白酶K消化作用,简化DNA提取步骤,纯化DNA提取物等,可以有效提高FFPET中提取的DNA质量,为FFPET的DNA分析奠定了基础。 展开更多
关键词 福尔马林固定 石蜡包埋组织 DNA提取
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从福尔马林固定-石蜡包埋样本中抽提RNA的方法与可行性 被引量:2
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作者 朱萌 张宁 +2 位作者 任牡丹 卢新兰 和水祥 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期301-305,共5页
目的探讨从福尔马林固定-石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)组织中抽提RNA的可行性和有效性。方法收集胃癌和癌旁FFPE样本各41例,10μm厚连续切片3张,采用蛋白酶消化盐析法抽提纯化RNA,检测提取RNA的产量和质量并分析其... 目的探讨从福尔马林固定-石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)组织中抽提RNA的可行性和有效性。方法收集胃癌和癌旁FFPE样本各41例,10μm厚连续切片3张,采用蛋白酶消化盐析法抽提纯化RNA,检测提取RNA的产量和质量并分析其应用价值。结果 41对胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA纯度为1.578~3.175,平均2.022±0.190,其中癌组织为1.578~3.175,平均2.033±0.240,癌旁组织为1.726~2.329,平均2.011±0.123;RNA浓度为(26.8~1 087)ng/μl,平均(267.062±210.435)ng/μl,其中癌组织为(50.5~1 087)ng/μl,平均(336.5±228.927)ng/μl,癌旁组织为(26.8~820)ng/μl,平均(197.62±165.47)ng/μl;琼脂糖凝胶电泳条带弥散分布,约300 bp;胃癌和癌旁RNA的纯度比较P=0.564,尚不能认为胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA纯度有不同,但浓度比较P=0.001,可认为胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA浓度有所不同,癌组织中较高。结论从FFPE样本中抽提的RNA在不可避免地出现降解的情况下仍然具有很高的纯度和合适的浓度;在确保扩增产物大小处于一定范围内的前提下从FFPE样本中抽提的RNA具有可以满足下游应用的纯度、浓度和完整性;建立从FFPE样本中抽提RNA的方法在各种影响因素符合要求后完全可行。 展开更多
关键词 福尔马林固定-石蜡包埋 RNA抽提 方法
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福尔马林固定石蜡包埋组织切片蛋白质组分析方法与应用研究进展 被引量:5
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作者 翁爽 王明超 +1 位作者 应万涛 钱小红 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期75-81,共7页
福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed and paraffin-embedding,FFPE)是最常见的临床组织保存技术,FFPE组织具有标准化的制备流程、易于存储、标本量大、包含较完整的临床回顾性信息等特点,而成为疾病生物标志物发掘的良好载体。近年来... 福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed and paraffin-embedding,FFPE)是最常见的临床组织保存技术,FFPE组织具有标准化的制备流程、易于存储、标本量大、包含较完整的临床回顾性信息等特点,而成为疾病生物标志物发掘的良好载体。近年来,基于临床FFPE组织的特点,发展了系列蛋白质组学研究方法,包括样本制备、消解、分离到蛋白质质谱鉴定等多个领域,总体呈现出微量、高灵敏度、高通量的技术特点,并已成功用于肿瘤精准医学等临床蛋白质组研究。该综述将对FFPE组织切片样本的蛋白质组学方法,以及其在肿瘤研究中的应用进行概述,从而为临床精准医学蛋白质组学的研究提供借鉴思路。 展开更多
关键词 福尔马林固定石蜡包埋(ffpe) 临床蛋白质组学 交联 生物标志物
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人体脑组织福尔马林固定石蜡包埋样本中长链非编码RNA的提取及定量分析方法 被引量:2
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作者 吕叶辉 李志宏 +4 位作者 刘丽 黎世莹 李堃 杨智昉 陈忆九 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期400-406,共7页
目的·比较脑组织新鲜样本和福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)样本中RNA的质量,并分析长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)的表达情况。方法·收集不同保存条件下的FFPE及成对新鲜脑组织,... 目的·比较脑组织新鲜样本和福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)样本中RNA的质量,并分析长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)的表达情况。方法·收集不同保存条件下的FFPE及成对新鲜脑组织,提取并检测RNA质量,运用实时定量PCR(RT-q PCR)分析各RNA指标的扩增效率和表达稳定度,筛选内参指标并对比不同扩增长度候选指标的△Ct值改变情况,以明确FFPE样本中lnc RNA真实表达水平。结果·FFPE样本中RNA纯度相对较高,但完整性明显低于新鲜样本。所有指标均成功扩增,长链RNA的扩增效率与产物长度、样本处理方式、保存温度及保存时间有关,而5S、mi R-9及mi R-125b扩增效率均接近理想状态并在所有样本中稳定表达,适合作为内参指标。与新鲜样本相比,在4℃保存的FFPE样本中,只有HAR1F和MALAT1-L(>200 bp)的△Ct值升高;在室温保存的FFPE样本中,多数指标的△Ct值显著增加,但是短扩增(<60 bp)指标在所有样本中表达一致。结论·尽管处理方式和保存条件会影响组织RNA的完整性,但通过选择合适的扩增长度及内参指标,能够准确定量FFPE组织中lnc RNA的表达水平。 展开更多
关键词 脑组织 福尔马林固定石蜡包埋 RNA 质量 扩增效率 内参指标 长链非编码RNA
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福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响 被引量:5
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作者 高文涛 张泽兵 +1 位作者 孙宏晨 欧阳喈 《白求恩医科大学学报》 CSCD 1999年第1期103-104,共2页
目的:比较多种福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响,探讨临床组织病理标本理想的DNA提取方法及PCR应用。方法:采用5种不同的DNA提取方法应用PCR技术进行了比较。结果:Tween20,NP40... 目的:比较多种福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响,探讨临床组织病理标本理想的DNA提取方法及PCR应用。方法:采用5种不同的DNA提取方法应用PCR技术进行了比较。结果:Tween20,NP40加蛋白酶K法和亚氨基二乙酸法处理标本时PCR结果较为理想。结论:合适的福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法可应用PCR进行DNA水平的相应的研究。 展开更多
关键词 福尔马林固定 石蜡包埋 DNA提取 病理组织学 PCR
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建立科研使用FFPE肿瘤组织库的几点建议 被引量:3
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作者 程凯 章如松 +2 位作者 余波 马恒辉 石群立 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期463-464,共2页
福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed paraffn embed-ded,FFPE)是病理科普遍采用的组织处理和保存方法。组织标本经取材、固定、脱水、透明、浸蜡以及包埋等程序处理之后,可长时间保存《临床技术操作规范一病理学分册》(以下简称... 福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed paraffn embed-ded,FFPE)是病理科普遍采用的组织处理和保存方法。组织标本经取材、固定、脱水、透明、浸蜡以及包埋等程序处理之后,可长时间保存《临床技术操作规范一病理学分册》(以下简称《操作规范》)要求,FFPE组织需保存15年。该操作由于流程简单,易于掌握,可以实现高度自动化处理,且代价低廉,适合大多数医院病理科开展。目前,FFPE组织已广泛应用于病理科的常规病理工作中。 展开更多
关键词 肿瘤组织库 技术操作规范 科研 福尔马林固定 石蜡包埋 保存方法 长时间保存 自动化处理
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胃癌新鲜和石蜡组织及癌前病变组织中miR-106a的表达 被引量:3
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作者 朱萌 张宁 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期611-614,共4页
目的比较miR-106a在胃癌新鲜和石蜡组织中的表达,探讨其在胃癌前病变组织中的表达。方法收集人胃癌和对应癌旁组织新鲜样本30对和石蜡样本40对,采用实时荧光定量PCR技术检测miR-106a在两组样本中的表达。收集人胃癌前病变石蜡样本20例... 目的比较miR-106a在胃癌新鲜和石蜡组织中的表达,探讨其在胃癌前病变组织中的表达。方法收集人胃癌和对应癌旁组织新鲜样本30对和石蜡样本40对,采用实时荧光定量PCR技术检测miR-106a在两组样本中的表达。收集人胃癌前病变石蜡样本20例和胃腺癌石蜡样本40例,采用原位杂交技术检测miR-106a在胃癌早期发生阶段中的表达并与胃癌组织相比较。结果新鲜组织中miR-106a的相对表达量为3.25±1.99,石蜡组织中miR-106a的相对表达量为3.18±2.14,两组相比miR-106a表达量差异无统计学意义(P>0.05),两组样本miR-106a的表达具有显著相关性(rs=0.998,P<0.001)。在胃癌前病变阶段可以检测到miR-106a的表达,阳性率为70%,阳性颗粒位于不典型增生的上皮细胞内,呈深蓝色细颗粒状物;胃癌组织中miR-106a的阳性率为87.5%,阳性表达范围和强度较癌前病变明显扩大和增强。结论胃癌新鲜组织和石蜡组织中miR-106a的表达呈显著正相关,应用石蜡组织检测miR-106a在胃癌前病变中出现的早期表达变化,可以为胃癌的早期诊断提供有价值的信息。 展开更多
关键词 胃肿瘤 福尔马林固定-石蜡包埋 miR-106a 早期诊断
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qPCR检测结核杆菌在肺和胸膜上皮样肉芽肿性疾病诊断中的意义 被引量:9
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作者 陈昕 陈灵锋 黄颖 《临床与实验病理学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第10期1132-1134,共3页
目的探讨荧光定量聚合酶链反应(Real-time polymerase chain reaction,q PCR)法在诊断及鉴别诊断肺和胸膜结核病和其他肉芽肿性疾病中的意义。方法收集经病理学检查发现上皮样肉芽肿性病变的肺和胸膜活检的石蜡包埋组织142例,应用q PCR... 目的探讨荧光定量聚合酶链反应(Real-time polymerase chain reaction,q PCR)法在诊断及鉴别诊断肺和胸膜结核病和其他肉芽肿性疾病中的意义。方法收集经病理学检查发现上皮样肉芽肿性病变的肺和胸膜活检的石蜡包埋组织142例,应用q PCR法检测结核分枝杆菌DNA,同时行抗酸染色,并与临床资料对比进行回顾性分析。结果在142例肺胸膜活检标本中,60例临床诊断确诊为结核病。采用q PCR法检测结核分枝杆菌DNA阳性者58例,敏感性为96.67%,特异性为100%;抗酸染色阳性者17例,敏感性为28.33%,特异性为97.56%,差异有统计学意义(χ~2=21.47,P<0.001)。结论结核分枝杆菌核酸检测有助于在石蜡包埋的肺和胸膜小活检组织中快速、准确的诊断结核病,可用于疑似结核的肉芽肿性病变的鉴别诊断。 展开更多
关键词 结核 分枝杆菌 福尔马林固定石蜡包埋组织 荧光定量聚合酶链反应
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抗血管内皮细胞单克隆抗体的制备及免疫组化鉴定
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作者 任峰 刘彦仿 隋延仿 《单克隆抗体通讯》 CSCD 1989年第2期30-32,共3页
本文报道用临床手术切除的肝癌标本制备细胞悬液直接免疫BALB/c小鼠与Sp2/0骨髓瘤细胞融合,在筛选过程中获得一株抗血管内皮细胞的单克隆抗体。该细胞株稳定地在体外连续培养四个月。抗体能直接用于常规福尔马林固定的石蜡包埋的切片染... 本文报道用临床手术切除的肝癌标本制备细胞悬液直接免疫BALB/c小鼠与Sp2/0骨髓瘤细胞融合,在筛选过程中获得一株抗血管内皮细胞的单克隆抗体。该细胞株稳定地在体外连续培养四个月。抗体能直接用于常规福尔马林固定的石蜡包埋的切片染色,不需胰酶消化。经A.B.C法免疫组化染色证明,对全身各脏器血管内皮细胞定位以及30例各种类型血管瘤的内皮细胞染色均呈阳性反应。对起源于内皮细胞的5例血管内皮细胞肉瘤定位4例阳性,1例为阴性。而对血管外皮细胞肉瘤却大部份呈阴性反应。与内皮细胞以外的组织无交叉反应。提示此抗体能识别的抗原可能是Ⅷ因子相关抗原,它对起源于血管的软组织肿瘤的鉴别诊断及免疫组化定位有一定的应用价值。 展开更多
关键词 抗血管内皮细胞 单克隆抗体 BALB/c小鼠 血管内皮细胞肉瘤 血管外皮细胞肉瘤 Ⅷ因子相关抗原 鉴定 体外连续培养 福尔马林固定 免疫组化定位 Sp2/0 软组织肿瘤 细胞融合 细胞悬液 标本制备 手术切除 石蜡包埋 胰酶消化
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乳腺癌组织样本中HER2基因拷贝数的检测分析
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作者 孙亚蒙 马晔 郭润生 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1589-1597,共9页
目的·利用微滴式数字PCR系统(droplet digital PCR system,ddPCR)建立乳腺癌组织福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin embedded,FFPE)样本和血浆样本中HER2基因拷贝数检测体系,并对检测体系进行性能评估,为临床辅助诊疗... 目的·利用微滴式数字PCR系统(droplet digital PCR system,ddPCR)建立乳腺癌组织福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin embedded,FFPE)样本和血浆样本中HER2基因拷贝数检测体系,并对检测体系进行性能评估,为临床辅助诊疗提供科学依据。方法·收集2020年1月—2021年6月就诊于上海健康医学院附属嘉定区中心医院普外科乳腺癌患者组织样本12例及其中4例配对血浆样本用于检测体系评价,同期收集健康志愿者血浆样本24例及就诊的乳腺癌组织切片样本77例,提取核酸,用于建立检测体系空白检测限及性能评价。设计及筛选检测体系,使用ddPCR检测体系的空白检测限、精密度、灵敏度及线性范围,使用高通量测序(next generation sequencing,NGS)验证ddPCR检测一致性,并与荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,IHC)/免疫组化(immunohistochemistry,FISH)金标准方法比对检测体系准确性。定量资料比较采用χ^(2)检验和配对样本t检验进行分析,使用Poisson概率函数分析体系空白检测限,变异系数(coefficient of variation,CV)评价灵敏度及精密度,线性回归相关系数(R^(2))评价线性范围。结果·使用ddPCR平台建立了乳腺癌患者组织切片DNA中HER^(2)基因拷贝数定量和扩增检测体系,配对样本t检验评价:与NGS方法检测组织核酸和血浆游离核酸样本结果相比,检测拷贝数结果相关系数0.987,扩增判读一致性100%。评估检测体系的批内精密度为6.8%、批间精密度为9.4%,灵敏度为1 ng,线性良好(R^(2)>0.98)。与传统的IHC/FISH方法相比,检测体系的灵敏度和特异度分别为84.6%(95%CI 64.3%~95.0%)和76.5%(95%CI 62.2%~86.8%),Kappa为0.57,一致率为79.2%。结论·使用ddPCR建立乳腺癌患者HER^(2)拷贝数检测体系,临床检测一致性良好,可能为乳腺癌患者的诊疗和预后判断的研究提供辅助手段。 展开更多
关键词 乳腺癌 福尔马林固定石蜡包埋 血浆 微滴式数字PCR HER2拷贝
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用位点杂交检测细胞培养物和组织中的PRRSV
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作者 李凯年 《畜牧兽医科技信息》 1997年第12期8-8,共1页
加拿大的研究人员研制了一种非放射性位点杂交法,用以检测细胞培养物和福尔马林固定石蜡包埋组织切片中的猪生殖和呼吸道综合征病毒(PRRSV)。本法用PCR产生以编码CanadianPRRSV分离物病毒粒子蛋白的病毒RNA为目标的174bp cDNA探针,用异... 加拿大的研究人员研制了一种非放射性位点杂交法,用以检测细胞培养物和福尔马林固定石蜡包埋组织切片中的猪生殖和呼吸道综合征病毒(PRRSV)。本法用PCR产生以编码CanadianPRRSV分离物病毒粒子蛋白的病毒RNA为目标的174bp cDNA探针,用异羟洋地黄毒甙元标记该cDNA探针。用感染6个Canadian PRRSV、1个US PRRSV和European 展开更多
关键词 PRRSV 细胞培养物 杂交检测 CDNA探针 分离物 组织切片 呼吸道综合征 石蜡包埋 福尔马林固定 病毒粒子
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应用原位杂交试验检测PRRSV核酸
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作者 史同瑞 《畜牧兽医科技信息》 1998年第17期5-5,共1页
朝鲜学者以异羟洋地黄毒甙元标记433bPcDNA探针建立原位杂交试验,用于检测猪肺脏中生殖一呼吸道综合征病毒(PRRSV)核酸。采取7头自然感染PRRSV的猪肺脏,用福尔马林固定,粗石蜡包埋,然后用该试验检测,结果7头猪均为阳性,典型阳性细胞为... 朝鲜学者以异羟洋地黄毒甙元标记433bPcDNA探针建立原位杂交试验,用于检测猪肺脏中生殖一呼吸道综合征病毒(PRRSV)核酸。采取7头自然感染PRRSV的猪肺脏,用福尔马林固定,粗石蜡包埋,然后用该试验检测,结果7头猪均为阳性,典型阳性细胞为黑褐色。 展开更多
关键词 原位杂交 PRRSV 试验检测 呼吸道综合征 自然感染 石蜡包埋 福尔马林固定 检出率 朝鲜学 洋地黄毒甙
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用ISH、IHC和PCR检测IBDV
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作者 李凯年 《畜牧兽医科技信息》 2000年第8期10-10,共1页
美国科技人员用于传染性法氏囊病病毒(IBDV)VP2基因的491-bp cDNA片段研制了一种位点杂交(ISH)试验。用套式PCR扩增该片段并用加入洋地黄毒苷-11-dUTP标记。用得到的洋地黄毒苷标记的491-bp套式PCR产物作为ISH的探针。
关键词 PCR检测 传染性法氏囊病病毒 套式PCR 洋地黄毒苷 位点杂交 福尔马林固定 CDNA片段 感染鸡 VP2基因 石蜡包埋
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应用原位杂交法检测猪传染性胃肠炎病毒
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作者 朱其太 《畜牧兽医科技信息》 2001年第11期13-13,共1页
韩国学者应用非放射性辣根过氧化物酶标记的cDNA探针的原位杂交试验对25头自然感染传染性胃肠炎病毒(TGEV)的福尔马林固定、石蜡包埋组织切片进行检测,其结果与病毒分离(Ⅵ)、荧光抗体试验(FAT)
关键词 猪传染性胃肠炎病毒 原位杂交法 荧光抗体试验 组织切片 石蜡包埋 病毒分离 福尔马林固定 自然感染 过氧化物 杂交信号
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