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中国人磷酸核糖焦磷酸合成酶-1假基因的克隆与测序 被引量:1
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作者 薛爱群 张宏 +2 位作者 王晓卿 方向平 周勤 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期135-136,共2页
A processed pseudogene cDNA of PRS1 was first cloned from lymphoblast cells of normal persons and primary gout patients among Chinese. The full length of the pseudogene cDNA was 985 bp, which possessed approx. 89 7% h... A processed pseudogene cDNA of PRS1 was first cloned from lymphoblast cells of normal persons and primary gout patients among Chinese. The full length of the pseudogene cDNA was 985 bp, which possessed approx. 89 7% homology with the published sequence. Except many point mutations, two frame shift deletion of 5 bp and 8 bp were also found at the location 366 bp and 648 bp of the pseudogene cDNA, respectively. All led to 13 stop codons, so that fragment can’t translate. According to these characteristics, the fragment was thought as a processed pseudogene of PRS1. 展开更多
关键词 假基因 DNA测序 磷酸核糖焦磷酸合成酶 基因克隆
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香叶基香叶基焦磷酸合成酶在肺鳞状细胞癌中的表达及临床意义
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作者 王鑫 王晓霞 +5 位作者 李彦庆 郑永鑫 乌杰 任猛 贾向东 许天祥 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期312-324,共13页
目的·利用生物信息学和免疫组织化学法探究在肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase 1,GGPS1)的表达及其临床意义。方法·首先从UCSC Xena平... 目的·利用生物信息学和免疫组织化学法探究在肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase 1,GGPS1)的表达及其临床意义。方法·首先从UCSC Xena平台下载LUSC组织与配对正常组织的转录组数据,使用R语言进行数据标准化和差异表达分析,并利用UALCAN数据库进行验证;采用UALCAN和LinkedOmics数据库分析LUSC患者中GGPS1表达与临床病理特征关系;利用Kaplan-Meier Plotter数据库探究LUSC患者GGPS1表达对预后的影响。应用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析筛选基因相关系数及风险评分。通过列线图和校正曲线评价GGPS1对LUSC的诊断价值。采用STRING、GeneMANIA数据库构建GGPS1蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。运用R语言挑选与GGPS1相关差异基因,并进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。采用免疫组织化学法检测LUSC患者GGPS1表达情况,并分析其与临床病理特征和预后的相关性。结果·通过TIMER2.0数据库检索到GGPS1在多数肿瘤中表达均升高,且在LUSC中呈高表达。UCSC Xena、UALCAN数据库中GGPS1在LUSC的表达高于癌旁组织(均P<0.05)。UALCAN和LinkedOmics数据库发现GGPS1在指标分期较晚患者中的表达水平更高,且Kaplan-Meier Plotter数据库显示LUSC患者GGPS1高表达总生存期(overall survival,OS)较短(P<0.05)。基于LASSO回归评估LUSC患者有较好的风险预测效能。构建LUSC患者的个体化预测模型具有最佳预测准确度。GO、KEGG结果显示,GGPS1相关基因主要与蛋白质代谢、调节脂质和胆固醇代谢过程、尼古丁成瘾、磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositol3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferatoractivated receptors,PPAR)信号通路等有关。GGPS1的代谢功能可能促进肿瘤发生。免疫组化结果提示GGPS1主要定位于细胞质中,且LUSC组织中表达高于癌旁组织(P<0.05),GGPS1高表达与LUSC患者肿瘤大小、淋巴结转移和TNM分期有关(均P<0.05),且GGPS1表达高的患者OS明显短于低表达者(P=0.000)。多因素Cox回归分析提示GGPS1可作为LUSC的独立预后因素。结论·相较于正常肺组织,GGPS1在LUSC中表达显著升高,尤其在肿瘤体积较大、淋巴结转移阳性及晚期的患者中表达升高更明显;且GGPS1过表达是LUSC患者预后差的独立预测因子。GGPS1有望成为新的LUSC诊治和预防的分子靶点。 展开更多
关键词 香叶基香叶基焦磷酸合成酶 肺鳞状细胞癌 生物信息学 免疫组织化学 临床意义
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青钱柳法呢基焦磷酸合成酶基因的克隆及功能研究 被引量:3
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作者 缪倩 曹小迎 +3 位作者 李长根 尹婷 李晓储 蒋继宏 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期323-329,共7页
青钱柳是集药用、材用和观赏等多种价值于一身的珍贵树种。法呢基焦磷酸合成酶(FPS)催化=牛儿基焦磷酸(GPP)与异戊烯基焦磷酸(IPP)缩合成法呢基焦磷酸(FPP),FPP是植物次生代谢产物倍半萜,三萜,甾醇等的前体。本研究通过RACE方法首次从... 青钱柳是集药用、材用和观赏等多种价值于一身的珍贵树种。法呢基焦磷酸合成酶(FPS)催化=牛儿基焦磷酸(GPP)与异戊烯基焦磷酸(IPP)缩合成法呢基焦磷酸(FPP),FPP是植物次生代谢产物倍半萜,三萜,甾醇等的前体。本研究通过RACE方法首次从青钱柳中扩增了法呢基焦磷酸合成酶的全长cDNA序列,序列命名为CpF-PS(Genbank登录号为GU121224),序列长度为1 420 bp,包含1 029 bp的开放阅读框,编码342个氨基酸残基,预测蛋白分子量为39.60 kDa。通过BlASTP分析,推断的青钱柳FPS蛋白序列与木本棉(Gossypium arboreum)(CAA72793.1)、橡胶树(Hevea brasiliensis)(BAF98301)等的FPS蛋白相似度较高。蛋白质保守区、特征区以及进化树分析初步证实扩增到的全长cDNA序列为青钱柳的FPS基因。将该基因连入酵母表达载体并转入麦角甾醇缺陷型酵母菌株CC25(MATa/MATalpha,deltaERG20/+),发现该基因可弥补营养缺陷使得CC25菌株在高温中正常生长,证明所得到的青钱柳CpFPS基因编码的蛋白是有功能的蛋白。 展开更多
关键词 青钱柳 法呢基焦磷酸合成酶 RACE 功能研究
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植物法呢基焦磷酸合成酶的生物信息学分析 被引量:14
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作者 李嵘 王喆之 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期126-134,共9页
采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的番茄(Lycopersicon esculentum)、橡胶(Hevea brasiliensis)、香蕉(Musa acuminata)、苹果(Malus×domestica)、向日葵(Helianthus annuus)、葡萄(Vitis vinifera)等的法呢基焦磷... 采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的番茄(Lycopersicon esculentum)、橡胶(Hevea brasiliensis)、香蕉(Musa acuminata)、苹果(Malus×domestica)、向日葵(Helianthus annuus)、葡萄(Vitis vinifera)等的法呢基焦磷酸合成酶的核苷酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断。结果表明:该酶基因的全长包括5’、3’非翻译区和一个开放阅读框;其编码的蛋白是一个无跨膜结构域、不具转运肽的亲水性蛋白,包括5个保守的结构motif,其中两个是富含天冬氨酸(Asp)的motif,α-螺旋和不规则盘绕是蛋白质二级结构最大量的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,蛋白质的功能域在空间布局上是由α-螺旋围绕形成的中间具一个“大空穴”的立体结构,“大空穴”的表面藏有五个功能保守motif,其中两个Asp-motif位于“空穴”的内壁。 展开更多
关键词 植物萜类合成 法呢基焦磷酸合成酶 生物信息学
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烟草牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶类似基因的克隆及其功能研究 被引量:3
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作者 魏攀 夏玉珍 +8 位作者 史艳梅 陈霞 许亚龙 刘萍萍 王燃 魏春阳 杨军 林福呈 李锋 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第4期130-136,共7页
利用同源克隆法从普通烟草(Nicotiana tabacum)红花大金元的c DNA中克隆到一个新基因Nt GGPPSL(Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like),其编码区全长为813 bp。Blast结果显示该基因与林烟草(Nicotiana sylvestris)、绒毛状烟草(N... 利用同源克隆法从普通烟草(Nicotiana tabacum)红花大金元的c DNA中克隆到一个新基因Nt GGPPSL(Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like),其编码区全长为813 bp。Blast结果显示该基因与林烟草(Nicotiana sylvestris)、绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和番茄(Solanum lycopersicum)的GGPPS小亚基基因的相似度分别达到了99%、91%和82%,但其编码的蛋白质序列缺失了GGPPS小亚基的关键功能域"DDXXXXD",这表明Nt GGPPSL基因的功能可能与GGPPS小亚基基因不同。为了深入研究Nt GGPPSL基因的功能,通过实时荧光定量PCR(Real-time PCR)分析Nt GGPPSL基因在普通烟草不同时期和器官中的表达差异。利用TRV病毒诱导的基因沉默(VIGS)体系抑制本氏烟草(Nicotiana benthamiana)中Nt GGPPSL基因的表达,在成功沉默该基因之后,检测烟草中质体色素(新黄质、紫黄质、叶黄素、叶绿素a/b、β-胡萝卜素)含量的变化。结果显示,Nt GGPPSL基因在茎和根中的表达量明显高于其他器官。与对照组相比,在Nt GGPPSL基因沉默后,烟草叶片发生明显的褪绿现象,质体色素含量显著降低,表明该基因参与了叶绿素的合成,这为VIGS体系提供了一个可参考的指示基因,也为烟草的遗传改良和基因功能研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 荧光定量PCR 病毒诱导的基因沉默 普通烟草
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基于转录组信息的艾纳香牻牛儿基焦磷酸合成酶基因(BbGPPS)的克隆及序列分析 被引量:3
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作者 官玲亮 夏奇峰 +4 位作者 石小兵 蓝惠萍 陈振夏 赵致 庞玉新 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期901-909,共9页
采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L.DC)的叶片中克隆到单萜化合物合成的关键酶牻牛儿基焦磷酸合成酶(BbGPPS)基因。研究结果显示,BbGPPS基因的cDNA全长1 692 bp,包含开放阅读框(OR... 采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of cDNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L.DC)的叶片中克隆到单萜化合物合成的关键酶牻牛儿基焦磷酸合成酶(BbGPPS)基因。研究结果显示,BbGPPS基因的cDNA全长1 692 bp,包含开放阅读框(ORF)1 083 bp,编码361个氨基酸;亚细胞结构定位于叶绿体,既非膜蛋白也非分泌性蛋白。疏水性分析显示,BbGPPS是亲水性蛋白。同源性比对结果显示,BbGPPS蛋白与其他植物中GPPS蛋白具有高度的相似性,且具有异戊烯基结构域。系统发育分析表明,所有序列被聚为5大类,BbGPPS与其他菊科植物聚类一类,与万寿菊(Tagetes erecta)TeGPPS亲缘关系最近,其次是甜菊(Stevia rebaudiana)SrGPPS。 展开更多
关键词 艾纳香 牻牛儿基焦磷酸合成酶 氨基酸序列 系统发育分析
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橡胶树胶乳高表达的法尼基焦磷酸合成酶的功能 被引量:3
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作者 邓小敏 杨署光 田维敏 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第1期43-51,共9页
【目的】天然橡胶生物合成途径是典型的植物类异戊二烯代谢途径,MVA代谢途径是天然橡胶与萜类化合物所需的五碳构成单元IPP和DMAPP生物合成的主要途径之一。由2分子IPP和1分子DMAPP聚合形成的法尼基焦磷酸是乳管细胞天然橡胶生物合成的... 【目的】天然橡胶生物合成途径是典型的植物类异戊二烯代谢途径,MVA代谢途径是天然橡胶与萜类化合物所需的五碳构成单元IPP和DMAPP生物合成的主要途径之一。由2分子IPP和1分子DMAPP聚合形成的法尼基焦磷酸是乳管细胞天然橡胶生物合成的起始前体,厘清该起始物的合成酶酶学性质不仅有助于阐明天然橡胶生物合成机制,同时也为天然橡胶遗传改良提供酶学理论基础。【方法】对橡胶树热研7-33-97基因组中同源的3个预测的法尼基焦磷酸合成酶(HbFPS1、HbFPS2、HbFPS3)进行序列特征分析,优选胶乳中高表达的2个法尼基焦磷酸合成酶基因构建原核表达载体,经蛋白纯化与MALDI TOF质谱确证,并同时进行体外酶活性检测,最终评价其对体外橡胶合成效率的影响。【结果】橡胶树基因组含有的3个预测的法尼基焦磷酸合成酶都含有特征性的2个保守结构域“DDIMD”和“DDYXD”及相似的三维空间结构,其中胶乳高表达的HbFPS1和HbFPS2基因编码的蛋白氨基酸序列相似性达到95%,说明HbFPS1和HbFPS22个冗余基因可能经历了基因组中同源基因的后期拷贝事件。同时HbFPS1和HbFPS2基因能够正确地在大肠杆菌中表达,HbFPS3却难以正确折叠而形成包涵体,体现了这2类蛋白质N末端氨基酸明显的亲疏水性差异对蛋白可溶表达的影响。HbFPS1和HbFPS2蛋白在体外除了能够利用GPP为底物合成FPP外,还能够直接转化IPP和DMAPP生成FPP。同时,分别添加HbFPS1和HbFPS2蛋白能够提高体外橡胶合成效率并且存在蛋白剂量相关性特征。与对照相比,在特定的反应体系中,当HbFPS1和HbFPS2蛋白添加量增加时体外橡胶合成效率随之不同程度地提高,且在100μg时促进作用最明显。【结论】橡胶树胶乳中高表达的2个冗余基因HbFPS1和HbFPS2与HbFPS3基因编码蛋白的序列差异可能影响酶的活性。HbFPS1和HbFPS2蛋白确证是胶乳中能够促进天然橡胶合成的功能酶,而且能够直接聚合IPP和DMAPP生成天然橡胶合成起始物FPP。本研究建立了基于天然橡胶粒子的体外蛋白功能研究平台,并证明HbFPS1和HbFPS2酶在一定的含量下能够显著地提升橡胶合成效率。通过调控HbFPS1和HbFPS2酶活性将有助于橡胶树优质高产品种的改良与选育。 展开更多
关键词 橡胶树 法尼基焦磷酸合成酶 天然橡胶生物合成 胶乳
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高产脂思茅松牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因的克隆及表达 被引量:2
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作者 王毅 原晓龙 +1 位作者 陈伟 李江 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第6期711-716,共6页
以高产脂思茅松为材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法获得思茅松牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS)基因的c DNA序列,Gen Bank登录号为KM382173.1.序列分析显示,思茅松GGPS基因c DNA全长1 152 bp,编码383个氨基酸,属于GGPS家族.... 以高产脂思茅松为材料,基于转录组数据分析,采用RT-PCR方法获得思茅松牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS)基因的c DNA序列,Gen Bank登录号为KM382173.1.序列分析显示,思茅松GGPS基因c DNA全长1 152 bp,编码383个氨基酸,属于GGPS家族.序列比对分析显示,思茅松GGPS拥有GGPS家族特有的两个功能保守结构域FARM(DDLPSMDND)、SARM(DDILD),其与马尾松GGPS的同源性为78.07%.系统进化树分析显示,思茅松GGPS与马尾松GGPS的亲缘关系最近.荧光定量PCR分析表明,在思茅松的树皮中,GGPS基因的表达明显受到割脂物理伤害的诱导,在高产脂思茅松个体幼枝中的表达量远远高于在低产脂思茅松个体的表达量. 展开更多
关键词 高产脂 思茅松 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPS) 荧光定量PCR 基因功能
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基于转录组信息的艾纳香牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因(BbGGPS)的克隆及序列分析 被引量:2
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作者 夏奇峰 赵致 +2 位作者 刘红昌 官玲亮 庞玉新 《山地农业生物学报》 2016年第4期23-29,共7页
采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of c DNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L·DC)的叶片中克隆到二萜化合物合成的关键酶牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(Bb GGPS)基因。结果显示:Bb GGPS基因的c DNA全长1475 bp,包含... 采用RT-PCR和RACE(Rapid amplification of c DNA ends)技术,从艾纳香(Blumea balsamifera L·DC)的叶片中克隆到二萜化合物合成的关键酶牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(Bb GGPS)基因。结果显示:Bb GGPS基因的c DNA全长1475 bp,包含开放阅读框(ORF)1002 bp,编码334个氨基酸;亚细胞结构定位于叶绿体,既非膜蛋白也非分泌性蛋白。疏水性分析显示,Bb GGPS是亲水性蛋白。同源性比对结果显示,Bb GGPS蛋白与其他植物中GGPS蛋白具有高度的相似性。系统发育分析表明,所有序列被聚为5大类,Bb GGPS与菊科植物刺菜蓟聚(Cynara cardunculus var)为一类,表明与其亲缘关系最近。 展开更多
关键词 艾纳香 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 氨基酸序列 系统发育分析
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多聚腺嘌呤二磷酸核糖合成酶调节因子对牙周膜成纤维细胞胶原基因表达的调节
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作者 章锦才 《华西口腔医学杂志》 CSCD 北大核心 1995年第3期157-159,共3页
采用牙周膜成纤维细胞体外培养,观察多聚腺嘌呤二磷酸核糖合成酶抑制剂及诱导剂对体外培养的牙周膜成纤维细胞α1(1)和α1(Ⅲ)胶原基因mRNA水平的影响,α1(Ⅰ)和α1(Ⅲ)胶原基因cDNA探针分别来自Hf677和H... 采用牙周膜成纤维细胞体外培养,观察多聚腺嘌呤二磷酸核糖合成酶抑制剂及诱导剂对体外培养的牙周膜成纤维细胞α1(1)和α1(Ⅲ)胶原基因mRNA水平的影响,α1(Ⅰ)和α1(Ⅲ)胶原基因cDNA探针分别来自Hf677和Hf934。结果发现,多聚腺嘌呤二磷酸核糖合成酶抑制剂(10mmol/L尼克酰胺,5mmol/L3-氨基苯胺和20mmol/L乳酸钠)都能明显增加α1(Ⅰ)和α1(Ⅲ)胶原基因mRNA水平,而多聚腺嘌呤二磷酸核糖合成酶诱导剂(1mmol/L 辅酶Ⅰ)则明显降低α1(Ⅰ)和α1(Ⅲ)胶原基因mRNA水平。提示可以通过抑制多聚腺嘌呤二磷酸核糖的合成促进牙周膜成纤维细胞胶原的合成,这为牙周组织再生的研究提供了新的方向。 展开更多
关键词 胶原基因 牙周膜 成纤维细胞 磷酸核糖 合成酶
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茶树牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因CsGGDPS的克隆及表达分析 被引量:11
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作者 姚雪倩 岳川 +4 位作者 杨国一 陈丹 张冬桃 陈桂信 叶乃兴 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期86-96,共11页
以铁观音芽叶为材料,验证从茶树转录组数据库中筛选到的1条牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGDPS)的编码全长序列c DNA。该c DNA全长1 661 bp,含有1个1 137 bp完整的开放阅读框,命名为Cs GGDPS。该基因编码378个氨基酸,氨基酸序列具有类... 以铁观音芽叶为材料,验证从茶树转录组数据库中筛选到的1条牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGDPS)的编码全长序列c DNA。该c DNA全长1 661 bp,含有1个1 137 bp完整的开放阅读框,命名为Cs GGDPS。该基因编码378个氨基酸,氨基酸序列具有类异戊二烯合成酶家族的5个保守域和2个特征功能域;序列分析显示,该c DNA与其他植物GGDPS高度保守,与三七(Panax notoginseng)的亲缘关系最近。Cs GGDPS属于不稳定、亲水蛋白,可能定位到叶绿体中,不存在跨膜结构,无信号肽,发生磷酸化的位点可能有20个;二级结构主要由α-螺旋构成,三级结构与拟南芥GGPPS11匹配度最高。实时荧光定量PCR结果表明,在茶树发育过程和不同叶位Cs GGDPS的表达量随芽叶成熟度的增加呈上升趋势,随着做青过程的进行,Cs GGDPS的表达量逐渐升高;Cs GGDPS在父本黄旦、母本铁观音和子一代金观音中均有表达,但表达量存在差异。 展开更多
关键词 茶树 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 茶叶香气 基因表达
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芥蓝牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因BoaGGPPS1的克隆及表达分析 被引量:3
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作者 薛生玲 江敏 +5 位作者 常嘉琪 段妍雯 陈涛 郝宇 张芬 孙勃 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期259-265,共7页
本试验以芥蓝为试验材料,通过同源序列检索分析设计特异性引物,采用反转录PCR方法成功分离出芥蓝GGPPS1基因。BoaGGPPS1基因CDS全长为1 113 bp,编码370个氨基酸。生物信息学分析结果显示,BoaGGPPS1蛋白的等电点为6.07,相对分子量为39 7... 本试验以芥蓝为试验材料,通过同源序列检索分析设计特异性引物,采用反转录PCR方法成功分离出芥蓝GGPPS1基因。BoaGGPPS1基因CDS全长为1 113 bp,编码370个氨基酸。生物信息学分析结果显示,BoaGGPPS1蛋白的等电点为6.07,相对分子量为39 790,不含跨膜结构域和信号肽。序列分析结果显示,BoaGGPPS1与其他植物GGPPS高度保守,与结球甘蓝的一致性最高,达到98%。系统进化树分析结果表明,BoaGGPPS1与十字花科其他植物的亲缘关系较近,与结球甘蓝的亲缘关系最近。BoaGGPPS1基因在芥蓝不同器官中均有表达,其中叶片中的表达量最高,根系中的表达量最低。构建原核表达载体p EASY-Blunt E1-BoaGGPPS1,并对其进行诱导表达,结果发现该蛋白在大肠杆菌体内主要以包涵体的形式存在。 展开更多
关键词 芥蓝 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 基因克隆 表达分析
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不同来源异戊烯基焦磷酸异构酶(IDI)和脱氧木酮糖磷酸合成酶(DXS)对重组大肠杆菌番茄红素产量的影响 被引量:2
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作者 杨帆 苏卜利 +2 位作者 姚青 李华平 朱红惠 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第18期131-136,共6页
为获得更多异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)和脱氧木酮糖磷酸合成酶(1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase,DXS)相关功能基因资源,本研究选取来源于大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus s... 为获得更多异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)和脱氧木酮糖磷酸合成酶(1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase,DXS)相关功能基因资源,本研究选取来源于大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、粘细菌(Myxococcus stipitatus)、戈壁奇球菌(Deinococcus gobiensis)的4种IDI和DXS,分别克隆到表达载体,将其与含有合成番茄红素基因的p Trc99a EBI质粒共同在大肠杆菌中进行异源表达。结果表明,来源于粘细菌的IDI和DXS可以获得最高的番茄红素产量,分别达到了10.86、7.94 mg/g DCW。协同表达经过密码子优化的IDI、DXS,番茄红素产量达到了15.26 mg/g DCW。本研究通过比较不同来源的IDI和DXS,获得了新的基因资源。 展开更多
关键词 番茄红素 异戊烯基焦磷酸异构酶(IDI) 脱氧木酮糖磷酸合成酶(DXS) 大肠杆菌 代谢工程
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急性呼吸窘迫综合征患者香叶基香叶基焦磷酸合成酶的表达及其临床意义 被引量:2
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作者 王晓霞 许天祥 +3 位作者 吕镗烽 胥武剑 刘建波 宋勇 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期639-645,共7页
目的·通过检测急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)患者外周血单个核细胞中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase,GGPPS)的表达情况,研究GGPPS在ARDS诊治中的临床意义。方法&#... 目的·通过检测急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)患者外周血单个核细胞中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase,GGPPS)的表达情况,研究GGPPS在ARDS诊治中的临床意义。方法·通过定量反转录聚合酶链反应检测ARDS患者(ARDS组)和正常人群(对照组)外周血单个核细胞中GGPPS mRNA水平,采用蛋白质印迹法(Western blotting)检测ARDS组和对照组外周血单个核细胞中GGPPS蛋白表达水平。同时比较ARDS存活组和死亡组GGPPS的表达差异,并采用Spearman相关分析明确GGPPS表达与ARDS患者临床指标的相关性。结果·ARDS组外周血单个核细胞中GGPPS mRNA水平明显高于对照组(P=0.000),并且随ARDS病情加重逐渐升高(P<0.05)。ARDS组外周血单个核细胞中GGPPS蛋白表达明显高于对照组(P<0.05),并且随病情加重逐渐升高(P<0.05)。ARDS死亡组外周血单个核细胞中GGPPS mRNA水平及蛋白表达水平高于ARDS存活组(P<0.05)。ARDS患者外周血单个核细胞中GGPPS mRNA高表达与高的急性生理与慢性健康评分Ⅱ(APACHE Ⅱ)(r=0.862,P=0.000)、高序贯器官功能衰竭估计(SOFA)评分(r=0.719,P=0.023)、低氧合指数(r=-0.821,P=0.000)、高C反应蛋白(r=0.758,P=0.024)及高白细胞计数(r=0.761,P=0.015)相关。结论·ARDS患者外周血单个核细胞中GGPPS表达水平升高,且其表达水平与ARDS病情严重程度及预后相关,GGPPS有望成为ARDS病情严重程度评估的生物标志物。 展开更多
关键词 急性呼吸窘迫综合征 香叶基香叶基焦磷酸合成酶 预后 生物标志物
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穿心莲ent-柯巴基焦磷酸合酶基因的克隆与生物信息学分析 被引量:9
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作者 姚攀 陈慧芝 +3 位作者 李竹君 何瑞 杨锦芬 徐晖 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期156-162,共7页
旨在克隆穿心莲CPS的编码基因,并进行序列分析。通过RT-PCR和cDNA末端快速扩增的技术从穿心莲叶片中获得目的基因;并利用生物信息学的方法对其编码蛋白进行功能分析。结果显示,获得了全长2 499 bp的cDNA序列,编码一个833 aa的蛋白。序... 旨在克隆穿心莲CPS的编码基因,并进行序列分析。通过RT-PCR和cDNA末端快速扩增的技术从穿心莲叶片中获得目的基因;并利用生物信息学的方法对其编码蛋白进行功能分析。结果显示,获得了全长2 499 bp的cDNA序列,编码一个833 aa的蛋白。序列同源性比较表明,该蛋白与野甘草、咖啡等其他植物来源的CPS具有较高的同源性。保守功能结构域分析显示,该蛋白包含一个富含Asp残基的植物萜类合酶的共有保守功能域"DXDD",归属于萜类生物合成酶I类超级家族和顺式聚异戊二烯焦磷酸合酶超级家族。初步推测克隆得到了穿心莲CPS的编码基因(命名为ApCPS,GenBank登录号为JN216843.1)。 展开更多
关键词 穿心莲 穿心莲内酯 ent-焦磷酸古巴酯合成酶(CPS) 基因克隆
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洋常春藤法呢基焦磷酸合酶基因的克隆与序列分析 被引量:5
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作者 阮琴妹 曹雄军 +1 位作者 孙化鹏 钟晓红 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期136-141,共6页
以洋常春藤叶片为材料,采用同源RT–PCR方法,克隆获得了洋常春藤法呢基焦磷酸合成酶基因,其c DNA序列大小为1 050 bp,开放阅读框为1 026 bp,推测编码342个氨基酸残基,该序列的核苷酸、氨基酸与五加科植物有同源性;用在线数据软件进行分... 以洋常春藤叶片为材料,采用同源RT–PCR方法,克隆获得了洋常春藤法呢基焦磷酸合成酶基因,其c DNA序列大小为1 050 bp,开放阅读框为1 026 bp,推测编码342个氨基酸残基,该序列的核苷酸、氨基酸与五加科植物有同源性;用在线数据软件进行分析,推测该蛋白可能存在于细胞质之中,定位在细胞膜外,FPS蛋白的相对分子质量为39 735.7;该蛋白含有2个天冬氨酸保守结构域,其二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主;双子叶植物系统进化树分析结果表明,洋常春藤的FPS与刺五加、人参、三七、西洋参、辽东楤木的FPS亲缘关系最近,这一结果符合传统的分类法规则。 展开更多
关键词 洋常春藤 法呢基焦磷酸合成酶 同源性 五加科植物
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红豆杉香叶基香叶基焦磷酸合成酶基因克隆分析
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作者 兰小中 孙敏 《西南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2006年第4期537-543,共7页
20碳单位的香叶基香叶基焦磷酸是紫杉醇生物合成的直接前体,它由香叶基香叶基焦磷酸合成酶催化生成。采用RT-PCR技术从高原植物西藏红豆杉中克隆了编码香叶基香叶基焦磷酸合成酶基因,命名为TwGGPPS(Gen- Bank登录号:DQ 364604)。该基因... 20碳单位的香叶基香叶基焦磷酸是紫杉醇生物合成的直接前体,它由香叶基香叶基焦磷酸合成酶催化生成。采用RT-PCR技术从高原植物西藏红豆杉中克隆了编码香叶基香叶基焦磷酸合成酶基因,命名为TwGGPPS(Gen- Bank登录号:DQ 364604)。该基因编码区长为1 182 bp,编码393个氨基酸的多肽;生物信息学分析表明TwGGPPS定位于质体,在其氨基端具有长为18个氨基酸的质体转运肽;TwGGPPS属于异戊烯基转运酶家族,具有该酶家族特有的2个天冬氨酸富集基序;分子系统进化分析表明植物的GGPPS分为被子植物和裸子植物2种类型,TwGGPPS属于裸子植物类型的GGPPS;对TwGGPPS的蛋白质结构模拟分析结果表明,TwGGPPS由大量的α-螺旋通过随机卷曲连接而成,这些α-螺旋环绕形成一个袋状空腔,其空腔口部为底物结合与碳链延伸的活性部位。对TwGGPPS基因组结构的分析表明该基因没有内含子。该基因的克隆和分析为实现紫杉醇的基因工程提供了一个重要的基因和作用靶点。 展开更多
关键词 西藏红豆杉 紫杉醇 香叶基香叶基焦磷酸合成酶 基因克隆 生物信息学分析
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基于异戊烯基焦磷酸异构酶的改造及表达优化提高异戊二烯产量
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作者 孙瓅 刘春立 +3 位作者 刘秀霞 李业 杨艳坤 白仲虎 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第21期1-8,共8页
异戊二烯是最简单的萜烯类化合物,是橡胶、食品、医药和化妆品工业的重要原料。在微生物中构建甲羟戊酸(mevalonate,MVA)代谢途径是目前生产异戊二烯及其衍生萜烯的有效途径,但关键酶的活性和表达水平会限制异戊二烯的合成。针对关键酶... 异戊二烯是最简单的萜烯类化合物,是橡胶、食品、医药和化妆品工业的重要原料。在微生物中构建甲羟戊酸(mevalonate,MVA)代谢途径是目前生产异戊二烯及其衍生萜烯的有效途径,但关键酶的活性和表达水平会限制异戊二烯的合成。针对关键酶-异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)的活性低等问题,该研究从酶工程、启动子工程和核糖体结合位点(ribosome binding site,RBS)工程3个方面对IDI的表达进行了优化。首先在大肠杆菌中建立了异戊二烯生产体系,挑选肺炎链球菌来源的IDI进行蛋白质建模和结构分析,计算得到了活性热点Met146并对其进行点突变。经过改造得到1株突变体Met146His,其将异戊二烯的产量提升至820.46 mg/L。接着针对该突变株进行启动子优化和RBS优化,最终得到的优化菌株将异戊二烯的产量提升至862.79 mg/L,是出发菌株的2.58倍。结果证明,对于IDI进行酶分子改造和表达优化以提高酶活性并调控表达水平,是提高异戊二烯产量的有效策略。IDI的优化也可以应用于异戊二烯的下游产物,如倍半萜和二萜等的生物合成。 展开更多
关键词 异戊烯基焦磷酸异构酶 理性设计 启动子优化 核糖体结合位点优化 异戊二烯
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小麦胚乳淀粉合成酶基因研究进展 被引量:7
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作者 余春梅 陈佩度 季本华 《麦类作物学报》 CAS CSCD 2004年第4期123-128,共6页
很多研究表明,小麦胚乳淀粉的合成至少需要四类酶——腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶、淀粉合成酶、淀粉分支酶和淀粉去分支酶,这四类酶的基因克隆和特性的研究有重要进展。目前,已从六倍体小麦发育胚乳的cDNA文库中获得AGPase两个亚基、gb... 很多研究表明,小麦胚乳淀粉的合成至少需要四类酶——腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶、淀粉合成酶、淀粉分支酶和淀粉去分支酶,这四类酶的基因克隆和特性的研究有重要进展。目前,已从六倍体小麦发育胚乳的cDNA文库中获得AGPase两个亚基、gbss 、ss 、ss 、ss 、sbe 、sbe 和su1(dbe)等基因的cDNA;从六倍体小麦的D组供体Triticumtauschii基因组文库中获得ss 、ss 、ss 、sbe 和sbe 的gDNAs;从六倍体中只获得野生型和突变型的gbss (wx)基因。除编码AGPase大亚基的基因和su1基因未进行定位外,ss 位于第一群染色体上,sbe 位于2DL上,其余基因均位于第七群染色体上。 展开更多
关键词 淀粉合成酶 胚乳 六倍体小麦 l基因 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶 亚基 淀粉分支酶 小麦胚 DL 特性
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甜橙来源法尼烯合成酶的异源表达及酶学性质研究 被引量:2
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作者 付闻文 王均华 +1 位作者 李由然 石贵阳 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第21期79-85,共7页
法尼烯是一种倍半萜化合物,在食品、香料等领域有广泛应用价值。法尼烯合成酶是法尼烯合成途径中的关键限速酶,对法尼烯的合成有重要催化作用。通过生物信息学方法获取了甜橙来源萜类合成酶(farnesene synthase from Citrus sinensis,FS... 法尼烯是一种倍半萜化合物,在食品、香料等领域有广泛应用价值。法尼烯合成酶是法尼烯合成途径中的关键限速酶,对法尼烯的合成有重要催化作用。通过生物信息学方法获取了甜橙来源萜类合成酶(farnesene synthase from Citrus sinensis,FSCS)基因Fscs,通过异源表达对其进行了功能鉴定,研究了重组酶的酶学性质并将其应用于酿酒酵母法尼烯合成。结果显示,在以法尼基焦磷酸为底物时,FSCS可催化其生成α-法尼烯;Mg ^(2+)为酶必需的辅因子,K^(+)可促进产物生成,8 mmol/L以上Mn^(2+)对产物生成有抑制作用,最适金属离子条件为30 mmol/L Mg^(2+),40 mmol/L K^(+);最适反应温度为20℃,酶对高温耐受性差。将酶学性质应用于酿酒酵母重组表达菌株,最适金属离子条件下法尼烯产量提升了30%,达到43.76 mg/L;温度条件的改变对发酵后期法尼烯积累有一定促进作用。该研究对一种新的萜类合成酶进行了功能表征,并通过酶学性质研究为构建微生物细胞工厂高效生产法尼烯提供了参考。 展开更多
关键词 法尼烯合成酶 酶学性质 法尼基焦磷酸 倍半萜 酿酒酵母
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