磁珠富集法筛选方正银鲫的三、四核苷酸重复微卫星DNA 被引量：7

1

作者 曹柱 鲁翠云 +4 位作者 郑先虎 储志远 张天奇 赵元凤 孙效文 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2011年第1期22-28,共7页

通过生物素磁珠富集法开发方正银鲫(Carassius auratus gibelio(Bloch))三、四核苷酸重复的微卫星,并与传统的放射性同位素杂交法相结合,进行二次筛选微卫星分子标记。结果显示:对652个阳性克隆进行测序分析,获得微卫星序列800个,其中... 通过生物素磁珠富集法开发方正银鲫(Carassius auratus gibelio(Bloch))三、四核苷酸重复的微卫星,并与传统的放射性同位素杂交法相结合,进行二次筛选微卫星分子标记。结果显示:对652个阳性克隆进行测序分析,获得微卫星序列800个,其中完美型542个(67.75%),非完美型140个(17.50%),混合型118个(14.75%)。用引物设计软件primer3plus在线设计引物163对,选择合成76对,引物多态性通过二倍体野生鲫群体进行检测。检测结果显示,30对引物表现出不同程度多态性,等位基因数在3～8之间,多态信息含量(PIC)在0.4066～0.8023之间,其中80%为高度的多态性位点(PIC>0.5),表明方正银鲫微卫星文库是个高质量的文库。 展开更多

关键词 方正银鲫(Carassius auratus gibelio(Bloch)) 微卫星 磁珠富集法

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磁珠富集法开发毛竹SSR标记引物 被引量：8

2

作者 彭镇华 刘贯水 李潞滨 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2011年第6期743-748,共6页

用磁珠富集法筛选毛竹基因组DNA的SSR分子标记,利用磁珠法对毛竹基因组DNA的AFLP片段进行了富集,分别构建了富含GT、AG、CCA重复基元的富集文库,利用克隆PCR法对文库进行筛选,检测菌落数分别为1080、620、630个,阳性菌落中含目的重复的... 用磁珠富集法筛选毛竹基因组DNA的SSR分子标记,利用磁珠法对毛竹基因组DNA的AFLP片段进行了富集,分别构建了富含GT、AG、CCA重复基元的富集文库,利用克隆PCR法对文库进行筛选,检测菌落数分别为1080、620、630个,阳性菌落中含目的重复的序列分别为137、73、41个,富集效率分别为12.7%、11.8%、6.5%。双碱基重复的富集效率高于三碱基富集效率。根据获得的序列结果,设计了53对SSR引物,其中31对引物在毛竹中成功扩增出目的大小的条带,扩增成功率为58.9%。 展开更多

关键词 毛竹 磁珠富集法 文库筛选 SSR引物

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磁珠富集法制备莲藕基因组的微卫星分子标记 被引量：7

3

作者 潘磊 郑鹏 +5 位作者 徐杰 全志武 李双梅 刘宏高 柯卫东 丁毅 《中国蔬菜》 北大核心 2007年第B08期7-13,共7页

采用磁珠富集法FIASCO，设计生物素标记的寡核苷酸Biotin-（AG）13作探针，分离莲藕（Nelumbo nucifera Gaertn．）的微卫星分子标记，从所获得的阳性克隆中选取42个测序，结果36个克隆（85．0％）含有微卫星序列，其中23个（63．9％）... 采用磁珠富集法FIASCO，设计生物素标记的寡核苷酸Biotin-（AG）13作探针，分离莲藕（Nelumbo nucifera Gaertn．）的微卫星分子标记，从所获得的阳性克隆中选取42个测序，结果36个克隆（85．0％）含有微卫星序列，其中23个（63．9％）重复数在10以上，19个（52．8％）为完美型。设计并且合成24对微卫星引物，经筛选其中16对为有效引物（66．7％），能扩增出多态性条带。 展开更多

关键词 莲藕 磁珠富集法 微卫星 基因组

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磁珠富集法筛选西施舌微卫星序列 被引量：6

4

作者 朱立静 孙中响 +3 位作者 陈淑吟 吉红九 许晓风 沈颂东 《南方水产科学》 CAS 2011年第4期10-15,共6页

采用生物素-磁珠吸附微卫星富集法(FIASCO)筛选西施舌(Coelomactra antiquata)微卫星分子标记。结果获得含有重复次数不少于5次的微卫星序列38个,其中完美型占68.4%,非完美型26.3%,混合型5.3%。除探针中使用的CA和GA 2种重复外,还得到A... 采用生物素-磁珠吸附微卫星富集法(FIASCO)筛选西施舌(Coelomactra antiquata)微卫星分子标记。结果获得含有重复次数不少于5次的微卫星序列38个,其中完美型占68.4%,非完美型26.3%,混合型5.3%。除探针中使用的CA和GA 2种重复外,还得到ATTG、CGTG和TGTTG的重复序列。微卫星重复次数主要集中在5～46次,最高为70次。利用这些微卫星序列设计了14对引物。该研究筛选出的微卫星标记为进一步研究西施舌的遗传多样性提供帮助。 展开更多

关键词 微卫星 磁珠富集法 西施舌

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磁珠富集法分离小黄李基因组微卫星DNA片段 被引量：6

5

作者 薛华柏 乔玉山 +1 位作者 许宽勇 章镇 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1320-1325,共6页

将微卫星探针5′端生物素化后与链亲和素磁珠特异结合,用磁珠和探针的结合物与两端连接已知序列人工接头的中国李品种小黄李(Prunus salicinacv.Xiaohuangli)基因组DNA酶切片段杂交,以此杂交片段为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增... 将微卫星探针5′端生物素化后与链亲和素磁珠特异结合,用磁珠和探针的结合物与两端连接已知序列人工接头的中国李品种小黄李(Prunus salicinacv.Xiaohuangli)基因组DNA酶切片段杂交,以此杂交片段为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,根据PCR产物测序结果设计引物作为微卫星DNA的标记引物.结果在随机挑选的36个克隆进行菌落PCR检测时,从31个阳性克隆中挑选18个克隆进行测序后获得了12条特异序列,设计的8对SSR引物均在5个中国李受试品种上获得了预期的扩增产物,其中4对引物在受试品种上表现出多态性. 展开更多

关键词 小黄李 磁珠富集法SSR标记

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基于磁珠富集法开发并筛选西川红景天的微卫星标记 被引量：3

6

作者 王久利 雷淑芸 +1 位作者 陈世龙 张发起 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期342-347,共6页

利用FIASCO磁珠富集法,开发和筛选青藏高原特有珍贵植物西川红景天(Rhodiola alsia)多态性微卫星标记。结果表明:用(AG)15和(AC)15两种微卫星标记探针构建富集文库,共获得阳性克隆约2500个;从中随机挑取1200检测,发现具有多态性的阳性... 利用FIASCO磁珠富集法,开发和筛选青藏高原特有珍贵植物西川红景天(Rhodiola alsia)多态性微卫星标记。结果表明:用(AG)15和(AC)15两种微卫星标记探针构建富集文库,共获得阳性克隆约2500个;从中随机挑取1200检测,发现具有多态性的阳性克隆达400个;随机挑取200多态性的阳性克隆进行测序,从中获得105个SSR位点,用在线软件primer3-2.3.4成功设计得SSR引物105对;其中45对可以成功扩增,而13对所扩增的片段在相距较远的4个自然居群的24个个体中显示较高的遗传多态性。用4个居群的80个个体检测这13对引物发现,平均等位基因数(A)约为9.192,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)均值分别约为0.712和0.734,如此高的多态性已经满足后期研究的需要;数个位点在某些居群中显著偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01),这可能是实际研究的居群并不能达到哈迪—温伯格定律所假设的无限大等理想状态所致。结合此前基于表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)序列开发的SSR多态性位点,该研究结果为今后利用SSR位点开展西川红景天的居群遗传结构分析和其他研究提供了一组有效工具。 展开更多

关键词 西川红景天 微卫星 引物 磁珠富集法 开发

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磁珠富集法筛选实验豚鼠微卫星分子标记 被引量：5

7

作者 朱亮 蔡月琴 +3 位作者 屠珏 应华忠 徐剑钦 陈民利 《中国比较医学杂志》 CAS 2010年第6期29-34,共6页

目的直接从实验豚鼠基因组DNA中筛选获得微卫星分子标记。方法应用磁珠和生物素标记的微卫星探针与豚鼠基因组酶切片段杂交,捕获200～1000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD-18V载体中,转化到感受态细胞E.coli DH5α中构建富集微卫... 目的直接从实验豚鼠基因组DNA中筛选获得微卫星分子标记。方法应用磁珠和生物素标记的微卫星探针与豚鼠基因组酶切片段杂交,捕获200～1000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD-18V载体中,转化到感受态细胞E.coli DH5α中构建富集微卫星序列的小片段插入文库。然后用PCR法进行筛选。结果从约2000个转化子中获得240个阳性克隆。对其中98个进行了测序,并成功设计豚鼠微卫星引物17对。结论经过优化的磁珠富集法能够稳定、高效地获得豚鼠微卫星标记。本研究获得的微卫星位点将成为豚鼠遗传学研究的有力工具。 展开更多

关键词 豚鼠 磁珠富集法 微卫星

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用磁珠富集法从AFLP片段中分离微卫星DNA标记 被引量：3

8

作者 高国庆 He Guohao 李杨瑞 《花生学报》 2003年第B11期272-276,共5页

研究将花生基因组DNA经酶切后转变成AFLP DNA片段,然后用生物素标记的简单重复序列(SSR)作探针与其杂交,杂交复合物固定到包被有链亲和素的磁珠上,经过一系列的洗涤过程,含有SSR的AFLP片段被吸附在磁珠表面。这些片段经洗脱下来后,先用... 研究将花生基因组DNA经酶切后转变成AFLP DNA片段,然后用生物素标记的简单重复序列(SSR)作探针与其杂交,杂交复合物固定到包被有链亲和素的磁珠上,经过一系列的洗涤过程,含有SSR的AFLP片段被吸附在磁珠表面。这些片段经洗脱下来后,先用对应的AFLP引物扩增,再进行克隆和测序,根据SSR两端的保守序列设计引物,经过多态性分析后,便可得到微卫星DNA标记。整个实验过程操作简单、消耗少,可在一周内完成,可作为从植物中分离SSR的一种简单有效的方法。 展开更多

关键词 花生 AFLP片段 微卫星DNA标记 分离 磁珠富集法

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磁珠富集法构建播娘蒿SSR文库及特性分析

9

作者 王亚平 焦振彬 +2 位作者 裴宋雨 叶永忠 王红卫 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期186-190,共5页

为构建播娘蒿SSR文库，通过Dynal磁珠富集法富集生物素标记的（AC）8，（AG）8和（ATG）12探针与播娘蒿基因组的酶切片段杂交的片段，捕获含有SSR位点的DNA序列，连接到pMD18-T载体上，并转入感受态细胞DH5d，共获得778个克隆．挑选阳... 为构建播娘蒿SSR文库，通过Dynal磁珠富集法富集生物素标记的（AC）8，（AG）8和（ATG）12探针与播娘蒿基因组的酶切片段杂交的片段，捕获含有SSR位点的DNA序列，连接到pMD18-T载体上，并转入感受态细胞DH5d，共获得778个克隆．挑选阳性克隆，利用SuperSNX24一F引物对茵液克隆进行PCR检测．利用M13F，M13R载体引物和探针结合的方法对文库进行2次筛选，获得93个长度为400～1000bp的克隆并测序．结果表明，82条序列舍有SSR位点，占测序条数的88．17％．共有SSR位点数127个．其中完全型SSR位点102个，不完全型SSR位点10个．混合型SSR位点15个，分别占SSR位点总数的80．31％，7．87％，11．81％．SSR重复基元中，以二核苷酸（CT）n，（AC）n，（GT）n，三核苷酸（GAT）n最为常见，得率分别为20．47％，26．77％，21．26％和15．75％． 展开更多

关键词 播娘蒿 磁珠富集法 SSR文库

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磁珠富集法分离菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)微卫星标记及系列分析 被引量：5

10

作者 王艳红 李映志 +1 位作者 丰锋 叶春海 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1046-1051,共6页

利用磁珠富集法分离出菠萝蜜微卫星位点,并成功设计出菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus Lam.)SSR(简单序列重复,Simple sequence repeat)分子标记引物。基因组DNA经MseI酶切后,用生物素标记的简单重复序列做探针与其杂交,杂交复合物固... 利用磁珠富集法分离出菠萝蜜微卫星位点,并成功设计出菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus Lam.)SSR(简单序列重复,Simple sequence repeat)分子标记引物。基因组DNA经MseI酶切后,用生物素标记的简单重复序列做探针与其杂交,杂交复合物固定到包被有链霉亲和素的磁珠上,经过一系列的洗涤过程,含有SSR的酶切片段被吸附到磁珠表面。这些片段经洗脱下来后,先用对应的引物扩增,再进行克隆和测序。实验共挑出83个阳性克隆进行测序,成功设计合成SSR引物19对。并通过这19对SSR引物对20份菠萝蜜种质资源进行分析,全部能扩增出特异性条带,其中18对引物扩增的条带具有多态性,可以作为菠萝蜜分子标记使用。 展开更多

关键词 菠萝蜜 微卫星 磁珠富集法

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波纹唇鱼微卫星分子标记的筛选及适用性分析 被引量：8

11

作者 彭艳辉 骆剑 +6 位作者 尹绍武 朱晓平 胡静 刘志亮 祝斐 齐兴柱 胡亚丽 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期109-116,共8页

采用磁珠富集法及利用生物素标记的（CA）15寡核苷酸探针从波纹唇鱼（Cheilinusundulatus）基因组DNABspl43I酶切位点的400～1000bp片段中筛选CA／GT微卫星位点。洗脱的杂交片段克隆到PMD18．T载体上构建富集微卫星基因组丈库后，通过PC... 采用磁珠富集法及利用生物素标记的（CA）15寡核苷酸探针从波纹唇鱼（Cheilinusundulatus）基因组DNABspl43I酶切位点的400～1000bp片段中筛选CA／GT微卫星位点。洗脱的杂交片段克隆到PMD18．T载体上构建富集微卫星基因组丈库后，通过PCR筛选出阳性克隆进行测序。在120条序列中有88条序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点，阳性序列比例达到73．33％。其中完美型（perfect）类型微卫星最多的重复次数为26次。在88条非冗长序列中，共有28条r31．82％）微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计。用波纹唇鱼3个个体的混合基因进行引物筛选，其中的24对具有清晰的扩增条带。将筛选的24对引物对波纹唇鱼1个群体的39个个体进行遗传多样性分析，其中4对引物扩增产物为单态，20对扩增产物呈多态性；20对扩增多态的引物在39个个体中扩增出等位基因数为2～12，平均有效等位基因数为3．5。该波纹唇鱼群体的P／C、Ho，He的平均值分别为0．0782、0．8513、0．5667。这20个微卫星位点适于波纹唇鱼群体遗传结构的研究分析。 展开更多

关键词 波纹唇鱼(Cheilinus undulatus) 微卫星分子标记 筛选 磁珠富集法

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文蛤微卫星DNA的筛选及其特性分析 被引量：7

12

作者 陈淑吟 吉红九 +2 位作者 许广平 张志伟 杨海平 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期134-138,143,共6页

采用磁珠富集分离法从文蛤（Meretrix meretrix）的基因组中筛选得到49条微卫星DNA序列，其中两碱基重复有3种类型36个序列，四碱基重复有14种类型26个序列。重复次数在5～30之间的序列占75．6％，30次以上重复的序列占24．4％，最高重... 采用磁珠富集分离法从文蛤（Meretrix meretrix）的基因组中筛选得到49条微卫星DNA序列，其中两碱基重复有3种类型36个序列，四碱基重复有14种类型26个序列。重复次数在5～30之间的序列占75．6％，30次以上重复的序列占24．4％，最高重复次数为100。根据重复单元的排列特点，完美型、非完美型及混合型序列所占比例分别为61．2％、14．5％和24．5％。本研究中构建的文蛤微卫星文库将在文蛤种质资源评价及分子遗传学研究中发挥作用。 展开更多

关键词 文蛤 微卫星DNA 磁珠富集法 双壳类

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蛇鳄龟微卫星标记的开发及一个养殖群体的遗传多样性分析 被引量：6

13

作者 刘丽 刘海情 +2 位作者 郭昱嵩 王中铎 刘楚吾 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期669-677,共9页

利用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)15为探针,构建了蛇鳄龟(Chelydra serpentina L.)微卫星富集文库。通过PCR法从富集文库中共筛选出70条微卫星序列,一共设计了48对微卫星引物,采用PCR扩增的方法从中筛选出36对引物,对一个蛇鳄龟养殖... 利用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)15为探针,构建了蛇鳄龟(Chelydra serpentina L.)微卫星富集文库。通过PCR法从富集文库中共筛选出70条微卫星序列,一共设计了48对微卫星引物,采用PCR扩增的方法从中筛选出36对引物,对一个蛇鳄龟养殖群体进行遗传多样性分析。通过分析,36个位点获得的等位基因数从2—9不等,平均为4.361,有效等位基因为1.461—7.767,平均为3.498。等位基因片段大小为56—342 bp,观测杂合度为0.067—1.000,平均为0.725;期望杂合度为0.316—0.850,平均0.600;多态信息含量为0.2655—0.8359,平均为0.5573;结果表明此蛇鳄龟养殖群体存在较高的遗传多样性水平。群体内固定系数0.688—0.856,平均为0.214,说明蛇鳄龟群体中杂合子过剩。 展开更多

关键词 蛇鳄龟 微卫星标记 磁珠富集法 遗传多样性

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长江中下游黄鳝遗传多样性的微卫星分析 被引量：9

14

作者 周宇芳 胡杭娇 +1 位作者 张龙韬 舒妙安 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期187-192,共6页

为了解我国长江中下游地区野生黄鳝(Monopterus albus)的种质资源现状,利用黄鳝微卫星分子标记分析我国长江中下游4个黄鳝野生群体(湖北群体、安徽群体、江苏群体和浙江群体)的遗传多样性水平。通过磁珠富集法获得50个黄鳝微卫星序列,... 为了解我国长江中下游地区野生黄鳝(Monopterus albus)的种质资源现状,利用黄鳝微卫星分子标记分析我国长江中下游4个黄鳝野生群体(湖北群体、安徽群体、江苏群体和浙江群体)的遗传多样性水平。通过磁珠富集法获得50个黄鳝微卫星序列,设计并合成了30对微卫星引物,经筛选得到8对多态性稳定的引物,均为高度多态位点。每对引物扩增得到等位基因数12-26,平均等位基因数17。4个群体的平均多态信息含量分别为0.804、0.864、0.824和0.736,平均等位基因数分别为9.13、11.00、9.00和7.25,平均期望杂合度分别为0.865、0.918、0.882和0.813,表明4个黄鳝群体遗传多样性丰富,其中安徽群体遗传多样性水平最高,浙江群体相对较低。4个群体间遗传分化指数(FST)为0.031 2-0.096 5,6.28%的遗传变异存在于群体间,表明4个群体间存在一定的遗传分化。聚类分析显示,浙江群体与安徽群体先聚在一起,再与江苏群体聚为一支,湖北群体单独聚为一支。 展开更多

关键词 黄鳝 磁珠富集法 微卫星标记 遗传多样性

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云斑尖塘鳢微卫星分子标记的筛选与检测 被引量：5

15

作者 朱晓平 骆剑 +5 位作者 尹绍武 胡亚丽 胡静 祝斐 刘志亮 彭艳辉 《水产科学》 CAS 北大核心 2012年第4期225-231,共7页

用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列,由所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型,其中43个微卫星序列重复次数在10以上。所获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除探... 用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列,由所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型,其中43个微卫星序列重复次数在10以上。所获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除探针中使用的CA重复单元和GA重复单元外,还有TAC等其他类型的重复单元。设计合成38对微卫星引物,其中29对引物可稳定扩增出条带,使用这些引物对云斑尖塘鳢48个个体进行检测显示:观测杂合度平均值为0.63,期望杂合度平均值为0.43。29对引物中1对引物表现为单态,7对表现为高度多态,14对表现为中度多态,7对表现为低度多态,多态性较为丰富,说明本研究开发的绝大部分微卫星分子标记较为理想。 展开更多

关键词 云斑尖塘鳢 微卫星分子标记 磁珠富集法 筛选 检测

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大珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选 被引量：8

16

作者 柳明 喻达辉 黄桂菊 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1-5,22,共6页

采用生物素标记的（CA）15探针和磁珠富集法构建了大珠母贝（Pinctada maxima）微卫星DNA文库，随机挑选1200个菌落，经PCR筛选得到298个候选克隆，成功测序246个，分析获得251个微卫星序列，其中完美型、非完美型和混合型分别占63％、3... 采用生物素标记的（CA）15探针和磁珠富集法构建了大珠母贝（Pinctada maxima）微卫星DNA文库，随机挑选1200个菌落，经PCR筛选得到298个候选克隆，成功测序246个，分析获得251个微卫星序列，其中完美型、非完美型和混合型分别占63％、32％和5％。除探针中使用的CA重复外，还得到AT、GT、TC、AG、GC、TAA、CAA、AGG、GATA、GACA、GTGC、CGTC、GACG、CTGT等重复序列。设计引物90对，挑选其中30对合成并筛选出21对能在大珠母贝基因组有效扩增的引物。种群PCR扩增后利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行检测，获得了10个多态位点，共检测出59个等位基因，片段长度范围为133～444bp。各位点等位基因数2～8个，平均等位基因数5．9个；有效等位基因数为1．3423-6．0000，平均为4．1240；多态性信息含量（CPI）为0．2225-0．8118，平均0．7179；期望杂合度（Hc）为0．2593-0．8475，平均0．7179；观测杂合度（H0）为0．3000-0．8000，平均0．5333。这些微卫星多态性标记的获得，为进一步开展大珠母贝遗传育种、保护生物学和种群遗传多样性等研究奠定了一定基础。 展开更多

关键词 大珠母贝(Pinctada maxima) 磁珠富集法 微卫星 遗传多样性

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青蟹微卫星DNA的筛选及特征分析 被引量：5

17

作者 周宇芳 舒妙安 朱晓宇 《水产科学》 CAS 北大核心 2010年第10期616-619,共4页

利用磁珠富集法,结合生物素标记的(CA)16寡核苷酸探针从青蟹基因组MboI酶切片段中筛选微卫星DNA序列。将得到的片段与pGEM-T Easy载体连接后转化克隆构建微卫星富集文库。经PCR筛选检测,对89个阳性克隆进行测序,其中52个克隆中含有64个... 利用磁珠富集法,结合生物素标记的(CA)16寡核苷酸探针从青蟹基因组MboI酶切片段中筛选微卫星DNA序列。将得到的片段与pGEM-T Easy载体连接后转化克隆构建微卫星富集文库。经PCR筛选检测,对89个阳性克隆进行测序,其中52个克隆中含有64个微卫星,完全型占87.50%,重复次数超过11次的占78.12%。根据所获微卫星的侧翼序列设计并合成了30对引物,通过优化PCR反应条件,并在35只青蟹个体中进行PCR扩增检测,最终获得了10对具有多态性的引物,为进一步开展青蟹遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究提供了基础资料。 展开更多

关键词 青蟹 磁珠富集法 微卫星DNA 特征分析

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日本蟳(Charybdis japonica)微卫星位点的分离及遗传多样性分析 被引量：2

18

作者 叶茂 申望 +2 位作者 王日昕 郑兆祥 石戈 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期86-93,共8页

采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)12寡核苷酸为探针,构建了日本蟳基因组微卫星富集文库。通过PCR法从文库中共筛选出89个微卫星位点,其中完全型(perfect)共75个,占84.27%;不完全型(imperfect)12个,占13.48%;复合型(compound)2个,占2.... 采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)12寡核苷酸为探针,构建了日本蟳基因组微卫星富集文库。通过PCR法从文库中共筛选出89个微卫星位点,其中完全型(perfect)共75个,占84.27%;不完全型(imperfect)12个,占13.48%;复合型(compound)2个,占2.25%。根据微卫星位点的侧翼序列,设计筛选出9对具有稳定多态性的微卫星引物,引物荧光标记后对日本蟳舟山群体进行遗传多样性分析。结果表明,9个微卫星位点的等位基因数为12—25;观察杂合度和期望杂合度分别为0.5806—0.9032和0.8383—0.9449;9个微卫星位点的PIC值为0.8092—0.9259。本研究筛选的9个微卫星位点可作为日本蟳遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。 展开更多

关键词 日本蟳 微卫星 磁珠富集法 遗传多样性

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中国特有单种属血水草的微卫星分子标记开发与评价 被引量：2

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作者 王静 胡菀 +3 位作者 阳亿 肖昆 范邓妹 张志勇 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期855-860,共6页

血水草（Eomecon chionantha Hance）是中国亚热带地区特有的单种属植物。本研究采用（AG）15、（AC）15两种生物素探针及磁珠富集法从血水草基因组中开发并筛选出13个微卫星位点,且在该物种中能进行稳定的PCR扩增并表现出多态性。利用... 血水草（Eomecon chionantha Hance）是中国亚热带地区特有的单种属植物。本研究采用（AG）15、（AC）15两种生物素探针及磁珠富集法从血水草基因组中开发并筛选出13个微卫星位点,且在该物种中能进行稳定的PCR扩增并表现出多态性。利用筛选出的13个SSR多态性标记对血水草4个野生居群24个个体进行PCR扩增,结果显示每个微卫星位点的等位基因数为2~7个,观测杂合度（HO）和期望杂合度（HE）分别为0.125~0.792和0.299~0.691。说明这些SSR标记可用于血水草遗传多样性的后续研究,并揭示该物种地理分布格局形成的原因,有助于保护和利用中国亚热带地区的血水草野生资源。 展开更多

关键词 血水草 罂粟科 微卫星 磁珠富集法 遗传多样性

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企鹅珍珠贝微卫星分子标记的筛选 被引量：4

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作者 许友卿 肖群平 +4 位作者 陈秀荔 彭敏 蒋伟明 李咏梅 丁兆坤 《水生态学杂志》 北大核心 2011年第3期88-93,共6页

运用生物素与链霉亲和素的强亲和性原理,用生物素-磁珠吸附微卫星富集法,筛选企鹅珍珠贝(Pteria penguin)的微卫星分子标记序列,进而对南海区企鹅珍珠贝的遗传多样性进行分析。对136个菌落中的85个阳性克隆进行微卫星测序,获得64个序列... 运用生物素与链霉亲和素的强亲和性原理,用生物素-磁珠吸附微卫星富集法,筛选企鹅珍珠贝(Pteria penguin)的微卫星分子标记序列,进而对南海区企鹅珍珠贝的遗传多样性进行分析。对136个菌落中的85个阳性克隆进行微卫星测序,获得64个序列,达到85.93%。所得到的55个重复6次以上的微卫星序列中,除生物素探针中使用的CA重复外,还得到TG、TC、GA的重复序列。重复序列中完美型36个,占65.5%;不完美型14个,占25.5%;混合型5个,占9.1%。利用Primer Premier5.0设计引物40对,合成其中的20对并进行PCR筛选,15对可扩增出特异性条带。研究表明,筛选出的企鹅珍珠贝微卫星分子标记可用于进一步的遗传多样性分析。 展开更多

关键词 磁珠富集法 微卫星 企鹅珍珠贝

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