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反相高效液相色谱法测定大鼠肝组织中DNA的碱基含量
被引量:
3
1
作者
王超云
胡凤祖
师治贤
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第4期348-349,共2页
利用反相高效液相色谱法 ,采用SupelcosilLC 18色谱柱 (2 5 0mm× 4 6mmi d ,5 μm) ,以甲醇 0 0 5mol/LKH2 PO4缓冲液 (体积比为 2 0∶80 )为流动相 ,流速 0 8mL/min ,在 2 5 4nm波长处检测 ,对生活在高原 (海拔 2 3km)的习...
利用反相高效液相色谱法 ,采用SupelcosilLC 18色谱柱 (2 5 0mm× 4 6mmi d ,5 μm) ,以甲醇 0 0 5mol/LKH2 PO4缓冲液 (体积比为 2 0∶80 )为流动相 ,流速 0 8mL/min ,在 2 5 4nm波长处检测 ,对生活在高原 (海拔 2 3km)的习服大鼠肝组织中脱氧核糖核酸 (DNA)的碱基含量进行了检测 ,发现各碱基在DNA中所占的比例是相对稳定的 :腺嘌呤 (A) 2 8 8%、鸟嘌呤 (G) 2 3 3%、胞嘧啶 (C) 17 4 %、胸腺嘧啶 (T) 2 5 3% 。
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关键词
测定
碱基含量
反相高效液相色谱法
脱氧核糖核酸
甲基化水平
肝组织
内标法
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职称材料
昆虫纲与线虫纲miRNAs碱基组成特征分析
被引量:
1
2
作者
朱善良
许琴
许晓风
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2008年第12期5020-5021,5027,共3页
[目的]为全面认识miRNA的结构属性和miRNA基因识别策略的设计提供帮助。[方法]利用miRNA数据库,借助于相关的生物信息学软件和数据统计软件,对昆虫纲与线虫纲部分物种(黑腹果蝇、暗果蝇、西方蜜蜂、冈比亚疟蚊、秀丽线杆线虫、线虫种)...
[目的]为全面认识miRNA的结构属性和miRNA基因识别策略的设计提供帮助。[方法]利用miRNA数据库,借助于相关的生物信息学软件和数据统计软件,对昆虫纲与线虫纲部分物种(黑腹果蝇、暗果蝇、西方蜜蜂、冈比亚疟蚊、秀丽线杆线虫、线虫种)的已知miRNA序列的碱基组成进行统计分析。[结果]6种生物的miRNA序列中,腺嘌呤(A)含量较为稳定,在碱基组成上AU含量高于GC含量。比较同一物种pre-miRNA与mat-miRNA间相同碱基含量发现,除黑腹果蝇pre-miRNA与mat-miRNA在胞嘧啶(C)的含量上存在显著差异外,其余均未见显著差异。[结论]推测miRNA碱基组成上AU含量高可能与其调控基因表达功能和物种的进化关系有关。
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关键词
MIRNA
碱基含量
生物信息学
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职称材料
中华按蚊全基因组微卫星的鉴定、特征及分布规律
被引量:
15
3
作者
王小婷
张玉娟
+2 位作者
何秀
梅婷
陈斌
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期1058-1068,共11页
【目的】中华按蚊Anopheles sinensis是我国及东南亚重要的传疟媒介。本研究在全基因组上鉴定和分析中华按蚊微卫星并注释微卫星相关基因的功能,为遗传分子标记的筛选提供依据,也为昆虫微卫星比较基因组学进一步研究提供基础。【方法】...
【目的】中华按蚊Anopheles sinensis是我国及东南亚重要的传疟媒介。本研究在全基因组上鉴定和分析中华按蚊微卫星并注释微卫星相关基因的功能,为遗传分子标记的筛选提供依据,也为昆虫微卫星比较基因组学进一步研究提供基础。【方法】用MISA程序鉴定中华按蚊基因组微卫星;用Excel 2010统计微卫星长度,结合微卫星序列信息编写Perl脚本计算微卫星碱基含量;结合微卫星位置信息编写Perl脚本定位微卫星出现的基因区域,并对基因区的微卫星进行GO功能注释;运用WEGO比较中华按蚊和冈比亚按蚊An.gambiae含微卫星相关基因功能注释。【结果】共鉴定出105 981个微卫星,出现的密度是365.5个/Mb。其中100 391个(94.7%)微卫星是完整型微卫星,其余5 590个(5.3%)是复合型微卫星。单碱基微卫星最为丰富,共58 837个,占总微卫星数量的55.5%,其余依次是二碱基(30 345个,占28.6%)、三碱基(15 104个,占14.3%)、四碱基(1 530个,占1.4%)、五碱基(121个,占0.1%)和六碱基(44个,少于0.1%)微卫星。(A)n为最主要的微卫星,其次是(AC)n,(AG)n,(C)n,(AGC)n,(ATC)n,(ACG)n和(ACC)n,数量都在2 000个以上。中华按蚊基因组微卫星长度以10~20 bp为主(87.1%)。这些微卫星的AT含量(63%)明显高于GC含量(37%),仅三碱基微卫星的GC含量(53%)略高于AT含量(47%)。90 632个微卫星(85%)分布在基因间区,15 349个(15%)微卫星分布在基因区。在基因区,2 782个(3%)微卫星分布在外显子区,12 567个(12%)分布在内含子区。GO注释比较中华按蚊和冈比亚按蚊含微卫星的基因,发现这两个物种各小类基因所占总基因数的百分比基本一致,但电子传递类(electron carrier)基因在中华按蚊所占百分比(0.9%)明显高于冈比亚按蚊(0.1%)。【结论】这是蚊虫中首个在全基因组上系统的微卫星研究工作,为进一步通过微卫星作为分子标记开展中华按蚊种群遗传学、遗传变异、功能基因的遗传定位和调控机制研究奠定了基础,也为昆虫微卫星的多样性和进化研究积累了科学素材。
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关键词
中华按蚊
基因组
微卫星
特征
分布规律
碱基含量
GO注释
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职称材料
变链菌分离株的形态、生理生化和遗传学鉴定
被引量:
9
4
作者
刘艳玲
刘正
+1 位作者
冯希平
潘瑛
《实用口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2001年第5期367-370,共4页
目的 :探讨形态学和生理生化反应与 DNA碱基含量测定鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株的一致性。方法 :采用形态学和生理生化试验鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株 ,采用高效反相液相色谱法测定细菌 DNA G+ C mol%以检验生化鉴定的准...
目的 :探讨形态学和生理生化反应与 DNA碱基含量测定鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株的一致性。方法 :采用形态学和生理生化试验鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株 ,采用高效反相液相色谱法测定细菌 DNA G+ C mol%以检验生化鉴定的准确性。结果 :形态及生化鉴定为变链菌和远缘链球菌的临床分离株 ,其 DNA碱基含量分别为 3 7.5 2和 4 5 .19,各自位于变链菌和远缘链球菌 3 6~ 3 8和 4 4~ 4 6的 G+ Cmol%参考范围。结论 :变链菌和远缘链球菌的生化鉴定结果与 DNA G+ C mol%测定结果一致。通过形态及生理生化鉴定基本可以鉴定变链菌和远缘链球菌。
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关键词
龋齿链球菌
远缘链球菌
生化鉴定
碱基含量
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职称材料
题名
反相高效液相色谱法测定大鼠肝组织中DNA的碱基含量
被引量:
3
1
作者
王超云
胡凤祖
师治贤
机构
中国科学院西北高原生物研究所
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第4期348-349,共2页
文摘
利用反相高效液相色谱法 ,采用SupelcosilLC 18色谱柱 (2 5 0mm× 4 6mmi d ,5 μm) ,以甲醇 0 0 5mol/LKH2 PO4缓冲液 (体积比为 2 0∶80 )为流动相 ,流速 0 8mL/min ,在 2 5 4nm波长处检测 ,对生活在高原 (海拔 2 3km)的习服大鼠肝组织中脱氧核糖核酸 (DNA)的碱基含量进行了检测 ,发现各碱基在DNA中所占的比例是相对稳定的 :腺嘌呤 (A) 2 8 8%、鸟嘌呤 (G) 2 3 3%、胞嘧啶 (C) 17 4 %、胸腺嘧啶 (T) 2 5 3% 。
关键词
测定
碱基含量
反相高效液相色谱法
脱氧核糖核酸
甲基化水平
肝组织
内标法
Keywords
reversed phase high performance liquid chromatography
deoxyribonucleic acid
base
methylation level
liver
rat
分类号
Q523 [生物学—生物化学]
Q503 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
昆虫纲与线虫纲miRNAs碱基组成特征分析
被引量:
1
2
作者
朱善良
许琴
许晓风
机构
江苏教育学院生物系
南京师范大学生命科学学院
出处
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2008年第12期5020-5021,5027,共3页
基金
高等学校博士学科点专项科研基金项目(20050319009)
江苏教育学院学术带头人培养基金项目(94901)
文摘
[目的]为全面认识miRNA的结构属性和miRNA基因识别策略的设计提供帮助。[方法]利用miRNA数据库,借助于相关的生物信息学软件和数据统计软件,对昆虫纲与线虫纲部分物种(黑腹果蝇、暗果蝇、西方蜜蜂、冈比亚疟蚊、秀丽线杆线虫、线虫种)的已知miRNA序列的碱基组成进行统计分析。[结果]6种生物的miRNA序列中,腺嘌呤(A)含量较为稳定,在碱基组成上AU含量高于GC含量。比较同一物种pre-miRNA与mat-miRNA间相同碱基含量发现,除黑腹果蝇pre-miRNA与mat-miRNA在胞嘧啶(C)的含量上存在显著差异外,其余均未见显著差异。[结论]推测miRNA碱基组成上AU含量高可能与其调控基因表达功能和物种的进化关系有关。
关键词
MIRNA
碱基含量
生物信息学
Keywords
miRNA
Base content
Bioinformatics
分类号
Q522 [生物学—生物化学]
Q523 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
中华按蚊全基因组微卫星的鉴定、特征及分布规律
被引量:
15
3
作者
王小婷
张玉娟
何秀
梅婷
陈斌
机构
重庆师范大学生命科学学院
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期1058-1068,共11页
基金
“两江学者”计划专项经费
国家自然科学基金项目(31672363
+2 种基金
31372265)
国际原子能机构CRP项目(18268)
国家科技基础性工作专项重点项目(2015FY210300)
文摘
【目的】中华按蚊Anopheles sinensis是我国及东南亚重要的传疟媒介。本研究在全基因组上鉴定和分析中华按蚊微卫星并注释微卫星相关基因的功能,为遗传分子标记的筛选提供依据,也为昆虫微卫星比较基因组学进一步研究提供基础。【方法】用MISA程序鉴定中华按蚊基因组微卫星;用Excel 2010统计微卫星长度,结合微卫星序列信息编写Perl脚本计算微卫星碱基含量;结合微卫星位置信息编写Perl脚本定位微卫星出现的基因区域,并对基因区的微卫星进行GO功能注释;运用WEGO比较中华按蚊和冈比亚按蚊An.gambiae含微卫星相关基因功能注释。【结果】共鉴定出105 981个微卫星,出现的密度是365.5个/Mb。其中100 391个(94.7%)微卫星是完整型微卫星,其余5 590个(5.3%)是复合型微卫星。单碱基微卫星最为丰富,共58 837个,占总微卫星数量的55.5%,其余依次是二碱基(30 345个,占28.6%)、三碱基(15 104个,占14.3%)、四碱基(1 530个,占1.4%)、五碱基(121个,占0.1%)和六碱基(44个,少于0.1%)微卫星。(A)n为最主要的微卫星,其次是(AC)n,(AG)n,(C)n,(AGC)n,(ATC)n,(ACG)n和(ACC)n,数量都在2 000个以上。中华按蚊基因组微卫星长度以10~20 bp为主(87.1%)。这些微卫星的AT含量(63%)明显高于GC含量(37%),仅三碱基微卫星的GC含量(53%)略高于AT含量(47%)。90 632个微卫星(85%)分布在基因间区,15 349个(15%)微卫星分布在基因区。在基因区,2 782个(3%)微卫星分布在外显子区,12 567个(12%)分布在内含子区。GO注释比较中华按蚊和冈比亚按蚊含微卫星的基因,发现这两个物种各小类基因所占总基因数的百分比基本一致,但电子传递类(electron carrier)基因在中华按蚊所占百分比(0.9%)明显高于冈比亚按蚊(0.1%)。【结论】这是蚊虫中首个在全基因组上系统的微卫星研究工作,为进一步通过微卫星作为分子标记开展中华按蚊种群遗传学、遗传变异、功能基因的遗传定位和调控机制研究奠定了基础,也为昆虫微卫星的多样性和进化研究积累了科学素材。
关键词
中华按蚊
基因组
微卫星
特征
分布规律
碱基含量
GO注释
Keywords
Anopheles sinensis
genome
microsatellites
characteristics
distribution
base content
GO annotation
分类号
Q966 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
变链菌分离株的形态、生理生化和遗传学鉴定
被引量:
9
4
作者
刘艳玲
刘正
冯希平
潘瑛
机构
上海第二医科大学附属第九人民医院口腔预防科
出处
《实用口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2001年第5期367-370,共4页
基金
上海市自然科学基金项目
编号 :97ZB1 4 0 2 1
上海市卫生局百人计划基金项目编号 :97BR0 1 4
文摘
目的 :探讨形态学和生理生化反应与 DNA碱基含量测定鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株的一致性。方法 :采用形态学和生理生化试验鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株 ,采用高效反相液相色谱法测定细菌 DNA G+ C mol%以检验生化鉴定的准确性。结果 :形态及生化鉴定为变链菌和远缘链球菌的临床分离株 ,其 DNA碱基含量分别为 3 7.5 2和 4 5 .19,各自位于变链菌和远缘链球菌 3 6~ 3 8和 4 4~ 4 6的 G+ Cmol%参考范围。结论 :变链菌和远缘链球菌的生化鉴定结果与 DNA G+ C mol%测定结果一致。通过形态及生理生化鉴定基本可以鉴定变链菌和远缘链球菌。
关键词
龋齿链球菌
远缘链球菌
生化鉴定
碱基含量
Keywords
S.mutans
S.sobrinus
Biochemical tests
Base contents
分类号
R780.2 [医药卫生—口腔医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
反相高效液相色谱法测定大鼠肝组织中DNA的碱基含量
王超云
胡凤祖
师治贤
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2002
3
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职称材料
2
昆虫纲与线虫纲miRNAs碱基组成特征分析
朱善良
许琴
许晓风
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2008
1
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下载PDF
职称材料
3
中华按蚊全基因组微卫星的鉴定、特征及分布规律
王小婷
张玉娟
何秀
梅婷
陈斌
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
15
在线阅读
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职称材料
4
变链菌分离株的形态、生理生化和遗传学鉴定
刘艳玲
刘正
冯希平
潘瑛
《实用口腔医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2001
9
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职称材料
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参考文献
引证文献
统计分析
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