目的基于全长序列分析人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)53不同分离株的进化关系,并对代表性分离株病毒蛋白(E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2)的理化性质、二级结构及B细胞与T细胞抗原表位进行预测。方法检索美国国立生物技术信息中心...目的基于全长序列分析人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)53不同分离株的进化关系,并对代表性分离株病毒蛋白(E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2)的理化性质、二级结构及B细胞与T细胞抗原表位进行预测。方法检索美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库,获取HPV53全长序列并构建进化树。采用ProtParam软件分析蛋白的理化性质,PSIPRED和SOPMA软件预测其二级结构。采用ABCpred和IEDB软件预测B、T细胞抗原表位,并结合肽段柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性及Vaxijen评分等参数进一步筛选潜在的优势抗原表位;最后对潜在优势抗原表位与13个高危型HPV进行同源性分析。结果检索NCBI数据库共下载54条HPV53全长序列,经去重后保留48条,来自不同国家/地区的HPV53分离株可划分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支代表株病毒的蛋白理化性质相似,E1、E6和E7蛋白的二级结构以α螺旋为主,E2、E4、L1和L2以无规则卷曲为主。经预测和筛选后,共得到6个B细胞潜在优势抗原表位和9个T细胞潜在优势抗原表位,同源性分析发现,E4和E6区域的B细胞抗原表位TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH,及L2区域的T细胞抗原表位SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高同源性(均>90%)。结论通过生物信息学方法分析和预测发现HPV53分离株可分为A、B、C三个主要进化分支,其理化性质相似,二级结构存在部分小差异,且病毒蛋白中含有B、T细胞抗原表位,为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供了更多理论依据。展开更多
目的构建经MHCⅡ通路的屋尘螨1类变应原Der p 1的T细胞表位肽疫苗重组载体。方法分别合成TAT、Ih C和含编码Der p 1的3段T细胞表位的融合核苷酸序列,用特异性引物PCR扩增相应的基因片段,分别用相应的双酶切后,用T4 DNA连接酶连接形成TAT...目的构建经MHCⅡ通路的屋尘螨1类变应原Der p 1的T细胞表位肽疫苗重组载体。方法分别合成TAT、Ih C和含编码Der p 1的3段T细胞表位的融合核苷酸序列,用特异性引物PCR扩增相应的基因片段,分别用相应的双酶切后,用T4 DNA连接酶连接形成TAT-Ih C-Der p 1-3T融合基因,并插入至原核表达载体p ET-28a(+)中,构建重组原核表达载体p ET-28a(+)-TATIh C-Der p 1-3T,Bam HⅠ和XhoⅠ进行双酶切和测序鉴定。重组载体转化大肠杆菌E.coli BL21(DE3)菌株,IPTG诱导后,经SDS-PAGE电泳分析和Western blot验证,纯化TAT-Ih C-Der p 1-3T蛋白后进行Ig E结合试验。结果双酶切和测序结果表明,成功构建了p ET-28a-TAT-Ih C-Der p 1-3T重组原核表达载体;SDS-PAGE电泳分析显示TAT-Ih C-Der p 1-3T可诱导表达;Western blot检测表明该融合蛋白纯化成功;Ig E结合试验表明TAT-Ih C-Der p 1-3T结合屋尘螨过敏病人血清Ig E的能力强于Der p 1变应原(P<0.001)。结论成功构建了可表达经MHC通路的编码Der p 1的3段T细胞表位的重组p ET-28a-TAT-Ih C-Der p 1-3T载体,纯化的TAT-Ih C-Der p 1-3T具有较强的Ig E结合能力,从而为后续经MHC通路的特异性免疫治疗奠定基础。展开更多
文摘目的基于全长序列分析人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)53不同分离株的进化关系,并对代表性分离株病毒蛋白(E1、E2、E4、E6、E7、L1和L2)的理化性质、二级结构及B细胞与T细胞抗原表位进行预测。方法检索美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库,获取HPV53全长序列并构建进化树。采用ProtParam软件分析蛋白的理化性质,PSIPRED和SOPMA软件预测其二级结构。采用ABCpred和IEDB软件预测B、T细胞抗原表位,并结合肽段柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性及Vaxijen评分等参数进一步筛选潜在的优势抗原表位;最后对潜在优势抗原表位与13个高危型HPV进行同源性分析。结果检索NCBI数据库共下载54条HPV53全长序列,经去重后保留48条,来自不同国家/地区的HPV53分离株可划分为A、B、C三个主要进化分支。三个分支代表株病毒的蛋白理化性质相似,E1、E6和E7蛋白的二级结构以α螺旋为主,E2、E4、L1和L2以无规则卷曲为主。经预测和筛选后,共得到6个B细胞潜在优势抗原表位和9个T细胞潜在优势抗原表位,同源性分析发现,E4和E6区域的B细胞抗原表位TTPIRPPPPPRPWAPT和CYRCQHPLTPEEKQLH,及L2区域的T细胞抗原表位SGVHSYEEIPMQ与HPV56具有较高同源性(均>90%)。结论通过生物信息学方法分析和预测发现HPV53分离株可分为A、B、C三个主要进化分支,其理化性质相似,二级结构存在部分小差异,且病毒蛋白中含有B、T细胞抗原表位,为HPV53相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供了更多理论依据。
文摘目的构建经MHCⅡ通路的屋尘螨1类变应原Der p 1的T细胞表位肽疫苗重组载体。方法分别合成TAT、Ih C和含编码Der p 1的3段T细胞表位的融合核苷酸序列,用特异性引物PCR扩增相应的基因片段,分别用相应的双酶切后,用T4 DNA连接酶连接形成TAT-Ih C-Der p 1-3T融合基因,并插入至原核表达载体p ET-28a(+)中,构建重组原核表达载体p ET-28a(+)-TATIh C-Der p 1-3T,Bam HⅠ和XhoⅠ进行双酶切和测序鉴定。重组载体转化大肠杆菌E.coli BL21(DE3)菌株,IPTG诱导后,经SDS-PAGE电泳分析和Western blot验证,纯化TAT-Ih C-Der p 1-3T蛋白后进行Ig E结合试验。结果双酶切和测序结果表明,成功构建了p ET-28a-TAT-Ih C-Der p 1-3T重组原核表达载体;SDS-PAGE电泳分析显示TAT-Ih C-Der p 1-3T可诱导表达;Western blot检测表明该融合蛋白纯化成功;Ig E结合试验表明TAT-Ih C-Der p 1-3T结合屋尘螨过敏病人血清Ig E的能力强于Der p 1变应原(P<0.001)。结论成功构建了可表达经MHC通路的编码Der p 1的3段T细胞表位的重组p ET-28a-TAT-Ih C-Der p 1-3T载体,纯化的TAT-Ih C-Der p 1-3T具有较强的Ig E结合能力,从而为后续经MHC通路的特异性免疫治疗奠定基础。
