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题名针对短测序片段的基因序列拼接算法
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作者
郭佳
杨云麟
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机构
四川大学计算机学院
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出处
《计算机工程与设计》
CSCD
北大核心
2012年第5期1832-1836,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(60903318
60832011)
+1 种基金
国家自然科学基金重点项目(60736046)
国家973重点基础研究发展计划基金项目(2009CB320803)
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文摘
为了获得高效的拼接结果,针对新测序技术产生的较短测序片段,提出了通过对测序片段编码,将其映射到能够快速查找的自定义表中,结合高效位并行字符串模糊匹配算法———BPM,从自定义表中寻找较长连通路径的方法,实现了对短测序片段的快速拼接。实验结果表明,该算法针对500M的高质量源数据,在耗时136s的情况下,准确度可达79%,覆盖度可达82%;针对错误率为0.1%的500M源数据,在耗时150s的情况下,准确度可达72%,覆盖度可达73%。在短时间内较好的完成了拼接任务。
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关键词
短测序片段
快速查找表
四进制整数
BPM(位并行匹配算法)
连通路径
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Keywords
short reads
mapping table
quaternary integer
BPM（bit-parallelism match algorithm）
connectivity path
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分类号
TP274
[自动化与计算机技术—检测技术与自动化装置]
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