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基于高通量测序的短序列生物数据压缩研究
被引量：
2
1
作者
孟倩
《计算机应用与软件》
2017年第4期22-27,98,共7页
高通量测序技术(NGS)的发展带来了测序数据量的极速增长,给数据的存储和传输带来了极大的压力。数据压缩技术是解决这个问题的重要方法。传统的压缩方法并没有很好地利用数据本身的特性。因此,计算机学者们关注于NGS测序数据专用的压缩...
高通量测序技术(NGS)的发展带来了测序数据量的极速增长,给数据的存储和传输带来了极大的压力。数据压缩技术是解决这个问题的重要方法。传统的压缩方法并没有很好地利用数据本身的特性。因此,计算机学者们关注于NGS测序数据专用的压缩方法。全面总结针对高通量测序技术产生的Fastq和Fasta数据的压缩算法,介绍了Fastq和Fasta数据的特点,总结了目前常用的压缩方法。并通过不同物种、不同测序平台、不同规模的测序数据对多个具有代表性的压缩工具进行测试,比较它们的压缩性能并且验证相应的工具特点,为研究人员提供工具选择指导或改善工具性能提供帮助。最后总结阐述短序列数据压缩工具存在的问题和发展趋势。
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关键词
数据压缩
短序列数据压缩
高通量测序
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职称材料
题名
基于高通量测序的短序列生物数据压缩研究
被引量：
2
1
作者
孟倩
机构
复旦大学计算机科学技术学院
出处
《计算机应用与软件》
2017年第4期22-27,98,共7页
文摘
高通量测序技术(NGS)的发展带来了测序数据量的极速增长,给数据的存储和传输带来了极大的压力。数据压缩技术是解决这个问题的重要方法。传统的压缩方法并没有很好地利用数据本身的特性。因此,计算机学者们关注于NGS测序数据专用的压缩方法。全面总结针对高通量测序技术产生的Fastq和Fasta数据的压缩算法,介绍了Fastq和Fasta数据的特点,总结了目前常用的压缩方法。并通过不同物种、不同测序平台、不同规模的测序数据对多个具有代表性的压缩工具进行测试,比较它们的压缩性能并且验证相应的工具特点,为研究人员提供工具选择指导或改善工具性能提供帮助。最后总结阐述短序列数据压缩工具存在的问题和发展趋势。
关键词
数据压缩
短序列数据压缩
高通量测序
Keywords
Data compression
Short-sequence data compression
Next-generation sequencing
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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作者
出处
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1
基于高通量测序的短序列生物数据压缩研究
孟倩
《计算机应用与软件》
2017
2
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