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题名干眼患者与非干眼患者眼表微生物菌群差异分析
被引量：1
- 1
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作者
宋瑜
齐赟
张明
康前雁
黎黎
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机构
西安交通大学第一附属医院眼科
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出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期436-441,共6页
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基金
陕西省重点产业链项目(2020ZDLSF02-06)
陕西省科技攻关项目(2017SF-028)。
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文摘
目的研究干眼患者与非干眼患者眼表微生物菌群的差异。方法纳入2020年6-11月于西安交通大学第一附属医院确诊的干眼患者42例42眼作为干眼组,纳入同期在眼科门诊查体的非干眼患者37例37眼作为非干眼组,采集结膜囊拭子并测序。纳入符合标准单眼,若双眼符合纳入标准,则右眼入组。采用Miseq PE301+8+301平台进行细菌16S rRNA基因V3-V4区双端测序,对微生物菌群进行可操作分类种属(OTUs)聚类,分析和比较2个组间微生物菌群Alpha和Beta多样性,并进行物种注释分析以及微生物标志物分析。结果共获得18586个OTUs,干眼组与非干眼组共有OTUs为3674个。Alpha多样性分析结果显示,2个组间observed species指数、Chao指数、Ace指数、Shannon指数和Simpson指数比较差异均无统计学意义(均P>0.05),表明2个组间菌群丰富度无明显差异。而主成因(PCoA)分析显示2个组间菌群构成差异有统计学意义(R 2=0.039,F=3.100,P=0.022)。2个组眼表优势菌群构成相似,在门水平以变形菌、放线菌、厚壁菌、拟杆菌、蓝藻菌等为主,在属水平以嗜糖假单胞菌、棒状杆菌、丙酸杆菌、假单胞菌、草螺菌等为主。LEfSe分析显示干眼组优势菌属的标志菌为泰氏菌属、栖水菌属、芬戈尔德菌,非干眼组为柄杆菌属、弯钩菌属。结论干眼组和非干眼组眼表微生物菌群构成存在差异。
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关键词
干眼
眼表微生物菌群
16S
rRNA基因扩增测序
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Keywords
Dry eye
Ocular microbiomes
16S rRNA gene amplicon sequencing
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分类号
R777.34
[医药卫生—眼科]
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题名干眼患者眼表宏基因组研究
被引量：4
- 2
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作者
陈红
文小凤
邓裕华
魏来
彭广华
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机构
解放军总医院眼科
中山大学中山眼科中心
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出处
《眼科新进展》
CAS
北大核心
2017年第2期129-132,共4页
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基金
国家自然科学基金面上项目(编号:31271400
31470065)
国家重点基础研究发展计划(编号:2013CB967001)~~
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文摘
目的通过比较干眼患者和健康受试者眼表宏基因组的异同探讨眼表微生物组的改变在干眼发病机制中的作用。方法在解放军总医院眼科和中山大学中山眼科中心收集干眼患者20例及健康受试者90名。对所有受试者双眼进行结膜印迹细胞样本采集,提取核酸后进行宏基因组测序。通过计算Shannon指数比较两者微生物群落α多样性的差异;对两者微生物种群的相对丰度及代谢途径进行生物信息学分析。并对微生物中的抗生素抗性基因进行比对。结果干眼患者眼表微生物的α多样性与健康受试者相比差异无统计学意义(P=0.13)。干眼患者眼表15种微生物的相对丰度较高,健康受试者10种微生物的相对丰度较高,且在代谢途径上存在着差异。干眼患者眼表微生物中的抗生素抗性基因明显多于健康受试者。结论虽然干眼患者眼表微生物的多样性与健康受试者相似,但某些特定微生物种群的相对丰度及代谢途径存在特征性的改变,表明这些特定的微生物种群可能与干眼的发病机制有关。
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关键词
干眼
眼表微生物组
宏基因组测序
抗性基因
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Keywords
dry eye
ocular surface microbiota
metagenomic shotgun sequencing
antibiotic resistance genes
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分类号
R777.34
[医药卫生—眼科]
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题名眼表宏基因组研究进展
被引量：1
- 3
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作者
赵福新
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机构
温州医科大学附属眼视光医院、眼视光学和视觉科学国家重点实验室
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出处
《眼科新进展》
CAS
北大核心
2021年第12期1191-1195,共5页
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基金
浙江省自然科学基金项目(编号LY18H120005)。
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文摘
眼表存在多种微生物,眼表微生物与眼表疾病(如角膜炎、角膜溃疡、结膜炎、干眼、睑板腺功能障碍等)的发生发展有关。早期主要通过传统的培养方法来鉴定微生物,但只有极少量的微生物可被培养并检出。宏基因组学可分析眼表所有微生物组成、菌群多样性、代谢特征、毒力因子等,目前其已被广泛应用于眼表疾病的研究。本文主要对眼表感染性疾病宏基因组学的研究进行综述,以提高人们对宏基因组学在眼表感染性疾病应用中的认识。
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关键词
眼表微生物
宏基因组学
高通量测序
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Keywords
ocular surface microbiome
metagenomics
high-throughput sequencing
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分类号
R77
[医药卫生—眼科]
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