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山羊MyoG基因启动子区序列分析与结构预测 被引量：11
1
作者 刘铮铸 巩元芳 +4 位作者 张文香 付志新 张传生 宋瑜 马艳华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期29-36,共8页
为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其... 为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-24bp处存在1个TATA-box,另外还发现了1个GC-box、2个CAAT-box、2个E-box和1个富含A-T碱基的模体结构;该序列还包含HSF、ADR1和cap等转录因子结合位点。通过比对分析,所得山羊MyoG基因5′侧翼序列与牛、马鹿、人、小鼠和鸡同源序列的相似性在37.22%～96.85%之间,说明不同物种间该序列具有一定的保守性。本研究为进一步探讨山羊MyoG基因的表达和调控机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 山羊 MYOG基因 启动子区 序列分析 结构预测
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大麦Dhn6基因的克隆、蛋白质结构预测与干旱胁迫表达模式 被引量：9
2
作者 钱刚 平军娇 +4 位作者 张珍 罗素元 李学英 杨明镇 张达 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期270-277,共8页
脱水素（Dehydrins,DHNs）是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,其表达累积程度与植物的发育阶段、低温、ABA和脱水信号调节等因素密切相关。为了解脱水素的结构与干旱胁迫表达累积反应,文章从六棱大麦分离到序列全长为1 767 bp的... 脱水素（Dehydrins,DHNs）是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,其表达累积程度与植物的发育阶段、低温、ABA和脱水信号调节等因素密切相关。为了解脱水素的结构与干旱胁迫表达累积反应,文章从六棱大麦分离到序列全长为1 767 bp的Dhn6基因,序列分析结果表明,该基因含一个92 bp内含子,90~1 759 bp为一个开放阅读框,与裸大麦Dhn6基因（GenBank登录号：AF043091）的同源性最高,达93.18%,编码523个氨基酸残基的多肽,预测蛋白质的分子量为49.68 kDa,理论等电点为8.04。结构分析发现,蛋白质具有3个螺旋区,无规则卷曲构成二级结构的主要组分,亲水氨基酸比例超过83%;三维结构预测发现,多肽链自身反向平行排列成松散的亲水索链,K-片段参与兼性？-螺旋结构域的形成,意味着该脱水素具有束缚自由水、稳定细胞膜相结构的功能。实时定量RT-PCR检测结果表明,Dhn6基因的相对表达水平在干旱处理8 h快速累积,推测DHN6在大麦对干旱胁迫的早期响应中发挥重要功能。 展开更多
关键词 大麦 Dhn6基因 结构预测 兼性?-螺旋结构域 干旱胁迫
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猪CD58分子基因克隆、表达及其结构功能预测 被引量：5
3
作者 窦永喜 景志忠 +5 位作者 侯俊玲 骆学农 张强 刘齐 左志林 才学鹏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期388-394,共7页
CD58在机体免疫系统中具有重要作用,本研究通过对人、绵羊CD58 mRNA序列比对,设计兼并引物,应用反转录PCR技术克隆猪CD58基因,并在大肠杆菌中进行原核表达,同时运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列以及蛋白结构进行预... CD58在机体免疫系统中具有重要作用,本研究通过对人、绵羊CD58 mRNA序列比对,设计兼并引物,应用反转录PCR技术克隆猪CD58基因,并在大肠杆菌中进行原核表达,同时运用生物信息学方法对其核苷酸序列、编码的氨基酸序列以及蛋白结构进行预测。结果表明:克隆的猪CD58 cDNA全长800 bp,ORF为735 bp;将其在大肠杆菌中进行表达,产物可被CD58抗血清识别;序列比对结果显示猪、羊和人的CD58核苷酸序列及氨基酸序列同源性并不高,但蛋白结构预测表明三者蛋白结构非常相似,尤其是V区三维结构,这是异种动物淋巴细胞和红细胞发生黏附的分子基础。该研究为CD58作为疫苗佐剂或免疫调节药物在临床中的应用、进一步研究CD58分子结构及CD2-CD58复合物激活免疫系统的机理奠定了基础。 展开更多
关键词 猪CD58 基因克隆 表达 结构预测
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内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株gag基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测 被引量：8
4
作者 王宇 刘淑英 +1 位作者 韩敏 李建云 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期272-276,共5页
提取内源性绵羊肺腺瘤病毒内蒙古分离株(NM)总DNA,参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株gag基因序列设计1对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的gag基因片段,将其克隆到pMD19-T载体中进行测序得到完整的gag基因序列,并用DNAS... 提取内源性绵羊肺腺瘤病毒内蒙古分离株(NM)总DNA,参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株gag基因序列设计1对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的gag基因片段,将其克隆到pMD19-T载体中进行测序得到完整的gag基因序列,并用DNAStar软件进行序列分析,分析结果表明,与内源性南非代表毒株enJS56A1(AF153615)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为98.9%。推导出的氨基酸同源性为98.4%。与外源性美国代表株JSRV21(AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为89.6%,氨基酸同源性为94.8%。利用生物信息学软件对其蛋白结构进行预测,结果表明gag-enJSRV-NM为一结构松散的蛋白分子,这也是我国首次报道的内源性绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的全序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 内源性绵羊肺腺瘤病毒 GAG基因 克隆 序列分析 结构预测
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猪细小病毒非结构蛋白NS1基因的克隆、序列分析及蛋白质结构预测 被引量：8
5
作者 刘建 汤德元 +6 位作者 罗险峰 曾智勇 李春燕 甘振磊 王凤 郝飞 王洪光 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第5期8-13,共6页
根据GenBank登录的猪细小病毒NADL-2株和China株序列,利用Oligo 6.0软件设计1对扩增NS1全基因的特异性引物,对从贵州省安顺地区检测到的PPV的NS1基因进行扩增、克隆、测序、序列分析和蛋白质结构预测分析。测序结果表明,扩增的目的基因... 根据GenBank登录的猪细小病毒NADL-2株和China株序列,利用Oligo 6.0软件设计1对扩增NS1全基因的特异性引物,对从贵州省安顺地区检测到的PPV的NS1基因进行扩增、克隆、测序、序列分析和蛋白质结构预测分析。测序结果表明,扩增的目的基因长度为1986bp,共编码659个氨基酸,其中NS1基因的1287、1288和1298位碱基发生了缺失,导致429、430和433位氨基酸发生缺失。系统发生树结果表明,本试验测序的NS1基因与NADL-2弱毒株处在同一进化分支;氨基酸同源性与NADL-2弱毒株和Kresse毒株最高,均为98.6%。蛋白质结构预测分析结果表明,非结构蛋白NS1的分子质量为75269.76u,理论等电点pI为7.25,不稳定系数为41.57,推测其为不稳定蛋白质;脂肪指数为73.58,总体平均亲水性为-0.565,推测该蛋白质是一种亲水性蛋白质;该蛋白质含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈连续分布;非结构蛋白NS1无跨膜区和信号肽;预测非结构蛋白NS1含有3个N-糖基化位点、3个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、22个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、8个N-肉豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点及1个ATP/GTP结合位点基序A(P-环);该蛋白质抗原表位较多,存在10个主要的抗原表位。 展开更多
关键词 猪细小病毒 NS1基因 克隆 序列分析 蛋白质结构预测
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隆林山羊肌细胞生成素基因的序列分析与结构预测 被引量：4
6
作者 赵子贵 黄晨 +4 位作者 宋少锐 曹植植 郭亚芬 兰干球 杨膺白 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第11期17-21,共5页
为了丰富优良地方品种隆林山羊的肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因遗传学基础信息,并探究其序列结构及其对山羊肌肉的发育分化调控机理。本研究设计1对特异性引物,采用PCR和克隆技术成功获得隆林山羊MyoG基因2419bp长的DNA序列。结果表... 为了丰富优良地方品种隆林山羊的肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因遗传学基础信息,并探究其序列结构及其对山羊肌肉的发育分化调控机理。本研究设计1对特异性引物,采用PCR和克隆技术成功获得隆林山羊MyoG基因2419bp长的DNA序列。结果表明,该基因包括3个外显子、2个内含子、部分5′UTR和3′UTR区,编码区DNA序列长675bp,共编码224个氨基酸,该氨基酸序列无信号肽序列和跨膜结构。经同源性分析可知,隆林山羊MyoG编码区核苷酸序列及其编码的氨基酸序列与其他物种比对结果和氨基酸系统进化树的聚类结果相符,均显示隆林山羊与哺乳动物中的绵羊、牛和野猪的亲缘关系最近,氨基酸同源性达到95%以上。因此隆林山羊MyoG基因在哺乳动物中具有较高的保守性,而MyoG基因的克隆、序列分析和结构预测将为今后该基因的表达与调控、肉质改良、山羊开发利用等研究提供了更充分的分子生物学基础信息和理论依据。 展开更多
关键词 隆林山羊 MYOG基因 序列分析 结构预测
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草苷膦抗性新基因的克隆、序列分析及其蛋白高级结构预测 被引量：6
7
作者 刘光全 刘柱 +6 位作者 陆伟 徐玉泉 梁爱敏 平淑珍 张维 陈明 林敏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期197-203,共7页
利用错误倾向PCR(error-prone PCR)突变技术,以可变盐单胞菌(Halomonas variabilis)HTG7的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸(EPSP)合酶基因为模板进行随机PCR扩增,得到目的基因片段(约1·35kb).将该基因片段与pACYC184载体连接后转化EPSP合... 利用错误倾向PCR(error-prone PCR)突变技术,以可变盐单胞菌(Halomonas variabilis)HTG7的5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸(EPSP)合酶基因为模板进行随机PCR扩增,得到目的基因片段(约1·35kb).将该基因片段与pACYC184载体连接后转化EPSP合酶缺陷型菌株大肠杆菌ER2799.利用功能互补筛选法得到了2株不具有草苷膦抗性的EPSP合酶阳性克隆突变株,记为Pmu1和Pmu2.序列分析表明,突变体Pum1的EPSP合酶编码区与突变前基因相比,核苷酸有2处发生突变,导致氨基酸残基1处发生了改变;突变体Pmu2的EPSP合酶编码区与突变前基因相比,核苷酸有5处发生突变,导致氨基酸残基2处发生了改变.对突变前后EPSP合酶进行比较预测发现,其三级结构及蛋白中心骨架是大致相同的,但突变前后氨基酸位点肽平面和Cα相连的N键之间形成的扭转角度存在一定的差别.这些结果表明,酶的功能主要由蛋白的构象决定,二肽链形成后肽平面和N键之间角度的变化,造成高级结构构象细微的差别,致使草苷膦抗性功能丢失. 展开更多
关键词 EPSP合酶新基因 错误倾向PCR 草苷膦抗性 蛋白高级结构预测 扭转角 蛋白中心骨架 比较预测
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广西巴马小型猪β-干扰素基因的克隆、序列分析和蛋白结构预测 被引量：5
8
作者 曾芸 李军 +1 位作者 赵武 陈凤莲 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2007年第5期105-108,共4页
从刀豆素A刺激12 h和15 h的巴马小型猪外周血淋巴细胞中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出β-干扰素(IFN-β)基因,将其克隆到PMD18-T载体上,进行序列分析和蛋白结构预测。结果表明,克隆的巴马猪IFN-β基因氨基酸序列与GenBank上登录的梅山... 从刀豆素A刺激12 h和15 h的巴马小型猪外周血淋巴细胞中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出β-干扰素(IFN-β)基因,将其克隆到PMD18-T载体上,进行序列分析和蛋白结构预测。结果表明,克隆的巴马猪IFN-β基因氨基酸序列与GenBank上登录的梅山猪和长白猪的IFN-β基因氨基酸同源性为98.4%和98.9%,与人、牛、马的IFN-β氨基酸同源性分别为65.1%,65.1%,66.1%。人和猪IFN-β基因在5个螺旋结构序列上同源性很高,而且在维持蛋白结构和生物学活性上的氨基酸位点也非常保守。 展开更多
关键词 巴马小型猪 β-干扰素基因 克隆 序列分析 结构预测
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后基因组研究中蛋白结构与功能的预测 被引量：3
9
作者 石嵘 马文丽 郑文岭 《生物技术通报》 CAS CSCD 2002年第3期1-4,14,共5页
阐述蛋白质结构建模和功能预测的基本方法以及最新研究进展 ,展望了蛋白质预测技术的前景。
关键词 后基因组研究 蛋白结构 功能 预测 建模 结构基因组学
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猪粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测 被引量：7
10
作者 窦永喜 才学鹏 景志忠 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期474-478,482,共6页
GM-CSF在机体免疫系统中发挥重要的免疫调节作用。用PHA与LPS体外联合刺激猪外周血单个核细胞,采用RT-PCR技术成功克隆了猪GM-CSF基因。序列分析表明,该序列与NCBI/GenBank上登载的序列有两个碱基不同;将猪与人、牛、羊、狗、猫、鼠等... GM-CSF在机体免疫系统中发挥重要的免疫调节作用。用PHA与LPS体外联合刺激猪外周血单个核细胞,采用RT-PCR技术成功克隆了猪GM-CSF基因。序列分析表明,该序列与NCBI/GenBank上登载的序列有两个碱基不同;将猪与人、牛、羊、狗、猫、鼠等动物的GM-CSF基因序列相比较,其一致性分别为82.1%8、5%、88.1%、82.8%、83.7%、70.5%,在氨基酸水平上一致性为70.3%7、0.9%7、8.1%、70.3%7、1.9%、54.4%。然后利用生物信息学和分子生物学软件,对猪GM-CSF的结构进行预测,结果表明,猪GM-CSF为一结构松散的球状蛋白分子。猪GM-CSF基因的成功克隆及其编码蛋白结构的预测为开发高效、低毒且性质稳定的猪GM-CSF产品奠定了基础。 展开更多
关键词 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 基因克隆 序列分析 结构预测
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应用RNA-seq技术优化鸭基因结构及预测新转录本 被引量：3
11
作者 叶保国 徐铁山 《中国家禽》 北大核心 2015年第13期5-8,共4页
鸭基因组草图虽然已经释放,但其基因注释很不完善。基于此,本文应用前期得到的RNA-seq数据开展了鸭基因结构优化和新转录本预测等工作。基因结构优化结果显示,5′和3′端得到延长的基因数目分别为3 878个和3 895个,其平均延伸长度分别为... 鸭基因组草图虽然已经释放,但其基因注释很不完善。基于此,本文应用前期得到的RNA-seq数据开展了鸭基因结构优化和新转录本预测等工作。基因结构优化结果显示,5′和3′端得到延长的基因数目分别为3 878个和3 895个,其平均延伸长度分别为198 bps和246 bps。新转录本预测共得到8 141个新转录本,大部分新转录本平均长度大于3 000 bps,单个新转录本平均由9个以上的片段组成。同时,70%左右的新转录本具有编码能力。本研究优化了大量鸭基因结构信息并挖掘了许多潜在的新基因,为鸭基因组的进一步完善提供基础数据。 展开更多
关键词 RNA-SEQ 基因结构优化 新基因预测 鸭
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四川小麦地方品种AS1643中低分子量谷蛋白基因的克隆及其蛋白质的二级结构预测 被引量：1
12
作者 陈华萍 黄乾明 +1 位作者 魏育明 郑有良 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期859-866,共8页
根据小麦低分子量谷蛋白基因保守区序列设计引物P1/P2,采用PCR法对四川小麦地方品种AS1643的基因组DNA进行扩增,获得1条约900bp的片段,分离、纯化后连接到载体pMD18-T上,对筛选阳性克隆测序,获得1个低分子量谷蛋白基因LMW-AS1643(GenBan... 根据小麦低分子量谷蛋白基因保守区序列设计引物P1/P2,采用PCR法对四川小麦地方品种AS1643的基因组DNA进行扩增,获得1条约900bp的片段,分离、纯化后连接到载体pMD18-T上,对筛选阳性克隆测序,获得1个低分子量谷蛋白基因LMW-AS1643(GenBank登录号:EF190322),其编码区长度为909bp,可编码302个氨基酸残基组成的成熟蛋白。序列分析结果表明,LMW-AS1643具有典型的低分子量谷蛋白基因的基本结构,其推导氨基酸序列与其它已知的LMW-GS相比,最高相似性为93.40%。生物信息学分析表明,在LMW-AS1643低分子量谷蛋白中,无规则卷曲含量最高,为67.90%,其次是α-螺旋,占30.46%,β-折叠含量最少,为1.64%。 展开更多
关键词 小麦地方品种 低分子量谷蛋白基因 基因克隆 结构预测
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犬γ-干扰素基因的克隆、序列分析及蛋白质结构预测 被引量：1
13
作者 谢昆 蒋成砚 +3 位作者 唐秀华 周文树 王海荣 汪镜 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期170-175,共6页
根据Gen Bank上犬γ-干扰素基因(IFN-γ)序列(序列号WO318193),利用Primer 5.0软件设计特异性引物,应用RT-PCR技术从100μg/ml Con A刺激24 h后的犬外周血淋巴细胞总RNA中扩增出γ-干扰素基因,测序后应用DNAStar软件对克隆的犬γ-干扰... 根据Gen Bank上犬γ-干扰素基因(IFN-γ)序列(序列号WO318193),利用Primer 5.0软件设计特异性引物,应用RT-PCR技术从100μg/ml Con A刺激24 h后的犬外周血淋巴细胞总RNA中扩增出γ-干扰素基因,测序后应用DNAStar软件对克隆的犬γ-干扰素基因进行序列分析,并与Gen Bank上发表的犬、牛、大熊猫、鸡、牦牛、人、猪、野猪、斑马鱼、土拨鼠等的IFN-γ基因序列进行同源性比较。结果显示,克隆的犬IFN-γ基因大小501 bp,编码166个氨基酸,与犬、牛、大熊猫、鸡、牦牛、人、猪、野猪、斑马鱼、土拨鼠IFN-γ基因的核苷酸序列同源性分别为98.4%、81.6%、26.1%、26.1%、22.7%、22.7%、80.8%、81.0%、28.5%和25.0%;氨基酸序列同源性分别为95.8%、72.5%、5.4%、5.4%、6.6%、6.6%、68.9%、69.5%、5.4%和5.4%。运用DNAstar软件对犬γ-干扰素进行蛋白结构预测的结果显示,犬γ-干扰素蛋白含有10个α-螺旋、9个β-折叠、11个β-转角和5个无规则卷曲。 展开更多
关键词 犬 Γ-干扰素基因 克隆 序列分析 蛋白质结构预测
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牦牛MC4R基因及其蛋白结构预测分析 被引量：2
14
作者 蔡欣 泽让东科 《四川动物》 CSCD 北大核心 2013年第6期898-903,共6页
根据普通牛MC4R基因序列设计同源引物,扩增克隆牦牛MC4R基因,对牦牛与普通牛MC4R基因及其蛋白结构进行生物信息学分析。与普通牛MC4R基因相比,牦牛在该基因存在5个多态位点,其中3个在密码子第3位,2个位点在密码子第1位;4个牦牛个体中有... 根据普通牛MC4R基因序列设计同源引物,扩增克隆牦牛MC4R基因,对牦牛与普通牛MC4R基因及其蛋白结构进行生物信息学分析。与普通牛MC4R基因相比,牦牛在该基因存在5个多态位点,其中3个在密码子第3位,2个位点在密码子第1位;4个牦牛个体中有1个与其他个体存在2个变异位点且在密码子第3位;牦牛与普通牛在MC4R蛋白2个氨基酸的差异只引起两物种MC4R蛋白二级结构组分的细微差异。MC4R蛋白在牦牛和普通牛之间保守性较强,MC4R基因可能在哺乳类数百万年的进化历程中受到较强的进化抑制或净化进化。为研究MC4R基因在牦牛食欲控制、体重调节、脂肪沉积和能量平衡调节等方面提供基础资料。 展开更多
关键词 牦牛 MC4R基因 序列分析 蛋白结构预测
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非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测 被引量：3
15
作者 罗世民 李中波 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第16期141-146,共6页
为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进... 为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测;运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明,非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1941 bp,其中,碱基A含量为26.9%,T含量为28.9%,G含量为24.2%及C含量为20.0%,A+T的含量为55.8%,G+C的含量为44.2%,AT含量显著高于GC含量;该序列共编码646个氨基酸,p72蛋白大小为76 ku;在整个p72蛋白分子的二、三级结构中,α-螺旋占19.35%,β-转角占5.42%,无规卷曲占50.15%,扩展链为25.08%,以无规卷曲为主要结构;该蛋白存在细胞质的概率最大,其次是细胞核,存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低;p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为12~18 aa、27~37 aa、45~55 aa、77~88 aa、110~120 aa;T淋巴细胞优势抗原表位分别为203~212 aa、298~307 aa、520~531 aa。说明非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列呈明显AT偏好性;p72蛋白为一亲水性蛋白,其高级结构主要以无规卷曲为主,且具有B、T淋巴细胞优势抗原表位,是检测试剂和疫苗研发的理想靶标。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 B646L基因 p72蛋白 序列分析 结构预测 抗原表位预测
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HLA新等位基因B*46:30序列分析及其编码MHC蛋白分子结构预测与表型鉴定
16
作者 聂向民 朱传福 +4 位作者 朱海峰 张毅 乔文本 刘艳 邵静茹 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期152-156,161,共6页
目的:鉴定分析HLA新等位基因B*46:30序列,对其MHC蛋白分子三级结构及氨基酸残基改变对蛋白结构的可能影响进行模拟分析,并对其血清学表型进行鉴定。方法:应用Luminex SSOP流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对HLA序列进行序列鉴定。应... 目的:鉴定分析HLA新等位基因B*46:30序列,对其MHC蛋白分子三级结构及氨基酸残基改变对蛋白结构的可能影响进行模拟分析,并对其血清学表型进行鉴定。方法:应用Luminex SSOP流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对HLA序列进行序列鉴定。应用SWISS-MODEL及RCSB PDB分析软件,对HLA序列蛋白分子三维结构进行模拟分析。HistoCheck、FATCAT对比分析蛋白分子间差异。使用Terasaki分型板进行血清型表型鉴定。结果:相较于B*46:01,新等位基因B*46:30第559、560位发生C->G、T->A替代。MHC分子结构预测分析表明,B*46:30第163位氨基酸残基由疏水性脂肪族亮氨酸Leu→B*46:30带负电荷的酸性谷氨酸Glu,R值为32。该氨基酸变异位置位于α2结构域构成抗原多肽结合凹槽侧壁的α螺旋顶端,总差异值DSS Score=1.32,均方根偏差RMSD=0.59?,血清型表型检测为B46强阳性。结论:HLA新等位基因序列被WHO HLA命名委员会正式命名为B*46:30,分析预测此编码氨基酸残基改变将可能影响其抗原多肽结合功能,并影响其与TCR及抗体的结合特性,血清型表型鉴定为B46。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序分型 新等位基因 结构预测
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猪MyD88基因的克隆及其结构预测分析
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作者 曾爽 房永祥 +1 位作者 陈国华 景志忠 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2010年第5期1-5,共5页
应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从猪的脾脏淋巴细胞中克隆了猪MyD88基因(pMyD88)。基因序列分析表明,克隆的pMyD88基因含一个完整的开放阅读框(ORF),大小为882 bp,共编码293个氨基酸,分子质量33.28 ku,A+T=41.38%,G+C=58.62%。DN... 应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从猪的脾脏淋巴细胞中克隆了猪MyD88基因(pMyD88)。基因序列分析表明,克隆的pMyD88基因含一个完整的开放阅读框(ORF),大小为882 bp,共编码293个氨基酸,分子质量33.28 ku,A+T=41.38%,G+C=58.62%。DNA Star软件分析发现,与GenBank上登载的猪AB292176核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.5%和100%,与其他物种的核苷酸序列同源性均在80%以上,说明MyD88基因在各物种间相对保守,在遗传系统发生上亲缘关系密切。对猪MyD88蛋白分子的结构预测发现,α-螺旋占41.3%,伸展结构占14.33%,无规则卷曲占44.37%;存在N端的死亡区和C端的Toll区两个结构域,表明MyD88是Toll受体的关键接头分子。 展开更多
关键词 猪MyD88基因 分子克隆 序列分析 结构预测
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凡纳滨对虾类胰岛素肽基因的结构及表达分析 被引量：1
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作者 苏曼文 张晓军 +3 位作者 袁剑波 张小溪 杨铭 李富花 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第1期105-117,共13页
类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员,具有进化保守性,是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)ILP1(Lv ILP1)全长基因,m RNA长度为812 bp,其中开放阅读框长543 bp,编码180个氨基酸。序列分... 类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员,具有进化保守性,是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)ILP1(Lv ILP1)全长基因,m RNA长度为812 bp,其中开放阅读框长543 bp,编码180个氨基酸。序列分析显示,Lv ILP1蛋白预计分子量为20.81 kDa,理论等电点为9.45,不稳定系数为96.20,具有一个信号肽,没有跨膜结构,推导其为碱性、不稳定的分泌蛋白。结构预测显示,该蛋白具有胰岛素超家族保守的Il GF结构域,由N端信号肽、B链、C肽和A链组成,同时具有6个保守的半胱氨酸位点和2个断裂位点。系统进化分析显示,Lv ILP1与斑节对虾(Penaeus monodon)ILP7亲缘关系最近,与甲壳动物ILP1聚为一支,然后分别与无脊椎动物ILP7、脊椎动物松弛素(Relaxin)、胰岛素(Insulin)、胰岛素样生长因子(IGF)聚在一起。无脊椎动物ILP7类与外群海葵(Actinia tenebrosa)ILP的进化关系最近,表明这类ILP可能与胰岛素超家族的祖先较为相似。转录因子预测显示,Lv ILP1可能的转录因子为叉头框蛋白O3(FoxO3)、糖皮质激素受体(GR)、CAAT区/增强子结合蛋白(C/EBP)、信号传导及转录激活蛋白(STAT)等;蛋白互作分析显示,Lv ILP1与细胞膜上的胰岛素受体(IR)、神经信号分子(VGLUT1、SYT 1_3)、糖蛋白激素(GPHB5)、鞣化激素(Bursicon)等相互作用;对这些转录因子和互作蛋白的生物功能进行分析,进而推测Lv ILP1可能具有调节生长发育、激素刺激反应、神经系统稳态、碳水化合物稳态、蜕皮后组织重建以及生殖发育等作用。分析发现,Lv ILP1在凡纳滨对虾早期发育阶段有较高表达,在成体各个组织中均有表达,但在眼柄中表达量最高。本研究结果为深入了解凡纳滨对虾ILP的基因结构、进化、功能及表达提供了重要信息,同时为凡纳滨对虾的分子育种和健康养殖提供线索。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 类胰岛素肽 基因结构 功能预测 表达分析
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老面传代发酵过程中细菌菌群结构及其功能预测 被引量：1
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作者 吴庆 杨小萍 +1 位作者 辛世华 方海田 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第4期152-157,共6页
该研究以老面为研究对象,采用高通量测序技术解析了老面传代1代(SD1)、2代(SD2)和4代(SD3)发酵过程中的细菌菌群多样性,对高通量测序结果进行α多样性及β多样性分析,并对其细菌菌群进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果表... 该研究以老面为研究对象,采用高通量测序技术解析了老面传代1代(SD1)、2代(SD2)和4代(SD3)发酵过程中的细菌菌群多样性,对高通量测序结果进行α多样性及β多样性分析,并对其细菌菌群进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果表明,老面样品共获得538981条优化序列,得到495个操作分类单元(OTU);从SD1到SD3代的优势菌门依次为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria);优势菌属均为乳杆菌属(Lactobacillus);优势菌种均为旧金山乳杆菌(Lactobacillus sanfranciscensis)、干酪乳杆菌(L.sakei)、短乳杆菌(L.brevis)和加氏乳杆菌(L.gasseri);优势菌门、属和种的平均相对含量变化不显著(P>0.05)。β多样性分析表明,老面传代发酵过程中细菌群落结构较为相似,丰度变化不显著(P>0.05)。从SD1到SD3老面样品中细菌菌群主要功能为碳水化合物代谢,其次为维生素及辅酶因子代谢、分子排序、结构折叠与降解、氨基酸代谢,磷酸戊糖途径是最主要的三级代谢功能。 展开更多
关键词 老面 传代发酵 高通量测序 细菌菌群结构 基因功能预测
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非洲猪瘟病毒解旋酶D1133L基因序列分析、蛋白结构预测及亚细胞定位 被引量：10
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作者 侯景 申超超 +10 位作者 张大俊 杨博 史喜绢 张婷 崔卉梅 袁兴国 赵登率 陈学辉 张克山 郑海学 刘湘涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1953-1962,共10页
旨在通过预测分析和亚细胞定位研究非洲猪瘟病毒(ASFV)D1133L基因结构、亚细胞定位与功能间的关系。作者使用Mega6.0软件绘制了7株不同基因型的D1133L解旋酶和ASFV编码的其他5个解旋酶基因的系统进化树,使用EXPASY、PRABI和SWISS-MODEL... 旨在通过预测分析和亚细胞定位研究非洲猪瘟病毒(ASFV)D1133L基因结构、亚细胞定位与功能间的关系。作者使用Mega6.0软件绘制了7株不同基因型的D1133L解旋酶和ASFV编码的其他5个解旋酶基因的系统进化树,使用EXPASY、PRABI和SWISS-MODEL软件预测了该基因所编码蛋白序列的二、三级结构;根据GenBank公布的ASFV序列(LR743116.1),合成D1133L基因并构建其重组真核表达质粒pCMV-D1133L,蛋白免疫印迹(Western blot,WB)验证该基因表达后,将重组质粒转染至PK-15细胞,应用间接免疫荧光试验(indirect immunofluorescence assay,IFA)研究了该蛋白的亚细胞定位。结果表明,通过ASFV解旋酶的基因系统进化树,发现5种解旋酶基因均相对保守。D1133L基因全长3402 bp,表达的蛋白为124.63 ku,G+C含量为6.1%,A+T含量为10.6%;二级结构分析表明α螺旋占48.90%,扩展链占13.50%,无规卷曲为33.27%;三级结构分析表明六自由度结构(six degree of freedom,QMQE)为0.20,覆盖率84%,且预测以α螺旋为主的高级结构;通过LOCSVMPSI分析预测,显示D1133L蛋白定位于细胞核内与细胞质内的概率是相同的。WB结果显示pCMV-D1133L质粒正常表达,IFA试验证明ASFV编码的解旋酶D1133L同时分布于细胞核和细胞质。本研究通过对D1133L基因序列、结构功能预测,并通过IFA验证了D1133L亚细胞分布,为进一步揭示D1133L基因功能奠定了一定基础。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 解旋酶 D1133L基因 序列分析 结构预测 亚细胞定位
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