基于相似性网络技术挖掘丁书文教授治疗冠心病的处方用药规律 被引量：3

1

作者 王怡斐 郇家铭 +2 位作者 焦华琛 周雪忠 李运伦 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第11期3918-3925,共8页

目的相似性网络能够有效的发现处方群中的高度相似处方模块,可用于名中医的处方用药数据挖掘研究。本研究将丁教授多年的处方数据,利用处方相似性网络技术进行分析,探讨丁教授治疗冠心病的处方用药规律。方法收集来自山东中医药大学附... 目的相似性网络能够有效的发现处方群中的高度相似处方模块,可用于名中医的处方用药数据挖掘研究。本研究将丁教授多年的处方数据,利用处方相似性网络技术进行分析,探讨丁教授治疗冠心病的处方用药规律。方法收集来自山东中医药大学附属医院门诊系统的丁书文教授治疗冠心病的8689个处方,采用处方相似性网络等数据挖掘方法对丁教授的处方进行分析。结果本研究利用复杂网络分析方法获得了丁教授治疗冠心病的主要处方,提示益气养阴、活血通络是其治疗冠心病的主要治法;利用处方相似性和社团分析方法,发现了丁教授治疗难治性心绞痛、冠状动脉痉挛等兼症以及合并快速性心律失常、高血压病的用药规律,反映了丁教授治疗冠心病的“常法”与“变法”的诊疗思路。结论处方相似性网络技术能够从大量医案中挖掘名中医诊疗的处方规律,为名中医传承研究提供服务。 展开更多

关键词 丁书文 冠心病 数据挖掘 相似性网络 复杂网络

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基于研究兴趣相似性网络的我国图书馆学研究社群分析 被引量：7

2

作者 江文华 徐健 +1 位作者 李纲 李阳 《现代情报》 CSSCI 2019年第9期21-27,共7页

[目的/意义]从学者研究兴趣视角出发,探究图书馆领域研究现状,分析该领域社群结构。[方法/过程]从CSSCI数据库中下载“中图分类号=G250”的所有论文,通过Java程序处理数据,利用“机器+人工”进行作者消歧。使用普莱斯定理识别图书馆领... [目的/意义]从学者研究兴趣视角出发,探究图书馆领域研究现状,分析该领域社群结构。[方法/过程]从CSSCI数据库中下载“中图分类号=G250”的所有论文,通过Java程序处理数据,利用“机器+人工”进行作者消歧。使用普莱斯定理识别图书馆领域核心作者,利用学者科研成果提取作者的研究兴趣,构建该领域核心作者研究兴趣相似性网络,使用Louvain方法对该领域研究者进行社群划分。计算各社群研究兴趣模型,并计算各个社群间的研究兴趣相似性。[结果/结论]研究发现:1)图书馆学作者发文频次与核心作者研究兴趣相似性服从幂律分布;2)图书馆学领域核心作者按研究兴趣可分为6个社群;3)C1-C2、C2-C3、C3-C4社群间存在强相似性,C6社群与其他社群相似性较低。 展开更多

关键词 研究兴趣 相似性网络 图书馆学 研究社群

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网络流量自相似性在DDoS攻击检测中的应用

3

作者 杨永刚 寇应展 +1 位作者 杨杰 祝爱民 《科学技术与工程》 2007年第13期3296-3298,共3页

大量研究表明网络的正常流量具有自相似性,可以用自相似性参数Hurst系数来描述。DDoS攻击会破坏或者影响网络正常业务的自相似特性,用优化的R/S作为自相似性参数Hurst系数的估算算法,分析DDoS攻击数据流对正常业务数据流自相似参数Hurs... 大量研究表明网络的正常流量具有自相似性,可以用自相似性参数Hurst系数来描述。DDoS攻击会破坏或者影响网络正常业务的自相似特性,用优化的R/S作为自相似性参数Hurst系数的估算算法,分析DDoS攻击数据流对正常业务数据流自相似参数Hurst系数的影响,来检测DDoS攻击。 展开更多

关键词 DDOS攻击 自相似性 自相似模型 网络自相似性

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大规模动态网络的相似性度量方法研究 被引量：2

4

作者 王佳 武志昊 +1 位作者 赵苡积 林友芳 《计算机科学与探索》 CSCD 北大核心 2019年第9期1543-1552,共10页

复杂网络相似性度量在异常检测、状态划分等网络分析应用中起着至关重要的作用。近年来,静态网络相似性受到学者的广泛关注,但在实际场景中,网络结构往往会随着时间的推移不断演化,网络规模也会逐渐增大,如何快速且准确地评估动态网络... 复杂网络相似性度量在异常检测、状态划分等网络分析应用中起着至关重要的作用。近年来,静态网络相似性受到学者的广泛关注,但在实际场景中,网络结构往往会随着时间的推移不断演化,网络规模也会逐渐增大,如何快速且准确地评估动态网络之间的相似性面临巨大的挑战。基于静态网络的谱距离方法尽管取得了不错的效果,但对于大规模动态网络而言计算成本很高。为了解决这一问题,提出了一种快速计算动态网络相似性的方法。该方法基于矩阵扰动理论估算动态网络特征值的变化进而计算网络的相似性,具有线性复杂度。在人工数据集与真实数据集上的实验表明,提出的方法在保证准确率的基础上有效降低了计算复杂度。 展开更多

关键词 动态网络 网络结构相似性 特征分解 矩阵扰动

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基于网络相似性测度的国际贸易产品分类 被引量：3

5

作者 程静静 樊瑛 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第2期303-310,共8页

该文以复杂网络视角研究国际贸易产品的社团结构,探究产品贸易的演化规律。选取1995-2015年每隔5年的产品贸易数据,首先构建产品国际贸易网络与国际总贸易网络,采用网络相似性测度来衡量产品距离;然后通过最小生成树与设立阈值相结合的... 该文以复杂网络视角研究国际贸易产品的社团结构,探究产品贸易的演化规律。选取1995-2015年每隔5年的产品贸易数据,首先构建产品国际贸易网络与国际总贸易网络,采用网络相似性测度来衡量产品距离;然后通过最小生成树与设立阈值相结合的方法构建产品网络;最后运用加权极值优化算法进行产品分类,研究产品集群的演化规律。研究发现,国际总贸易虽为各产品加总,但产品国家间贸易关系存在显著差异。5年间国际产品贸易的产品选择从重工业到农业,再到轻工业,最终转为农业,且国家间贸易往来日益紧密。此外,对5年的产品网络进行社团划分发现,除1995年外其余年份均呈现一致的划分结果,但在社团内部,产品集群的紧密性一直在增加。 展开更多

关键词 网络相似性 产品分类 产品距离 产品网络

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复杂生物网络分析的图聚类方法研究进展 被引量：6

6

作者 梅娟 王正祥 +1 位作者 石贵阳 李炜疆 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期15-20,共6页

基因组学和高通量技术提供了大量生命系统组成元件(如蛋白质)之间相互关系的数据,由这些关系数据构成的复杂生物网络蕴含着丰富的生命系统运行机制的知识,挖掘这些隐蔽的知识成为当前系统生物学的主要任务之一。作为知识发现重要手段的... 基因组学和高通量技术提供了大量生命系统组成元件(如蛋白质)之间相互关系的数据,由这些关系数据构成的复杂生物网络蕴含着丰富的生命系统运行机制的知识,挖掘这些隐蔽的知识成为当前系统生物学的主要任务之一。作为知识发现重要手段的图聚类方法,在复杂生物网络分析上受到了普遍关注,在远同源性探测、蛋白质功能预测、代谢途径发现等方面取得了令人瞩目的结果。同时也注意到,由于生命系统的高度复杂性,其他领域中卓有成效的方法往往在复杂生物网络分析中遇到困难。评述了近年来图聚类算法在复杂生物网络分析中的进展,简要分析了复杂生物网络研究的图聚类途径所面临的主要问题。 展开更多

关键词 复杂生物网络 图聚类 蛋白质相互作用网络 代谢网络 蛋白质相似性网络

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一种多视角图嵌入的miRNA-疾病关系预测方法

7

作者 翁骞 孙宇平 凌捷 《小型微型计算机系统》 北大核心 2025年第4期876-882,共7页

MicroRNA(miRNA)在人类复杂疾病的发生发展中发挥着重要作用.由于生物学实验耗时费力,开发一种准确的计算预测方法对于识别疾病相关的miRNA是必不可少的.本文提出了一种多视角图嵌入的miRNA-疾病关联识别新方法(MGEMDA).该方法首先构建m... MicroRNA(miRNA)在人类复杂疾病的发生发展中发挥着重要作用.由于生物学实验耗时费力,开发一种准确的计算预测方法对于识别疾病相关的miRNA是必不可少的.本文提出了一种多视角图嵌入的miRNA-疾病关联识别新方法(MGEMDA).该方法首先构建miRNA与疾病的多个相似网络,表征miRNA与疾病的关系.其次引入混合图表示学习框架,同时学习miRNA和疾病的特征.最后将特征输入到神经归纳矩阵补全模型中进行miRNA-疾病关联预测.在5折交叉验证中AUC值达到0.9454,与现有几种最先进的方法相比具有优异的性能.此外,对3种疾病(结肠癌、肺癌、乳腺癌)的案例研究进一步证实了MGEMDA对潜在疾病相关miRNA的预测能力. 展开更多

关键词 miRNA-疾病关联预测 多视角相似性网络 图卷积网络 图注意力网络

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基于图卷积神经网络的个人信用风险预测 被引量：4

8

作者 梁龙跃 王浩竹 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2023年第17期275-285,共11页

信用风险的评估与管理是金融机构的重要任务之一。为探究个人征信样本与违约样本间存在相似性时,能否体现个人征信的信用风险,并对预测其违约做出贡献。基于LendingClub 2020年第1~3季度贷款数据,利用GAMI-net从高维征信数据中筛选样本... 信用风险的评估与管理是金融机构的重要任务之一。为探究个人征信样本与违约样本间存在相似性时,能否体现个人征信的信用风险,并对预测其违约做出贡献。基于LendingClub 2020年第1~3季度贷款数据,利用GAMI-net从高维征信数据中筛选样本违约特征,并通过曼哈顿距离构建样本相似性网络,以反映样本整体间的征信相似性,并建立基于图卷积神经网络的信用风险预测模型。研究发现,个人征信相似性能体现信用风险,并对预测产生显著正面贡献。基于图卷积神经网络的风险预测模型在实验中的AUC值为81.60%,准确率为73.71%,相较于所有基准对比模型均大幅提升,表明考虑了样本相似性网络的图神经网络模型在信用风险预测精度上远优于未考虑样本相似性的机器学习模型。此外,所提供的特征筛选及样本间网络构建方法也为大数据智能风控提供了一定的借鉴意义。 展开更多

关键词 个人信用风险 图卷积神经网络 相似性网络

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基于局域社团的人类脑功能网络生成模型 被引量：2

9

作者 司帅宗 刘晓 +1 位作者 朱剑 赵海 《东北大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1566-1571,共6页

研究了人类脑功能区域间拓扑结构与解剖结构两种因素对脑功能网络建模的影响,提出了基于局域社团的人类脑功能网络生成模型.模型中的局域社团拓扑结构采用功能区域间的共同邻居及邻居间的局域连接表示,解剖结构用人脑区域间的解剖距离代... 研究了人类脑功能区域间拓扑结构与解剖结构两种因素对脑功能网络建模的影响,提出了基于局域社团的人类脑功能网络生成模型.模型中的局域社团拓扑结构采用功能区域间的共同邻居及邻居间的局域连接表示,解剖结构用人脑区域间的解剖距离代表.为了衡量模型生成网络与基于f MRI数据构建的真实数据网络之间的相似性,提出了用于校验网络间接近程度的相似性能量指标.实验结果表明,相比传统生成模型,基于局域社团的脑功能网络生成模型在网络效益、聚集系数、模块性、度分布等属性方面都能够更精确地模拟真实数据网络. 展开更多

关键词 脑功能网络 生成模型 局域社团 解剖距离 网络相似性

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虫生真菌非核糖体多肽活性产物生物合成潜力预测

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作者 张礼文 István MOLNÁR 徐玉泉 《合成生物学》 CSCD 2021年第5期815-825,共11页

肉座菌目虫生真菌合成的非核糖体多肽类天然产物具有抗菌、杀虫、抗癌、调节免疫等生物活性,在临床和农业等领域有重要应用价值。近年来,随着真菌基因组测序数量的迅速增加、注释和分析工具的不断进步,人们发现真菌基因组中存在大量产... 肉座菌目虫生真菌合成的非核糖体多肽类天然产物具有抗菌、杀虫、抗癌、调节免疫等生物活性,在临床和农业等领域有重要应用价值。近年来,随着真菌基因组测序数量的迅速增加、注释和分析工具的不断进步,人们发现真菌基因组中存在大量产物未知的天然产物合成基因。准确有效地预测这些基因的功能,筛选最有潜力合成新颖天然产物的基因簇,可以提高天然产物挖掘的效率。本研究选取40株肉座菌目虫生真菌基因组,系统分析了编码非核糖体多肽合成酶的基因及基因簇。基于隐马尔可夫模型,预测了445个模块型非核糖体多肽合成酶和1243个类非核糖体多肽合成酶;通过提取腺苷酰化结构域,构建序列相似性网络,以已知功能的非核糖体多肽合成酶作为标签,利用马尔可夫聚类算法,分析了非核糖体多肽产物的主要类别,发现了可能合成线性多肽、环缩肽、脂多肽、生物碱等新型结构化合物的基因簇。研究结果不仅揭示了肉座菌目虫生真菌合成非核糖体多肽活性产物的巨大潜力,而且为通过激活沉默基因簇挖掘新产物、利用合成生物学手段改造合成途径提供参考。 展开更多

关键词 肉座菌目虫生真菌 非核糖体多肽合成酶 非核糖体多肽 生物合成基因簇 序列相似性网络分析

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一种流形正则化非负矩阵分解的lncRNA-疾病关系预测方法 被引量：1

11

作者 董文文 林志毅 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2022年第8期1589-1595,共7页

长链非编码RNA(lncRNA)在疾病的发生中起着重要作用,然而通过生物学实验探索lncRNA与疾病的关系昂贵且费时,必须开发出更准确和有效的计算方法来预测lncRNA与疾病的关系.本文提出了一种新的基于流形正则化非负矩阵分解的计算方法(MRNMFL... 长链非编码RNA(lncRNA)在疾病的发生中起着重要作用,然而通过生物学实验探索lncRNA与疾病的关系昂贵且费时,必须开发出更准确和有效的计算方法来预测lncRNA与疾病的关系.本文提出了一种新的基于流形正则化非负矩阵分解的计算方法(MRNMFLDA)来预测lncRNA与疾病的关系.该方法首先采用相似性网络融合方法分别整合lncRNA与疾病的相似性,然后通过构建标签加权矩阵、引入流形正则化约束的非负矩阵分解算法来预测lncRNA与疾病潜在的关系.实验结果表明,本方法在留一交叉验证和5折交叉验证中AUC值分别达到0.8927和0.8635±0.0054,优于其他4种方法.案例研究表明,本方法能够有效地预测与3种疾病(肺癌,宫颈癌,和骨肉瘤)有关系的lncRNA. 展开更多

关键词 lncRNA-疾病关系预测 非负矩阵分解 相似性网络融合 标签加权矩阵 流形正则化

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基于堆叠自动编码器的miRNA-疾病关联预测方法 被引量：2

12

作者 刘丹 赵森 +2 位作者 颜志良 赵静 王会青 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2021年第10期114-120,共7页

作为一类小的非编码RNA,miRNA的异常调控与人类疾病的发生和发展密切相关,研究miRNA与疾病的关联对于了解人类疾病致病机制具有重要意义。机器学习方法被广泛应用于miRNA-疾病关联预测,然而现有方法仅仅考虑了miRNA与疾病相似性网络信息... 作为一类小的非编码RNA,miRNA的异常调控与人类疾病的发生和发展密切相关,研究miRNA与疾病的关联对于了解人类疾病致病机制具有重要意义。机器学习方法被广泛应用于miRNA-疾病关联预测,然而现有方法仅仅考虑了miRNA与疾病相似性网络信息,忽略了相似性网络的拓扑结构。因此,文中提出基于堆叠自动编码器的miRNA-疾病关联预测模型SAEMDA,该模型采用重启随机游走获取miRNA与疾病相似性网络的拓扑结构特征,用堆叠自动编码器提取miRNA与疾病的抽象低维特征,将得到的低维特征输入深度神经网络进行miRNA-疾病关联预测。SAEMDA模型在5折交叉验证中取得了较好的结果,并在结肠癌和肺癌两个案例中进行了验证。在结肠癌的案例中,此模型预测的前50个miRNA-疾病关联中的45个miRNA在数据库中得到了验证;在肺癌的案例中,排名前50的miRNA均在数据库中得到了验证。 展开更多

关键词 miRNA-疾病关联 相似性网络 拓扑结构 重启随机游走 堆叠自动编码器

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基于多组学的T-ALL差异基因筛选及分析

13

作者 李建伟 岳欣蕾 胡和智 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期46-52,共7页

采用生物信息学方法分析急性T淋巴细胞白血病(t-cell acute lymphoblastic leukemia,T-ALL)患者转录组和表观遗传组的差异基因,以期筛选出该病的关键基因并探索其发病机制。从GEO与SRA数据库中下载T-ALL的RNA-seq、CTCF ChIP-seq、DNA... 采用生物信息学方法分析急性T淋巴细胞白血病(t-cell acute lymphoblastic leukemia,T-ALL)患者转录组和表观遗传组的差异基因,以期筛选出该病的关键基因并探索其发病机制。从GEO与SRA数据库中下载T-ALL的RNA-seq、CTCF ChIP-seq、DNA甲基化数据,分别运用DESeq2、edgeR生物信息学分析软件筛选RNA-seq和ChIPseq数据的差异基因,运用CHAMP软件筛选DNA甲基化数据的差异基因。从RNA-seq数据、ChIP-seq数据和DNA甲基化数据中分别筛选出5887个、5315个和2196个差异基因,3组数据取交集后得到119个差异基因。构建基因相似性融合网络,筛选出基因间相互作用强且多的48个关键基因。对关键基因进行GO和KEGG通路的功能富集分析,并使用STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape软件筛选出8个核心基因(CTLA4、CD7、GPR29、CD5、CD247、IL2RB、FASLG和CD274)。经检索CGC与CTD数据库,均表明这8个核心基因有成为T-ALL生物标志物的潜力,为深入探索T-ALL的发病机制及研发相关靶向药物提供帮助。 展开更多

关键词 T-ALL 相似性融合网络 差异基因 关键基因 生物信息学

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