题名 基于相似性序列分析的三维模型检索性能评价
1
作者
林金杰 杨育彬 路通 阮佳彬 韦伟
机构
南京大学软件新技术国家重点实验室/计算机科学与技术系
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2008年第21期184-187,共4页
基金
国家自然科学基金(the National Natural Science Foundation of China under Grant No.60505008, No.60603086) 国家自然科学基金优秀国家重点实验室专项基金资助项目 (the Key Program of the National Natural Science Foundation of P.R. China under Grant No.60723003) 江苏省自然科学基金(the Natural Science Foundation of Jiangsu Province of China under Grant No.BK2007520)
文摘
普林斯顿形状基准数据库已经成为当前三维模型检索研究人员使用最为广泛的基准数据库之一。但是该基准数据库存在着一个重要的缺陷,那便是模型类别之间的相似性没有被考虑,这导致在对检索结果进行性能评价时出现与人类直观感觉不一致的结论。为了克服这个缺陷,提出了一种新的基准数据库分类方案,并且在此基础上提出了一种基于相似性序列分析的检索性能评估方法。
关键词
三维模型检索 基准数据库 相似性序列分析
Keywords
3d model retrieval benchmark similarity sequence analysis
分类号
TP391.4
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
题名 虫生真菌非核糖体多肽活性产物生物合成潜力预测
2
作者
张礼文 István MOLNÁR 徐玉泉
机构
中国农业科学院生物技术研究所 美国亚利桑那大学西南天然产物研究中心
出处
《合成生物学》
CSCD
2021年第5期815-825,共11页
基金
国家自然科学基金(32070064,31870076,32070053) 中国农业科学院基本科研业务费专项(Y2020XK20) 中国农业科学院科技创新工程。
文摘
肉座菌目虫生真菌合成的非核糖体多肽类天然产物具有抗菌、杀虫、抗癌、调节免疫等生物活性,在临床和农业等领域有重要应用价值。近年来,随着真菌基因组测序数量的迅速增加、注释和分析工具的不断进步,人们发现真菌基因组中存在大量产物未知的天然产物合成基因。准确有效地预测这些基因的功能,筛选最有潜力合成新颖天然产物的基因簇,可以提高天然产物挖掘的效率。本研究选取40株肉座菌目虫生真菌基因组,系统分析了编码非核糖体多肽合成酶的基因及基因簇。基于隐马尔可夫模型,预测了445个模块型非核糖体多肽合成酶和1243个类非核糖体多肽合成酶;通过提取腺苷酰化结构域,构建序列相似性网络,以已知功能的非核糖体多肽合成酶作为标签,利用马尔可夫聚类算法,分析了非核糖体多肽产物的主要类别,发现了可能合成线性多肽、环缩肽、脂多肽、生物碱等新型结构化合物的基因簇。研究结果不仅揭示了肉座菌目虫生真菌合成非核糖体多肽活性产物的巨大潜力,而且为通过激活沉默基因簇挖掘新产物、利用合成生物学手段改造合成途径提供参考。
关键词
肉座菌目虫生真菌 非核糖体多肽合成酶 非核糖体多肽 生物合成基因簇 序列 相似性 网络分析
Keywords
hypocrealean entomopathogenic fungi nonribosomal peptide synthetase(NRPS) nonribosomal peptide(NRP) biosynthetic gene clusters(BGCs) sequence similarity network analysis(SSN)
分类号
Q74
[生物学—分子生物学]
题名 一株新型鸭呼肠孤病毒的分离鉴定
被引量：2
3
作者
江婷 黄俊霖 唐华丽 王威威 杨飞燕 韦天超
机构
广西大学动物科学技术学院 柳州市柳北区动物疫病预防控制中心
出处
《广西畜牧兽医》
2021年第6期250-253,共4页
基金
柳州市柳北区应用技术研究与开发计划项目(LB201802)。
文摘
本研究对一例临床疑似由新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)感染的雏鸭病例进行RT-PCR鉴定、鸡胚及细胞培养的特性、病毒基因同源性分析等研究。结果显示,从该病例样品中扩增到NDRVσB部分基因片段的特异性条带;组织样品接种鸡胚后引起鸡胚发育迟缓、死亡,胚体全身及多脏器出血;对扩增的病毒分离株GX-Y5的σB基因部分序列的测序分析结果表明,该分离株与NDRV参考毒株的核苷酸序列相似性高,其中与GX-Y7的最高,为99.49%;接种DEF后产生空泡、细胞崩解等细胞病变。综上结果,本研究从临床发病雏鸭中分离鉴定到一株NDRV。
关键词
新型鸭呼肠孤病毒 分离鉴定 序列 相似性 分析
分类号
S834.895.5
[农业科学—畜牧学]
