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泛素特异性蛋白酶10的互作组分析及其与UPF1相互作用分析
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作者 祁钰玲 冯振桓 +2 位作者 王旭 陈亚平 张小飞 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1638-1647,共10页
细胞内泛素化调控是一个由泛素化和去泛素化协同调控的动态平衡可逆过程。去泛素酶(DUBs)是介导蛋白质去泛素化过程的蛋白质家族,它在许多复杂的细胞过程中发挥着关键作用,但其生物学特征尚未完全阐明。作为去泛素化酶的一种,USP10在许... 细胞内泛素化调控是一个由泛素化和去泛素化协同调控的动态平衡可逆过程。去泛素酶(DUBs)是介导蛋白质去泛素化过程的蛋白质家族,它在许多复杂的细胞过程中发挥着关键作用,但其生物学特征尚未完全阐明。作为去泛素化酶的一种,USP10在许多生物过程和癌症中都发挥重要的作用。为了进一步探索USP10在细胞中的功能,采用免疫沉淀与质谱联用(IP-MS)的方法鉴定USP10的相互作用蛋白质。通过Flag柱子的富集方式(Flag-USP10 IP-MS)共鉴定出165个与USP10相互作用蛋白质。通过USP10内源抗体的富集方式(USP10 antibody IP-MS)鉴定出192个USP10相互作用蛋白质。基因本体(GO)分析表明,USP10的互作蛋白质中存在一组与无义介导的mRNA降解(NMD)相关蛋白质,包括无NMD的核心因子UPF1(Up-frameshift 1)。进一步验证了USP10和UPF1在细胞质中共定位。此外,还确定了UPF1通过其HD结构域与全长的USP10相互作用。本研究提供了新的USP10相互作用蛋白质,为探索其在RNA调控和NMD通路中的重要性提供线索。 展开更多
关键词 质谱 相互作用组 泛素特异性蛋白酶10 UPF1 相互作用
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病毒-宿主相互作用的系统生物学与宿主靶向抗病毒策略 被引量:3
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作者 伯晓晨 杨静 王升启 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期127-131,共5页
以病毒蛋白为靶的抗病毒药物面临易产生耐药、抗病毒谱较窄等诸多问题,宿主分子靶向已经成目前抗病毒药物研究的重要策略,宿主靶标的辨识是宿主靶向药物设计的关键。病毒-宿主相互作用的系统生物学研究将成为抗病毒药物宿主靶标辨识和宿... 以病毒蛋白为靶的抗病毒药物面临易产生耐药、抗病毒谱较窄等诸多问题,宿主分子靶向已经成目前抗病毒药物研究的重要策略,宿主靶标的辨识是宿主靶向药物设计的关键。病毒-宿主相互作用的系统生物学研究将成为抗病毒药物宿主靶标辨识和宿主-病毒联合靶向治疗策略设计提供有力工具。近年来通过蛋白质组学、大规模基因沉默、基因芯片等实验得到了大量的病毒感染相关宿主分子和病毒-宿主分子相互作用关系,为在病毒-宿主分子网络水平揭示病毒生存策略奠定了基础。整合病毒感染基因表达谱和人蛋白相互作用网络可以构建病毒感染激活网络,进而通过网络分析获得关键的宿主因子。正在发展的动态蛋白质组学和动态网络分析技术将为建立更加真实的病毒-宿主分子网络模型,进而辨识有效的宿主靶标提供有力工具。 展开更多
关键词 抗病毒药物 病毒-宿主相互作用组 宿主靶标
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蛋白质相互作用数据库 被引量:2
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作者 王建 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期760-767,共8页
随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分... 随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝贵资源。本文将数据库分为3类:(1)综合蛋白质相互作用数据库;(2)特定物种的蛋白质相互作用数据库;(3)生物学通路数据库。重点介绍常用的蛋白质相互作用数据库,包括BioGRID、STRING、IntAct、MINT、DIP、IMEx、HPRD、Reactome和KEGG等。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用组 数据库 网络资源
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RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术 被引量:6
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作者 陈伟 许馨 孙绍光 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期103-107,共5页
RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这... RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这些技术反之又推动了RNA领域的研究进程。本文对紫外交联免疫沉淀(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP),CLIP cDNA文库高通量测序(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP),光活化核苷增强的CLIP(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation,PAR-CLIP),单核苷酸分离CLIP(individual nucleotide resolution CLIP,i CLIP),TRIBE(targets of RNA-binding protein identified by editing),RNA标记,相互作用组捕获(interactome capture,IC)和Ser IC(serial RNA interactome capture)等RBPs-RNAs相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行综述。 展开更多
关键词 RNA结合蛋白 紫外交联免疫沉淀 CLIP cDNA文库高通量测序 光活化核苷增强的CLIP RNA结合蛋白免疫沉淀微阵列 TRIBE RNA标记 相互作用组捕获
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基因 经络与经络基因组学 被引量:2
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作者 刘家强 王米渠 《中华中医药学刊》 CAS 2008年第2期359-360,共2页
基因组整体由脏腑基因组模块和经络基因组组成,基因组的非基因部分在基因组中起着非常重要的作用,腧穴与基因存在对应关系。
关键词 基因 经络 腧穴 脏腑 证候 相互作用组
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Self-assembly constructed by perylene bisimide derivatives bearing complementary hydrogen-bonding moieties 被引量:2
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作者 杨新国 袁欢 +2 位作者 赵秋丽 杨青 陈宪宏 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2009年第2期206-211,共6页
An intermediate compound 2, 4-bis(laurylamino)-6-(1-(2-aminoethyl)-piperazine)-1, 3, 5-triazine was prepared by stepwise nucleophilic substitution on triazine ring by lauryl amine and subsequently 1-(2-aminoet... An intermediate compound 2, 4-bis(laurylamino)-6-(1-(2-aminoethyl)-piperazine)-1, 3, 5-triazine was prepared by stepwise nucleophilic substitution on triazine ring by lauryl amine and subsequently 1-(2-aminoethyl)-piperazine. Then imidization of perylene-3, 4, 9, 10-tetracarboxylic acid dianhydride with 2,4-bis(laurylamino)-6-(1-(2-aminoethyl)-piperazine)-1, 3, 5-triazine was carried out to afford a novel perylene derivative bearing two melamine blocks (S2) and 1, 6, 7, 12-tetra(4-tert-butyl phenoxy)-perylene-3, 4, 9, 10-tetracarboxylic acid bisimide (S1. The hydrogen-bonding interactions between S1 and S2 were investigated by IH NMR spectrum, UV/Vis spectrum and fluorescence spectrum. The influences on the morphologies of S1·S2 aggregates were investigated. The results show that well-defined nanofibers with a diameter of about 100 nm can be obtained by self-assembly between S1 and S2 only in CH2Cl2 solution. Based on these results, guidelines for the molecular design and self-assembly of supramolecular polymer materials are presented. 展开更多
关键词 perylene bisimide SELF-ASSEMBLY HYDROGEN-BONDING synthesis
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