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口蹄疫病毒直接实时荧光RT-qPCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 吴晓卫 翟建新 +2 位作者 杜维 钟文杨 张利 《湖北农业科学》 2017年第6期1165-1168,共4页
根据口蹄疫病毒VP1基因保守序列,设计出1对口蹄疫病毒引物FMD-F、FMD-R及特异性探针FMD-Pb序列,建立了一种简便、快速、高效的口蹄疫病的直接实时荧光RT-qPCR(dRT-qPCR)检测方法。结果表明,在特异性方面,对口蹄疫病毒7个血清型的检出率1... 根据口蹄疫病毒VP1基因保守序列,设计出1对口蹄疫病毒引物FMD-F、FMD-R及特异性探针FMD-Pb序列,建立了一种简便、快速、高效的口蹄疫病的直接实时荧光RT-qPCR(dRT-qPCR)检测方法。结果表明,在特异性方面,对口蹄疫病毒7个血清型的检出率100%;在灵敏度方面,其与常规提取RNA方法对比,阳性检出率差别很小;在对133份未知样本检测方面,dRT-qPCR方法检出阳性88份,常规方法检出阳性84份。dRT-qPCR方法的检测结果更可靠,适于对大量样本进行检测。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 直接实时荧光rt-qpcr 特异性 诊断检测
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猫传染性腹膜炎病毒实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法的建立 被引量:1
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作者 柯丽婷 宋丹丹 +5 位作者 王菲 侯广争 曹鹏程 丁艳磊 刘琪琦 范云鹏 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期61-67,共7页
为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方... 为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估;对冻干体系进行稳定性试验,预测室温条件下的有效期;利用本试验方法和商品试剂盒对临床采集的11份确诊FIPV感染病料进行检测,对比二者检出率;绘制接受者操作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积,评估本试验方法的诊断效果,计算Cut off值。结果显示,本试验方法可特异性检出FIPV;最低检测限为43 copies/mL;组内和组间重复试验变异系数分别为0.12%~1.67%和0.03%~1.62%;室温有效期至少可达567 d;本试验方法的检出率为100%,市售试剂盒的检出率为91%;ROC曲线下面积为1,Cut off值为39.40。结果表明,本试验建立的FIPV实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法具有灵敏度高,方便运输且易于贮藏的优势,可为FIPV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎(FIP) N基因 TAQMAN 实时荧光定量PCR(rt-qpcr) 冻干体系
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猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立
3
作者 李静怡 熊雷 +4 位作者 黄莉璎 刘晓鹏 杨盛奋 金京勋 王弋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期64-72,共9页
为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显... 为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。 展开更多
关键词 猫杯状病毒(FCV) 肽核酸(PNA) 分子信标荧光探针 实时荧光定量逆转录PCR(rt-qpcr) 开放阅读框(ORF)
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实时荧光定量PCR技术的应用及研究进展 被引量:10
4
作者 李萌 李雪 郑志强 《饲料博览》 2018年第7期94-94,共1页
实时荧光定量简称PCR。该技术以PCR技术为基础进行改进得到的更加快速、灵敏、特异的核算定量技术,有着光谱高敏感性以及定量精确等特点,可以对PCR中荧光信号变化进行直接探测,从而得到定量结果。为进一步加强对该技术研究及应用,本文... 实时荧光定量简称PCR。该技术以PCR技术为基础进行改进得到的更加快速、灵敏、特异的核算定量技术,有着光谱高敏感性以及定量精确等特点,可以对PCR中荧光信号变化进行直接探测,从而得到定量结果。为进一步加强对该技术研究及应用,本文将针对其原理、特点及应用前景进行探讨。1原理Ct是荧光定量PCR技术中重要的一个值,代表着每个反应管内荧光信号在达到设定阈值过程中所需要经历循环数。在进行荧光定量PCR反应中需要加入特定波长的荧光染料或者基团,然后通过仪器对荧光物质进行监测,得到其积累信号即为PCR反应进程,从而定量定性分析起始模板。PCR反应产物随着PCR反应的进行而不断积累,同时荧光信号强度也会不断呈正比增加。荧光强度信号随着每个循环的完成而不断收集,从而通过荧光强度变化对产物量的变化进行监测,进而将结果绘制成扩增曲线图。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR技术 应用 PCR反应 荧光信号 反应产物 直接探测 荧光染料 荧光物质
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罗湖病毒(TiLV)RT-qPCR方法的建立 被引量:1
5
作者 徐淑菲 朱黄鑫 +4 位作者 曾韵颖 刘启霖 方成俊 林双庆 孔凡德 《渔业研究》 2022年第2期154-161,共8页
研究根据罗湖病毒(Tilapia lake virus,TiLV)编码RNA聚合酶的基因片段1设计1对特异性引物和探针,建立一种检测TiLV的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法,并对该检测方法进行了反应体系和条件优化。结果表明,优化的20μL反应体系:2×Pr... 研究根据罗湖病毒(Tilapia lake virus,TiLV)编码RNA聚合酶的基因片段1设计1对特异性引物和探针,建立一种检测TiLV的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法,并对该检测方法进行了反应体系和条件优化。结果表明,优化的20μL反应体系:2×Probe RT-PCR Master Mix 10μL,QN Probe RT-Mix 0.2μL,5μmol/L的引物TiLV-qF、TiLV-qR、探针TiLV-qP各1μL,模板1μL,补充RNase-free water至20μL。优化的反应条件:反转录45℃20 min;预变性95℃5 min;扩增95℃15 s,60℃1 min,40个循环。荧光收集设置在60℃退火延伸时进行。本文建立的RT-qPCR方法检测TiLV的特异性好,重复性好,灵敏度高,灵敏度为2.5×10^(-8) ng/μL,可为TiLV的监测和预防提供技术支撑。 展开更多
关键词 罗湖病毒(TiLV) 特异性引物 探针 实时荧光定量RT-PCR(rt-qpcr)
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不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒的动态监测
6
作者 徐凤霞 孙万里 +3 位作者 张亚文 常爽 王一新 赵鹏 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第4期11-17,共7页
为明确鸡群经不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒(REV)的排毒动态,本试验通过设立无特定病原体(SPF)鸡胚6胚龄卵黄囊感染组、1日龄SPF鸡腹腔感染组以及对上述两组SPF鸡分别加入感染鸡的卵黄囊感染同居组和腹腔感染同居组,建立SPF鸡感... 为明确鸡群经不同途径感染禽网状内皮组织增殖病病毒(REV)的排毒动态,本试验通过设立无特定病原体(SPF)鸡胚6胚龄卵黄囊感染组、1日龄SPF鸡腹腔感染组以及对上述两组SPF鸡分别加入感染鸡的卵黄囊感染同居组和腹腔感染同居组,建立SPF鸡感染REV模型,同时设置空白对照组,在不同日龄记录各组鸡的体重和死亡情况,并综合运用反转录PCR(RT-PCR)、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和间接免疫荧光试验(IFA)3种检测方法对各感染组进行REV的动态监测。结果显示:(1)与空白对照组相比,腹腔感染组和卵黄囊感染组SPF鸡体重增长在感染后第21~70天均受到显著抑制(P<0.05),卵黄囊感染组SPF鸡的死亡率在感染后第49和63天显著升高(P<0.05),腹腔感染组SPF鸡的死亡率在感染后第42天显著升高(P<0.05),卵黄囊感染组SPF鸡血浆中REV病毒载量在感染后第21天显著高于腹腔感染组(P<0.05);(2)卵黄囊感染组SPF鸡自出壳即可检测到病毒血症阳性,并在感染后第21天时达到排毒高峰,腹腔感染组SPF鸡在感染后第14天时达到排毒高峰;(3)卵黄囊感染同居组的10只SPF鸡在感染后第7天时即检测到2只鸡呈病毒血症阳性,腹腔感染同居组SPF鸡在感染后第21天时检测到1只鸡呈阳性;(4)3种检测方法中,RT-qPCR和IFA检出REV效果更好。本试验通过分析不同途径感染REV后鸡群血浆中的带毒状态,为REV感染的科学防控和净化提供参考数据。 展开更多
关键词 禽网状内皮组织增殖病病毒(REV) 排毒规律 反转录PCR(RT-PCR) 实时荧光定量PCR(rt-qpcr) 间接免疫荧光试验(IFA)
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蓝光调控生物膜关键基因提高大肠杆菌耐酸性 被引量:2
7
作者 吴建菊 冯守帅 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第15期1-7,共7页
发酵过程中的酸胁迫限制了工业微生物的发展,精细调控生物膜形成是提升大肠杆菌耐酸性的有效策略。研究基于EL222蓝光诱导蛋白开发了具有8.6倍调控效率的双质粒调控系统,用于调节生物膜形成关键因子CsgD和二鸟苷酸环化酶M(diguanylate c... 发酵过程中的酸胁迫限制了工业微生物的发展,精细调控生物膜形成是提升大肠杆菌耐酸性的有效策略。研究基于EL222蓝光诱导蛋白开发了具有8.6倍调控效率的双质粒调控系统,用于调节生物膜形成关键因子CsgD和二鸟苷酸环化酶M(diguanylate cyclase,DgcM)的表达。结果表明,在pH 5.0和15 mW/cm^(2)蓝光照射条件下,CsgD和DgcM过表达菌株耐酸性分别提高了22.3%和16.4%,生物膜含量分别增加了2.7倍和3.4倍。生物膜组成分析显示,酸性环境下多糖和蛋白质的增加以及可溶性微生物代谢产物的减少促进了细菌聚集,有助于形成更稳定的生物膜结构。实时荧光定量逆转录PCR结果证实生物膜形成相关基因转录水平显著提升。本研究构建的蓝光调控系统通过调控生物膜形成关键基因成功提高了大肠杆菌的耐酸性,这将为微生物的有机酸发酵提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 大肠杆菌 蓝光调控 生物膜 耐酸性 实时荧光定量逆转录PCR(rt-qpcr)
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玉米纹枯病抗性相关miRNA的鉴定与功能分析 被引量:5
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作者 罗茂 彭华 +2 位作者 高健 潘光堂 张志明 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1122-1132,共11页
MicroRNA(miRNA)是一类内源性非编码小分子RNA,通过指导剪切或者抑制翻译等方式调节植物基因的表达,参与调控植物的生长发育,并在多种非生物与生物胁迫响应中发挥重要作用.但目前关于玉米纹枯病抗性相关miRNA表达调节与功能尚不十分清楚... MicroRNA(miRNA)是一类内源性非编码小分子RNA,通过指导剪切或者抑制翻译等方式调节植物基因的表达,参与调控植物的生长发育,并在多种非生物与生物胁迫响应中发挥重要作用.但目前关于玉米纹枯病抗性相关miRNA表达调节与功能尚不十分清楚.本研究结合直接克隆法与生物信息学分析,鉴定玉米纹枯病抗性相关9个新的玉米miRNA和已知的zma-miR168a、zma-miR168a*;WMD 3软件进行靶基因预测显示,共获得靶基因总数34个,靶基因功能主要涉及玉米的抗氧化胁迫机制、自身反馈调节、转录调控途径、抗病相关代谢途径以及毒物转运外排等调控过程;实时定量PCR检测miRNA显示,耐感纹枯病材料R15和Ye478叶片和叶鞘中共有9个miRNA受纹枯病感染诱导发生特异性差异表达.本研究结果提示,玉米纹枯病抗性相关miRNA介导的玉米对纹枯病诱导产生可能的抗病途径构成了玉米抗纹枯病侵染复杂的防御机制. 展开更多
关键词 microRNA(miRNA) 玉米 直接克隆 生物信息学 靶基因预测 实时荧光定量
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早发性帕金森综合征的PINK1基因变异分析(英文) 被引量:2
9
作者 张学伟 张海南 +3 位作者 廖冰 郭纪锋 夏昆 唐北沙 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期490-497,共8页
目的:探讨中国大陆汉族早发性帕金森综合征(early-onset Park inson ism,EOP)患者PTEN诱导激酶1(PTEN-induced k inase 1,PINK1)基因突变特点。方法:在149例汉族EOP患者中应用DNA直接测序技术(DNA sequenc ing)检测PINK1基因点突变及小... 目的:探讨中国大陆汉族早发性帕金森综合征(early-onset Park inson ism,EOP)患者PTEN诱导激酶1(PTEN-induced k inase 1,PINK1)基因突变特点。方法:在149例汉族EOP患者中应用DNA直接测序技术(DNA sequenc ing)检测PINK1基因点突变及小的插入/缺失,应用实时荧光定量PCR(quantitative real-tim e polym erase chain reaction,qRT-PCR)技术检测PINK1基因大片段插入/缺失及重排突变。结果:在本组EOP患者中共发现5例患者存在4个突变,包括3个点突变c.832C>G,c.938C>T和c.1 220G>A,1个第3~8号外显子杂合缺失,其中c.832C>G为新突变;14个已知多态位点,1个新多态位点c.899+18G>A。对多态位点c.189C>T的卡方检验显示EOP组与正常对照组差异有统计学意义(基因型χ2=21.244,P<0.0001;T等位基因χ2=24.353,P<0.0001),对多态位点c.960-5G(A的卡方检验显示EOP组与正常对照组差异有统计学意义(基因型χ2=6.524,P=0.038;A等位基因χ2=6.725,P=0.0095)。结论:中国大陆汉族EOP患者中存在PINK1基因点突变以及外显子重排突变,本组EOP患者PINK1基因突变率为3.35%,多态位点c.189C>T与c.960-5G>A为中国大陆EOP患者易感因素。 展开更多
关键词 早发性帕金森综合征 PINK1 突变 DNA直接测序 实时荧光定量PCR
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小反刍兽疫病毒芯片式数字PCR检测方法的建立及应用 被引量:10
10
作者 杨鸣发 马云云 +4 位作者 于志亚 刘家森 康洪涛 姜骞 曲连东 《中国动物检疫》 CAS 2021年第12期91-98,共8页
为建立一种准确、快速、敏感性更高的小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)检测方法,建立了一种芯片式数字PCR(cdPCR)检测方法。根据GenBank中公布的PPRV Nigeria75/1疫苗株N基因序列设计1对引物,PCR扩增大小为166 b... 为建立一种准确、快速、敏感性更高的小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)检测方法,建立了一种芯片式数字PCR(cdPCR)检测方法。根据GenBank中公布的PPRV Nigeria75/1疫苗株N基因序列设计1对引物,PCR扩增大小为166 bp片段,构建pMD^(TM)18-N标准质粒并优化反应条件,建立了PPRV N基因cdPCR检测方法,并与实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做了比较分析。结果显示:当质粒标准品浓度在1.22×(10^(5)~10^(2))copies/μL范围时,cdPCR检测方法比普通RT-PCR灵敏度高1000倍,且稳定性好,特异性强;当标准品浓度在1.22×(10^(5)~10^(-3))copies/μL范围时,cdPCR与RT-qPCR相比具有相同的特异性,但灵敏性比RT-qPCR高100倍;与RT-qPCR测定结果(13.29±6.74)copies/μL相比,cdPCR的最低检测限更低,约为(0.44±0.14)copies/μL;cdPCR对47份临床样本的PPRV核酸阳性检出率(25.5%)高于RT-qPCR(17.0%)。结果表明,建立的cdPCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为预防PPR早期流行提供了一种快速有效的诊断和定量检测方法。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒(PPRV) 芯片式数字PCR(cdPCR) 实时荧光定量PCR(rt-qpcr)
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松墨天牛核糖体蛋白(RPS15A)cDNA的克隆及农药胁迫对其表达的影响 被引量:3
11
作者 罗淋淋 蔡紫玲 林同 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第2期165-171,共7页
【目的】研究不同类型农药胁迫下松墨天牛核糖体蛋白基因表达的变化,为靶标防治松树重要害虫松墨天牛提供理论依据和参考。【方法】从构建的松墨天牛cDNA文库中获得表达序列标签(EST),用Blast程序从GenBank数据库中查找同源序列,克隆得... 【目的】研究不同类型农药胁迫下松墨天牛核糖体蛋白基因表达的变化,为靶标防治松树重要害虫松墨天牛提供理论依据和参考。【方法】从构建的松墨天牛cDNA文库中获得表达序列标签(EST),用Blast程序从GenBank数据库中查找同源序列,克隆得到松墨天牛的一个核糖体蛋白基因;用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测11种农药胁迫下该基因的表达。【结果】从松墨天牛cDNA文库中获得1条EST序列与昆虫核糖体蛋白S15A(RPS15A)同源的基因,命名为MaRPS15A。MaRPS15AcDNA长504bp,含有5′、3′非编码区和长393bp的开放阅读框,编码130个氨基酸,预测的蛋白质分子质量为14.75ku,理论等电点为9.95。MaRPS15A与赤拟谷盗(Tribolium castaneum)核糖体蛋白RPS15A的相似性为98%,与其他昆虫核糖体蛋白RPS15A的相似性大于88%。除溴氰菊酯外,其他农药胁迫导致MaRPS15A相对表达量下降。【结论】成功克隆了松墨天牛核糖体蛋白基因MaRPS15A(GenBank登录号:KJ930032)。大多数农药抑制了MaRPS15A的表达,表明松墨天牛受到了不利影响。 展开更多
关键词 松墨天牛 核糖体蛋白 RPS15A 实时荧光定量PCR(rt-qpcr) 农药胁迫
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信号适体的设计策略及应用 被引量:1
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作者 刘丰伟 兰小鹏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期787-793,共7页
信号适体兼具有分子识别和信号转导的功能.从随机寡核苷酸库中筛选出的适体,要经过合理设计和筛选后修饰,才具备信号转导功能.信号适体可分为标记和非标记两大类.本文着重介绍荧光标记信号适体的设计策略,包括基于荧光偏振分析标记一个... 信号适体兼具有分子识别和信号转导的功能.从随机寡核苷酸库中筛选出的适体,要经过合理设计和筛选后修饰,才具备信号转导功能.信号适体可分为标记和非标记两大类.本文着重介绍荧光标记信号适体的设计策略,包括基于荧光偏振分析标记一个荧光基团,及基于荧光共振能量转移同时标记荧光基团、淬灭基团,或两个荧光基团的信号适体(包括分子信标适体、结构转换和原位标记信号适体).非标记信号适体的设计,有嵌合法、置换法、光转换复合物法,及适体-多聚物偶联法.此外,亦可直接从体外筛选出信号适体.信号适体的诸多优点利于其用于生物传感器及均相液相中实时蛋白识别与定量分析. 展开更多
关键词 分子识别因子 信号转导 设计策略 荧光标记信号适体 非标记信号适体 荧光偏振 荧光共振能量转移 直接体外筛选 生物传感器 实时蛋白识别与定量
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牛乳中嗜冷菌的危害及其检测方法 被引量:2
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作者 马青超 《现代畜牧科技》 2017年第7期162-162,共1页
为避免鲜牛乳发生变质,一般从收集到加工过程中都采取冷藏,但此时往往会导致乳中嗜冷菌占具主导地位,而其产生的耐热性酶类是主要造成鲜牛乳以及乳制品质量变差的一个主要原因。检测牛乳中细菌总数一般在37℃温度下进行48h培养,但该条... 为避免鲜牛乳发生变质,一般从收集到加工过程中都采取冷藏,但此时往往会导致乳中嗜冷菌占具主导地位,而其产生的耐热性酶类是主要造成鲜牛乳以及乳制品质量变差的一个主要原因。检测牛乳中细菌总数一般在37℃温度下进行48h培养,但该条件下嗜冷菌不会生长,从而往往被忽视,应加强检测。 展开更多
关键词 牛乳 嗜冷菌 来源 危害 平板检测法 直接荧光过滤技术 实时定量PCR
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