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基于二代测序数据拷贝数变异检测的新方法研究 被引量：1
1
作者 杨浩 方铭 《现代畜牧科技》 2022年第2期21-23,26,共4页
目标区域捕获测序(TRS)是将基因组特定区域制成探针与基因组DNA杂交,将目标区域的DNA富集后再进行二代测序。TRS已应用于多种疾病如智力障碍、帕金森症等,能够有效的对人类主要组织相容性复合体(MHC)、外显子等区域进行测序。由于测序... 目标区域捕获测序(TRS)是将基因组特定区域制成探针与基因组DNA杂交,将目标区域的DNA富集后再进行二代测序。TRS已应用于多种疾病如智力障碍、帕金森症等,能够有效的对人类主要组织相容性复合体(MHC)、外显子等区域进行测序。由于测序效果受捕获测序探针密度影响较大,探针的疏密及均匀程度很大程度会影响最终结果,与全基因组测序相比,TRS检测拷贝数变异(CNV)难度更大。随着生命科学的飞速发展,越来越多的拷贝数变异检测工具出现,但它们的CNV检测率依然较低,假阳性率较高。因此,本研究开发了一种新颖的拷贝数变异检测方法,结果显示,本研究方法、ExomeDepth和XHMM的检测率分别是76.7%、12.4%和5.5%,假阳性率分别是25.7%、49.4%和66.9%,本研究方法在检测率及假阳性率的表现均优于ExomeDepth和XHMM两种方法。本研究补充了拷贝数变异检测算法,并为相关研究提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 MHC 目标区域捕获测序 拷贝数变异 检测率 算法
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遗传性包涵体肌病一例GNE突变的检测
2
作者 田杰 李玉生 +4 位作者 杨志华 骆海洋 毛澄源 许予明 史长河 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2016年第6期743-747,共5页
目的:研究一例近亲结婚导致的遗传性包涵体肌病(HIBM)家系表型和基因型特点。方法:收集一例常染色体隐性遗传性肌病患者,应用目标捕获测序技术对该患者家系人员进行致病基因筛查。结果:该患者以四肢近端肌进行性无力为首发症状,电生理... 目的:研究一例近亲结婚导致的遗传性包涵体肌病(HIBM)家系表型和基因型特点。方法:收集一例常染色体隐性遗传性肌病患者,应用目标捕获测序技术对该患者家系人员进行致病基因筛查。结果:该患者以四肢近端肌进行性无力为首发症状,电生理检查提示肌源性损害;基因检测结果显示GNE基因发生c.C577T(p.Arg193Cys)纯合错义突变;其父母均为GNE基因c.C577T(p.Arg193Cys)杂合携带者;该突变在家系内同疾病表型共分离,并且在200例正常对照人群中未被发现。结论:目标捕获测序技术可用于HIBM的诊断;c.C577T为一个新的GNE基因变异。 展开更多
关键词 遗传性包涵体肌病 目标捕获测序 GNE基因突变
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叉头盒E1基因与中国汉族人群非综合征型唇腭裂的关联研究
3
作者 贾思璇 张思荻 +4 位作者 尤玥 孙嘉琳 段世均 石冰 贾仲林 《华西口腔医学杂志》 北大核心 2025年第1期28-36,共9页
目的探究叉头盒E1(FOXE1)基因所在单倍型区域hg19 chr9:100560865-100660865附近的单核苷酸多态性(SNPs)位点与中国西部汉族人群非综合征型唇腭裂(NSCL/P)发生的相关性。方法第一阶段纳入159名NSCL/P患者,采用目标区域捕获测序的方法,... 目的探究叉头盒E1(FOXE1)基因所在单倍型区域hg19 chr9:100560865-100660865附近的单核苷酸多态性(SNPs)位点与中国西部汉族人群非综合征型唇腭裂(NSCL/P)发生的相关性。方法第一阶段纳入159名NSCL/P患者,采用目标区域捕获测序的方法,拟筛查FOXE1基因所在单倍型区域附近与NSCL/P发生相关的SNPs位点。第二阶段,选择21个常见SNPs位点,在1000名非综合征型单纯唇裂(NSCLO)患者,1000名非综合征型单纯腭裂(NSCPO)患者和1000名正常对照样本中进行验证。使用PLINK软件对研究人群进行哈迪-温伯格平衡(HWE)分析,对常见变异进行关联分析,对罕见变异进行基因负荷分析并使用Mutation Taster等软件对非同义突变的SNPs进行功能预测。结果第一阶段,共筛选出126个变异位点,包括76个SNPs变异位点和50个插入/缺失。纳入的所有SNPs在研究人群中遵循HWE。对筛选出的罕见变异进行功能有害性预测和基因负荷分析,差异均无统计学意义;对常见变异的关联分析表明,FOXE1基因的rs13292899位点与NSCL/P发生显著相关(P=1.85E-27),并且该位点与NSCLO(P=6.41E-23)、NSCLP(P=2.36E-15)发生也有相关性。随后在验证阶段,发现rs79268293(P=0.013,P=0.022)、rs10983951(P=0.0092,P=0.0076)、rs117227387(P=0.0092,P=0.0076)、rs3758250(P=0.0092,P=0.0076)和rs116899397(P=0.0092,P=0.0076),这5个SNPs位点与NSCLO和NSCPO均有显著关联性;另外,rs13292899(P=0.0085)、rs74606599(P=0.0083)、rs143226042(P=0.0083)和rs117236550(P=0.01),这4个SNPs位点与NSCLO发生相关;rs12343182(P=0.0087)、rs10119760(P=0.012)、rs10113907(P=0.012)和rs13299924(P=0.012),这4个SNPs位点与NSCPO发生相关。结论本研究在FOXE1基因上发现了一个新的易感SNPs位点rs13292899与NSCL/P及NSCLO发生密切相关,以及其他13个SNPs位点与NSCLO或NSCPO发生相关。 展开更多
关键词 非综合征型唇腭裂 叉头盒E1基因 目标区域捕获测序 单核苷酸多态性 关联分析
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基于母体血浆单体型分析无创产前检测脊髓性肌肉萎缩症的研究 被引量：3
4
作者 罗凯 陈敏 +10 位作者 卢森 赖峥菲 曾艳欣 陈超 袁媛 王垚燊 李世泉 高雅 陈芳 阿叁 陈敦金 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期674-678,共5页
目的:探索无创产前检测(NIPT)脊髓性肌肉萎缩症(SMA)在临床应用的可行性。方法:招募生育过SMA先证者且再次妊娠的24个家系,其家系中夫妻双方及先证者致病突变经多重连接探针扩增技术(MLPA)测定。采集家系外周血及孕11周以后的孕妇血浆,... 目的:探索无创产前检测(NIPT)脊髓性肌肉萎缩症(SMA)在临床应用的可行性。方法:招募生育过SMA先证者且再次妊娠的24个家系,其家系中夫妻双方及先证者致病突变经多重连接探针扩增技术(MLPA)测定。采集家系外周血及孕11周以后的孕妇血浆,通过目标序列捕获及高通量测序技术,首先对夫妻双方及先证者外周血DNA样品进行目标区域捕获测序,获得与致病位点连锁的亲本单体型信息,再结合血浆测序数据中提供的单核苷酸多态性位点的分析结果,构建隐马尔可夫模型,推断胎儿单体型,从而得到胎儿的基因型。同时利用有创产前诊断MLPA检测验证其准确性。本次研究主要针对SMN1基因第7、8号外显子的检测。结果:24个家系通过NIPT检测检出患胎5例,携带者7例,余12例正常;MLPA检测结果为5例患胎,8例携带者,11例正常。患胎均为SMN1基因第7、8号外显子纯合缺失。NIPT与MLPA检测结果一致率为95.83%(23/24),两种方法诊断结果差异无统计学意义(P=0.317)。结论:基于母体血浆目标区域捕获测序、单体型分析NIPT胎儿SMA风险的方法准确、安全,应用于有先证者遗传信息的SMA NIPT有一定可行性。 展开更多
关键词 目标区域捕获测序 单体型 脊髓性肌肉萎缩症 无创产前检测 胎儿游离DNA
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中国一先天性无虹膜家系的遗传分析及PAX6基因突变位点的检测 被引量：4
5
作者 张陆希 杨鸽 +3 位作者 贾竞 万文萃 杨鑫 金学民 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期721-725,共5页
背景先天性无虹膜是双眼发病的遗传性疾病，目前的研究表明先天性无虹膜患者配对盒转录因子6（PAX6）基因突变位点具有多样性。目的通过目标序列捕获测序结合一代测序验证技术对1个中国先天性无虹膜家系进行基因突变位点的筛查和遗传分... 背景先天性无虹膜是双眼发病的遗传性疾病，目前的研究表明先天性无虹膜患者配对盒转录因子6（PAX6）基因突变位点具有多样性。目的通过目标序列捕获测序结合一代测序验证技术对1个中国先天性无虹膜家系进行基因突变位点的筛查和遗传分析。方法采用横断面研究方法，本研究组于2016年3月纳入在郑州大学第一附属医院确诊的1个中国汉族先天性无虹膜家系，并对该家系成员进行致病突变基因检测。该家系全体成员均接受神经系统、口服葡萄糖耐量试验等全身体格检查以及眼科相关检查。采集现存家系所有成员前臂静脉血10ml以提取基因组DNA，以先证者基因组DNA为模板行前房角发育异常致病基因的目标基因定点捕获测序分析，经与各基因库比对筛选出候选致病基因位点，采用PCR法对该家系成员行致病基因位点DNA片段扩增，采用Sanger测序技术在该家系除先证者以外的2例患病者和表型正常成员中进行候选致病基因验证。结果该家系共3代9名成员，I1去世，现存8位成员，包括患病者3例（112及其子代Ⅲ1、Ⅲ2）和表型正常者5人，符合常染色体显性遗传模式。所有家系成员未发现神经系统异常，口服葡萄糖耐量试验结果均呈阴性。3例患病者视力均明显下降且不能矫正，眼压平均值为21mmHg（1mmHg=0．133kPa），患者均存在虹膜完全缺如、角膜基质层混浊、眼球水平震颤、黄斑中心凹发育不良症状。此外，Ⅱ2患者存在左眼上睑下垂、右眼先天性白内障表现，Ⅲ2同时存在双眼先天性白内障、双侧晶状体不全脱位。先证者目标序列捕获测序分析及数据库比对显示，所有患病者PAX6基因第6号外显子上碱基替换e．183C〉A，经Sanger测序验证后证实突变基因与表型共分离。结论PAX6基因c．183C〉A突变是该先天性无虹膜家系的致病突变位点。 展开更多
关键词 无虹膜/遗传性 人类第11号染色体/基因 配对盒转录因子6/基因 家系谱 中国人 目标序列捕获测序 无义突变
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基于单体型的杜氏肌营养不良无创产前检测研究 被引量：1
6
作者 曾艳欣 陈敏 +6 位作者 陈超 赖峥菲 袁媛 王垚燊 李世泉 阿叁 陈敦金 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期698-701,共4页
目的:探讨利用先证者辅助单体型分析方法(PAHP)对杜氏肌营养不良(DMD)进行无创产前检测(NIPT)的可行性。方法:招募生育过DMD先证者并再次妊娠的家系17例。对孕妇、孕妇丈夫与先证者外周血基因组DNA(g DNA)样本进行目标序列捕获测序,获... 目的:探讨利用先证者辅助单体型分析方法(PAHP)对杜氏肌营养不良(DMD)进行无创产前检测(NIPT)的可行性。方法:招募生育过DMD先证者并再次妊娠的家系17例。对孕妇、孕妇丈夫与先证者外周血基因组DNA(g DNA)样本进行目标序列捕获测序,获得孕妇与致病位点连锁的单体型信息。然后在夫妻双方单体型的辅助下,通过对血浆数据中各个信息可供单核苷酸多态性(SNP)位点分析及统计,推断在DMD基因区域胎儿获得的母源单体型是否与先证者一致。携带与先证者相同单体型的男胎为患胎,女胎为携带者,其余为正常胎。将NIPT结果与DMD基因诊断金标准进行比较,验证其准确性。结果:NIPT结果提示17个家系中9例为男性胎儿,8例为女性胎儿;患胎3例,携带者4例,正常胎10例。该结果与胎儿的DMD基因诊断结果一致,无假阳性与假阴性结果。结论:基于先证者辅助单体型分析方法的NIPT取材方便,能避免宫内介入性操作,同时结果准确,应用于DMD的产前检测具有一定的可行性。 展开更多
关键词 目标序列捕获测序 单体型 杜氏肌营养不良 胎儿游离DNA 无创产前检测
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可溶性环氧化物水解酶2基因与中国汉族人群非综合征型唇腭裂的关联研究 被引量：3
7
作者 杨梦夕 王艺儒 +3 位作者 殷斌 郑谦 石冰 贾仲林 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期279-284,共6页
目的探究可溶性环氧化物水解酶2基因(EPHX2)的遗传变异位点与中国汉族人群非综合征型唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法本研究以159个中国汉族NSCL/P患者作为研究对象,对EPHX2基因区域开展了目标区域捕获测序,更全面地检测了EPHX2基因区域... 目的探究可溶性环氧化物水解酶2基因(EPHX2)的遗传变异位点与中国汉族人群非综合征型唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法本研究以159个中国汉族NSCL/P患者作为研究对象,对EPHX2基因区域开展了目标区域捕获测序,更全面地检测了EPHX2基因区域的遗传变异位点。以诺禾致源基因数据库的542名中国汉族健康人的全基因组测序数据作为对照,进行常见变异位点关联分析和针对罕见变异位点的负荷分析。结果在中国汉族人群NSCL/P的关联分析中发现,rs57699806的差异具有统计学意义(P=0.00013,OR=2.849,95%CI:1.691~4.800),其次为rs4732723(P=0.00650,OR=0.662,95%CI:0.491~0.892),rs7829267(P=0.00920,OR=1.496,95%CI:1.117~2.005),rs721619(P=0.01100,OR=1.474,95%CI:1.098~1.980)和rs7816586(P=0.04000,OR=1.310,95%CI:1.015~1.691)。其中rs4732723的C等位基因可能具有保护作用,而其他4个单核苷酸多态性位点的参考等位基因均可能增加NSCL/P的发生风险。罕见变异负荷分析2组差异无统计学意义(P>0.05)。结论本研究发现,EPHX2基因的5个单核苷酸多态性位rs57699806、rs4732723、rs7829267、rs721619和rs7816586与中国汉族人群NSCL/P的发生密切相关,其中rs57699806、rs4732723、rs7829267和rs7816586为新发现的易感位点。 展开更多
关键词 目标区域捕获测序 单核苷酸多态性 可溶性环氧化物水解酶2基因 非综合征型唇腭裂
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一个线粒体脑肌病家系临床表型及遗传学分析 被引量：1
8
作者 范丽媛 毛澄源 +9 位作者 秦洁 史长河 郑惠敏 胡新超 张槊 胡正威 范雨 董亚丽 杨靖 许予明 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2020年第6期796-801,共6页
目的:探讨一个线粒体脑肌病家系临床表型的异质性并进行遗传学分析,为临床诊断提供依据。方法:对一例以阵发性胸闷、心慌伴呼吸困难起病的线粒体脑肌病的先证者及其家系,结合病史、实验室检查、影像学检查、病理检查及基因学检查及已有... 目的:探讨一个线粒体脑肌病家系临床表型的异质性并进行遗传学分析,为临床诊断提供依据。方法:对一例以阵发性胸闷、心慌伴呼吸困难起病的线粒体脑肌病的先证者及其家系,结合病史、实验室检查、影像学检查、病理检查及基因学检查及已有的文献报道,分析其家系临床表型的异质性并进行遗传学分析。结果:测序结果表明先证者及其女儿、外孙女线粒体基因组均存在chrM:3243A>G突变;该家系内临床症状差别较大,且与突变负荷无明显相关性。结论:线粒体脑肌病患者临床表型异质性大,对于临床表型复杂,以阵发性胸闷、心慌伴呼吸困难起病的患者,应排除线粒体脑肌病、询问家族史,建议行肌肉活检及基因突变筛查,以提高疾病临床诊断的准确率。 展开更多
关键词 线粒体脑肌病 目标序列捕获测序 基因诊断
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一个以高血压、骨折为首发症状的Ⅰ型神经纤维瘤病家系分析 被引量：1
9
作者 苏赟 毛澄源 +10 位作者 秦小飞 单迎光 史长河 范丽媛 董亚丽 郑惠敏 李心蔚 张槊 胡正威 杨靖 许予明 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2022年第5期658-662,共5页
目的:报道一个临床表现不典型的Ⅰ型神经纤维瘤病家系,并确定其致病突变。方法:收集先证者临床资料。提取先证者及父母外周全血基因组DNA,应用目标捕获高通量测序技术对neurofibromin 1(NF1)基因全部编码区外显子及其侧翼序列进行突变检... 目的:报道一个临床表现不典型的Ⅰ型神经纤维瘤病家系,并确定其致病突变。方法:收集先证者临床资料。提取先证者及父母外周全血基因组DNA,应用目标捕获高通量测序技术对neurofibromin 1(NF1)基因全部编码区外显子及其侧翼序列进行突变检测,对可疑位点进行Sanger测序。结果:先证者男性,12岁,以右侧股骨骨折为首发症状,合并高血压病(3级,低危);查体示胸腹部呈弥漫大片状深棕色牛奶咖啡斑,MRI提示神经纤维来源肿瘤及腰椎骨质破坏。先证者母亲有类似皮肤病变,无其他自觉症状。先证者及其母均检出NF1基因第38号外显子存在杂合移码突变c.5719delG(p.Glu1907Lysfs*14),表型正常的父亲未检测到此突变。该突变在HGMD和ExAC数据库中均未有报道,为新发突变。结论:NF1基因c.5719delG(p.Glu1907Lysfs*14)移码杂合突变是该家系患病的遗传学病因。 展开更多
关键词 Ⅰ型神经纤维瘤病 目标捕获高通量测序技术 NF1基因
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一个发作性运动诱发性运动障碍家系的遗传学诊断
10
作者 胡新超 毛澄源 +7 位作者 史长河 范丽媛 张槊 胡正威 杨志华 范雨 杨靖 许予明 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2020年第2期217-220,共4页
目的:检测一个发作性运动诱发性运动障碍家系的致病突变。方法:采集家系内5例患者(先证者及其母、姨妈和2个表弟),先证者父亲(正常人)和200名正常人外周血并提取基因组DNA。对先证者DNA样本进行目标序列捕获测序,寻找突变位点。对所有... 目的:检测一个发作性运动诱发性运动障碍家系的致病突变。方法:采集家系内5例患者(先证者及其母、姨妈和2个表弟),先证者父亲(正常人)和200名正常人外周血并提取基因组DNA。对先证者DNA样本进行目标序列捕获测序,寻找突变位点。对所有患者、先证者父亲和200名正常对照的目标位点进行Sanger测序验证。结果:该家系内所有患者的临床症状均符合单纯型发作性运动诱发性运动障碍的诊断。目标序列捕获测序发现先证者PRRT2基因2号外显子存在c.535 C>T(p.Q179*)无义突变。Sanger测序显示家系内所有患者均携带此突变,家系内正常人未检测到此突变,符合家系内共分离。200名正常人均未检测到此突变。结论:无义突变PRRT2 c.535 C>T(p.Q179*)是该单纯型发作性运动诱发性运动障碍家系的致病基因。 展开更多
关键词 发作性运动诱发性运动障碍 目标序列捕获测序 PRRT2基因
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