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题名基于二代测序数据拷贝数变异检测的新方法研究
被引量：1
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作者
杨浩
方铭
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机构
黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院
集美大学水产学院
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出处
《现代畜牧科技》
2022年第2期21-23,26,共4页
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基金
大庆市指导性科技计划项目(zd-2020-61)
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文摘
目标区域捕获测序(TRS)是将基因组特定区域制成探针与基因组DNA杂交,将目标区域的DNA富集后再进行二代测序。TRS已应用于多种疾病如智力障碍、帕金森症等,能够有效的对人类主要组织相容性复合体(MHC)、外显子等区域进行测序。由于测序效果受捕获测序探针密度影响较大,探针的疏密及均匀程度很大程度会影响最终结果,与全基因组测序相比,TRS检测拷贝数变异(CNV)难度更大。随着生命科学的飞速发展,越来越多的拷贝数变异检测工具出现,但它们的CNV检测率依然较低,假阳性率较高。因此,本研究开发了一种新颖的拷贝数变异检测方法,结果显示,本研究方法、ExomeDepth和XHMM的检测率分别是76.7%、12.4%和5.5%,假阳性率分别是25.7%、49.4%和66.9%,本研究方法在检测率及假阳性率的表现均优于ExomeDepth和XHMM两种方法。本研究补充了拷贝数变异检测算法,并为相关研究提供一定的理论依据。
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关键词
MHC
目标区域捕获测序
拷贝数变异
检测率
算法
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Keywords
MHC
Target area capture sequencing
Copy number variation
Detection rate
Algorithm
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分类号
Q811.4
[生物学—生物工程]
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