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基于NCBI数据库的皮氏不动杆菌分子分型及blaOXA基因分析
1
作者
纪静茹
曹小利
吴超
《临床检验杂志》
CAS
2024年第4期298-303,共6页
目的分析全球皮氏不动杆菌的分布特点、序列分型(ST)及blaOXA基因分布,为感染防控及临床用药提供参考。方法采用Aspera软件从NCBI批量下载所有皮氏不动杆菌基因组序列(截止日期为2023年11月30日),并使用perl脚本从下载的gbk文件中批量...
目的分析全球皮氏不动杆菌的分布特点、序列分型(ST)及blaOXA基因分布,为感染防控及临床用药提供参考。方法采用Aspera软件从NCBI批量下载所有皮氏不动杆菌基因组序列(截止日期为2023年11月30日),并使用perl脚本从下载的gbk文件中批量提取菌株元信息。使用自制的Perl程序从每个皮氏不动杆菌基因组序列文件中提取该基因的核苷酸编码序列作为分析数据库。从网站下载不动杆菌属7个管家基因的等位基因序列作为查询数据库进行BLASTN比较分析,确定每个基因组的ST。从NCBI病原细菌耐药基因数据库下载耐药基因blaOXA的核苷酸序列,采用自我编写的AMRG软件进行blaOXA基因的分布分析。结果共获取305株皮氏不动杆菌的基因组,主要分离自1990年至2020年,分离率呈逐年增长趋势,其中2015年分离率最高。美国、中国、德国的分离率位居前三位,分别为29.5%(90株)、15.7%(48株)、13.4%(41株)。180株(59.0%)标本来源为人类,其中,痰液[42株(23.3%)]、血液[27株(15.0%)]和皮肤软组织[15株(8.3%)]位居前三位。305株皮氏不动杆菌共鉴定出79种ST,其中,ST93(14.4%)、ST64(12.1%)和ST63(11.8%)占比较高。美国、中国、德国分别以ST64、ST63、ST93流行分布为主。305株皮氏不动杆菌中除6株不携带blaOXA基因外,其余299株菌共携带31种blaOXA变异体,其中252个blaOXA基因具有碳青霉烯酶水解活性,另有146株携带blaOXA-500基因。结论皮氏不动杆菌全球流行分布存在地域差异,D型碳青霉烯酶基因blaOXA的高度流行提示其潜在多药耐药趋势,值得临床监测。
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关键词
皮氏不动杆菌
流行分布
blaOXA
序列分型
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题名
基于NCBI数据库的皮氏不动杆菌分子分型及blaOXA基因分析
1
作者
纪静茹
曹小利
吴超
机构
南京医科大学鼓楼临床医学院
南京大学医学院附属鼓楼医院感染性疾病科
南京大学医学院附属鼓楼医院检验科
出处
《临床检验杂志》
CAS
2024年第4期298-303,共6页
基金
国家重点研发计划项目(EKA-04201901)。
文摘
目的分析全球皮氏不动杆菌的分布特点、序列分型(ST)及blaOXA基因分布,为感染防控及临床用药提供参考。方法采用Aspera软件从NCBI批量下载所有皮氏不动杆菌基因组序列(截止日期为2023年11月30日),并使用perl脚本从下载的gbk文件中批量提取菌株元信息。使用自制的Perl程序从每个皮氏不动杆菌基因组序列文件中提取该基因的核苷酸编码序列作为分析数据库。从网站下载不动杆菌属7个管家基因的等位基因序列作为查询数据库进行BLASTN比较分析,确定每个基因组的ST。从NCBI病原细菌耐药基因数据库下载耐药基因blaOXA的核苷酸序列,采用自我编写的AMRG软件进行blaOXA基因的分布分析。结果共获取305株皮氏不动杆菌的基因组,主要分离自1990年至2020年,分离率呈逐年增长趋势,其中2015年分离率最高。美国、中国、德国的分离率位居前三位,分别为29.5%(90株)、15.7%(48株)、13.4%(41株)。180株(59.0%)标本来源为人类,其中,痰液[42株(23.3%)]、血液[27株(15.0%)]和皮肤软组织[15株(8.3%)]位居前三位。305株皮氏不动杆菌共鉴定出79种ST,其中,ST93(14.4%)、ST64(12.1%)和ST63(11.8%)占比较高。美国、中国、德国分别以ST64、ST63、ST93流行分布为主。305株皮氏不动杆菌中除6株不携带blaOXA基因外,其余299株菌共携带31种blaOXA变异体,其中252个blaOXA基因具有碳青霉烯酶水解活性,另有146株携带blaOXA-500基因。结论皮氏不动杆菌全球流行分布存在地域差异,D型碳青霉烯酶基因blaOXA的高度流行提示其潜在多药耐药趋势,值得临床监测。
关键词
皮氏不动杆菌
流行分布
blaOXA
序列分型
Keywords
Acinetobacter pittii
epidemic distribution
blaOXA
sequence type
分类号
R466.5 [医药卫生—临床医学]
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出处
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1
基于NCBI数据库的皮氏不动杆菌分子分型及blaOXA基因分析
纪静茹
曹小利
吴超
《临床检验杂志》
CAS
2024
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