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题名白边侧足海天牛全基因组Survey分析
被引量：1
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作者
李歆毓
丁梦莹
冯尔辉
张源源
章可兰
万迎朗
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机构
海南东寨港国家级自然保护区管理局
海南大学海洋学院
海南大学热带作物学院
中国热带农业科学院橡胶研究所
农业农村部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室
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出处
《热带生物学报》
2022年第5期457-463,共7页
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基金
海南省自然科学自然科学基金(No.2019RCI55)。
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文摘
为揭示白边侧足海天牛基因组的信息,以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础,利用流式细胞术与高通量测序技术对白边侧足海天牛全基因组进行了Survey分析。结果表明,流式细胞术预测白边侧足海天牛基因组是84K杨的1.69倍,约为794.6 Mb。白边侧足海天牛高通量测序得到25 Gb的过滤数据,总测序深度约为30 x,根据17-mer分析,预测海天牛基因组大小约为724.8 Mb,基因组重复率为52.8%,杂合度为1.55%,模型拟合值为99.38%;根据19-mer分析,预测海天牛基因组大小约为730.8 Mb,基因组重复率为35.1%,杂合度为1.68%,模型拟合值为99.72%。最后,对白边侧足海天牛尝试初步组装后得到总长为628Mb的基因组。研究结果显示,白边侧足海天牛是一个高度杂合的物种,且其基因组大小超过700 Mb。
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关键词
白边侧足海天牛
基因组Survey分析
基因组大小
杂合度
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Keywords
Elysia leucolegnote
genomic survey analysis
genome size
heterozygosity
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分类号
Q789
[生物学—分子生物学]
Q959.1
[生物学—动物学]
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