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题名白灵山红山茶叶绿体基因组特征分析
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作者
胡晓聪
刘秀云
胥明
王可
金亮
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机构
金华职业技术大学农学院
上海农林职业技术学院
上海临港奉贤经济发展有限公司
浙江农林大学风景园林与建筑学院
浙江省园林植物与花卉研究所
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出处
《西北林学院学报》
CSCD
北大核心
2024年第6期34-44,共11页
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基金
浙江省农业新品种重大专项花卉育种专项(2021C02071-5)
浙江省2023年度高校国内访问工程师“校企合作项目”(FG2023011)
+1 种基金
金华市公益性技术应用研究项目(2022-4-010)
萧山区重大科技计划项目(2021223)。
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文摘
为解析白灵山红山茶(Camellia bailinshanica)叶绿体基因组的结构组成,判定其在山茶属中的进化位置及与其他山茶属叶绿体基因组的区别,为山茶属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供相关依据。使用新一代测序平台对白灵山红山茶叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,并利用相关软件对基因组结构和数目、密码子偏好性、序列重复、简单重复序列位点、边界和系统发育进行分析。白灵山红山茶叶绿体基因组大小为156943 bp,呈现四分体结构;共有134个基因,包含88个编码基因、37个t RNA基因、8个r RNA基因和1个假基因;密码子偏好性分析表明白灵山红山茶偏爱使用A/U结尾的密码子;通过长重复片段及SSR分析,检测到40个重复序列及243个SSR位点;白灵山红山茶与滇山茶边界分析中ycf1基因长度存在差异;系统发育分析发现,白灵山红山茶与峨眉红山茶和石果毛蕊山茶聚为一支,关系较密切。研究得到了白灵山红山茶的叶绿体基因组基本情况与系统发育位置,可为红山茶组分子标记开发、种间鉴定以及该物种的演化过程及分类学地位确定提供科学依据。
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关键词
白灵山红山茶
叶绿体基因组特征
系统发育
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Keywords
Camellia bailinshanica
characterization of chloroplast genome
phylogeny
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分类号
S685.14
[农业科学—观赏园艺]
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