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我国登革3型病毒广西80-2株基因组全序列分析 被引量:7
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作者 苑锡同 耿丽卿 +7 位作者 于曼 胡志君 赵卫 陈水平 王鹏程 范宝昌 杨佩英 秦鄂德 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期621-625,共5页
对我国登革 3型病毒 80 2株基因组进行全序列测定 ,为了解其基因组结构与功能的关系提供依据 .根据登革 3型病毒H87株的序列设计并合成引物 ,应用RT PCR和RACE法 ,对 80 2株基因组RNA进行扩增、克隆测序后获得我国登革 3型病毒广西株... 对我国登革 3型病毒 80 2株基因组进行全序列测定 ,为了解其基因组结构与功能的关系提供依据 .根据登革 3型病毒H87株的序列设计并合成引物 ,应用RT PCR和RACE法 ,对 80 2株基因组RNA进行扩增、克隆测序后获得我国登革 3型病毒广西株基因组序列 .该株病毒基因组全长10 696nt ,不含poly(A)尾 ,4种碱基数分别为A :3 4 3 7,C :2 2 15,G :2 773 ,U :2 2 71.包含一个读码框架 ,自 95至 10 2 67位 ,共 10 170个碱基 ,编码 3 3 90个氨基酸 ,5′和 3′非编码区长度分别为 94nt和4 3 2nt.与H 87株比较 ,核苷酸和氨基酸序列同源性均在 99%以上 ,有 2 8个碱基发生改变 ,其中 2 6个碱基突变发生在读码框架内 ,碱基转换 18个 ,颠换 10个 ;碱基突变引起 14个氨基酸的改变 .80 2株与H87株病毒的基因组全序列同源性高 ,变异度小 . 展开更多
关键词 登革3型病毒 广西株 全序列分析 基因组
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2001-2016年广州市登革3型病毒E基因序列及系统进化树分析 被引量:2
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作者 刘远 蒋力云 +4 位作者 景钦隆 苏文哲 蔡文锋 狄飚 杨智聪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期487-491,共5页
目的了解2001-2016年广州市登革3型病毒的流行情况,掌握毒株的进化情况和趋势。方法将登革热确诊病例的血清用荧光PCR检测,阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,与NCBI的毒株序列相比较,利用Mega 4.0软件构建系统... 目的了解2001-2016年广州市登革3型病毒的流行情况,掌握毒株的进化情况和趋势。方法将登革热确诊病例的血清用荧光PCR检测,阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,与NCBI的毒株序列相比较,利用Mega 4.0软件构建系统进化树。结果 2001-2016年共分离到登革3型病毒24株,从基因型上分类属于基因亚型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅴ型,基因亚型Ⅲ在流行年份和分离毒株数上稍占优势。流行病学调查和序列分析均显示与东南亚国家流行的登革热相关度较高。结论广州市登革3型病毒以输入为主,随着输入压力增大、基因亚型增多和转换,可能会使广州市登革热流行传播更为复杂,流行风险进一步增高。 展开更多
关键词 登革3型病毒 E基因 系统进化树
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我国登革3型病毒广西株基因组非编码区结构特征的研究 被引量:1
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作者 苑锡同 李晓萸 +4 位作者 耿丽卿 于曼 陈水平 范宝昌 秦鄂德 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期39-42,共4页
应用cDNA末端快速扩增法 (RACE) ,获得我国登革 3型病毒株基因组的包括 5′和 3′端非编码区的扩增片段 ,经琼脂糖凝胶电泳观察其长度分别为 710bp和 470bp。序列分析表明 ,与登革 3型病毒菲律宾株 (H87株 )核苷酸序列同源性 >99%。... 应用cDNA末端快速扩增法 (RACE) ,获得我国登革 3型病毒株基因组的包括 5′和 3′端非编码区的扩增片段 ,经琼脂糖凝胶电泳观察其长度分别为 710bp和 470bp。序列分析表明 ,与登革 3型病毒菲律宾株 (H87株 )核苷酸序列同源性 >99%。进化树分析提示 ,该株病毒属于登革 3型病毒Ⅰ亚型。基因组的 5′和 3′端可能含有较强的二级结构域。 展开更多
关键词 RACE 登革3型病毒 中国毒株 CDNA 非编码区
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登革3型病毒义乌流行株免疫原性研究 被引量:1
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作者 顾雯 金聪 +7 位作者 张硕 张全福 李建东 杭小同 王芹 李川 梁米芳 李德新 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期367-370,共4页
目的对2009年浙江省义乌市暴发流行的登革3型病毒进行系统进化分析并初步研究其E蛋白的免疫原性。方法 RT-PCR扩增义乌分离株全基因组,利用MEGA 4分别构建E及NS1区域核苷酸及氨基酸系统发生树,进行系统进化分析。构建重组质粒JESS-ywD3p... 目的对2009年浙江省义乌市暴发流行的登革3型病毒进行系统进化分析并初步研究其E蛋白的免疫原性。方法 RT-PCR扩增义乌分离株全基因组,利用MEGA 4分别构建E及NS1区域核苷酸及氨基酸系统发生树,进行系统进化分析。构建重组质粒JESS-ywD3prM/E397JEV-pcDNA5,IFA及Western Blot检测E蛋白在293T细胞中的表达及分泌情况。将纯化后的分泌性E蛋白免疫BALB/c小鼠,通过ELISA、中和试验等方法对体液免疫进行测定。结果登革3型病毒义乌分离株与广州GZ1D3株及印度GWL-25株核苷酸及氨基酸序列同源性均达到99%以上;其分泌性E蛋白可以刺激小鼠产生登革特异性IgG抗体及针对同型病毒的中和抗体。结论义乌分离株属于登革3型病毒亚型Ⅲ,其分泌性E蛋白具有一定的免疫原性。 展开更多
关键词 登革3型病毒 义乌分离株 生物学特性
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登革3型病毒义乌流行株免疫原性研究(英文) 被引量:1
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作者 顾雯 金聪 +7 位作者 张硕 张全福 李建东 杭小同 王芹 李川 梁米芳 李德新 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期695-699,共5页
目的对2009年浙江省义乌市暴发流行的登革3型病毒进行系统进化分析并初步研究其E蛋白的免疫原性。方法 RT-PCR扩增义乌分离株全基因组,利用MEGA 4分别构建E及NS1区域核苷酸及氨基酸系统发生树,进行系统进化分析。构建重组质粒JESS-ywD3p... 目的对2009年浙江省义乌市暴发流行的登革3型病毒进行系统进化分析并初步研究其E蛋白的免疫原性。方法 RT-PCR扩增义乌分离株全基因组,利用MEGA 4分别构建E及NS1区域核苷酸及氨基酸系统发生树,进行系统进化分析。构建重组质粒JESS-ywD3prM/E397JEV-pcDNA5,IFA及Western Blot检测E蛋白在293T细胞中的表达及分泌情况。将纯化后的分泌性E蛋白免疫BALB/c小鼠,通过ELISA、中和试验等方法对体液免疫进行测定。结果登革3型病毒义乌分离株与广州GZ1D3株及印度GWL-25株核苷酸及氨基酸序列同源性均达到99%以上;其分泌性E蛋白可以刺激小鼠产生登革特异性IgG抗体及针对同型病毒的中和抗体。结论义乌分离株属于登革3型病毒亚型Ⅲ,其分泌性E蛋白具有一定的免疫原性。 展开更多
关键词 登革3型病毒 义乌分离株 生物学特性
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登革3型病毒prM-E基因重组质粒DNA的构建和真核表达
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作者 段鸿元 陈水平 +5 位作者 姜涛 秦成峰 邓永强 赵慧 于曼 秦鄂德 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2005年第1期1-4,共4页
构建登革 3型病毒 prM E基因的真核表达重组质粒 ,并进行体外表达 ,为登革DNA疫苗的研究奠定基础。用RT -PCR法获得 prM -E基因片段 ,然后将其克隆到真核表达载体中。用电穿孔法将重组质粒DNA转入BHK细胞 ,通过免疫荧光法检测外源基因... 构建登革 3型病毒 prM E基因的真核表达重组质粒 ,并进行体外表达 ,为登革DNA疫苗的研究奠定基础。用RT -PCR法获得 prM -E基因片段 ,然后将其克隆到真核表达载体中。用电穿孔法将重组质粒DNA转入BHK细胞 ,通过免疫荧光法检测外源基因在真核细胞中的表达。结果 ,通过酶切和序列测定证实了构建的重组质粒DNA含序列正确的 prM- E基因。用免疫荧光法检测到转染了重组质粒DNA的BHK细胞的胞浆中有登革 3型病毒特异蛋白的表达。说明含有登革 3型病毒prM -E基因的真核表达重组质粒可以在BHK细胞中表达 ,该结果为观察该重组质粒的免疫原性奠定了基础。 展开更多
关键词 登革3型病毒 prM-E基因 真核表达
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深圳市一起输入性登革热疫情的分子流行病学研究 被引量:5
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作者 阳帆 张仁利 +4 位作者 吴春利 黄达娜 许少坚 武伟华 李玥 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期942-946,954,共6页
目的对2007年深圳市报告的一起输入性疑似登革热病例查明病因。分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征。方法对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和实时荧光定量PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸,... 目的对2007年深圳市报告的一起输入性疑似登革热病例查明病因。分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征。方法对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和实时荧光定量PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸,并用C6/36细胞分离登革病毒。采用RT-PCR方法扩增病毒PrM/M-E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革毒株进行同源性比较和进化树分析。结果从患者血清标本中检测到登革病毒IgM、IgG抗体和登革3型病毒核酸,并首次成功分离到登革3病毒,将其命名为DEN3-SZ0739。深圳市登革3型病毒分离株SZ0739与登革3型国际标准株H87株、国内外流行株80-2、GWL-25株在PrM/M-E基因上核苷酸同源性分别为94.1%、93.9%、96.9%,而与登革1、2、4型国际标准株HAWAII、NGC、H241同源性分别为66.1%、59.1%、58.2%。进化树显示SZ0739株与2007年新加坡分离株SGEHI(D3)0235Y07亲缘关系最近,在进化树的同一分支上,和1 416株(India 1984)、1 326株(Sri Lanka1981)、1 696株(Samoa 1986)等同属基因Ⅲ亚型。结论从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该输入病例是由登革3型病毒引起,该毒株最有可能来源于新加坡。 展开更多
关键词 输入病例 登革3型病毒 PrM/M-E基因 序列分析
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