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基于有监督的多视角图神经网络的药物组合协同预测算法 被引量:2
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作者 郝志峰 詹健明 蔡瑞初 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2022年第7期2020-2024,2057,共6页
药物组合疗法在癌症治疗中具有重要应用价值。通过算法预测药物协同组合,可为生物学研究提供靶向指导,从而提高研究效率,降低实验成本。针对现有算法缺乏有效的药物互相作用建模方法、无法考虑细胞系之间的关系等问题,提出了一种基于多... 药物组合疗法在癌症治疗中具有重要应用价值。通过算法预测药物协同组合,可为生物学研究提供靶向指导,从而提高研究效率,降低实验成本。针对现有算法缺乏有效的药物互相作用建模方法、无法考虑细胞系之间的关系等问题,提出了一种基于多视角图神经网络的药物协同预测算法。首先,采用变分图自编码器来学习特定细胞系药物的向量表示;然后,通过多视角框架整合同一组织内其他细胞系的药物信息,提升药物表示向量的可靠性;最后通过引入已知的药物组合得分作为监督信号对模型进行监督训练,实现可靠的药物协同效果预测。在DrugComb数据集上的实验结果验证了本方法的有效性。 展开更多
关键词 药物协同 图神经网络 多视角 癌症细胞系
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基于多种基因数据库分析乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2(WFDC2)在卵巢癌中表达及意义 被引量:1
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作者 陆进 杨月 +2 位作者 闫坤 邓竹琴 张浩轩 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期528-534,共7页
目的研究乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2(WFDC2)在卵巢癌中的表达及临床意义。方法分别利用Bio GPS数据库、Oncomine数据库以及癌症细胞系百科全书(CCLE)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析WFDC2基因在正常人体组织中的表达、卵巢癌组... 目的研究乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2(WFDC2)在卵巢癌中的表达及临床意义。方法分别利用Bio GPS数据库、Oncomine数据库以及癌症细胞系百科全书(CCLE)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析WFDC2基因在正常人体组织中的表达、卵巢癌组织中表达以及卵巢癌细胞系中的表达和卵巢癌患者预后生存分析。结果 Bio GPS数据库分析结果显示WFDC2在正常卵巢组织不表达; Oncomine数据库检索出417例样本,WFDC2表达水平有差异意义的结果 34项,其中WFDC2表达增高19项,WFDC2表达降低15项;对符合设定条件的7项研究进行Meta分析发现,WFDC2在卵巢癌组织中呈高表达状态; CCLE分析结果显示WFDC2在卵巢癌细胞系中也呈高表达状态; Kaplan-Meier Plotter数据库结果显示WFDC2高表达组的卵巢癌患者总生存时间较低表达组显著延长。结论 WFDC2在卵巢癌组织高表达,且与卵巢癌患者预后生存显著相关。 展开更多
关键词 卵巢癌 基因 荟萃分析 癌症细胞系百科全书
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ST3GAL5通过激活PPAR和抑制PI3K/AKT途径抑制膀胱癌的恶性生物学行为
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作者 谭明辉 郝雨 +3 位作者 倪钊 李强 王勤章 欧阳松 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第9期1458-1466,共9页
目的研究ST3β-半乳糖苷α-2,3-半乳糖基转移酶5(ST3GAL5)对膀胱尿路上皮癌(BLCA)生物学行为的影响和潜在机制。方法利用生物信息分析确定与膀胱癌相关的差异表达基因。然后筛选出合适的膀胱癌细胞系。体外实验通过细胞计数盒-8(CCK-8)... 目的研究ST3β-半乳糖苷α-2,3-半乳糖基转移酶5(ST3GAL5)对膀胱尿路上皮癌(BLCA)生物学行为的影响和潜在机制。方法利用生物信息分析确定与膀胱癌相关的差异表达基因。然后筛选出合适的膀胱癌细胞系。体外实验通过细胞计数盒-8(CCK-8)、5-乙炔基-2′脱氧尿嘧啶核苷(EdU)、菌落形成实验、转孔迁移、流式细胞仪凋亡实验和划痕实验评估ST3GAL5对膀胱癌生物行为的影响。使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对ST3GAL5基因进行了京都基因和基因组百科全书(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)。最后,使用Western-blot技术验证其增殖和转移的相关通路。结果生物信息学分析和实验测量的结合表明,ST3GAL5的表达在人类的BLCA细胞系中是异常下调的。通过癌症细胞系百科全书(CCLE)数据库,成功筛选出HT-1376细胞系进行体外实验。实验结果发现上调ST3GAL5后膀胱癌的恶性生物学行为被抑制。GSEA富集分析显示,ST3GAL5及其共表达的基因通过激活PPAR途径和抑制PI3K/AKT途径抑制了膀胱癌的细胞增殖、侵袭和转移。Western-blot实验结果验证了ST3GAL5在膀胱癌中过表达后,PPAR信号通路的关键蛋白出现了明显的增加,PI3K/AKT信号通路的关键蛋白出现了明显的减少(P<0.05)。结论ST3GAL5基因可能作为膀胱癌的致癌抑制基因,可能通过激活PPAR信号通路和抑制PI3K/AKT信号通路的相关分子来抑制膀胱癌细胞的增殖、侵袭和转移。 展开更多
关键词 膀胱癌 ST3β-半乳糖苷α-2 3-半乳糖基转移酶5 癌症基因组图谱 高通量基因表达 癌症细胞系百科全书 蛋白质印迹 京都基因和基因组百科全书
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