胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)是最常见的原发性颅内肿瘤,恶性程度极高,患者预后极差。为了识别GBM预后生物标记物,建立预后模型,本研究通过分析癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中GBM的表达谱数据,筛选出不...胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)是最常见的原发性颅内肿瘤,恶性程度极高,患者预后极差。为了识别GBM预后生物标记物,建立预后模型,本研究通过分析癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中GBM的表达谱数据,筛选出不同生存期GBM患者差异基因。利用GISTIC软件和Kaplan-Meier(KM)生存分析方法分析TCGA数据库中的GBM拷贝数变异数据,识别影响生存的扩增基因(survival-associated amplified gene,SAG)。取短生存期组上调基因和SAG两者的交集基因,进行单因素Cox回归和迭代Lasso回归筛选重要候选基因并建立预后模型;计算预后评分,根据预后评分中位数将患者分为高风险组和低风险组。用ROC曲线判断模型的优良,KM生存分析高低风险组预后差异,并用GEO、CGGA和Rembrandt数据库3个外部数据集进行验证。多因素Cox回归分析判断预后评分的预后独立性。结果显示,GBM不同生存期差异分析得到上调基因426个,下调基因65个。短生存期组上调基因与SAG交集得到47个基因。经过筛选,最终确定六基因(EN2、PPBP、LRRC61、SEL1L3、CPA4、DDIT4L)预后模型。TCGA实验组和3个外部验证组模型的ROC曲线下面积均大于0.6,甚至达到0.912。KM分析显示高低风险组的预后都存在差异(P<0.05)。在多因素Cox回归分析中,六基因预后评分是GBM患者预后的独立影响因素(P<0.05)。通过一系列分析,本研究确立了六基因(EN2、PPBP、LRRC61、SEL1L3、CPA4、DDIT4L)的GBM预后模型,模型具有很好的预测能力,可作为预测GBM患者的独立预后标志物。展开更多
人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据...人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据。本文对TCGA数据的四个产生流程以及包含的癌症种类、数据类型、数据水平、分析流程和常用的几种分析工具等进行阐述,同时以卵巢癌(ovarian cancer)为例详细介绍了TCGA数据在突变分析、拷贝数分析、表达分析和通路分析等方面的应用,并对TCGA研究团队近几年有关胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的研究方法和结果以及已经完成分析的癌症类型进行综述。展开更多
目的:研究微小RNA(miR)-196b在结直肠癌患者中的表达及其临床意义,探讨过表达miR-196b的结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-FU)的敏感性。方法:在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库下载结直肠癌患者miRNA测序数据及其...目的:研究微小RNA(miR)-196b在结直肠癌患者中的表达及其临床意义,探讨过表达miR-196b的结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-FU)的敏感性。方法:在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库下载结直肠癌患者miRNA测序数据及其对应的临床病理资料,运用SPSS 17.0分析miR-196b在结直肠癌患者中的表达水平以及临床特征;采用瞬时转染的方法在人结直肠癌HCT116细胞中过表达miR-196b,并用MTS法分析过表达miR-196b的细胞对5-FU药物敏感性的变化。结果:miR-196b高表达与结直肠癌患者淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05),与年龄和性别等无相关性。淋巴结转移和远处转移是直肠癌患者生存的独立影响因子(P<0.05),miR-196b的表达水平与患者生存状况无关。过表达miR-196b的HCT116细胞在不同浓度的5-FU作用下,细胞存活率均明显高于对照组(P<0.05)。结论:miR-196b可能是结直肠癌患者肿瘤分期和淋巴结转移的分子标志物,并可降低结直肠癌细胞对5-FU的敏感性。展开更多
目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系。方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及...目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系。方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及Spliceseq数据库452例胃癌及配对癌旁样本的剪接百分比数据。在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载包含192例胃癌患者转录组芯片数据的数据集GSE15459。利用ConcensusClusterPlus包对样本的可变剪接数据进行分型,通过竞争性基因集测试算法(Competitive Gene Set Test Accounting for Inter-gene Correlation,CAMERA)和基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)对样本进行通路和基因集分析。采用CIBERSORT方法,通过反卷积分析胃癌样本的免疫微环境情况。结果·经过滤,纳入445例胃癌及配对癌旁组织正常样本进行分析,共涉及4051个基因和8649个剪接事件。胃癌组织与癌旁正常组织相比,有大量异常剪接事件发生。基于胃癌的不同可变剪接事件频率,将胃癌分为4个亚型。亚型间的T分期、M分期、患病年龄、Lauren分型、病理分期和组织学分型等临床特征比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。4个亚型各自有不同的肿瘤标志特征和微环境状态。亚型与特定剪接因子的高表达有关(log2FC>1且FDR<0.05),且核心剪接因子的基因集表达与肿瘤的抗原提呈过程有潜在的重要关联(Pearson R=0.44,P=0.000)。结论·胃癌可变剪接事件的变化和胃癌的临床表型与肿瘤微环境密切相关。剪接因子的表达水平主导可变剪接水平的变化。剪接因子有望成为胃癌分型的标志物以及改善免疫治疗效果的重要靶点。展开更多
文摘人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据。本文对TCGA数据的四个产生流程以及包含的癌症种类、数据类型、数据水平、分析流程和常用的几种分析工具等进行阐述,同时以卵巢癌(ovarian cancer)为例详细介绍了TCGA数据在突变分析、拷贝数分析、表达分析和通路分析等方面的应用,并对TCGA研究团队近几年有关胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的研究方法和结果以及已经完成分析的癌症类型进行综述。
文摘目的:研究微小RNA(miR)-196b在结直肠癌患者中的表达及其临床意义,探讨过表达miR-196b的结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-FU)的敏感性。方法:在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库下载结直肠癌患者miRNA测序数据及其对应的临床病理资料,运用SPSS 17.0分析miR-196b在结直肠癌患者中的表达水平以及临床特征;采用瞬时转染的方法在人结直肠癌HCT116细胞中过表达miR-196b,并用MTS法分析过表达miR-196b的细胞对5-FU药物敏感性的变化。结果:miR-196b高表达与结直肠癌患者淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05),与年龄和性别等无相关性。淋巴结转移和远处转移是直肠癌患者生存的独立影响因子(P<0.05),miR-196b的表达水平与患者生存状况无关。过表达miR-196b的HCT116细胞在不同浓度的5-FU作用下,细胞存活率均明显高于对照组(P<0.05)。结论:miR-196b可能是结直肠癌患者肿瘤分期和淋巴结转移的分子标志物,并可降低结直肠癌细胞对5-FU的敏感性。
文摘目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系。方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及Spliceseq数据库452例胃癌及配对癌旁样本的剪接百分比数据。在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载包含192例胃癌患者转录组芯片数据的数据集GSE15459。利用ConcensusClusterPlus包对样本的可变剪接数据进行分型,通过竞争性基因集测试算法(Competitive Gene Set Test Accounting for Inter-gene Correlation,CAMERA)和基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)对样本进行通路和基因集分析。采用CIBERSORT方法,通过反卷积分析胃癌样本的免疫微环境情况。结果·经过滤,纳入445例胃癌及配对癌旁组织正常样本进行分析,共涉及4051个基因和8649个剪接事件。胃癌组织与癌旁正常组织相比,有大量异常剪接事件发生。基于胃癌的不同可变剪接事件频率,将胃癌分为4个亚型。亚型间的T分期、M分期、患病年龄、Lauren分型、病理分期和组织学分型等临床特征比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。4个亚型各自有不同的肿瘤标志特征和微环境状态。亚型与特定剪接因子的高表达有关(log2FC>1且FDR<0.05),且核心剪接因子的基因集表达与肿瘤的抗原提呈过程有潜在的重要关联(Pearson R=0.44,P=0.000)。结论·胃癌可变剪接事件的变化和胃癌的临床表型与肿瘤微环境密切相关。剪接因子的表达水平主导可变剪接水平的变化。剪接因子有望成为胃癌分型的标志物以及改善免疫治疗效果的重要靶点。
