胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)是最常见的原发性颅内肿瘤,恶性程度极高,患者预后极差。为了识别GBM预后生物标记物,建立预后模型,本研究通过分析癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中GBM的表达谱数据,筛选出不...胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)是最常见的原发性颅内肿瘤,恶性程度极高,患者预后极差。为了识别GBM预后生物标记物,建立预后模型,本研究通过分析癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中GBM的表达谱数据,筛选出不同生存期GBM患者差异基因。利用GISTIC软件和Kaplan-Meier(KM)生存分析方法分析TCGA数据库中的GBM拷贝数变异数据,识别影响生存的扩增基因(survival-associated amplified gene,SAG)。取短生存期组上调基因和SAG两者的交集基因,进行单因素Cox回归和迭代Lasso回归筛选重要候选基因并建立预后模型;计算预后评分,根据预后评分中位数将患者分为高风险组和低风险组。用ROC曲线判断模型的优良,KM生存分析高低风险组预后差异,并用GEO、CGGA和Rembrandt数据库3个外部数据集进行验证。多因素Cox回归分析判断预后评分的预后独立性。结果显示,GBM不同生存期差异分析得到上调基因426个,下调基因65个。短生存期组上调基因与SAG交集得到47个基因。经过筛选,最终确定六基因(EN2、PPBP、LRRC61、SEL1L3、CPA4、DDIT4L)预后模型。TCGA实验组和3个外部验证组模型的ROC曲线下面积均大于0.6,甚至达到0.912。KM分析显示高低风险组的预后都存在差异(P<0.05)。在多因素Cox回归分析中,六基因预后评分是GBM患者预后的独立影响因素(P<0.05)。通过一系列分析,本研究确立了六基因(EN2、PPBP、LRRC61、SEL1L3、CPA4、DDIT4L)的GBM预后模型,模型具有很好的预测能力,可作为预测GBM患者的独立预后标志物。展开更多
人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据...人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据。本文对TCGA数据的四个产生流程以及包含的癌症种类、数据类型、数据水平、分析流程和常用的几种分析工具等进行阐述,同时以卵巢癌(ovarian cancer)为例详细介绍了TCGA数据在突变分析、拷贝数分析、表达分析和通路分析等方面的应用,并对TCGA研究团队近几年有关胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的研究方法和结果以及已经完成分析的癌症类型进行综述。展开更多
目的:探讨染色体结构维持蛋白1A(structural maintenance of chromosome 1A,SMC1A)在乳腺癌中的表达情况,分析其与临床病理特征的相关性以及对乳腺癌细胞凋亡的影响。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析S...目的:探讨染色体结构维持蛋白1A(structural maintenance of chromosome 1A,SMC1A)在乳腺癌中的表达情况,分析其与临床病理特征的相关性以及对乳腺癌细胞凋亡的影响。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析SMC1A m RNA在乳腺癌及正常乳腺组织中的表达差异及其与乳腺癌预后的相关性。收集南京医科大学第一附属医院2023年1—12月间48例乳腺癌患者手术切除的癌组织和癌旁组织标本,采用实时荧光定量聚合酶链反应和免疫组织化学分析SMC1A的表达,并评估其与患者临床病理指标的关系。通过下调乳腺癌细胞系MCF-7中SMC1A表达,检测其凋亡相关蛋白的变化。结果:对TCGA相关转录组测序数据分析提示,SMC1A m RNA在乳腺癌组织中的表达显著高于正常乳腺组织,并与乳腺癌的预后紧密相关。临床样本验证也表明,SMC1A的表达水平在乳腺癌组织中显著高于癌旁组织,并与TNM分期、淋巴结转移及病理分化程度相关。siRNA介导的SMC1A下调在MCF-7细胞中显著提升了Cleaved-caspase-3、Cleaved-caspase-9及Bax的表达,降低了Bcl2的表达。结论:SMC1A在乳腺癌组织中高表达,并与乳腺癌的进展及病理分化有关。初步机制研究表明,SMC1A的表达调控可能对促进乳腺癌细胞凋亡具有重要作用。展开更多
目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2...目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。展开更多
目的:研究微小RNA(miR)-196b在结直肠癌患者中的表达及其临床意义,探讨过表达miR-196b的结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-FU)的敏感性。方法:在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库下载结直肠癌患者miRNA测序数据及其...目的:研究微小RNA(miR)-196b在结直肠癌患者中的表达及其临床意义,探讨过表达miR-196b的结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-FU)的敏感性。方法:在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库下载结直肠癌患者miRNA测序数据及其对应的临床病理资料,运用SPSS 17.0分析miR-196b在结直肠癌患者中的表达水平以及临床特征;采用瞬时转染的方法在人结直肠癌HCT116细胞中过表达miR-196b,并用MTS法分析过表达miR-196b的细胞对5-FU药物敏感性的变化。结果:miR-196b高表达与结直肠癌患者淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05),与年龄和性别等无相关性。淋巴结转移和远处转移是直肠癌患者生存的独立影响因子(P<0.05),miR-196b的表达水平与患者生存状况无关。过表达miR-196b的HCT116细胞在不同浓度的5-FU作用下,细胞存活率均明显高于对照组(P<0.05)。结论:miR-196b可能是结直肠癌患者肿瘤分期和淋巴结转移的分子标志物,并可降低结直肠癌细胞对5-FU的敏感性。展开更多
文摘人类癌症细胞中通常藏匿着多种引起恶性病变的染色体变异,核酸替换和表观遗传修饰。癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)计划的目标是获取、刻画并分析人类癌症中大规模、多种变异的分子特征,并且为癌症研究者迅速地提供数据。本文对TCGA数据的四个产生流程以及包含的癌症种类、数据类型、数据水平、分析流程和常用的几种分析工具等进行阐述,同时以卵巢癌(ovarian cancer)为例详细介绍了TCGA数据在突变分析、拷贝数分析、表达分析和通路分析等方面的应用,并对TCGA研究团队近几年有关胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的研究方法和结果以及已经完成分析的癌症类型进行综述。
文摘目的:探讨染色体结构维持蛋白1A(structural maintenance of chromosome 1A,SMC1A)在乳腺癌中的表达情况,分析其与临床病理特征的相关性以及对乳腺癌细胞凋亡的影响。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析SMC1A m RNA在乳腺癌及正常乳腺组织中的表达差异及其与乳腺癌预后的相关性。收集南京医科大学第一附属医院2023年1—12月间48例乳腺癌患者手术切除的癌组织和癌旁组织标本,采用实时荧光定量聚合酶链反应和免疫组织化学分析SMC1A的表达,并评估其与患者临床病理指标的关系。通过下调乳腺癌细胞系MCF-7中SMC1A表达,检测其凋亡相关蛋白的变化。结果:对TCGA相关转录组测序数据分析提示,SMC1A m RNA在乳腺癌组织中的表达显著高于正常乳腺组织,并与乳腺癌的预后紧密相关。临床样本验证也表明,SMC1A的表达水平在乳腺癌组织中显著高于癌旁组织,并与TNM分期、淋巴结转移及病理分化程度相关。siRNA介导的SMC1A下调在MCF-7细胞中显著提升了Cleaved-caspase-3、Cleaved-caspase-9及Bax的表达,降低了Bcl2的表达。结论:SMC1A在乳腺癌组织中高表达,并与乳腺癌的进展及病理分化有关。初步机制研究表明,SMC1A的表达调控可能对促进乳腺癌细胞凋亡具有重要作用。
文摘目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。
文摘目的:研究微小RNA(miR)-196b在结直肠癌患者中的表达及其临床意义,探讨过表达miR-196b的结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-FU)的敏感性。方法:在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库下载结直肠癌患者miRNA测序数据及其对应的临床病理资料,运用SPSS 17.0分析miR-196b在结直肠癌患者中的表达水平以及临床特征;采用瞬时转染的方法在人结直肠癌HCT116细胞中过表达miR-196b,并用MTS法分析过表达miR-196b的细胞对5-FU药物敏感性的变化。结果:miR-196b高表达与结直肠癌患者淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05),与年龄和性别等无相关性。淋巴结转移和远处转移是直肠癌患者生存的独立影响因子(P<0.05),miR-196b的表达水平与患者生存状况无关。过表达miR-196b的HCT116细胞在不同浓度的5-FU作用下,细胞存活率均明显高于对照组(P<0.05)。结论:miR-196b可能是结直肠癌患者肿瘤分期和淋巴结转移的分子标志物,并可降低结直肠癌细胞对5-FU的敏感性。
