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基于癌症基因图谱数据库的口底鳞状细胞癌长链非编码RNA风险预测模型的构建
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作者 余长云 张倩倩 +5 位作者 薛彬彬 张彩 张晨 李金映 曹华 吉倩婧 《河南医学研究》 CAS 2023年第4期577-582,共6页
目的 利用癌症基因图谱(TCGA)数据库建立口底鳞状细胞癌(简称口底鳞癌)患者预后的长链非编码RNA(lncRNA)风险预测模型。方法 下载TCGA数据库中口底鳞癌及对应癌旁组织的基因表达谱数据及临床相关数据,在R软件中通过edgeR包对口底鳞癌组... 目的 利用癌症基因图谱(TCGA)数据库建立口底鳞状细胞癌(简称口底鳞癌)患者预后的长链非编码RNA(lncRNA)风险预测模型。方法 下载TCGA数据库中口底鳞癌及对应癌旁组织的基因表达谱数据及临床相关数据,在R软件中通过edgeR包对口底鳞癌组织与癌旁组织中的基因表达数据进行分析,筛选差异表达lncRNA;采用单变量和多变量Cox风险回归模型筛选和建立lncRNA风险预测模型;绘制风险评分曲线、患者生存状态散点图、lncRNA表达热图、Kaplan-Meier生存曲线及受试者工作特征(ROC)曲线以评估风险模型与口底鳞癌患者预后的相关性。结果 从TCGA数据库中得到54例口底鳞癌组织和3例对应癌旁组织的基因表达数据,使用R软件edgeR包进行差异基因分析(筛选标准:P≤0.001,倍数变化≥2)得到差异lncRNA 138个。单变量Cox回归分析及多变量Cox回归分析得到基于3个lncRNA(MIR1-1HG、HOXC13-AS、RAMP2-AS1)的多变量风险预测模型,一致性系数为0.77。患者风险评分、生存状态散点图显示,风险评分越高口底鳞癌患者的死亡率越高。Kaplan-Meier生存曲线显示,高风险口底鳞癌患者的总生存率低于低风险口底鳞癌患者(P<0.001)。模型的ROC曲线下面积为0.895。结论 本研究筛选出3个具有临床意义的lncRNA,为口底鳞癌基础研究提供有价值的生物标志物;基于MIR1-1HG、HOXC13-AS、RAMP2-AS1的风险预测模型可有效预测口底鳞癌患者的预后,有望用于指导临床治疗。 展开更多
关键词 口底鳞状细胞癌 长链非编码RNA 癌症基因图谱数据库 COX回归模型
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基于多数据库筛选胃癌的自噬相关基因及预后预测模型的建立
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作者 罗志鹏 苗志国 +1 位作者 金瑞日 魏海云 《中国医药科学》 2022年第13期44-47,共4页
目的 通过多种癌症基因数据库构建胃癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型。方法 从人类自噬数据库和GSEA分子特征数据库获得自噬基因,与GEO数据库得到的胃癌差异表达基因进行比对,从而筛选出胃癌ARGs。对胃癌ARGs进行富集分析及通路分析... 目的 通过多种癌症基因数据库构建胃癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型。方法 从人类自噬数据库和GSEA分子特征数据库获得自噬基因,与GEO数据库得到的胃癌差异表达基因进行比对,从而筛选出胃癌ARGs。对胃癌ARGs进行富集分析及通路分析、多因素COX回归分析,筛选关键ARGs,应用R语言进行生存曲线分析、构建列线图及预测模型并对模型进行检验。结果 从多种数据库下载得到胃癌差异表达基因和自噬基因,从中筛选出102个重合基因即胃癌ARGs,Lasso回归和COX多因素分析筛选最终得到2个关键ARGs,即DYNC1I1、RNASE1。基于两个基因建立1、3、5年生存期预测模型和诺莫列线图校正曲线,C值为0.68,提示该模型有相对较好的预测能力。结论 本研究构建了基于DYNC1I1、RNASE1两个关键ARGs胃癌预后风险模型,该模型可有效预测胃癌患者预后。 展开更多
关键词 胃癌 自噬 癌症基因数据库 预后预测模型 列线图
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基于TCGA数据库建立胆管癌自噬相关基因预后预测模型及其应用 被引量:4
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作者 史华帝 左瑜芳 +2 位作者 钟富兰 易小琼 徐祖敏 《山东医药》 CAS 2021年第2期6-11,共6页
目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库构建胆管癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型。方法通过人类自噬数据库和分子特征数据库获得531个胆管癌ARGs。从TCGA数据库中选择CHOL队列的转录组和临床数据进行下载,包含胆管癌组织36例、正常胆管... 目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库构建胆管癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型。方法通过人类自噬数据库和分子特征数据库获得531个胆管癌ARGs。从TCGA数据库中选择CHOL队列的转录组和临床数据进行下载,包含胆管癌组织36例、正常胆管组织9例。采用Perl软件将原始测序数据进行合并,提取所有ARGs的表达数据;利用R软件对胆管癌组织和正常胆管组织中的ARGs进行差异表达分析,筛选出胆管癌组织中表达失调的ARGs,并进行GO功能富集和KEGG信号通路分析。利用单因素Cox及Lasso回归模型筛选关键ARGs,多因素Cox回归模型建立预后预测模型,根据关键ARGs的mRNA表达水平和风险系数计算每个患者的风险评分,按其中位数将胆管癌患者分为高风险组和低风险组,绘制生存曲线,比较两组的生存期。绘制预后预测模型的ROC曲线,评价其预测预后的敏感度和特异性。最后利用R软件构建基于关键ARGs的列线图,绘制校准曲线评估实际生存和预测生存的一致性。结果与正常胆管组织比较,胆管癌组织中有324个表达失调的ARGs。这些ARGs主要涉及自噬、利用自噬机制的过程、大自噬、自噬的调节、凋亡等生物学过程和信号通路。经过单因素Cox和Lasso回归分析,筛选出5个关键ARGs,即VPS11、EVA1A、BNIP3、GABARAP、VPS4B。以这5个关键ARGs建立预测胆管癌患者预后的风险模型,风险评分=(-3.739×VPS11)+(1.691×EVA1A)+(1.734×BNIP3)+(5.776×GABARAP)+(-1.310×VPS4B)。生存分析显示,高风险组的总生存时间低于低风险组,预测1年、2年、3年生存率的ROC曲线下面积均大于0.9。构建了基于5个ARGs的列线图(C指数为0.822,95%CI为0.721~0.924),另外,绘制预测1年、2年、3年生存率的校准曲线几乎都落在了45°的对角线上,提示该模型的准确性和区分能力较好。结论成功构建了基于VPS11、EVA1A、BNIP3、GABARAP、VPS4B共5个关键ARGs表达的胆管癌预后风险预测模型,该模型可有效预测胆管癌患者的预后。 展开更多
关键词 胆管癌 预后风险模型 列线图 癌症基因组图谱数据库 自噬相关基因
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焦亡相关基因与胃癌预后及免疫浸润的相关性分析
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作者 吴云青 王承霞 谢东宇 《中国医药导报》 CAS 2024年第21期35-45,共11页
目的通过生物信息学筛选胃癌预后焦亡相关基因(PRGs),构建和评估风险模型并分析PRGs与免疫浸润的相关性,验证胃癌治疗的新靶点。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌的转录组和临床数据并筛选差异表达的PRGs。采用单因素Cox回归及... 目的通过生物信息学筛选胃癌预后焦亡相关基因(PRGs),构建和评估风险模型并分析PRGs与免疫浸润的相关性,验证胃癌治疗的新靶点。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌的转录组和临床数据并筛选差异表达的PRGs。采用单因素Cox回归及LASSO回归分析差异表达的PRGs并构建预后模型。Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线评估模型的准确性及预后价值。根据风险评分中位数将患者分为高、低风险组,Cox回归风险模型评估风险评分与预后的相关性。胃癌基因芯片数据集GSE84437作为预测模型的外部验证。RT-qPCR和Western blot检测SERPINE1、Caspase-1、NLRP3 mRNA和蛋白表达量。结果筛选35个差异表达PRGs,其中5个PRGs(CRTAC1、GPX3、IRGM、RGS2和SERPINE1)被纳入风险模型构建。年龄、M分期、N分期和风险评分是TCGA队列患者生存率的独立影响因素(P<0.05);年龄、T分期和N分期是基因表达综合(GEO)队列患者生存率的独立影响因素(P<0.05)。TCGA、GEO队列中高风险组免疫细胞浸润水平、免疫相关途径活性总体均高于低风险组(P<0.05)。CRTAC1与CD4+T细胞(r=0.488)、巨噬细胞(r=0.588)和树突状细胞(r=0.332)的浸润水平呈正相关(P<0.01);GPX3与CD4+T细胞(r=0.372)、巨噬细胞(r=0.572)和树突状细胞(r=0.406)的浸润水平呈正相关(P<0.01);RGS2与CD4+T细胞(r=0.343)、巨噬细胞(r=0.526)和树突状细胞(r=0.326)的浸润水平呈正相关(P<0.01);IRGM(r=0.327)、SERPINE1(r=0.310)与巨噬细胞的浸润水平呈正相关(P<0.01)。胃癌组织中SERPINE1表达水平高于正常胃组织(P<0.05);高表达SERPINE1组的生存时间短于低表达SERPINE1组(P<0.01)。干扰组SERPINE1、Caspase-1、NLRP3 mRNA和蛋白表达量均低于阴性对照组(P<0.05)。结论通过生物信息学方法筛选5个PRGs构建胃癌预后模型,SERPINE1高表达与胃癌不良预后相关,可能参与调控NLRP3/Caspase-1细胞焦亡途径。 展开更多
关键词 胃癌 焦亡相关基因 癌症基因组图谱数据库 预后风险模型 免疫浸润
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基于铁死亡基因喉癌预后预测模型的构建 被引量:2
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作者 孙娟 杨莉娜 +2 位作者 崔昊晶 胡文良 苏琳 《山东医药》 CAS 2021年第19期71-73,共3页
目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析影响喉癌预后的铁死亡基因,建立喉癌预后预测模型。方法从TCGA下载喉癌样本的转录组数据及临床信息数据。用R语言limma包筛选喉癌差异表达基因,用R语言survival包筛选喉癌生存时间相关基因... 目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析影响喉癌预后的铁死亡基因,建立喉癌预后预测模型。方法从TCGA下载喉癌样本的转录组数据及临床信息数据。用R语言limma包筛选喉癌差异表达基因,用R语言survival包筛选喉癌生存时间相关基因并与文献挖掘出的60个铁死亡基因取交集,获得与喉癌预后相关的铁死亡基因。用R语言survival包、glment包进行LASSO回归分析构建最佳喉癌预后COX回归模型,ROC曲线分析模型对预后的预测价值。结果共筛选出3个铁死亡基因与喉癌预后相关。PHKG2(HR=0.409,95%CI:0.199~0.842,P=0.015)、HSPB1(HR=1.842,95%CI:1.022~3.320,P=0.042)、FTH1(HR=1.708,95%CI:1.131~2.580,P=0.011)。其中,HSPB1、FTH1为高风险基因,PHKG2为保护基因。与正常样本对比,PHKG2在喉癌样本中低表达,HSPB1、FTH1在喉癌样本中高表达。该模型预测喉癌患者术后1、2、3年生存率的ROC曲线下面积分别为0.657、0.691、0.770。且随时间延长,该模型的敏感度、特异度逐渐升高。结论基于TCGA数据库共筛选出3个铁死亡基因(PHKG2、HSPB1、FTH1)与喉癌预后相关,基于以上铁死亡基因构建的模型可较好地预测喉癌患者预后。 展开更多
关键词 喉癌 铁死亡基因 预后 美国癌症基因组图谱数据库 模型
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生物钟基因在腹部恶性肿瘤组织中的表达差异 被引量:5
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作者 邱梦君 熊枝繁 +3 位作者 何晓晓 毕柠瑞 汪朦朦 杨盛力 《山东医药》 CAS 2018年第48期13-16,共4页
目的探讨生物钟基因在腹部恶性肿瘤组织中的表达差异。方法利用癌症基因组图谱数据库对14个生物钟基因(Per1、Per2、Per3、Cry1、Cry2、Timeless、CLOCK、BMAL1、NPAS2、NR1D1、NR1D2、DEC1、DEC2和RORA)的RNA-Seq在6种腹部恶性肿瘤(肝... 目的探讨生物钟基因在腹部恶性肿瘤组织中的表达差异。方法利用癌症基因组图谱数据库对14个生物钟基因(Per1、Per2、Per3、Cry1、Cry2、Timeless、CLOCK、BMAL1、NPAS2、NR1D1、NR1D2、DEC1、DEC2和RORA)的RNA-Seq在6种腹部恶性肿瘤(肝癌、胃癌、胰腺癌、肾癌、直肠癌、结肠癌)组织及邻近正常组织中的表达进行分析,用Bioconductor的edgeR去标准化RNA-Seq数据。结果 14个生物钟基因在6种腹部恶性肿瘤组织中均低表达。与邻近正常组织比较,肝癌组织Cry2、CLOCK、Timeless、NPAS2、NR1D1、DEC1、DEC2、RORA基因低表达(P均<0. 05),肾癌组织Per1、Per2、Cry1、Cry2、CLOCK、Timeless、NPAS2、NR1D1、NR1D2、DEC2、RORA基因低表达(P均<0. 05),结肠癌组织Per1、Per2、Per3、Cry1、Cry2、Timeless、BMAL1、NR1D2、DEC1、DEC2、RORA基因低表达(P均<0. 05),直肠癌组织Per1、Per3、Cry1、Cry2、CLOCK、BMAL1、NPAS2、NR1D1、DEC2、RORA基因低表达(P均<0. 05),胃癌组织Per1、Per3、Cry2、CLOCK、Timeless、BMAL1、NPAS2基因低表达(P均<0. 05)。结论生物钟基因在腹部恶性肿瘤组织中低表达,并且在不同类型腹部恶性肿瘤组织中表达亦存在一定差异。 展开更多
关键词 腹部恶性肿瘤 生物钟基因 昼夜节律 癌症基因组图谱数据库
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肺鳞癌免疫基因组学分型及预测模型构建 被引量:2
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作者 林雪莲 肖又德 +4 位作者 陈祥 余雷 缪洪涛 郑永法 戈伟 《生物医学工程与临床》 CAS 2021年第6期749-756,共8页
目的通过基因组学分析建立肺鳞癌免疫分型,并进一步探索其临床应用价值。方法通过检索下载分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中所有肺鳞癌数据包括患者基因表达谱及临床数据(检索时间:建库到2021年1月4日),通过单样本基因集富集分析(ssGS... 目的通过基因组学分析建立肺鳞癌免疫分型,并进一步探索其临床应用价值。方法通过检索下载分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中所有肺鳞癌数据包括患者基因表达谱及临床数据(检索时间:建库到2021年1月4日),通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)对患者进行分组,利用基因表达数据估算恶性肿瘤组织中的基质细胞和免疫细胞占比(ESTIMATE)及通过估计RNA转录本的识别细胞类型(CIBERSORT)分别评估各样本中肿瘤微环境的组成及免疫细胞数量;套索算法(LASSO)筛选并构建预测模型。结果纳入501例肺鳞癌患者进行分析。其中男性371例,女性130例;平均年龄67.2岁(标准差8.6岁)。病理分期:Ⅰ期244例,Ⅱ期162例,Ⅲ期84例,Ⅳ期75例,分期不明5例。77例没有吸烟史,424例有吸烟史。白种人349例,黑种人30例,亚洲人种9例,不明113例。依据ssGSEA将患者分为高、中、低免疫组,中/高免疫组所包含的免疫细胞、基质细胞数量、大部分人类白细胞抗原(HLA)基因表达及程序性死亡受体-1(PD-L1)基因表达较低免疫组高;基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析主要集中于细胞免疫功能。同时基于LASSO分析筛选获得了HLA-A和HLA-E,并构建了生存分析预测模型。结论高/中免疫组肺鳞癌患者具有较高的免疫原性及抗肿瘤免疫活性。同时基于LASSO筛选的HLA-A和HLA-E及据此构建的生存风险模型具有较强预测肺鳞癌患者的预后能力,可为肺鳞癌免疫治疗的研究提供参考依据。 展开更多
关键词 肺鳞癌 癌症基因组图谱(TCGA)数据库 免疫分型 套索算法(LASSO) 预后
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食管癌甲基化驱动基因的筛选、功能及调控通路分析 被引量:3
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作者 谢俞宁 仵红娇 +3 位作者 杨振邦 高慧 侯俊志 张雪梅 《山东医药》 CAS 2019年第12期18-21,共4页
目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组。使用R语言Methyl Mix包综合分析两... 目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组。使用R语言Methyl Mix包综合分析两组患者的基因表达数据和DNA甲基化数据。R语言Methyl Mix包定义肿瘤组和对照组甲基化平均值的差值倍数为差异甲基化值(DM值),Spearman相关分析法分析基因表达与甲基化相关性,以|DM值|>0、|相关系数(Cor)|>0. 3为截断值筛选甲基化驱动基因。使用在线分析软件DAVID 6. 8(https://david. ncifcrf. gov/)对食管癌甲基化驱动基因进行基因本体(GO)功能富集分析。使用在线数据库KOBAS 3. 0(http://kobas. cbi. pku. edu. cn/)对食管癌甲基化驱动基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果筛选得到88个食管癌甲基化驱动基因,其中74(84. 1%)个为高甲基化驱动基因,14个为低甲基化驱动基因。最可能发生甲基化的食管癌甲基化驱动基因有Makorin环指蛋白3(MKRN3)基因、人Fermitin家族同系物3(FERMT3)基因、含V-Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2)基因等。在分子功能层面,食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合、转录因子活性、序列特异性、核酸结合;在生物学过程层面,食管癌甲基化驱动基因影响了转录调控、DNA模板化;在细胞成分层面,食管癌甲基化驱动基因影响了核组分、胞内组分。锌指蛋白家族如ZNF582、ZNF69、ZKSCAN7、ZNF583、ZNF568、ZNF454、ZNF790、ZNF880等和SOX1基因被富集在了多个GO中。食管癌甲基化驱动基因主要参与了乙醛酸和二羧酸代谢通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路,碳代谢通路及谷胱甘肽代谢通路的调控。结论食管癌甲基化驱动基因有88个,以高甲基化驱动基因为主;最可能发生甲基化调控的食管癌甲基化驱动基因有MKRN3基因、FERMT3基因、VSIG2基因等;食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合等分子功能,转录调控、DNA模板化等生物学过程,核组分、胞内组分等细胞成分;食管癌甲基化驱动基因主要调控代谢相关的多个通路。 展开更多
关键词 食管癌 DNA甲基化 甲基化驱动基因 癌症和肿瘤基因图谱数据库 基因本体功能 京都基因基因组百科全书
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加权基因共表达网络分析筛胃癌相关分子
9
作者 肖又德 郑永法 戈伟 《中国医药导报》 CAS 2021年第17期8-12,24,F0003,共7页
目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出与胃癌发生、预后相关的分子,为胃癌的治疗和预后判断提供参考依据。方法从TCGA数据库中下载胃癌患者基因表达谱和临床数据,检索时间为建库至2020年11月14日。采用WGCNA方法对胃癌患者进行... 目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出与胃癌发生、预后相关的分子,为胃癌的治疗和预后判断提供参考依据。方法从TCGA数据库中下载胃癌患者基因表达谱和临床数据,检索时间为建库至2020年11月14日。采用WGCNA方法对胃癌患者进行基因表达分析;筛选出核心靶基因并分析其功能,利用ONCOMINE和GEO数据库进行验证。结果共纳入359例胃癌患者。BLUE模块与胃癌发生、预后相关,CDC5L为核心靶基因,CDC5L与胃癌发生、预后相关。ONCOMINE数据库验证结果显示,癌组织中CDC5L表达量高于癌旁组织(P<0.01);GEO数据库验证结果显示,低表达CDC5L患者预后更好。结论CDC5L基因与胃癌发生和患者生存相关,可为胃癌发生、转移和治疗的研究提供参考依据。 展开更多
关键词 胃癌 癌症基因组图谱数据库 CDC5L 加权基因共表达网络分析
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基于加权基因表达网络和LASSO回归筛选骨肉瘤预后和转移相关基因
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作者 张毅 姚士军 刘朝旭 《生物医学工程与临床》 CAS 2022年第3期351-358,共8页
目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)方法筛选出与骨肉瘤转移和预后相关的基因,为骨肉瘤患者是否发生转移及其预后提供参考依据。方法利用UCSC Xena网站下载癌症基因组图谱-产生有效治疗方法研究项目... 目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)方法筛选出与骨肉瘤转移和预后相关的基因,为骨肉瘤患者是否发生转移及其预后提供参考依据。方法利用UCSC Xena网站下载癌症基因组图谱-产生有效治疗方法研究项目(TCGA-TARGET)骨肉瘤患者基因表达谱和临床相关资料(检索时间:建库至2021年5月31日),数据库内含有84例骨肉瘤患者,其中男性37例,女性47例;平均年龄14.99岁(标准差7.80岁)。采用WGCNA和LASSO对84例骨肉瘤患者基因表达谱进行分析并筛选与预后和骨肉瘤转移相关基因;利用ONCOMINE数据库(检索时间:建库至2021年5月31日)进行外部验证。采用基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析筛选模块涉及功能和通路,基因组富集分析(GSEA)分析核心基因所涉及通路。结果通过WGCNA筛选一共获得67个模块,其中深蓝模块为核心模块,对深蓝模块中所包含的214基因进行LASSO分析,结合蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析和复杂分子关联分析(MOCDE)得分,筛选出线粒体核糖体蛋白48基因(MRPL48)、核糖体RNA加工8基因(RRP8)、核糖体RNA加工9基因(RRP9)作为核心靶基因。利用受试者工作特性(ROC)曲线分析核心基因预测骨肉瘤转移概率,结果提示RRP8,曲线下面积(AUC)=0.504,P=0.955;RRP9,AUC=0.509,P=0.913;MRPL48,AUC=0.663,P=0.025。可以明确MRPL48在骨肉瘤患者中的表达高低与其发生、预后明确相关。结论基于WGCNA并结合LASSO、PPI、MOCDE方法共同筛选获得的MRPL48与骨肉瘤发生和患者生存相关,可为骨肉瘤发生、转移和治疗的研究提供参考依据。 展开更多
关键词 骨肉瘤 癌症基因组图谱数据库 线粒体核糖体蛋白48基因(MRPL48) 加权基因共表达网络分析
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富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4在胃癌组织中的表达及临床意义
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作者 李引 林青雨 +2 位作者 钱辰 周侦 翟二涛 《消化肿瘤杂志(电子版)》 2024年第3期327-333,共7页
目的探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4(leucine-rich repeat and fibronectin typeⅢdomain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系。方法收集2017年1月... 目的探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4(leucine-rich repeat and fibronectin typeⅢdomain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系。方法收集2017年1月至12月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本8对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取2004年1月至2005年12月在同一中心行手术治疗的117例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片。分析LRFN4在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4在8对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4在胃癌组织芯片中的表达。分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异。应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4表达水平的胃癌患者的预后情况。应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素。结果LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态。LRFN4高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95%CI 2.273~6.686,P<0.001)。结论胃癌组织中LRFN4高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一。 展开更多
关键词 胃癌 富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白4 癌症基因组图谱数据库 生物标志物 胃癌预后
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基于生物信息学分析FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌中的表达及其临床意义
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作者 侯丽艳 贾如江 +1 位作者 尹清臣 王景梅 《消化肿瘤杂志(电子版)》 2020年第3期197-202,共6页
目的探讨FBXO45蛋白变异对胰腺导管腺癌预后的影响,FBXO45蛋白参与胰腺导管腺癌发生发展的可能作用机制。方法GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在不同肿瘤中的表达,UALCAN在线分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异... 目的探讨FBXO45蛋白变异对胰腺导管腺癌预后的影响,FBXO45蛋白参与胰腺导管腺癌发生发展的可能作用机制。方法GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在不同肿瘤中的表达,UALCAN在线分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,进一步GEPIA数据库扩大正常胰腺组织对比标本数目,分析FBXO45 mRNA在胰腺导管腺癌中与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45基因表达与胰腺导管腺癌患者无病生存期(Disease-free survival,DFS、总生存期(Overall Survival,OS)的关系。Human Protein Atlas数据库中确定FBXO45蛋白在细胞中的定位表达,并检索FBXO45蛋白在胰腺导管腺癌与正常胰腺组织中的表达差异,分析FBXO45蛋白的表达与胰腺导管腺癌患者生存的关系。在cBioPortal数据库中检索FBXO45基因在胰腺癌中的改变,并分析FBXO45基因变异与胰腺导管腺癌预后的关系。从String数据库中分析FBXO45蛋白在信号转导中关系密切的蛋白网络,探讨可能的作用机制。结果GEPIA数据库在线分析FBXO45 mRNA在24种恶性肿瘤中的表达不同,胰腺导管腺癌组织FBXO45基因的表达明显高于正常胰腺组织(P<0.05),FBXO45 mRNA表达水平与胰腺癌患者的无病生存期(DFS)、总生存期(OS)显著相关(P<0.05)。Human Protein Atlas数据库分析结果显示,FBXO45蛋白主要表达于细胞的细胞质中,FBXO45蛋白在胰腺癌组织中显著表达增高(P<0.05),通过生存分析进一步证明高表达FBXO45蛋白的胰腺导管腺癌患者总生存期较差(P<0.05)。在cBioPortal数据库中分析显4%(7/175)的胰腺导管腺癌患者表现出FBXO45基因改变,FBXO45基因变异的患者总生存预后较差(P<0.05)。String数据库显示在PPI网络中与FBXO45蛋白相互作用的蛋白有MYCBP2、TP73、SKP1、CUL1、SPRYD3、KCTD6、MAP3K12、MPP3、UNC13A、UNC13B等。结论FBXO45蛋白在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关。FBXO45基因变异的患者总生存预后较差。FBXO45基因变异的患者总生存预后较差,与FBXO45相互作用比较密切的前3位蛋白有MYCBP2、TP73、SKP1,FBXO45蛋白参与蛋白质泛素化途径,是蛋白质修饰的一部分,推测FBXO45通过基因变异、促进蛋白泛素化,在胰腺癌的发生发展中起重要作用,影响其预后。 展开更多
关键词 胰腺癌 美国癌症基因组图谱数据库 人类蛋白质图谱数据库 cBioPortal数据库
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纤维连接蛋白1在胃癌中的表达及临床意义 被引量:6
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作者 孙阳 赵春临 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第6期629-633,共5页
目的纤维连接蛋白1(FN1)参与癌症发生发展的机制尚不清楚。文章旨在研究FN1在胃癌组织中的表达和临床病理意义,并探讨FN1作用机制。方法采用人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载 GSE54129、GSE29272 ... 目的纤维连接蛋白1(FN1)参与癌症发生发展的机制尚不清楚。文章旨在研究FN1在胃癌组织中的表达和临床病理意义,并探讨FN1作用机制。方法采用人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载 GSE54129、GSE29272 和 TCGA 数据分析胃癌与癌旁组织 FN1 的表达。根据 TCGA 表达谱数据及 FN1 表达分为:低表达(<-0.475)、中表达(-0.475~1.036)、高表达(>1.036)。分析 FN1在胃癌组织中的表达和临床病理关系;应用 TCGA数据和Kaplan Meier在线分析FN1的表达水平与胃癌患者的预后关系;TCGA数据采用基因集富集分析(GSEA)方法预测FN1的相关通路。结果 FN1低、中、高表达的中位生存时间分别为 63.5、55.7和 39.4个月,低表达和高表达者中位生存时间差异具有统计学意义(P<0.01)。Kaplan-Meier Plotter 在线数据集分析结果显示,FN1 高表达者中位生存时间短于低表达者(P< 0.01),即FN1表达越高,预后越差。FN1的表达是胃癌患者的独立预后因素(HR=0.480,95%CI:0.336~0.686)。FN1高表达样本富集到KRAS(FDR=0.0025)、P53(FDR=0.0052)、TGF-β(FDR=0.0052)、细胞黏附(FDR=0.0)、细胞外基质(FDR=0.0043)、骨架蛋白调控(FDR=0.0057)等基因集(P均<0.01)。结论 FN1的高表达是胃癌预后不良的因素,可作为预测胃癌转移和预后的有效生物标志物。FN1高表达导致KRAS、P53、TGF-β、ECM、细胞黏附和细胞骨架蛋白调节通路异常可能是其作用机制。 展开更多
关键词 胃癌 人类肿瘤相关基因表达汇编数据库 癌症基因组图谱数据库 纤维连接蛋白1 预后 基因
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基于TCGA分析肝细胞癌组织miR-5003-3p表达变化及其与患者预后的关系
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作者 别蓓蓓 白宏 +1 位作者 方欢乐 吴梦迪 《山东医药》 CAS 2021年第35期6-9,共4页
目的分析肝细胞癌(HCC)组织中miR-5003-3p的表达变化,探讨其与患者临床参数、预后的关系。方法利用癌症基因图谱(TCGA)数据库下载375例份HCC组织样本和50例份癌旁组织样本的微小RNA(miRNAs)测序数据,并收集375例患者的临床资料。采用生... 目的分析肝细胞癌(HCC)组织中miR-5003-3p的表达变化,探讨其与患者临床参数、预后的关系。方法利用癌症基因图谱(TCGA)数据库下载375例份HCC组织样本和50例份癌旁组织样本的微小RNA(miRNAs)测序数据,并收集375例患者的临床资料。采用生物信息学方法观察miR-5003-3p在HCC组织中的表达变化,分析其与患者临床参数的相关性。通过绘制受试者工作特征(ROC)曲线评估miR-5003-3p在HCC预后判断中的价值,运用COX比例风险回归模型分析miR-5003-3p对患者预后的影响。结果HCC组织(375例份)和癌旁组织(50例份)中miR-5003-3p相对表达量分别为0.432±0.429、0.160±0.233,二者比较P<0.01;配对的HCC组织和癌旁组织(各49例份)中miR-5003-3p相对表达量分别为0.547±0.491、0.163±0.233,二者比较P<0.01。375例HCC患者根据miR-5003-3p表达中位数分为高表达组187例、低表达组187例。miR-5003-3p表达与T分期(OR=1.955)、病理分期(OR=1.763)和肿瘤状态(OR=1.659)有显著相关性(P均<0.05)。高表达组10年总生存期(OS)、疾病特异生存期(DSS)和无进展间隔期(PFI)均显著低于低表达组(P均<0.01)。ROC曲线结果显示,miR-5003-3p预测HCC患者1、3、5年OS的曲线下面积(AUC)分别为0.655、0.627、0.586,预测HCC患者1、3、5年DSS的AUC分别为0.720、0.640、0.582,预测HCC患者1、3、5年PFI的AUC分别为0.581、0.614、0.644。miR-5003-3p表达升高(HR=1.788,P=0.017)是影响HCC患者OS的独立危险因素。结论HCC组织miR-5003-3p表达升高,miR-5003-3p异常高表达是HCC患者预后不良的独立危险因素,并对患者预后具有良好的预测价值。 展开更多
关键词 肝细胞癌 miR-5003-3p 生物信息学 癌症基因图谱数据库 预后
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基于转录组学膀胱癌临床预后模型的构建 被引量:1
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作者 陈遒 蔡良良 梁景岩 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期79-86,共8页
目的:筛选膀胱癌预后相关基因,建立膀胱癌预后评分模型。方法:通过UCSC Xena平台下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因型和基因表达量关联数据库(GTEx)中406例膀胱癌患者的临床信息和膀胱癌组织RNA测序数据,以及28名健康对照者正常膀... 目的:筛选膀胱癌预后相关基因,建立膀胱癌预后评分模型。方法:通过UCSC Xena平台下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因型和基因表达量关联数据库(GTEx)中406例膀胱癌患者的临床信息和膀胱癌组织RNA测序数据,以及28名健康对照者正常膀胱组织RNA测序数据。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单因素Cox回归分析、LASSO回归分析和多因素Cox回归分析筛选膀胱癌预后相关基因并建立预后模型,结合Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线(ROC曲线)验证模型的准确性。结果:分析得到膀胱癌相关差异表达基因共2308个。WGCNA拟合得到6个基因模块,筛选出对膀胱癌预后有显著作用的基因829个。运用单因素Cox回归与LASSO回归分析筛选出24个与膀胱癌患者预后相关的基因,多因素Cox回归分析训练集数据得到9个作为独立预测因子的基因,分别是ADCY9、MAFG_DT、EMP1、CAST、PCOLCE2、LTBP1、CSPG4、NXPH4、SLC1A6,以此建立膀胱癌患者预后预测模型。训练集中高风险组和低风险组3年存活率分别为31.814%和59.821%,测试集中高风险组和低风险组3年存活率分别为32.745%和68.932%,模型预测训练集和测试集患者预后的ROC曲线下面积均在0.7以上。结论:本研究建立的模型对膀胱癌高风险和低风险人群的生存情况具有较好的预测能力。 展开更多
关键词 膀胱肿瘤 预后 转录组学 癌症基因组图谱数据库 基因型和基因表达量关联数据库 加权基因共表达网络分析 回归分析
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