随着二代测序技术的快速发展,数据量不断累积,肿瘤学家的目光逐渐由多物种测序转移至高通量测序数据的分析和比对。基因数据分析方法层出不穷,高通量的组学分析手段不断优化和创新,基因数据的挖掘和分析工作正处于飞速发展的时期。以肿...随着二代测序技术的快速发展,数据量不断累积,肿瘤学家的目光逐渐由多物种测序转移至高通量测序数据的分析和比对。基因数据分析方法层出不穷,高通量的组学分析手段不断优化和创新,基因数据的挖掘和分析工作正处于飞速发展的时期。以肿瘤病人样本为核心的数据库The Cancer Genome Atlas (TCGA)由此应运而生,该数据库全方位记录了从临床肿瘤病人样本得到的基因数据如DNA序列、转录本信息、表观遗传学修饰等。本文主要从数据分析方法、TCGA数据库及其应用实例等3个方面详细介绍了肿瘤相关基因数据的深入挖掘和生物信息学分析方法的最新研究进展,以期为研究人员利用大数据发现肿瘤防治相关的新靶点提供借鉴和参考。展开更多
目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系。方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及...目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系。方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及Spliceseq数据库452例胃癌及配对癌旁样本的剪接百分比数据。在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载包含192例胃癌患者转录组芯片数据的数据集GSE15459。利用ConcensusClusterPlus包对样本的可变剪接数据进行分型,通过竞争性基因集测试算法(Competitive Gene Set Test Accounting for Inter-gene Correlation,CAMERA)和基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)对样本进行通路和基因集分析。采用CIBERSORT方法,通过反卷积分析胃癌样本的免疫微环境情况。结果·经过滤,纳入445例胃癌及配对癌旁组织正常样本进行分析,共涉及4051个基因和8649个剪接事件。胃癌组织与癌旁正常组织相比,有大量异常剪接事件发生。基于胃癌的不同可变剪接事件频率,将胃癌分为4个亚型。亚型间的T分期、M分期、患病年龄、Lauren分型、病理分期和组织学分型等临床特征比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。4个亚型各自有不同的肿瘤标志特征和微环境状态。亚型与特定剪接因子的高表达有关(log2FC>1且FDR<0.05),且核心剪接因子的基因集表达与肿瘤的抗原提呈过程有潜在的重要关联(Pearson R=0.44,P=0.000)。结论·胃癌可变剪接事件的变化和胃癌的临床表型与肿瘤微环境密切相关。剪接因子的表达水平主导可变剪接水平的变化。剪接因子有望成为胃癌分型的标志物以及改善免疫治疗效果的重要靶点。展开更多
2024年2月9日,浙江大学药学院/良渚实验室平渊教授团队在《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)在线刊登了题为“An oncolytic virus-T cell chimera for cancer immunotherapy”(DOI:10.1038/s41587-023-02118-7)的研究论文,...2024年2月9日,浙江大学药学院/良渚实验室平渊教授团队在《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)在线刊登了题为“An oncolytic virus-T cell chimera for cancer immunotherapy”(DOI:10.1038/s41587-023-02118-7)的研究论文,报道了一种名为ONCOTECH(溶瘤病毒-T细胞嵌合体)的递送技术,用以同时增强溶瘤病毒的靶向输送和改善肿瘤微环境。研究人员首先构建了一种能够编码CRISPR-Cas9基因编辑器的溶瘤腺病毒,并使用含有特定抗原表达的生物膜对该溶瘤腺病毒进行包被,最后通过T细胞受体与生物膜上的抗原结合,将膜包被的基因编辑溶瘤腺病毒(命名为eOA)装载至T淋巴细胞表面。该研究发现,T淋巴细胞能够增强eOA的实体瘤靶向输送,并通过携带的基因编辑器能够靶向破坏肿瘤内的免疫抑制细胞中的PD-L1基因,从而逆转肿瘤微环境的免疫抑制作用,改善肿瘤微环境,同时增强溶瘤病毒的肿瘤溶解作用和过继T细胞对肿瘤细胞的杀伤。研究结果表明,ONCOTECH能够有效地抑制多种类型肿瘤生长,并能够诱导长期抗肿瘤免疫记忆,防止肿瘤复发。展开更多
文摘随着二代测序技术的快速发展,数据量不断累积,肿瘤学家的目光逐渐由多物种测序转移至高通量测序数据的分析和比对。基因数据分析方法层出不穷,高通量的组学分析手段不断优化和创新,基因数据的挖掘和分析工作正处于飞速发展的时期。以肿瘤病人样本为核心的数据库The Cancer Genome Atlas (TCGA)由此应运而生,该数据库全方位记录了从临床肿瘤病人样本得到的基因数据如DNA序列、转录本信息、表观遗传学修饰等。本文主要从数据分析方法、TCGA数据库及其应用实例等3个方面详细介绍了肿瘤相关基因数据的深入挖掘和生物信息学分析方法的最新研究进展,以期为研究人员利用大数据发现肿瘤防治相关的新靶点提供借鉴和参考。
文摘目的·基于癌症基因组图谱数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)探讨胃癌可变剪接与肿瘤免疫的关系。方法·下载TCGA数据库中375例胃癌患者及32例配对癌旁正常组织的转录组、基因组数据和所有纳入研究的胃癌患者的临床信息,以及Spliceseq数据库452例胃癌及配对癌旁样本的剪接百分比数据。在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载包含192例胃癌患者转录组芯片数据的数据集GSE15459。利用ConcensusClusterPlus包对样本的可变剪接数据进行分型,通过竞争性基因集测试算法(Competitive Gene Set Test Accounting for Inter-gene Correlation,CAMERA)和基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)对样本进行通路和基因集分析。采用CIBERSORT方法,通过反卷积分析胃癌样本的免疫微环境情况。结果·经过滤,纳入445例胃癌及配对癌旁组织正常样本进行分析,共涉及4051个基因和8649个剪接事件。胃癌组织与癌旁正常组织相比,有大量异常剪接事件发生。基于胃癌的不同可变剪接事件频率,将胃癌分为4个亚型。亚型间的T分期、M分期、患病年龄、Lauren分型、病理分期和组织学分型等临床特征比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。4个亚型各自有不同的肿瘤标志特征和微环境状态。亚型与特定剪接因子的高表达有关(log2FC>1且FDR<0.05),且核心剪接因子的基因集表达与肿瘤的抗原提呈过程有潜在的重要关联(Pearson R=0.44,P=0.000)。结论·胃癌可变剪接事件的变化和胃癌的临床表型与肿瘤微环境密切相关。剪接因子的表达水平主导可变剪接水平的变化。剪接因子有望成为胃癌分型的标志物以及改善免疫治疗效果的重要靶点。
文摘2024年2月9日,浙江大学药学院/良渚实验室平渊教授团队在《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)在线刊登了题为“An oncolytic virus-T cell chimera for cancer immunotherapy”(DOI:10.1038/s41587-023-02118-7)的研究论文,报道了一种名为ONCOTECH(溶瘤病毒-T细胞嵌合体)的递送技术,用以同时增强溶瘤病毒的靶向输送和改善肿瘤微环境。研究人员首先构建了一种能够编码CRISPR-Cas9基因编辑器的溶瘤腺病毒,并使用含有特定抗原表达的生物膜对该溶瘤腺病毒进行包被,最后通过T细胞受体与生物膜上的抗原结合,将膜包被的基因编辑溶瘤腺病毒(命名为eOA)装载至T淋巴细胞表面。该研究发现,T淋巴细胞能够增强eOA的实体瘤靶向输送,并通过携带的基因编辑器能够靶向破坏肿瘤内的免疫抑制细胞中的PD-L1基因,从而逆转肿瘤微环境的免疫抑制作用,改善肿瘤微环境,同时增强溶瘤病毒的肿瘤溶解作用和过继T细胞对肿瘤细胞的杀伤。研究结果表明,ONCOTECH能够有效地抑制多种类型肿瘤生长,并能够诱导长期抗肿瘤免疫记忆,防止肿瘤复发。
