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番茄斑驳花叶病毒海南分离物全基因组序列分析
1
作者
刘晓璇
李威霖
+1 位作者
张彤
周国辉
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2019年第1期139-144,共6页
本研究采用小RNA深度测序及RT-PCR检测技术鉴定海南省陵水县冬种番茄(圣女果)病株受到烟草花叶病毒属的番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)侵染。通过机械摩擦接种,将该病原病毒保存于本生烟植株上,命名为番茄斑驳花...
本研究采用小RNA深度测序及RT-PCR检测技术鉴定海南省陵水县冬种番茄(圣女果)病株受到烟草花叶病毒属的番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)侵染。通过机械摩擦接种,将该病原病毒保存于本生烟植株上,命名为番茄斑驳花叶病毒海南分离物(ToMMV-HN)。采用RT-PCR分段扩增获得了该病毒分离物的全基因组序列。测序结果表明,该病毒分离物基因组全长6399 nt,含有4个开放阅读框,编码4种蛋白,与已报道的ToMMV9个分离物核苷酸和编码产物氨基酸序列相似性分别为98.0%～100%和99.2%～100%;与同属的番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus,ToMV)、番茄棕色皱果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,TBRFV)和烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)代表分离物核苷酸序列相似性分别为84.7%、80.7%和79.0%。系统进化分析结果表明,ToMMV-HN与该病毒中国西藏和云南辣椒分离物亲缘关系最近,与美国加州和南卡州番茄分离物次之,与西班牙和巴西番茄分离物亲缘关系相对较远。本研究为我国番茄病毒病诊断和防控,尤其是抗病品种选育提供了基础资料。
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关键词
番茄斑驳花叶
病毒
小RNA
深度测序
病毒基因组序列
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职称材料
番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道
被引量：
3
2
作者
汤亚飞
李正刚
+4 位作者
佘小漫
于琳
蓝国兵
李战彪
何自福
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期219-225,共7页
番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病...
番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%~99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号:MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020与该病毒各分离物亲缘关系均较近,与中国辽宁分离物亲缘关系最近。利用ToMMV的PCR特异引物对广东其他6个市采集的67份辣椒疑似病毒病样品进行检测,结果均为阴性,这说明ToMMV目前还是局部危害广东省辣椒。本文是首次报道在广东发现ToMMV,对监测ToMMV在我国的扩散具有重要意义。
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关键词
番茄斑驳花叶
病毒
辣椒
分子鉴定
病毒基因组序列
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职称材料
种禽场A亚群禽白血病病原学调查及分离株遗传进化分析
被引量：
11
3
作者
冯敏
谭利强
+5 位作者
代曼曼
郝建勇
秦建如
黄小容
廖明
曹伟胜
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期11-15,共5页
【目的】了解广东地区种禽场A亚群禽白血病病毒(ALV-A)流行情况.【方法】从A、B、C、D 4个种禽场采集1 561份血浆样品,接种DF-1细胞,培养7 d后通过ELISA方法对细胞上清液进行p27抗原检测,通过PCR、间接免疫荧光试验2种方法对p27抗原阳...
【目的】了解广东地区种禽场A亚群禽白血病病毒(ALV-A)流行情况.【方法】从A、B、C、D 4个种禽场采集1 561份血浆样品,接种DF-1细胞,培养7 d后通过ELISA方法对细胞上清液进行p27抗原检测,通过PCR、间接免疫荧光试验2种方法对p27抗原阳性样品进行鉴定.【结果和结论】从4个种禽场共检出71份阳性样品,外源性禽白血病病毒分离阳性率为4.6%.其中,仅从C种禽场分离到2株ALV-A,命名为GD13-1和GD13-2,前病毒全基因序列分别为7 721和7 715 bp,且GD13-2与J亚群禽白血病病毒混合感染.与国内外其他ALV-A的LTR、gp85核苷酸序列进行分析比对,发现该研究分离的2株ALV-A与国内A亚群分离株SDAU09E2相似度最高,其中与LTR相似性分别为96.9%、97.2%,与gp85相似性分别为98.4%、98.7%;与广东地区5年前ALV-A分离株GD08的LTR核苷酸序列相似性分别为88.9%、89.5%,与gp85相似性分别为98.5%、98.8%.调查结果表明,广东地区部分种禽场内仍然存在ALV-A感染,但ALV-A已经不是流行毒株,且变异程度不大.
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关键词
种禽场
A亚群禽白血病
病毒
前
病毒
全
基因组
序列
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职称材料
题名
番茄斑驳花叶病毒海南分离物全基因组序列分析
1
作者
刘晓璇
李威霖
张彤
周国辉
机构
华南农业大学农学院
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2019年第1期139-144,共6页
基金
农业农村部农作物病虫鼠害疫情监测与防治项目(No.101821301082351010)
文摘
本研究采用小RNA深度测序及RT-PCR检测技术鉴定海南省陵水县冬种番茄(圣女果)病株受到烟草花叶病毒属的番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)侵染。通过机械摩擦接种,将该病原病毒保存于本生烟植株上,命名为番茄斑驳花叶病毒海南分离物(ToMMV-HN)。采用RT-PCR分段扩增获得了该病毒分离物的全基因组序列。测序结果表明,该病毒分离物基因组全长6399 nt,含有4个开放阅读框,编码4种蛋白,与已报道的ToMMV9个分离物核苷酸和编码产物氨基酸序列相似性分别为98.0%～100%和99.2%～100%;与同属的番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus,ToMV)、番茄棕色皱果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,TBRFV)和烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)代表分离物核苷酸序列相似性分别为84.7%、80.7%和79.0%。系统进化分析结果表明,ToMMV-HN与该病毒中国西藏和云南辣椒分离物亲缘关系最近,与美国加州和南卡州番茄分离物次之,与西班牙和巴西番茄分离物亲缘关系相对较远。本研究为我国番茄病毒病诊断和防控,尤其是抗病品种选育提供了基础资料。
关键词
番茄斑驳花叶
病毒
小RNA
深度测序
病毒基因组序列
Keywords
Tomato mottle mosaic virus
siRNA sequencing
virus genome sequence
分类号
S436.412 [农业科学]
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职称材料
题名
番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道
被引量：
3
2
作者
汤亚飞
李正刚
佘小漫
于琳
蓝国兵
李战彪
何自福
机构
广东省农业科学院植物保护研究所
广西壮族自治区农业科学院植物保护研究所
出处
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期219-225,共7页
基金
广东省现代农业产业技术体系果菜创新团队建设项目(2021KJ110)
广西作物病虫害生物学重点实验室基金(20-065-30-KF-06)
+2 种基金
广东省现代农业产业共性关键技术研发创新团队建设项目(2021KJ134)
科技创新战略专项资金(高水平农科院建设)(R2019PY-JX005)
广东省农业科学院“十四五”学科团队建设项目(202105TD)。
文摘
番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%~99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号:MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020与该病毒各分离物亲缘关系均较近,与中国辽宁分离物亲缘关系最近。利用ToMMV的PCR特异引物对广东其他6个市采集的67份辣椒疑似病毒病样品进行检测,结果均为阴性,这说明ToMMV目前还是局部危害广东省辣椒。本文是首次报道在广东发现ToMMV,对监测ToMMV在我国的扩散具有重要意义。
关键词
番茄斑驳花叶
病毒
辣椒
分子鉴定
病毒基因组序列
Keywords
tomato mottle mosaic virus
pepper
molecular identification
virus genome sequence
分类号
S436.412.11 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
在线阅读
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职称材料
题名
种禽场A亚群禽白血病病原学调查及分离株遗传进化分析
被引量：
11
3
作者
冯敏
谭利强
代曼曼
郝建勇
秦建如
黄小容
廖明
曹伟胜
机构
华南农业大学兽医学院/农业部兽用疫苗创制重点实验室
出处
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期11-15,共5页
基金
农业部公益性行业科研专项(201203055)
广东省自然科学基金(S20110100001946)
+1 种基金
国家肉鸡产业技术体系(nycytx-42-G3-03)
广东省科技计划项目(2012A020100001)
文摘
【目的】了解广东地区种禽场A亚群禽白血病病毒(ALV-A)流行情况.【方法】从A、B、C、D 4个种禽场采集1 561份血浆样品,接种DF-1细胞,培养7 d后通过ELISA方法对细胞上清液进行p27抗原检测,通过PCR、间接免疫荧光试验2种方法对p27抗原阳性样品进行鉴定.【结果和结论】从4个种禽场共检出71份阳性样品,外源性禽白血病病毒分离阳性率为4.6%.其中,仅从C种禽场分离到2株ALV-A,命名为GD13-1和GD13-2,前病毒全基因序列分别为7 721和7 715 bp,且GD13-2与J亚群禽白血病病毒混合感染.与国内外其他ALV-A的LTR、gp85核苷酸序列进行分析比对,发现该研究分离的2株ALV-A与国内A亚群分离株SDAU09E2相似度最高,其中与LTR相似性分别为96.9%、97.2%,与gp85相似性分别为98.4%、98.7%;与广东地区5年前ALV-A分离株GD08的LTR核苷酸序列相似性分别为88.9%、89.5%,与gp85相似性分别为98.5%、98.8%.调查结果表明,广东地区部分种禽场内仍然存在ALV-A感染,但ALV-A已经不是流行毒株,且变异程度不大.
关键词
种禽场
A亚群禽白血病
病毒
前
病毒
全
基因组
序列
Keywords
breeder farm
subgroup A avian leukosis virus
proviral genome sequence
分类号
S855.3 [农业科学—临床兽医学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
番茄斑驳花叶病毒海南分离物全基因组序列分析
刘晓璇
李威霖
张彤
周国辉
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2019
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道
汤亚飞
李正刚
佘小漫
于琳
蓝国兵
李战彪
何自福
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
种禽场A亚群禽白血病病原学调查及分离株遗传进化分析
冯敏
谭利强
代曼曼
郝建勇
秦建如
黄小容
廖明
曹伟胜
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
11
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