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宏基因组二代测序技术在淋巴结结核诊断中的应用价值
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作者 林婷 俞跃辉 +4 位作者 罗佳磊 颜心怡 黄向韵 张莹 杨高怡 《浙江临床医学》 2025年第3期427-428,共2页
目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在淋巴结结核诊断中的应用价值。方法选取2022年10月至2023年7月颈部淋巴结肿大并疑似淋巴结结核患者80例,在超声引导下对肿大淋巴结进行穿刺,对组织分别进行培养、Xpert检测,mNGS,以病理诊断为金标准,... 目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在淋巴结结核诊断中的应用价值。方法选取2022年10月至2023年7月颈部淋巴结肿大并疑似淋巴结结核患者80例,在超声引导下对肿大淋巴结进行穿刺,对组织分别进行培养、Xpert检测,mNGS,以病理诊断为金标准,比较三种检测方法的敏感度、特异度、阴性预测值、阳性预测值。结果根据临床诊断标准明确感染为淋巴结结核61例,非淋巴结结核15例,诊断不明4例。以临床诊断结果为标准,mNGS、常规培养和Xpert检测诊断淋巴结结核的敏感度分别为86.9%、39.3%、62.2%,阴性预测值分别为65.2%、28.8%、39.4%,阳性预测值及特异性均为100%。mNGS敏感度高于Xpert检测和培养(P<0.05)。结论相比于传统病原体检测方式,mNGS诊断淋巴结结核敏感度更高,能检测到其他潜在病原微生物。mNGS对淋巴结结核疑似病例快速诊断具有潜在有效性。 展开更多
关键词 淋巴结 结核 基因组
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宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中的临床价值研究
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作者 詹莉琼 杨菊菊 +2 位作者 卢晏民 李艳丽 崔杰 《罕少疾病杂志》 2025年第3期62-63,96,共3页
目的 探讨并分析经皮肺穿刺组织宏基因组二代测序技术对不明原因肺部感染患者病原学诊断的临床价值。方法 收集2020年12月至2022年12月期间,在我院接受CT引导下经皮肺穿刺活检并结合m NGS检测的100例肺部感染患者的临床资料。患者根据... 目的 探讨并分析经皮肺穿刺组织宏基因组二代测序技术对不明原因肺部感染患者病原学诊断的临床价值。方法 收集2020年12月至2022年12月期间,在我院接受CT引导下经皮肺穿刺活检并结合m NGS检测的100例肺部感染患者的临床资料。患者根据是否患有基础性疾病被分为两组,对比两组间m NGS与传统检测方法在病原体检出阳性率及采信率等方面的差异,并分析不同类型病原体的m NGS检测阳性率。结果 在纳入的100例病例中,m NGS的阳性检测率为100%,显著高于常规检测方法的73%(P<0.05)。两组患者中,m NGS检测病原体的阳性率均显著高于常规检测(P<0.05)。此外,m NGS的临床采信率同样高于常规检测(P<0.05),而有基础疾病组与无基础疾病组间采信率无显著差异(P>0.05)。m NGS在检测各种病原体方面的效率均超过常规方法(P<0.05),特别是对真菌、结核分枝杆菌和混合感染的检出效率显著提升(P<0.001)。结论 对于不明原因的肺部感染,采用组织m NGS检测显示出较高的阳性检出率和采信率,显著增强了对多种病原体的检测能力,特别是对真菌、结核分枝杆菌及混合感染病原体的检测,具有显著的临床应用潜力。 展开更多
关键词 基因组 常规检方法 基础疾病 不同病原 肺部感染
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二代高通量测序技术在发酵蔬菜微生物菌群研究中的应用
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作者 萨仁高娃 陈莹 +5 位作者 刁楠 丁芸 谢好 邝咏曦 胡文忠 冯可 《食品安全质量检测学报》 2025年第1期207-215,共9页
发酵蔬菜被认为是营养价值较高、对健康有益的食品之一。深入研究发酵过程的微生物菌群构成,对探索发酵蔬菜优势微生物菌种资源和提高发酵蔬菜风味品质具有重要意义。本文综述了二代高通量测序技术在发酵蔬菜微生物菌群构成分析中的应用... 发酵蔬菜被认为是营养价值较高、对健康有益的食品之一。深入研究发酵过程的微生物菌群构成,对探索发酵蔬菜优势微生物菌种资源和提高发酵蔬菜风味品质具有重要意义。本文综述了二代高通量测序技术在发酵蔬菜微生物菌群构成分析中的应用,重点介绍了不同种类发酵蔬菜中微生物菌群演替规律分析,Alpha多样性分析、Beta多样性分析、功能注释分析(京都基因和基因组数据库代谢通路注释、直系同源簇注释、基因本体数据库注释)、功能注释Network分析及环境因子关联分析的研究进展。基于目前研究现状,本文提出应将二代高通量测序技术与转录组学、蛋白组学、代谢组学等组学技术联合应用,明确微生物功能性与发酵蔬菜颜色、风味和质地品质等相关性,挖掘具有优质发酵蔬菜导向性的新的微生物菌种资源,为我国传统发酵蔬菜向标准化、产业化、现代化转型提供了理论依据。 展开更多
关键词 发酵蔬菜 微生物 多样性分析 基因组
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宏基因组二代测序在儿童中枢神经系统感染中的应用价值
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作者 南在元 冯德琳 +1 位作者 王春雨 石佳慧 《中国医药科学》 2025年第2期8-11,共4页
目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在儿童中枢神经系统感染中的价值。方法选择2023年1月至2024年5月首都医科大学附属北京儿童医院黑龙江医院收治的45例疑似中枢神经系统感染的患儿,收集脑脊液6 ml,分别进行mNGS与常规检测后进行比较。结... 目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在儿童中枢神经系统感染中的价值。方法选择2023年1月至2024年5月首都医科大学附属北京儿童医院黑龙江医院收治的45例疑似中枢神经系统感染的患儿,收集脑脊液6 ml,分别进行mNGS与常规检测后进行比较。结果经过mNGS技术检测,成功识别出共计26例可疑病原体,同时,脑脊液微生物培养技术检测出3例疑似存在的可疑病原体。在诊断中枢神经系统感染性疾病方面,mNGS组的灵敏度、准确度以及阴性预测值均高于微生物培养组,差异有统计学意义(P<0.05),而mNGS组的特异度及阳性预测值方面均相近于微生物培养组,差异无统计学意义(P>0.05)。结论在评估儿童中枢神经系统感染的诊断时,相较于脑脊液微生物培养检查,mNGS的优势显著,但仍应结合多种检验方法综合判断,以达到准确判断的目的。 展开更多
关键词 儿童 基因组 感染 中枢神经系统
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肺泡灌洗液快速现场评价联合宏基因组二代测序在重症肺炎患者中的应用价值
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作者 刘亚萌 李冠英 +3 位作者 刘翠 朱劲松 张胜利 梁希军 《临床误诊误治》 2025年第1期45-49,共5页
目的探讨肺泡灌洗液快速现场评价(ROSE)联合宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺炎患者中的应用价值。方法筛选2021年10月至2024年4月治疗的94例重症肺炎患者进行前瞻性研究,随机分为对照组(常规病原学检查)47例与观察组(ROSE联合mNGS技术... 目的探讨肺泡灌洗液快速现场评价(ROSE)联合宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺炎患者中的应用价值。方法筛选2021年10月至2024年4月治疗的94例重症肺炎患者进行前瞻性研究,随机分为对照组(常规病原学检查)47例与观察组(ROSE联合mNGS技术进行病原学检查)47例,均给予抗生素治疗。记录2组肺泡灌洗液有效病原体检出率、抗生素应用情况、发热时间、机械通气时间、住重症监护室时间,比较2组入院第1、4、7天临床肺部感染评分(CPIS)以及血清C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)水平。结果观察组肺泡灌洗液有效病原体检出率为97.87%(46/47),高于对照组的59.57%(28/47,P<0.05),且观察组可检出病毒及不常见病原体(如鹦鹉热衣原体、结核分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌)。与对照组比较,观察组抗生素使用时间、发热时间、机械通气时间、住重症监护室时间均较短,抗生素使用种类及调整频次较少(P<0.05)。2组入院第4、7天CPIS及血清CRP、PCT水平均较入院第1天降低,且随着治疗时间的增加而降低(P<0.05);与对照组比较,观察组入院第4、7天CPIS及外周血CRP、PCT水平均降低(P<0.05)。结论ROSE联合mNGS技术在重症肺炎患者中有较高的应用价值,可提高病原学检出率,及时明确病原体,从而快速指导临床精准治疗。 展开更多
关键词 重症肺炎 快速现场评价 基因组 病原 肺泡灌洗液 临床肺部感染评分 C反应蛋白 降钙素原
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宏基因组二代测序在骨关节感染病原学诊断中的应用价值
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作者 宋燕华 周子博 闫亚芳 《河南医学研究》 CAS 2024年第24期4471-4474,共4页
目的 分析宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染病原学诊断中的应用价值。方法 将郑州市骨科医院2020年4月至2023年4月收治的63例疑似骨关节感染患者作为研究对象。均行传统培养法、mNGS检测,以临床综合诊断结果为“金标准”,统计传统培... 目的 分析宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染病原学诊断中的应用价值。方法 将郑州市骨科医院2020年4月至2023年4月收治的63例疑似骨关节感染患者作为研究对象。均行传统培养法、mNGS检测,以临床综合诊断结果为“金标准”,统计传统培养法、mNGS检测骨关节感染的检测结果和检测灵敏度;比较传统培养法、mNGS检测方法鉴定病原菌类型的结果;比较骨关节感染患者不同治疗方案治疗前和治疗后白细胞计数(WBC)、红细胞沉降率(ESR)、C反应蛋白(CRP)变化。结果 63例疑似骨关节感染患者,临床综合诊断确诊阳性41例、阴性22例;传统培养法培养出真阳性25例、真阴性19例;采用mNGS检测出真阳性34例,真阴性20例。mNGS检测灵敏度[82.93%(34/41)]高于传统培养法[60.98%(25/41)](P<0.05)。传统培养法培养出43株病原菌,mNGS检测出51株病原菌,均以金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌为主,其次为阴沟肠杆菌、肠球菌、布氏杆菌、链球菌、结核分枝杆菌。基于mNGS结果的靶向治疗方案治疗后WBC、ESR、CRP水平低于经验性治疗方案(P<0.05)。结论 mNGS检测应用于骨关节感染病原学诊断中,可提高诊断灵敏度,准确鉴定感染病原菌类型,有利于提高抗感染治疗效果。 展开更多
关键词 骨关节感染 基因组 病原
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宏基因组二代测序在肺部感染患者病原微生物检测中的应用价值分析 被引量:7
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作者 李殷康 黎雨 +1 位作者 李文涛 柳广南 《内科》 2021年第3期296-298,307,共4页
目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在肺部感染性疾病诊断中的应用价值。方法选取2019年8月至2020年5月广西医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科收治的肺部感染患者60例作为研究对象,采集患者肺泡灌洗液标本并进行病原微生物mNGS与常... 目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在肺部感染性疾病诊断中的应用价值。方法选取2019年8月至2020年5月广西医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科收治的肺部感染患者60例作为研究对象,采集患者肺泡灌洗液标本并进行病原微生物mNGS与常规涂片+培养检测,评估mNGS的临床应用价值。结果纳入研究的60例患者中,进行mNGS检测,检出病原微生物的患者共50例,检出率为83.33%;进行常规涂片+培养检测,检出病原微生物的患者共14例,检出率为23.33%。对肺部感染患者,进行mNGS检测的病原微生物总检出率显著高于进行常规涂片+培养检测,差异有统计学意义(P<0.05)。结论宏基因组二代测序对肺部感染患者的病原微生物检出率显著高于常规涂片及培养检测,应用价值极高,但检测费用较高,临床上可根据具体情况加以应用。 展开更多
关键词 基因组技术 肺部感染 病原 肺泡灌洗
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宏基因组二代测序及病原微生物芯片辅助诊断起搏器导丝处皮肤破溃感染一例 被引量:1
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作者 李欣昱 刘莹莹 +1 位作者 王禹川 林连君 《中华老年多器官疾病杂志》 2023年第4期290-291,共2页
起搏器囊袋感染是心脏植入装置术后感染类型之一,若不及时处理,会造成血行感染及感染性心内膜炎。尤其对于高龄患者,一旦怀疑起搏器植入感染,亟需引起重视。精准快速的病原学结果对于辅助诊断及调整抗感染方案具有重要意义。本文对1例... 起搏器囊袋感染是心脏植入装置术后感染类型之一,若不及时处理,会造成血行感染及感染性心内膜炎。尤其对于高龄患者,一旦怀疑起搏器植入感染,亟需引起重视。精准快速的病原学结果对于辅助诊断及调整抗感染方案具有重要意义。本文对1例应用宏基因组二代测序技术及病原微生物芯片辅助病原学诊断起搏器导丝处皮肤破溃感染病例进行报道,为临床特殊病原体感染的诊疗提供参考。 展开更多
关键词 老年人 起搏器囊袋感染 基因组 芯片
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宏基因组二代测序在下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液中的病原学诊断价值 被引量:7
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作者 程长昆 姜长舟 《安徽医学》 2024年第3期326-330,共5页
目的 比较下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中病原菌的宏基因组二代测序(mNGS)和常规培养检测结果,分析mNGS检出阳性的影响因素和临床意义。方法 回顾性分析2020年4月至2023年3月安庆市望江县医院的130例下呼吸道感染患者的BALF... 目的 比较下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中病原菌的宏基因组二代测序(mNGS)和常规培养检测结果,分析mNGS检出阳性的影响因素和临床意义。方法 回顾性分析2020年4月至2023年3月安庆市望江县医院的130例下呼吸道感染患者的BALF样本,进行mNGS和常规培养检测,比较2种方法的阳性率、病原体分布和一致性,分析mNGS检出阳性与患者临床指标和预后的关系。结果 mNGS检出阳性率为76.9%,常规培养检测阳性率为43.1%,差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS能够检测出更多种类的病原菌,主要为革兰阴性杆菌、真菌和非典型病原体。mNGS与常规培养检测结果在细菌、真菌和非典型病原体方面具有中等一致性,在病毒和寄生虫方面具有较低一致性。mNGS检出阳性与患者年龄、基础疾病、外周血白细胞和C反应蛋白等因素相关,是影响mNGS检出阳性的危险因素。结论 mNGS在下呼吸道感染患者BALF中的病原学诊断优于常规培养检测,能检测出更多和更广的病原菌,有助于下呼吸道感染患者临床合理用药和改善患者预后。 展开更多
关键词 下呼吸道感染 支气管肺泡灌洗液 基因组 病原学诊断
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支气管肺泡灌洗液病原体宏基因组二代测序在下呼吸道感染诊断中的应用价值 被引量:1
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作者 董建 李真真 刘紫霄 《临床误诊误治》 CAS 2024年第20期54-59,共6页
目的 探究支气管肺泡灌洗液(BALF)病原体宏基因组二代测序(mNGS)在下呼吸道感染诊断中的应用价值,以提高下呼吸道感染病原体检测正确率、避免延误治疗。方法 选取2019年1月至2021年12月收治的115例下呼吸道感染患者,采集BALF行mNGS、传... 目的 探究支气管肺泡灌洗液(BALF)病原体宏基因组二代测序(mNGS)在下呼吸道感染诊断中的应用价值,以提高下呼吸道感染病原体检测正确率、避免延误治疗。方法 选取2019年1月至2021年12月收治的115例下呼吸道感染患者,采集BALF行mNGS、传统方法培养。对比分析mNGS与传统方法病原体检出时间、检出病原体分布情况,分析mNGS与传统方法检测结果的一致性,比较mNGS检出阳性与阴性患者临床资料,并行多因素Logistic回归分析mNGS检测结果影响因素。结果 mNGS病原体检出时间明显短于传统方法(P<0.05);mNGS病原体阳性检出率为74.78%高于传统方法检测的36.52%(P<0.01),mNGS细菌菌株阳性检出率高于传统方法(P<0.05,P<0.01);mNGS与传统方法检测结果的一致性Kappa指数为0.295;mNGS检出阳性与阴性患者在抗生素使用、糖皮质激素或免疫抑制剂使用、白细胞计数及C反应蛋白方面比较差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01);多因素Logistic回归分析显示:抗生素使用、糖皮质激素或免疫抑制剂使用、白细胞计数及C反应蛋白与mNGS检测结果无影响(P>0.05)。结论 mNGS能有效提高下呼吸道感染病原体检测正确率,为抗生素精准治疗提供依据,避免延误治疗。 展开更多
关键词 肺部感染 支气管肺泡灌洗液 呼吸道 病原 基因组 影响因素分析 应用价值
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肺泡灌洗液病原微生物宏基因组测序对儿童迁延性肺炎的诊断价值 被引量:1
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作者 谢向锌 黄伟萍 +2 位作者 潘强 屈翔 劳金泉 《浙江临床医学》 2022年第8期1193-1195,共3页
目的 探讨肺泡灌洗液病原微生物宏基因组二代测序(mNGS)对儿童迁延性肺炎病因的诊断价值.方法 选取2019年6月至2021年6月期间诊断为儿童迁延性肺炎的46例患者进行电子支气管镜检查,将肺泡灌洗液进行mNGS检测,同时进行传统病原学培养,比... 目的 探讨肺泡灌洗液病原微生物宏基因组二代测序(mNGS)对儿童迁延性肺炎病因的诊断价值.方法 选取2019年6月至2021年6月期间诊断为儿童迁延性肺炎的46例患者进行电子支气管镜检查,将肺泡灌洗液进行mNGS检测,同时进行传统病原学培养,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的检出结果,以评价mNGS对于迁延性肺炎病因的诊断价值.结果 纳入研究的46例迁延性肺炎的患儿中,通过mNGS检测出病原体41例,阳性率为89.1%,而传统病原学培养检出病原体为21例,阳性率为45.7%;两种检测方法比较,发现mNGS检测技术儿童迁延性肺炎病因的病原学诊断中的灵敏性为100%,准确性为56.52%;对检查前已经使用抗菌药物治疗的40例病例中,mNGS检测方法有较高的阳性检出率,与传统病原学检测方法相比,差异有统计学意义(P<0.05).结论 肺泡灌洗液mNGS检测的结果受抗菌药物暴露的影响小,且在儿童迁延性肺炎病原检测较为敏感、诊断较为准确,可提高儿童迁延性肺炎的病原学诊断率,值得在临床推广. 展开更多
关键词 支气管肺泡灌洗液 迁延性肺炎 病原微生物宏基因组二代测序
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宏基因组二代测序和细胞因子在PD相关腹膜炎早期诊断中的应用 被引量:1
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作者 何萌萌 符姣 +3 位作者 姚玲 邵小淇 李楠 张培 《中国血液净化》 CSCD 2024年第5期351-355,共5页
目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,... 目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,构建相关风险预测模型。方法收集2020年4月─2023年4月就诊于安徽医科大学第一附属医院,符合国际腹膜透透协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准的腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的临床资料,同时将其入院4小时内PD流出液送检mNGS检查及普通培养,并测定上清液中细胞因子水平,比较mNGS检测与实验室微生物培养病原学诊断结果,综合临床意义分为革兰氏阳性菌(G+菌)组、革兰氏阴性菌(G-菌)组和培养阴性(G0)组,比较2组细胞因子水平差异,确认危险因素并构建风险预测模型,同时进行效能检测。结果共50例PD相关腹膜炎患者纳入本研究,mNGS检测中41例患者检出病原体,检测阳性率高于微生物培养(χ^(2)=0.059,P=0.440),mNGS检测时间低于微生物培养(t=5.180,P<0.001)。多因素Logistics回归分析提示PD液中高白细胞介素(IL)10(OR=1.010,95%CI:1.000~1.020,P=0.024)、低IL-6(OR=0.620,95%CI:0.360~0.890,P=0.038)及高血清降钙素原(OR=1.200,95%CI:1.050~1.530,P=0.016)、低C反应蛋白水平(OR=1.014,95%CI:1.010~1.050,P=0.035)为PDAP预测G-菌感染的独立危险因素。ROC曲线及列线图结果显示上述炎症因子联合较单一因子对预测G-菌感染价值更大。结论mNGS在早期快速检测PDAP病原体方面显示了极大的诊断潜力,PD流出液中细胞因子IL-6、IL-10及血清降钙素原、C反应蛋白水平的整合提高了mNGS结果解释的精确度,依据细胞因子构建的风险预测模型可以较好区分不同种类细菌相关PDAP腹膜炎的患者。 展开更多
关键词 腹膜透析 腹膜炎 基因组 分子诊断标志物
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宏基因组二代测序协助诊疗肾移植受者混合感染的分析
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作者 李喆 朱淑华 +2 位作者 王杨 许书添 李世军 《医学研究与战创伤救治》 CAS 北大核心 2024年第7期758-761,共4页
0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病... 0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病情变化动态复查。 展开更多
关键词 基因组技术 肾移植受者 混合感染
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1例鹦鹉热衣原体肺炎的宏基因组二代测序诊断及治疗
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作者 罗干 黄志文 《山东医药》 CAS 2024年第33期71-73,共3页
目的总结鹦鹉热衣原体肺炎的有效诊断及治疗方法。方法对1例鹦鹉热衣原体肺炎患者的诊断及治疗过程作回顾性分析。结果患者,女,56岁,因“发热伴下腹痛9天”入院,胸部CT检查结果提示右肺感染、实变,初步考虑为右肺感染,多为社区获得性肺... 目的总结鹦鹉热衣原体肺炎的有效诊断及治疗方法。方法对1例鹦鹉热衣原体肺炎患者的诊断及治疗过程作回顾性分析。结果患者,女,56岁,因“发热伴下腹痛9天”入院,胸部CT检查结果提示右肺感染、实变,初步考虑为右肺感染,多为社区获得性肺炎。经验性给予环丙沙星和头孢他啶抗感染治疗后,仍有间断发热,并出现肝功能损伤。征得患者家属同意后,行支气管镜检查并取样本进行宏基因组二代测序(mNGS),mNGS检出鹦鹉热衣原体。结合患者临床表现,明确诊断为鹦鹉热衣原体肺炎。立即停用激素,调整使用头孢他啶联合阿奇霉素抗感染治疗,患者症状好转后出院。结论鹦鹉热衣原体肺炎临床表现和影像学检查结果无特异性,mNGS可及时明确诊断,阿奇霉素治疗有效。 展开更多
关键词 衣原体 鹦鹉热衣原体 肺炎 衣原体肺炎 鹦鹉热衣原体肺炎 基因组 阿奇霉素
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脑脊液宏基因组二代测序对临床高度疑似颅内感染病原学诊断的价值 被引量:1
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作者 张业鹏 毛宇径 +3 位作者 谢佳丰 徐东 姜毓敏 张娈娈 《河南医学研究》 CAS 2023年第21期3841-3844,共4页
目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术对临床高度疑似颅内感染病原学诊断的价值。方法回顾性分析2021年9月1日至2022年10月31日就诊于郑州大学第一附属医院急诊重症监护室的30例高度疑似颅内感染患者的病例资料,共留取脑脊液mNGS标... 目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术对临床高度疑似颅内感染病原学诊断的价值。方法回顾性分析2021年9月1日至2022年10月31日就诊于郑州大学第一附属医院急诊重症监护室的30例高度疑似颅内感染患者的病例资料,共留取脑脊液mNGS标本30例,同时进行微生物培养。采集患者病史、体征、实验室及辅助检查结果。分析脑脊液mNGS技术对高度疑似颅内感染病原学诊断的价值。结果脑脊液mNGS总体检测阳性率(43.33%)高于常规培养法(10.00%),mNGS检测时间中位数(36.3 h)低于常规培养(104.2 h),差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS对总体颅内感染特异度为76.92%,灵敏度为58.82%;常规培养对颅内感染特异度为100.00%,灵敏度为17.65%,mNGS对颅内感染预测的灵敏度较常规培养高,且其对于颅内感染的诊断价值较高。结论mNGS能够快速检测脑脊液感染病原体,可为临床早期精准治疗提供重要的病原学依据,且具有较高的诊断价值。 展开更多
关键词 基因组 颅内感染 微生物
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基于宏基因组测序技术对绵羊呼吸道微生物群落的研究
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作者 刘海霞 韩大勇 +5 位作者 闫伟 朱爱文 周明夏 王步忠 吴昊 耿昕之 《中国饲料》 北大核心 2022年第18期31-34,共4页
试验采用宏基因组测序技术对4例呼吸道症状发病绵羊(试验组)和4例健康绵羊(对照组)的鼻拭子样本进行高通量测序,分析不同样品间微生物菌群结构功能差异。结果发现,试验组物种注释上,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门占主导地位;... 试验采用宏基因组测序技术对4例呼吸道症状发病绵羊(试验组)和4例健康绵羊(对照组)的鼻拭子样本进行高通量测序,分析不同样品间微生物菌群结构功能差异。结果发现,试验组物种注释上,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门占主导地位;功能注释上,信号传导、氨基酸代谢所含基因数量最多;抗性基因注释上,葡萄球菌和埃希氏杆菌属耐药基因分布最广存在于8个样品中,耐药基因novA、antibiotic、msbA、Mycobacterium、macB广泛存在于除了样品D1以外的其他样品中。发病绵羊呼吸道微生物菌群结构较为复杂,呼吸道菌群结构变化对绵羊机体发病影响显著。 展开更多
关键词 绵羊 基因组 病原微生物 高通量 群落结构
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宏基因组二代测序技术在鉴别儿童肠道病原菌与耐药菌中的应用研究
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作者 李小梅 《当代医药论丛》 2023年第5期129-131,共3页
目的:研究宏基因组二代测序技术在鉴别儿童肠道病原菌与耐药菌中的临床应用价值。方法:选取2020年10月至2022年5月郴州市第一人民医院收治的600例腹泻患儿,连续采集其自住院第一天起至出院期间每天的粪便标本,并尽量采集其痊愈出院后的... 目的:研究宏基因组二代测序技术在鉴别儿童肠道病原菌与耐药菌中的临床应用价值。方法:选取2020年10月至2022年5月郴州市第一人民医院收治的600例腹泻患儿,连续采集其自住院第一天起至出院期间每天的粪便标本,并尽量采集其痊愈出院后的粪便一次,以便于进行连续观察。以宏基因组二代测序技术对患儿的标本进行检测,并对其进行药敏试验。统计分析粪便培养和药敏试验的结果。结果:600例腹泻患儿的粪便标本中共分离出病原菌52株,检出率为8.67%。其中主要病原菌有志贺菌属(8株)、大肠埃希菌(6株)、沙门菌属(6株)、变形杆菌属(6株)、肠球菌属(6株)。药敏试验显示,以上5种主要病原菌对亚胺培南的耐药性最低,其次是头孢哌酮、哌拉西林他唑巴坦。结论:借助宏基因组二代测序技术在儿童肠道病原菌检测中发现儿童感染性腹泻病原菌以革兰阴性菌为主,临床治疗时应合理使用抗生素,避免产生耐药性。 展开更多
关键词 基因组技术 儿童 肠道病原 耐药菌
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二代测序技术在外源性眼内炎患者病原微生物检测中的应用 被引量:5
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作者 郝昕蕾 张依 +2 位作者 李雪杰 金玮 杨安怀 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2021年第8期750-754,共5页
目的探讨二代测序技术在外源性眼内炎患者病原微生物检测中的应用。方法对2018年11月至2019年11月于武汉大学人民医院眼科中心就诊的21例(21眼)外源性眼内炎患者的临床特征和病原学结果进行分析。眼外伤史14例,内眼手术史7例。所有患者... 目的探讨二代测序技术在外源性眼内炎患者病原微生物检测中的应用。方法对2018年11月至2019年11月于武汉大学人民医院眼科中心就诊的21例(21眼)外源性眼内炎患者的临床特征和病原学结果进行分析。眼外伤史14例,内眼手术史7例。所有患者入院时均已完善相关检查并接受手术,术中尽可能清除前房及玻璃体内脓性病灶,并留存病灶样本(前房标本2份,玻璃体标本19份),通过宏基因组二代测序技术检测病原体和病原体培养两种方法对标本进行检测。对患者入院视力和末次随访视力行配对样本的非参数检验。对二代测序和病原体培养两种方法检出病原体阳性率差异行卡方检验。结果14例外源性眼内炎患者可观察到前房积脓或玻璃体内脓性病灶;21例患者中,20例患者眼内感染均得到有效控制,眼球得以保留。与入院视力相比,患者末次随访视力提高,差异有统计学意义(P=0.006)。二代测序技术检测病原体阳性率为95.24%(20/21),病原体培养阳性率为42.86%(9/21),二者差异有统计学意义(P<0.001)。病原体培养阳性的9例标本均检出单种病原体;利用二代测序方法检测,13例标本检出单种病原体,7例标本检出两种病原体。结论结合使用二代测序技术与传统的培养手段,利于检出外源性眼内炎中病原微生物,指导临床诊疗。 展开更多
关键词 外源性眼内炎 基因组/ 病原体培养 玻璃体液/房水
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宏基因二代测序技术在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用 被引量:11
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作者 张安兵 袁小玲 +3 位作者 夏秀琼 吕燕华 张丹丹 梁剑平 《山东医药》 CAS 2022年第3期16-19,共4页
目的观察宏基因二代测序技术(mNGS)在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用效果。方法112例重症肺炎患者随机分为实验组和对照组,患者均行肺泡灌洗术;实验组灌洗液送mNGS检测,对照组灌洗液行一般细菌、真菌培养;两组均根据病原体... 目的观察宏基因二代测序技术(mNGS)在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用效果。方法112例重症肺炎患者随机分为实验组和对照组,患者均行肺泡灌洗术;实验组灌洗液送mNGS检测,对照组灌洗液行一般细菌、真菌培养;两组均根据病原体检测结果调整抗感染方案。比较两组病原体检出率、抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、住院费用、临床疗效、病死率。结果实验组病原体检出率高于对照组(χ;=23.59,P<0.05);实验组抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、住院费用少于对照组(P均<0.05);实验组临床疗效高于对照组(χ;=3.895,P=0.048);实验组病死率低于对照组,但差异无统计学意义(χ;=1.037,P=0.308)。结论mNGS可提高重症肺炎病原体的检出率;对重症肺炎患者,根据mNGS的病原体检测结果调整制定治疗方案,可缩短抗生素使用时间、机械通气时间、住院时间,减少住院费用,提高治疗效果。 展开更多
关键词 基因 病原 肺炎病原 病原体诊断 肺炎
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隐球菌脑膜炎患者脑脊液宏基因组二代测序结果分析 被引量:13
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作者 葛瑛 范思远 +8 位作者 陈健华 申奥 窦洪涛 肖盟 徐英春 宫燕萍 任海涛 吴红龙 关鸿志 《协和医学杂志》 CSCD 2019年第6期605-611,共7页
目的评价脑脊液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在隐球菌脑膜炎诊断中的潜在应用价值。方法回顾性收集北京协和医院2014年1月至2016年12月采用脑脊液mNGS技术辅助确诊的6例隐球菌脑膜炎患者临床资料... 目的评价脑脊液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在隐球菌脑膜炎诊断中的潜在应用价值。方法回顾性收集北京协和医院2014年1月至2016年12月采用脑脊液mNGS技术辅助确诊的6例隐球菌脑膜炎患者临床资料,包括脑脊液常规、生化、细胞学、培养、墨汁染色等实验室检测结果,应用BGISEQ-100测序平台进行脑脊液病原测序,综合分析患者的临床、实验室和辅助检查结果。结果6例患者中,男性4例,女性2例,年龄26~53岁,中位年龄51岁。6例患者均无免疫缺陷性疾病,有头痛、脑膜刺激症状及颅内压增高表现,5例患者出现发热,2例患者出现复视。脑脊液常规检查示白细胞和蛋白轻度升高,糖正常或轻度降低;5例患者脑脊液墨汁染色阳性,4例患者脑脊液隐球菌抗原检测阳性,2例患者脑脊液真菌培养阳性。脑脊液mNGS检测隐球菌核酸序数为108~25361,基因覆盖率0.19%~29.00%;5例提示新型隐球菌感染,其中3例经PCR检测证实为新型隐球菌感染;1例提示格特隐球菌感染,经生物质谱仪检测证实为格特隐球菌感染。结论脑脊液mNGS技术可准确判断隐球菌感染,并对鉴别格特隐球菌具有一定优势,有助于降低免疫功能正常人群隐球菌脑膜炎的漏诊率。 展开更多
关键词 基因组 隐球菌 脑膜炎 脑脊液 诊断
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