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病原宏基因组测序DNA检测流程性能验证及结果分析
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作者 杨尚栋 肖洋 +3 位作者 习文 刘哲 王方 王晓琴 《西安交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期162-168,共7页
目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建... 目的 建立病原宏基因组测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)DNA检测流程的性能验证方案。方法 设计参考品并收集临床样本,从检测限、重复性、稳健性、抗干扰能力、特异性和准确性等维度评价mNGS分析性能,以及对不同建库方式及测序仪性能参数进行评估。结果 参考品内各物种均能稳定检出,mNGS检测限为(5.0E+02)CFU/mL(copies/mL)。重复性符合率100%,批内变异系数(coefficient of variation, CV)介于8.53%~38.73%。病原投入浓度与检出序列数的线性相关系数|r|>0.9,mNGS检测系统具有良好的稳定性。抗干扰实验结果显示,人源核酸浓度越高,mNGS检出病原序列数越少。近缘物种检出序列数比值与实际病原浓度比值接近,具有良好的检测特异性。零病原投入组D0检测结果为阴性。临床样本病原检出准确率为90.9%(10/11)。自动化移液工作站与手工建库的文库质控结果均合格。三台测序仪运行性能参数均满足或优于出厂标准。结论 初步建立了包含参考品设计、不同建库方式比较和测序仪性能参数评价等多方面在内的mNGS DNA检测流程的性能验证方案,可用于mNGS临床实验室分析性能评价及实验过程中的质量保障。 展开更多
关键词 病原基因组(mngs) DNA检 性能验证 参考品
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宏基因组测序技术(mNGS)对肺泡灌洗液病原的诊断价值
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作者 李加雄 金晓菲 卢惠伦 《当代医药论丛》 2024年第4期116-120,共5页
目的:本研究旨在评估宏基因组测序技术(mNGS)在肺泡灌洗液样本中用于病原体检测的诊断价值,比较其与传统方法的检出率,并分析mNGS检测结果对肺部感染患者临床治疗的指导作用。方法:研究纳入2021年5月至2023年5月期间收治的86例行支气管... 目的:本研究旨在评估宏基因组测序技术(mNGS)在肺泡灌洗液样本中用于病原体检测的诊断价值,比较其与传统方法的检出率,并分析mNGS检测结果对肺部感染患者临床治疗的指导作用。方法:研究纳入2021年5月至2023年5月期间收治的86例行支气管肺泡灌洗的肺部感染患者为研究对象。对所有患者的灌洗液均实施mNGS检测和传统方法检测。以最终诊断结果为“金标准”,比较两种检测方法的阳性检出率,并对比mNGS阳性组与阴性组患者的预后指标。结果:最终诊断结果为阳性65例,阴性21例,其中混合感染共计49例;共检出164株病原体,其中耶氏肺孢子菌、结核分枝杆菌比例为13/7。mNGS的总检测准确率明显高于传统检测方法(P<0.05);在耶氏肺孢子菌检测准确率的比较上,mNGS检测的准确率明显高于传统检测方法(P<0.05),但在结核分枝杆菌检测准确率的比较上,mNGS与传统检测方法无明显差异(P>0.05);在真菌、细菌混合感染的检测准确率比较上,mNGS检测明显高于传统检测方法(P<0.05)。在抗生素调整率、CRP水平、平均住院时间、机械通气时间等预后指标的比较上,mNGS阳性组与阴性组比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论:mNGS技术在肺泡灌洗液样本中用于病原体检测具有较高的诊断价值,能够提高阳性检出率并对肺部感染患者的临床治疗产生积极的指导作用,有助于改善患者预后。 展开更多
关键词 基因组技术 肺泡灌洗液 病原体检 阳性检出率 预后
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宏基因组测序技术在重症感染疾病中的应用进展
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作者 徐柳炎 钟娟 《中国社区医师》 2025年第2期6-8,共3页
宏基因组测序(mNGS)技术可通过检测患者的核酸样本,快速、客观地识别多种病原微生物,协助临床精准定位靶向病原体,在重症感染性疾病患者病原微生物检测中具有较高的应用价值。该文对近年来mNGS技术在重症感染性疾病中的相关研究进行综述... 宏基因组测序(mNGS)技术可通过检测患者的核酸样本,快速、客观地识别多种病原微生物,协助临床精准定位靶向病原体,在重症感染性疾病患者病原微生物检测中具有较高的应用价值。该文对近年来mNGS技术在重症感染性疾病中的相关研究进行综述,特别是呼吸系统、中枢神经系统、血流感染及消化系统感染等领域的应用研究,以期为临床重症感染性疾病的诊治提供参考。 展开更多
关键词 基因组技术 重症感染 研究进展
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宏基因组二代测序技术在淋巴结结核诊断中的应用价值
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作者 林婷 俞跃辉 +4 位作者 罗佳磊 颜心怡 黄向韵 张莹 杨高怡 《浙江临床医学》 2025年第3期427-428,共2页
目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在淋巴结结核诊断中的应用价值。方法选取2022年10月至2023年7月颈部淋巴结肿大并疑似淋巴结结核患者80例,在超声引导下对肿大淋巴结进行穿刺,对组织分别进行培养、Xpert检测,mNGS,以病理诊断为金标准,... 目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在淋巴结结核诊断中的应用价值。方法选取2022年10月至2023年7月颈部淋巴结肿大并疑似淋巴结结核患者80例,在超声引导下对肿大淋巴结进行穿刺,对组织分别进行培养、Xpert检测,mNGS,以病理诊断为金标准,比较三种检测方法的敏感度、特异度、阴性预测值、阳性预测值。结果根据临床诊断标准明确感染为淋巴结结核61例,非淋巴结结核15例,诊断不明4例。以临床诊断结果为标准,mNGS、常规培养和Xpert检测诊断淋巴结结核的敏感度分别为86.9%、39.3%、62.2%,阴性预测值分别为65.2%、28.8%、39.4%,阳性预测值及特异性均为100%。mNGS敏感度高于Xpert检测和培养(P<0.05)。结论相比于传统病原体检测方式,mNGS诊断淋巴结结核敏感度更高,能检测到其他潜在病原微生物。mNGS对淋巴结结核疑似病例快速诊断具有潜在有效性。 展开更多
关键词 淋巴结 结核 基因组二代
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宏基因组二代测序在儿童中枢神经系统感染中的应用价值
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作者 南在元 冯德琳 +1 位作者 王春雨 石佳慧 《中国医药科学》 2025年第2期8-11,共4页
目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在儿童中枢神经系统感染中的价值。方法选择2023年1月至2024年5月首都医科大学附属北京儿童医院黑龙江医院收治的45例疑似中枢神经系统感染的患儿,收集脑脊液6 ml,分别进行mNGS与常规检测后进行比较。结... 目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在儿童中枢神经系统感染中的价值。方法选择2023年1月至2024年5月首都医科大学附属北京儿童医院黑龙江医院收治的45例疑似中枢神经系统感染的患儿,收集脑脊液6 ml,分别进行mNGS与常规检测后进行比较。结果经过mNGS技术检测,成功识别出共计26例可疑病原体,同时,脑脊液微生物培养技术检测出3例疑似存在的可疑病原体。在诊断中枢神经系统感染性疾病方面,mNGS组的灵敏度、准确度以及阴性预测值均高于微生物培养组,差异有统计学意义(P<0.05),而mNGS组的特异度及阳性预测值方面均相近于微生物培养组,差异无统计学意义(P>0.05)。结论在评估儿童中枢神经系统感染的诊断时,相较于脑脊液微生物培养检查,mNGS的优势显著,但仍应结合多种检验方法综合判断,以达到准确判断的目的。 展开更多
关键词 儿童 基因组二代 感染 中枢神经系统
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肺泡灌洗液快速现场评价联合宏基因组二代测序在重症肺炎患者中的应用价值
6
作者 刘亚萌 李冠英 +3 位作者 刘翠 朱劲松 张胜利 梁希军 《临床误诊误治》 2025年第1期45-49,共5页
目的探讨肺泡灌洗液快速现场评价(ROSE)联合宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺炎患者中的应用价值。方法筛选2021年10月至2024年4月治疗的94例重症肺炎患者进行前瞻性研究,随机分为对照组(常规病原学检查)47例与观察组(ROSE联合mNGS技术... 目的探讨肺泡灌洗液快速现场评价(ROSE)联合宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺炎患者中的应用价值。方法筛选2021年10月至2024年4月治疗的94例重症肺炎患者进行前瞻性研究,随机分为对照组(常规病原学检查)47例与观察组(ROSE联合mNGS技术进行病原学检查)47例,均给予抗生素治疗。记录2组肺泡灌洗液有效病原体检出率、抗生素应用情况、发热时间、机械通气时间、住重症监护室时间,比较2组入院第1、4、7天临床肺部感染评分(CPIS)以及血清C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)水平。结果观察组肺泡灌洗液有效病原体检出率为97.87%(46/47),高于对照组的59.57%(28/47,P<0.05),且观察组可检出病毒及不常见病原体(如鹦鹉热衣原体、结核分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌)。与对照组比较,观察组抗生素使用时间、发热时间、机械通气时间、住重症监护室时间均较短,抗生素使用种类及调整频次较少(P<0.05)。2组入院第4、7天CPIS及血清CRP、PCT水平均较入院第1天降低,且随着治疗时间的增加而降低(P<0.05);与对照组比较,观察组入院第4、7天CPIS及外周血CRP、PCT水平均降低(P<0.05)。结论ROSE联合mNGS技术在重症肺炎患者中有较高的应用价值,可提高病原学检出率,及时明确病原体,从而快速指导临床精准治疗。 展开更多
关键词 重症肺炎 快速现场评价 基因组二代 病原 肺泡灌洗液 临床肺部感染评分 C反应蛋白 降钙素原
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宏基因组二代测序在骨关节感染病原学诊断中的应用价值
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作者 宋燕华 周子博 闫亚芳 《河南医学研究》 CAS 2024年第24期4471-4474,共4页
目的 分析宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染病原学诊断中的应用价值。方法 将郑州市骨科医院2020年4月至2023年4月收治的63例疑似骨关节感染患者作为研究对象。均行传统培养法、mNGS检测,以临床综合诊断结果为“金标准”,统计传统培... 目的 分析宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染病原学诊断中的应用价值。方法 将郑州市骨科医院2020年4月至2023年4月收治的63例疑似骨关节感染患者作为研究对象。均行传统培养法、mNGS检测,以临床综合诊断结果为“金标准”,统计传统培养法、mNGS检测骨关节感染的检测结果和检测灵敏度;比较传统培养法、mNGS检测方法鉴定病原菌类型的结果;比较骨关节感染患者不同治疗方案治疗前和治疗后白细胞计数(WBC)、红细胞沉降率(ESR)、C反应蛋白(CRP)变化。结果 63例疑似骨关节感染患者,临床综合诊断确诊阳性41例、阴性22例;传统培养法培养出真阳性25例、真阴性19例;采用mNGS检测出真阳性34例,真阴性20例。mNGS检测灵敏度[82.93%(34/41)]高于传统培养法[60.98%(25/41)](P<0.05)。传统培养法培养出43株病原菌,mNGS检测出51株病原菌,均以金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌为主,其次为阴沟肠杆菌、肠球菌、布氏杆菌、链球菌、结核分枝杆菌。基于mNGS结果的靶向治疗方案治疗后WBC、ESR、CRP水平低于经验性治疗方案(P<0.05)。结论 mNGS检测应用于骨关节感染病原学诊断中,可提高诊断灵敏度,准确鉴定感染病原菌类型,有利于提高抗感染治疗效果。 展开更多
关键词 骨关节感染 基因组二代 病原
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宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中的临床价值研究
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作者 詹莉琼 杨菊菊 +2 位作者 卢晏民 李艳丽 崔杰 《罕少疾病杂志》 2025年第3期62-63,96,共3页
目的 探讨并分析经皮肺穿刺组织宏基因组二代测序技术对不明原因肺部感染患者病原学诊断的临床价值。方法 收集2020年12月至2022年12月期间,在我院接受CT引导下经皮肺穿刺活检并结合m NGS检测的100例肺部感染患者的临床资料。患者根据... 目的 探讨并分析经皮肺穿刺组织宏基因组二代测序技术对不明原因肺部感染患者病原学诊断的临床价值。方法 收集2020年12月至2022年12月期间,在我院接受CT引导下经皮肺穿刺活检并结合m NGS检测的100例肺部感染患者的临床资料。患者根据是否患有基础性疾病被分为两组,对比两组间m NGS与传统检测方法在病原体检出阳性率及采信率等方面的差异,并分析不同类型病原体的m NGS检测阳性率。结果 在纳入的100例病例中,m NGS的阳性检测率为100%,显著高于常规检测方法的73%(P<0.05)。两组患者中,m NGS检测病原体的阳性率均显著高于常规检测(P<0.05)。此外,m NGS的临床采信率同样高于常规检测(P<0.05),而有基础疾病组与无基础疾病组间采信率无显著差异(P>0.05)。m NGS在检测各种病原体方面的效率均超过常规方法(P<0.05),特别是对真菌、结核分枝杆菌和混合感染的检出效率显著提升(P<0.001)。结论 对于不明原因的肺部感染,采用组织m NGS检测显示出较高的阳性检出率和采信率,显著增强了对多种病原体的检测能力,特别是对真菌、结核分枝杆菌及混合感染病原体的检测,具有显著的临床应用潜力。 展开更多
关键词 基因组二代 常规检方法 基础疾病 不同病原 肺部感染
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宏基因组二代测序在下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液中的病原学诊断价值 被引量:5
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作者 程长昆 姜长舟 《安徽医学》 2024年第3期326-330,共5页
目的 比较下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中病原菌的宏基因组二代测序(mNGS)和常规培养检测结果,分析mNGS检出阳性的影响因素和临床意义。方法 回顾性分析2020年4月至2023年3月安庆市望江县医院的130例下呼吸道感染患者的BALF... 目的 比较下呼吸道感染患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中病原菌的宏基因组二代测序(mNGS)和常规培养检测结果,分析mNGS检出阳性的影响因素和临床意义。方法 回顾性分析2020年4月至2023年3月安庆市望江县医院的130例下呼吸道感染患者的BALF样本,进行mNGS和常规培养检测,比较2种方法的阳性率、病原体分布和一致性,分析mNGS检出阳性与患者临床指标和预后的关系。结果 mNGS检出阳性率为76.9%,常规培养检测阳性率为43.1%,差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS能够检测出更多种类的病原菌,主要为革兰阴性杆菌、真菌和非典型病原体。mNGS与常规培养检测结果在细菌、真菌和非典型病原体方面具有中等一致性,在病毒和寄生虫方面具有较低一致性。mNGS检出阳性与患者年龄、基础疾病、外周血白细胞和C反应蛋白等因素相关,是影响mNGS检出阳性的危险因素。结论 mNGS在下呼吸道感染患者BALF中的病原学诊断优于常规培养检测,能检测出更多和更广的病原菌,有助于下呼吸道感染患者临床合理用药和改善患者预后。 展开更多
关键词 下呼吸道感染 支气管肺泡灌洗液 基因组二代 病原学诊断
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基于宏基因组测序和纯培养技术解析胀袋生抽酱油的微生物类群 被引量:3
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作者 王玉荣 席啦 +3 位作者 易宗伟 付彩霞 葛东颖 郭壮 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期165-170,177,共7页
该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetra... 该研究采用宏基因组测序技术对胀袋生抽酱油微生物类群进行了解析,对其微生物菌株进行了分离鉴定,并对分离株是否可导致酱油胀气进行了验证。宏基因组结果表明,胀袋生抽酱油样品中平均相对含量大于1.0%的微生物主要由嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)、酸鱼联合乳杆菌(Ligilactobacillus acidipiscis)、植物乳植物杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)、棒状腐败乳杆菌(Loigolactobacillus coryniformis)、短促生乳杆菌(Levilactobacillus brevis)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)构成,平均相对含量分别为28.01%、25.50%、9.45%、2.49%、1.83%、1.53%和1.33%;采用纯培养技术,分离出的49株细菌被鉴定为6个属下的11个种,其中枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、破布子联合乳杆菌(Ligilactobacillus pobuzihii)、蛋白原酶腐败乳杆菌(Loigolactobacillus rennini)和L.acidipiscis分离株占总分离株数的39.22%、19.61%、11.76%和9.80%,分离出的2株酵母菌均被鉴定为扣囊复膜酵母(Saccharomycopsis fibuligera);产气验证实验发现,所有分离株均不能单独引起生抽酱油的胀袋现象。由此可见,胀袋生抽酱油具有较高的微生物多样性,在后续研究引入培养组学策略以获得更多的分离株,亦或考虑多菌株的协同作用,对酱油涨袋这一产业问题的解决可能具有积极的意义。 展开更多
关键词 生抽酱油 胀气 基因组 纯培养 微生物
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中枢神经系统感染病原体宏基因组测序试剂性能评估关注点
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作者 包雯 刘容枝 《中国医疗器械杂志》 2024年第3期343-345,共3页
从性能评估的角度,简述中枢神经系统感染病原体宏基因组测序试剂检测的病原体范围、企业参考品的设置、反应体系的研究以及分析性能评估等研究内容的关注点,包括研究方法以及质量控制要求等。该研究意在提高产品研发效率,推动行业发展。
关键词 中枢神经系统感染病原 基因组试剂 分析性能评估
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支气管肺泡灌洗液病原体宏基因组二代测序在下呼吸道感染诊断中的应用价值
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作者 董建 李真真 刘紫霄 《临床误诊误治》 CAS 2024年第20期54-59,共6页
目的 探究支气管肺泡灌洗液(BALF)病原体宏基因组二代测序(mNGS)在下呼吸道感染诊断中的应用价值,以提高下呼吸道感染病原体检测正确率、避免延误治疗。方法 选取2019年1月至2021年12月收治的115例下呼吸道感染患者,采集BALF行mNGS、传... 目的 探究支气管肺泡灌洗液(BALF)病原体宏基因组二代测序(mNGS)在下呼吸道感染诊断中的应用价值,以提高下呼吸道感染病原体检测正确率、避免延误治疗。方法 选取2019年1月至2021年12月收治的115例下呼吸道感染患者,采集BALF行mNGS、传统方法培养。对比分析mNGS与传统方法病原体检出时间、检出病原体分布情况,分析mNGS与传统方法检测结果的一致性,比较mNGS检出阳性与阴性患者临床资料,并行多因素Logistic回归分析mNGS检测结果影响因素。结果 mNGS病原体检出时间明显短于传统方法(P<0.05);mNGS病原体阳性检出率为74.78%高于传统方法检测的36.52%(P<0.01),mNGS细菌菌株阳性检出率高于传统方法(P<0.05,P<0.01);mNGS与传统方法检测结果的一致性Kappa指数为0.295;mNGS检出阳性与阴性患者在抗生素使用、糖皮质激素或免疫抑制剂使用、白细胞计数及C反应蛋白方面比较差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01);多因素Logistic回归分析显示:抗生素使用、糖皮质激素或免疫抑制剂使用、白细胞计数及C反应蛋白与mNGS检测结果无影响(P>0.05)。结论 mNGS能有效提高下呼吸道感染病原体检测正确率,为抗生素精准治疗提供依据,避免延误治疗。 展开更多
关键词 肺部感染 支气管肺泡灌洗液 呼吸道 病原 基因组二代 影响因素分析 应用价值
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基于呼吸道标本靶向宏基因组测序技术的社区获得性肺炎患儿病原学检测结果分析
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作者 蒋艳纯 吕峻峰 李倩倩 《中国社区医师》 2024年第31期74-76,共3页
目的:分析基于呼吸道标本靶向宏基因组测序技术(tNGS)的社区获得性肺炎患儿病原学检测结果。方法:选取2023年6—7月南方医科大学第三附属医院收治的社区获得性肺炎患儿115例作为研究对象,留取痰液、肺泡灌洗液或咽拭子标本行tNGS分析,... 目的:分析基于呼吸道标本靶向宏基因组测序技术(tNGS)的社区获得性肺炎患儿病原学检测结果。方法:选取2023年6—7月南方医科大学第三附属医院收治的社区获得性肺炎患儿115例作为研究对象,留取痰液、肺泡灌洗液或咽拭子标本行tNGS分析,记录标本情况、病原体检出情况,并比较不同年龄患儿病原体检出情况。结果:115例患儿共检测tNGS标本123份,其中8例患儿送检肺泡灌洗液和痰液2种标本,单独痰液标本83份,单独肺泡灌洗液标本5份,咽拭子19份。123份标本中,病原体总检出率为98.37%(121/123),共检出病原体205株,其中以肺炎支原体最多,占比40.00%(82/205)。单一病原体感染检出58份,检出率为47.15%(58/123),其中以肺炎支原体多见,占比75.86%(44/58)。混合病原体感染检出63份,检出率为51.22%(63/123),其中以2种病原体混合感染多见,占比76.19%(48/63)。不同年龄段患儿肺炎链球菌、人呼吸道合胞病毒、博卡病毒、副流感病毒、肺炎支原体检出率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。其中肺炎链球菌以1~<3岁检出率较高,人呼吸道合胞病毒以<1岁、1~<3岁检出率较高,博卡病毒、副流感病毒以1~<3岁检出率较高,肺炎支原体检出率随年龄增长呈上升趋势。结论:社区获得性肺炎患儿tNGS病原体检出率较高,其中混合感染占比较高,不同年龄段患儿原体感染有所差异,需根据儿童感染特点积极开展早期病原学检测,为临床诊疗提高依据。 展开更多
关键词 社区获得性肺炎 肺炎支原体 合胞病毒 呼吸道标本靶向基因组技术
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宏基因组二代测序和细胞因子在PD相关腹膜炎早期诊断中的应用 被引量:1
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作者 何萌萌 符姣 +3 位作者 姚玲 邵小淇 李楠 张培 《中国血液净化》 CSCD 2024年第5期351-355,共5页
目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,... 目的探究宏基因组二代测序(metagenomic second-generation sequencing,mNGS)技术在早期检测腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis-associated peritonitis,PDAP)患者细菌感染的病原学价值,了解不同细菌感染类型中细胞因子分布差异,构建相关风险预测模型。方法收集2020年4月─2023年4月就诊于安徽医科大学第一附属医院,符合国际腹膜透透协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准的腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的临床资料,同时将其入院4小时内PD流出液送检mNGS检查及普通培养,并测定上清液中细胞因子水平,比较mNGS检测与实验室微生物培养病原学诊断结果,综合临床意义分为革兰氏阳性菌(G+菌)组、革兰氏阴性菌(G-菌)组和培养阴性(G0)组,比较2组细胞因子水平差异,确认危险因素并构建风险预测模型,同时进行效能检测。结果共50例PD相关腹膜炎患者纳入本研究,mNGS检测中41例患者检出病原体,检测阳性率高于微生物培养(χ^(2)=0.059,P=0.440),mNGS检测时间低于微生物培养(t=5.180,P<0.001)。多因素Logistics回归分析提示PD液中高白细胞介素(IL)10(OR=1.010,95%CI:1.000~1.020,P=0.024)、低IL-6(OR=0.620,95%CI:0.360~0.890,P=0.038)及高血清降钙素原(OR=1.200,95%CI:1.050~1.530,P=0.016)、低C反应蛋白水平(OR=1.014,95%CI:1.010~1.050,P=0.035)为PDAP预测G-菌感染的独立危险因素。ROC曲线及列线图结果显示上述炎症因子联合较单一因子对预测G-菌感染价值更大。结论mNGS在早期快速检测PDAP病原体方面显示了极大的诊断潜力,PD流出液中细胞因子IL-6、IL-10及血清降钙素原、C反应蛋白水平的整合提高了mNGS结果解释的精确度,依据细胞因子构建的风险预测模型可以较好区分不同种类细菌相关PDAP腹膜炎的患者。 展开更多
关键词 腹膜透析 腹膜炎 基因组二代 分子诊断标志物
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基于宏基因组测序对中国北方地区生乳中嗜冷菌的群落结构研究
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作者 许文君 郑楠 +1 位作者 王加启 孟璐 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3659-3668,共10页
本研究旨在利用宏基因组测序探究中国北方地区生乳中嗜冷菌群落结构的多样性。在冬季从中国内蒙古地区和北京地区的14个牧场共采集14份生乳样品,分离纯化可培养嗜冷菌和提取生乳中微生物总DNA,并利用16S rDNA测序和宏基因组测序结合的... 本研究旨在利用宏基因组测序探究中国北方地区生乳中嗜冷菌群落结构的多样性。在冬季从中国内蒙古地区和北京地区的14个牧场共采集14份生乳样品,分离纯化可培养嗜冷菌和提取生乳中微生物总DNA,并利用16S rDNA测序和宏基因组测序结合的方法对生乳中嗜冷菌进行分析。结果发现,北京地区和内蒙古地区生乳中嗜冷菌的群落结构无显著性差异。两个地区生乳中优势嗜冷菌属均是假单胞杆菌属、寡养单胞菌属和短波单胞杆菌属。全局和概述图谱、氨基酸代谢和碳水化合物代谢是最主要的功能代谢途径,且嗜冷菌中含有多种抗生素抗性基因。综上,本研究利用传统培养和宏基因组测序准确测定了生乳中嗜冷菌群落的物种和功能信息,有助于了解生乳中嗜冷菌的生命活动及为嗜冷菌风险评估提供基础信息,促进中国北京及内蒙古牧场开展防控。 展开更多
关键词 生乳 嗜冷菌 基因组 地区 结构
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脑脊液宏基因组二代测序对临床高度疑似颅内感染病原学诊断的价值 被引量:1
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作者 张业鹏 毛宇径 +3 位作者 谢佳丰 徐东 姜毓敏 张娈娈 《河南医学研究》 CAS 2023年第21期3841-3844,共4页
目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术对临床高度疑似颅内感染病原学诊断的价值。方法回顾性分析2021年9月1日至2022年10月31日就诊于郑州大学第一附属医院急诊重症监护室的30例高度疑似颅内感染患者的病例资料,共留取脑脊液mNGS标... 目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)技术对临床高度疑似颅内感染病原学诊断的价值。方法回顾性分析2021年9月1日至2022年10月31日就诊于郑州大学第一附属医院急诊重症监护室的30例高度疑似颅内感染患者的病例资料,共留取脑脊液mNGS标本30例,同时进行微生物培养。采集患者病史、体征、实验室及辅助检查结果。分析脑脊液mNGS技术对高度疑似颅内感染病原学诊断的价值。结果脑脊液mNGS总体检测阳性率(43.33%)高于常规培养法(10.00%),mNGS检测时间中位数(36.3 h)低于常规培养(104.2 h),差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS对总体颅内感染特异度为76.92%,灵敏度为58.82%;常规培养对颅内感染特异度为100.00%,灵敏度为17.65%,mNGS对颅内感染预测的灵敏度较常规培养高,且其对于颅内感染的诊断价值较高。结论mNGS能够快速检测脑脊液感染病原体,可为临床早期精准治疗提供重要的病原学依据,且具有较高的诊断价值。 展开更多
关键词 基因组 二代 颅内感染 微生物
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宏基因组二代测序协助诊疗肾移植受者混合感染的分析
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作者 李喆 朱淑华 +2 位作者 王杨 许书添 李世军 《医学研究与战创伤救治》 CAS 北大核心 2024年第7期758-761,共4页
0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病... 0引言。肾移植受者的感染,需要根据移植后时间、免疫状态、临床影像学特征等预判高危感染病原体。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)可协助混合感染、机会性感染、罕见感染病原体检出,需早期取样精准、病情变化动态复查。 展开更多
关键词 基因组二代技术 肾移植受者 混合感染
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1例鹦鹉热衣原体肺炎的宏基因组二代测序诊断及治疗
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作者 罗干 黄志文 《山东医药》 CAS 2024年第33期71-73,共3页
目的总结鹦鹉热衣原体肺炎的有效诊断及治疗方法。方法对1例鹦鹉热衣原体肺炎患者的诊断及治疗过程作回顾性分析。结果患者,女,56岁,因“发热伴下腹痛9天”入院,胸部CT检查结果提示右肺感染、实变,初步考虑为右肺感染,多为社区获得性肺... 目的总结鹦鹉热衣原体肺炎的有效诊断及治疗方法。方法对1例鹦鹉热衣原体肺炎患者的诊断及治疗过程作回顾性分析。结果患者,女,56岁,因“发热伴下腹痛9天”入院,胸部CT检查结果提示右肺感染、实变,初步考虑为右肺感染,多为社区获得性肺炎。经验性给予环丙沙星和头孢他啶抗感染治疗后,仍有间断发热,并出现肝功能损伤。征得患者家属同意后,行支气管镜检查并取样本进行宏基因组二代测序(mNGS),mNGS检出鹦鹉热衣原体。结合患者临床表现,明确诊断为鹦鹉热衣原体肺炎。立即停用激素,调整使用头孢他啶联合阿奇霉素抗感染治疗,患者症状好转后出院。结论鹦鹉热衣原体肺炎临床表现和影像学检查结果无特异性,mNGS可及时明确诊断,阿奇霉素治疗有效。 展开更多
关键词 衣原体 鹦鹉热衣原体 肺炎 衣原体肺炎 鹦鹉热衣原体肺炎 基因组二代 阿奇霉素
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宏基因组二代测序技术在鉴别儿童肠道病原菌与耐药菌中的应用研究
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作者 李小梅 《当代医药论丛》 2023年第5期129-131,共3页
目的:研究宏基因组二代测序技术在鉴别儿童肠道病原菌与耐药菌中的临床应用价值。方法:选取2020年10月至2022年5月郴州市第一人民医院收治的600例腹泻患儿,连续采集其自住院第一天起至出院期间每天的粪便标本,并尽量采集其痊愈出院后的... 目的:研究宏基因组二代测序技术在鉴别儿童肠道病原菌与耐药菌中的临床应用价值。方法:选取2020年10月至2022年5月郴州市第一人民医院收治的600例腹泻患儿,连续采集其自住院第一天起至出院期间每天的粪便标本,并尽量采集其痊愈出院后的粪便一次,以便于进行连续观察。以宏基因组二代测序技术对患儿的标本进行检测,并对其进行药敏试验。统计分析粪便培养和药敏试验的结果。结果:600例腹泻患儿的粪便标本中共分离出病原菌52株,检出率为8.67%。其中主要病原菌有志贺菌属(8株)、大肠埃希菌(6株)、沙门菌属(6株)、变形杆菌属(6株)、肠球菌属(6株)。药敏试验显示,以上5种主要病原菌对亚胺培南的耐药性最低,其次是头孢哌酮、哌拉西林他唑巴坦。结论:借助宏基因组二代测序技术在儿童肠道病原菌检测中发现儿童感染性腹泻病原菌以革兰阴性菌为主,临床治疗时应合理使用抗生素,避免产生耐药性。 展开更多
关键词 基因组二代技术 儿童 肠道病原 耐药菌
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基于宏基因组的西藏拉鲁湿地原生生物多样性研究
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作者 杨方典 张鹏 +3 位作者 罗帅 熊雄 熊杰 缪炜 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第1期81-89,共9页
探究拉鲁湿地原生生物群落结构特征及其与环境因子的关系,为生物资源保护及水环境保护提供资料。2020年8—9月在拉鲁湿地10个采样点进行环境DNA样品采集和水环境因子的测定,并基于宏基因组技术,鉴定了拉鲁湿地原生生物的种类和群落结构... 探究拉鲁湿地原生生物群落结构特征及其与环境因子的关系,为生物资源保护及水环境保护提供资料。2020年8—9月在拉鲁湿地10个采样点进行环境DNA样品采集和水环境因子的测定,并基于宏基因组技术,鉴定了拉鲁湿地原生生物的种类和群落结构,考察了影响拉鲁湿地原生生物多样性的环境因素。主要结果如下:(1)拉鲁湿地原生生物共鉴定421个OTUs,隶属于21门35纲84目105科140属,其中裸藻门、纤毛门和丝足虫门种类最多,丝足虫门、硅藻门和纤毛门丰度最高;(2)拉鲁湿地不同区域原生生物多样性存在显著差异,源头处生物多样性高,各类群分布较均匀;湿地内部生物多样性也处于较高水平,主要为丝足虫门和硅藻门;下游生物多样性较低,主要为丝足虫门和纤毛门;(3)拉鲁湿地原生生物多样性受到多种水环境因子的影响,水体富营养化程度高的区域原生生物多样性相对低。不同类群原生生物与环境因子呈以下相关性:裸藻门与总磷、总氮和浊度呈正相关,硅藻则与总磷和总氮呈负相关,纤毛门与总磷和酸碱度呈正相关,丝足虫门与水中溶氧和酸碱度呈明显负相关。 展开更多
关键词 原生生物 生物多样性 基因组 拉鲁湿地
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