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题名利用生物信息学筛选动脉粥样硬化脂质代谢基因
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作者
申俊敏
林芳蕊
王宝沣
刘莉
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机构
河北大学基础医学院
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出处
《河北大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024年第2期182-189,共8页
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基金
河北大学多学科交叉项目(2021DXKJC13)
中央引导地方科技发展资金项目(226Z2604G)
河北省省级研究生示范课程建设项目(KCJSX2022010)。
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文摘
为挖掘动脉粥样硬化脂质代谢相关基因,从基因表达综合(gene expression omnibus, GEO)数据库中下载数据集,利用加权相关网络分析(weighted correlation network analysis, WGCNA)、差异分析以及韦恩图筛选关键基因,并进行疾病相关性分析.结果显示,10个关键基因HMGCR、HMGCS1、LDLR、DHCR24、DHCR7、SQLE、IDI1、INSIG1、FDFT1、MSMO1与低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor, LDLR)呈正相关;HMGCR、DHCR7和INSIG1与白介素10(interleukin-10, IL10)呈正相关;除DHCR7外,其余9个基因与ATP结合盒转运体A1(ATP-binding cassette transporter A1, ABCA1)呈负相关;DHCR24、SQLE、IDI1、INSIG1和FDFT1与过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator activated receptor gamma, PPARG)呈负相关,差异具有统计学意义(P<0.05).GO和KEGG富集分析显示,关键模块基因主要富集于类固醇、胆固醇和甾醇生物合成及代谢过程.10个关键基因可为动脉粥样硬化有效治疗靶点的筛选与研发提供借鉴作用.
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关键词
动脉粥样硬化
生物信息学
脂质代谢
富集分析
疾病相关性分析
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Keywords
atherosclerosis
bioinformatics
lipid metabolism
enrichment analysis
disease correlation analysis
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分类号
R34
[医药卫生—基础医学]
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