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AIF1在急性髓系白血病中的表达及生物信息学分析
1
作者
高娅娅
李妙雨
+6 位作者
孙文瑞
贾双双
田彪
肖婉婷
张春燕
冯娟
高广勋
《海南医学院学报》
CAS
北大核心
2024年第7期515-525,共11页
目的:探讨同种异体移植炎症因子-1 (allograft inflammatory factor 1, AIF1)在急性髓系白血病(AML)免疫和预后中的价值。方法:利用生物信息学方法分析AIF1在AML中的表达及其与AML患者生存预后的关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型...
目的:探讨同种异体移植炎症因子-1 (allograft inflammatory factor 1, AIF1)在急性髓系白血病(AML)免疫和预后中的价值。方法:利用生物信息学方法分析AIF1在AML中的表达及其与AML患者生存预后的关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据分析发现AIF1可能是AML的潜在癌基因,进一步通过功能富集分析、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质互作网络(PPI)分析对AIF1进行功能分析。通过Wilcoxon符号秩检验和Logistic回归分析确定AIF1和AML患者临床病理特征之间的关系。通过Cox回归和Kaplan-Meier生存曲线评估AIF1的表达与AML患者总生存期(OS)之间的关系。最后通过qRT-PCR和免疫印迹在AML患者的骨髓样本中验证AIF1的表达。结果:AIF1在AML中高表达,且与不良预后相关。AIF1高表达组总生存期比AIF1低表达组缩短。结论:AIF1在AML中的高表达,其表达与AML患者总体生存相关。提示AIF1可能作为AML患者的潜在不良预后标志物。
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关键词
AIF1
急性髓系白血病
京都基因与基因组数据库
富集
分析
疾病本体富集分析
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职称材料
基于生物信息学探讨类风湿关节炎与骨关节炎相关分子机制及免疫细胞浸润分析
被引量：
3
2
作者
许博
郑福增
刘畅
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2023年第8期718-723,735,共7页
目的探寻能有效区分类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的潜在生物标志物,并探讨二者在生物信息学方面差异的意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载2份RA和OA作为相互对照样品的公开可用基因表达谱(GSE55235、GSE55457数据集),并筛选OA...
目的探寻能有效区分类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的潜在生物标志物,并探讨二者在生物信息学方面差异的意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载2份RA和OA作为相互对照样品的公开可用基因表达谱(GSE55235、GSE55457数据集),并筛选OA与RA的差异表达基因(DEG)。采用LASSO回归模型和SVM-RFE算法识别并筛选生物标志物,在验证组(GSE55584数据集)中进行受试者操作特征(ROC)曲线验证,利用ROC曲线下面积(AUC)值评估辨别能力。利用CIBERSORT算法与筛选出的生物标志物预估RA与OA的生物信息学关联。结果共鉴定出410个DEG,涉及多种信号通路、细胞组分、分子功能和疾病。特征基因有COPZ2、FAH、IL15RA、LTC4S、SCRG1、SFRP1和SLAMF8共7个,且ROC曲线验证结果符合预期。免疫细胞浸润分析显示,巨噬细胞M1、CD8+T细胞、静息肥大细胞、浆细胞、静息树突状细胞等与特征基因相关。结论基于免疫细胞浸润的模型可用于预测RA与OA的鉴别诊断,为RA与OA的治疗靶点提供了新的视角。
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关键词
类风湿关节炎
骨关节炎
基因
本体
富集
分析
京都基因与基因组数据库
富集
分析
疾病本体富集分析
免疫细胞浸润
分析
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职称材料
题名
AIF1在急性髓系白血病中的表达及生物信息学分析
1
作者
高娅娅
李妙雨
孙文瑞
贾双双
田彪
肖婉婷
张春燕
冯娟
高广勋
机构
陕西中医药大学第二临床医学院
解放军空军军医大学西京医院血液内科
出处
《海南医学院学报》
CAS
北大核心
2024年第7期515-525,共11页
基金
国家自然科学基金资助项目(81970190)
陕西省自然科学基金项目(2022JQ-873)
+1 种基金
国家医学中心转化课题(2020ZKMC01)
陕西省自然科学基础研究计划(2023-JC-QN-0854)。
文摘
目的:探讨同种异体移植炎症因子-1 (allograft inflammatory factor 1, AIF1)在急性髓系白血病(AML)免疫和预后中的价值。方法:利用生物信息学方法分析AIF1在AML中的表达及其与AML患者生存预后的关系。利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)数据分析发现AIF1可能是AML的潜在癌基因,进一步通过功能富集分析、基因集富集分析(GSEA)、蛋白质互作网络(PPI)分析对AIF1进行功能分析。通过Wilcoxon符号秩检验和Logistic回归分析确定AIF1和AML患者临床病理特征之间的关系。通过Cox回归和Kaplan-Meier生存曲线评估AIF1的表达与AML患者总生存期(OS)之间的关系。最后通过qRT-PCR和免疫印迹在AML患者的骨髓样本中验证AIF1的表达。结果:AIF1在AML中高表达,且与不良预后相关。AIF1高表达组总生存期比AIF1低表达组缩短。结论:AIF1在AML中的高表达,其表达与AML患者总体生存相关。提示AIF1可能作为AML患者的潜在不良预后标志物。
关键词
AIF1
急性髓系白血病
京都基因与基因组数据库
富集
分析
疾病本体富集分析
Keywords
AIF1
Acute myeloid leukemia
Kyoto encyclopedia of genes and genomes
Disease ontology enrichment analy-sis
分类号
R733.71 [医药卫生—肿瘤]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
基于生物信息学探讨类风湿关节炎与骨关节炎相关分子机制及免疫细胞浸润分析
被引量：
3
2
作者
许博
郑福增
刘畅
机构
河南中医药大学第二附属医院风湿病科
河南省中医院风湿病科
出处
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2023年第8期718-723,735,共7页
基金
河南省中医药科学研究重点课题(2022ZYZD08)。
文摘
目的探寻能有效区分类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的潜在生物标志物,并探讨二者在生物信息学方面差异的意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载2份RA和OA作为相互对照样品的公开可用基因表达谱(GSE55235、GSE55457数据集),并筛选OA与RA的差异表达基因(DEG)。采用LASSO回归模型和SVM-RFE算法识别并筛选生物标志物,在验证组(GSE55584数据集)中进行受试者操作特征(ROC)曲线验证,利用ROC曲线下面积(AUC)值评估辨别能力。利用CIBERSORT算法与筛选出的生物标志物预估RA与OA的生物信息学关联。结果共鉴定出410个DEG,涉及多种信号通路、细胞组分、分子功能和疾病。特征基因有COPZ2、FAH、IL15RA、LTC4S、SCRG1、SFRP1和SLAMF8共7个,且ROC曲线验证结果符合预期。免疫细胞浸润分析显示,巨噬细胞M1、CD8+T细胞、静息肥大细胞、浆细胞、静息树突状细胞等与特征基因相关。结论基于免疫细胞浸润的模型可用于预测RA与OA的鉴别诊断,为RA与OA的治疗靶点提供了新的视角。
关键词
类风湿关节炎
骨关节炎
基因
本体
富集
分析
京都基因与基因组数据库
富集
分析
疾病本体富集分析
免疫细胞浸润
分析
Keywords
rheumatoid arthritis
osteoarthritis
gene ontology enrichment analysis
Kyoto encyclopedia of genes and genomes enrichment analysis
disease ontology enrichment analysis
immune cell infiltration analysis
分类号
R392.12 [医药卫生—免疫学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
AIF1在急性髓系白血病中的表达及生物信息学分析
高娅娅
李妙雨
孙文瑞
贾双双
田彪
肖婉婷
张春燕
冯娟
高广勋
《海南医学院学报》
CAS
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于生物信息学探讨类风湿关节炎与骨关节炎相关分子机制及免疫细胞浸润分析
许博
郑福增
刘畅
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2023
3
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职称材料
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