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甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)在生态学中的应用 被引量:6
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作者 龚治 张亚楠 +1 位作者 周世豪 符悦冠 《生物安全学报》 2016年第1期7-12,共6页
DNA甲基化是生物体内最为重要的表观遗传修饰形式之一,在生态学上的应用越来越广泛。在收集、整理生态表观遗传学相关文献的基础上,介绍了甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)的原理、优势与局限性及其在生态学上的应用和展望。MSAP因其应... DNA甲基化是生物体内最为重要的表观遗传修饰形式之一,在生态学上的应用越来越广泛。在收集、整理生态表观遗传学相关文献的基础上,介绍了甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)的原理、优势与局限性及其在生态学上的应用和展望。MSAP因其应用广泛、操作简便等优点成为研究DNA甲基化水平的有力工具,特别是在探究生物体如何快速适应生境变化以及外来入侵生物如何突破遗传瓶颈等问题上。MSAP技术能够很好地揭示生物种群内部或种群之间的表观遗传差异,是对遗传多样性、遗传变异研究的有力补充。 展开更多
关键词 甲基敏感增多技术 种群变异 表观遗传学
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绿色棉纤维发育过程中DNA表观遗传变化的甲基化敏感扩增多态性分析 被引量:1
2
作者 钱森和 洪亮 +2 位作者 魏明 林毅 蔡永萍 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期316-326,共11页
【目的】分析绿色棉纤维发育过程中DNA甲基化状态差异。【方法】利用2组限制性内切酶Eco RⅠ/HpaⅡ和Eco RⅠ/MspⅠ对绿絮棉1号纤维基因组甲基化位点进行识别和切割,并采用甲基化敏感扩增多态性引物对切割产物进行扩增,分析基因组内5... 【目的】分析绿色棉纤维发育过程中DNA甲基化状态差异。【方法】利用2组限制性内切酶Eco RⅠ/HpaⅡ和Eco RⅠ/MspⅠ对绿絮棉1号纤维基因组甲基化位点进行识别和切割,并采用甲基化敏感扩增多态性引物对切割产物进行扩增,分析基因组内5'-CCGG-3'位点的甲基化状态;同时对扩增的差异片段进行测序,分析其生物学功能。【结果】66对甲基化敏感扩增多态性引物共扩增出4112个条带;平均每个样品共扩增出822.4个带型,平均每对引物扩增出12.46个片段。随着绿色棉纤维的发育,甲基化条带总数、甲基化条带比率、全甲基化条带百分比均逐渐升高;其中,开花后10、15、20和25 d时甲基化条带总数分别比开花后5 d时增加11.45%,13.86%,20.10%和33.13%。与开花后5 d相比,开花后10、15、20和25 d时纤维DNA发生甲基化变化位点的比例分别为3.15%,3.43%,3.65%和2.52%;而去甲基化位点的比例分别为12.87%,14.72%,13.31%和48.81%。通过测序和Blast分析表明,17个片段与已知的功能基因同源性较高,包括棉花线粒体基因组、丝氨酸蛋白酶基因和酯酶基因,且这些基因均在开花后25 d发生去甲基化。【结论】绿色棉纤维发育过程中DNA发生了甲基化与去甲基化现象。 展开更多
关键词 绿色棉 纤维发育 表观遗传 甲基敏感增多分析
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甲基化敏感扩增多态性技术检测体系的建立 被引量:1
3
作者 彭海 席婷 +1 位作者 张静 魏传斌 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2011年第5期34-36,共3页
为了获得理想的甲基化检测效果,通过调整基因组DNA用量、PCR试剂浓度等因素,优化了甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)体系。结果表明:基因组用量为250 ng,预扩与选扩体系分别采用Fermentas公司生产的PCR混合物1/2和1/4体系时,能得到理想... 为了获得理想的甲基化检测效果,通过调整基因组DNA用量、PCR试剂浓度等因素,优化了甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)体系。结果表明:基因组用量为250 ng,预扩与选扩体系分别采用Fermentas公司生产的PCR混合物1/2和1/4体系时,能得到理想的检测效果。 展开更多
关键词 甲基敏感增多技术 优化 酶切 PCR
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黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)扩增引物筛选及初步应用
4
作者 宗凯 赵营莉 +3 位作者 周莉质 李秀秀 宫鹏 夏泉 《安徽农业科学》 CAS 2017年第29期149-152,共4页
[目的]建立并优化黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术扩增反应体系,对中药材黄芪甲基化水平进行研究。[方法]磁珠法提取黄芪DNA后,采用Hpa II/Msp I 2种内切酶进行酶切,将酶切产物加上连接接头序列,经预扩增和选择性扩增反应,最终从黄... [目的]建立并优化黄芪甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术扩增反应体系,对中药材黄芪甲基化水平进行研究。[方法]磁珠法提取黄芪DNA后,采用Hpa II/Msp I 2种内切酶进行酶切,将酶切产物加上连接接头序列,经预扩增和选择性扩增反应,最终从黄芪MSAP的256对引物中筛选出最佳分辨引物4对。应用筛选到的4对引物,分析12种不同产地黄芪的甲基化模式,并对甲基化水平聚类分析。[结果]经MSAP检测12个黄芪样本半甲基化率在12.5%~26.7%,全甲基化率在25.6%~51.1%,总甲基化率在48.7%~73.5%,总体上黄芪样本的全甲基化率大于半甲基化率。采用NTSYSpc软件对黄芪样品Hpa II和Msp I多态性数据进行分析,获得UPGMA聚类图和主成分分析PCA图。[结论]MSAP技术能够很好地用于黄芪的甲基化分析,结合NTSYSpc软件能对不同产地黄芪之间甲基化水平进行聚类分析,且初步分析结果表明从UPGMA和PCA图上来看,地区相近的单株聚类分析表现出了一定的地域性。 展开更多
关键词 黄芪 甲基敏感增多 选择 聚类分析
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山核桃甲基化敏感扩增多态体系的建立与甲基化初步分析 被引量:2
5
作者 陈文充 贾宁 +2 位作者 董昂 闫道良 曾燕如 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期468-478,共11页
山核桃Carya cathayensis为浙江省重要的经济树种。近年来细胞生物学及分子标记的研究发现,山核桃中存在无融合生殖,天然群体的多态性不佳,存在印迹数量性状位点(iQTLs)。iQTLs与DNA甲基化有关,而DNA甲基化对生物表观遗传调控起着重要... 山核桃Carya cathayensis为浙江省重要的经济树种。近年来细胞生物学及分子标记的研究发现,山核桃中存在无融合生殖,天然群体的多态性不佳,存在印迹数量性状位点(iQTLs)。iQTLs与DNA甲基化有关,而DNA甲基化对生物表观遗传调控起着重要的作用,是可遗传的生物现象。甲基化敏感扩增多态(MSAP)是基于PCR扩增多态性的DNA甲基化检测方法。在建立山核桃MSAP标记体系的基础上对来自3个天然居群的山核桃单株样品进行了分析。结果表明:山核桃存在甲基化,非甲基化相对水平大于总甲基化相对水平,且两者间差异极显著(Wilcoxon Rank Sum检验P<0.001),内侧胞嘧啶甲基化相对水平远大于半甲基化相对水平,且两者间差异极显著(分子方差分析及邓肯多重比较, P<0.001);天然居群山核桃内侧胞嘧啶甲基化相对水平高,则半甲基化相对水平和非甲基化相对水平则相对较低,反之亦然;居群间存在明显的表观遗传分化,主要变异存在于居群内。此外,山核桃的MSAP体系可用于薄壳山核桃Carya illinoensis, 2个物种在位点及位点数上存在差异。 展开更多
关键词 林木育种学 山核桃 甲基 甲基敏感增多 表观遗传
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急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组DNA甲基化的影响 被引量:6
6
作者 吴彪 杨爱国 +3 位作者 孙秀俊 刘志鸿 周丽青 宫一震 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2016年第5期140-146,共7页
为探讨急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组DNA甲基化水平的影响,本研究从表观遗传学角度,运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术比较分析了升温海水(17℃和24℃)... 为探讨急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组DNA甲基化水平的影响,本研究从表观遗传学角度,运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术比较分析了升温海水(17℃和24℃)急性胁迫虾夷扇贝(原暂养于9℃的海水中)9 h和24 h后基因组DNA甲基化的变化情况。结果显示,9对引物在各组的总扩增位点数为314–337,总甲基化位点为79–94,所占比例为23.45%–28.51%;所有处理组基因组DNA总甲基化率低于对照组,急性升温胁迫使虾夷扇贝基因组DNA发生去甲基化,而且去甲基化程度随胁迫温差增大和胁迫时间增长而增强,说明急性升温胁迫能够改变DNA甲基化水平和模式。本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了新思路和研究基础,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 展开更多
关键词 虾夷扇贝 温度胁迫 DNA甲基 甲基敏感增多(MSAP)
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绵羊基因组DNA甲基化与传染性胸膜肺炎的关联性分析
7
作者 袁晓航 高剑峰 +3 位作者 岳远瑞 周路 陈月娥 苟亚峰 《江苏农业科学》 北大核心 2013年第10期24-27,共4页
为了从自身的角度提高绵羊对传染性胸膜肺炎的抗感染能力,采用MSAP(甲基敏感扩增多态性)的方法对20只患病绵羊和20只正常绵羊基因组DNA甲基化与传染性胸膜肺炎关联性进行了分析。以绵羊在患传染性胸膜肺炎前后的全基因组DNA为研究对象,... 为了从自身的角度提高绵羊对传染性胸膜肺炎的抗感染能力,采用MSAP(甲基敏感扩增多态性)的方法对20只患病绵羊和20只正常绵羊基因组DNA甲基化与传染性胸膜肺炎关联性进行了分析。以绵羊在患传染性胸膜肺炎前后的全基因组DNA为研究对象,经过同裂酶HpaⅡ和MspⅠ对其进行双酶切,最后通过测序胶的聚丙烯凝胶电泳处理从16对MSAP选择性引物组合中挑选出4对引物的扩增结果,进行绵羊患病前后甲基化变化的评估。分析结果,传染性胸膜肺炎的患病与否,与绵羊的甲基化程度有一定的关联,通过统计学分析得出患病绵羊甲基化水平普遍高于非患病绵羊,同时甲基化多态性也随之升高。结果对研究动物疾病与动物自身表观遗传之间关联起到一定的参考意义,也为今后的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 湖羊 小尾寒羊 全基因组 甲基敏感扩增多态性(MSAP) DNA甲基
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铅胁迫下红麻生理特性及DNA甲基化分析 被引量:6
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作者 李增强 丁鑫超 +7 位作者 卢海 胡亚丽 岳娇 黄震 莫良玉 陈立 陈涛 陈鹏 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1031-1042,共12页
DNA甲基化在植物响应生物和非生物胁迫中起重要作用,但是有关铅胁迫下植物DNA甲基化水平变化的研究报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行不同浓度(0、200、400、600μmol L^(-1))PbCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状、根系... DNA甲基化在植物响应生物和非生物胁迫中起重要作用,但是有关铅胁迫下植物DNA甲基化水平变化的研究报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行不同浓度(0、200、400、600μmol L^(-1))PbCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状、根系ROS含量和抗氧化酶活性等变化情况;利用甲基化敏感扩增多态性技术(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析600μmol L^(-1)铅胁迫条件下根系DNA甲基化水平变化,回收差异甲基化片段并克隆测序,采用qRT-PCR技术对DNA甲基化差异基因进行表达分析。结果表明,不同浓度PbCl_(2)胁迫均显著抑制幼苗的茎粗、根长和根表面积,且400μmol L^(-1)及以上浓度PbCl_(2)胁迫显著抑制红麻幼苗的株高和全鲜重。随着铅浓度的提高,红麻幼苗根系的铅含量显著升高,O_(2)^(-)和MDA含量显著增加,SOD活性显著升高,POD活性呈先降低后升高,CAT活性呈先升高后降低的趋势。对照及600μmol L^(-1)PbCl_(2)处理下的幼苗根系DNA甲基化率分别为71.13%、62.20%,其中全甲基化率分别为50.52%、37.80%,半甲基化率分别为20.62%、24.40%,即铅胁迫显著降低了红麻幼苗根系的DNA甲基化率和全甲基化率,提高了根系的半甲基化率。qRT-PCR分析表明,7个与抗性密切相关的DNA甲基化差异基因也存在表达量差异,推测DNA甲基化水平变化在响应红麻铅胁迫中发挥重要作用。本结果为深入探索DNA甲基化响应植物非生物胁迫的潜在机制,以及生产上利用红麻改良土壤铅污染提供了理论基础。 展开更多
关键词 红麻 铅胁迫 DNA甲基 甲基敏感增多(MSAP) 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) 抗氧化酶系统
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柯乐猪血液基因组甲基化修饰与细胞因子水平的相关性 被引量:1
9
作者 胡磐 冉雪琴 王嘉福 《贵州农业科学》 CAS 2015年第4期142-145,149,共5页
为探明柯乐猪血液免疫细胞的基因表达是否受甲基化调控,应用甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)和酶联免疫吸附测试技术(ELISA)对柯乐猪与大白猪血液基因组DNA的甲基化水平、血清中的细胞因子浓度进行检测,分析柯乐猪与大白猪在甲基化水平... 为探明柯乐猪血液免疫细胞的基因表达是否受甲基化调控,应用甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)和酶联免疫吸附测试技术(ELISA)对柯乐猪与大白猪血液基因组DNA的甲基化水平、血清中的细胞因子浓度进行检测,分析柯乐猪与大白猪在甲基化水平、细胞因子浓度方面的差异及其相关关系。结果表明:柯乐猪基因组总甲基化水平为32.38%,与大白猪接近(P>0.05);IL-2、IL-4、IL-6和IL-10浓度分别为(302.37±125.72)pg/mL、(88.71±32.05)pg/mL、(219.01±30.42)pg/mL和(116.95±30.24)pg/mL,其中IL-6和IL-10分别极显著、显著低于大白猪;IFN-α、IFN-γ分别为(211.09±76.08)pg/mL和(57.18±14.21)pg/mL,分别极显著、显著高于大白猪。柯乐猪基因组的全甲基化水平与IFN-γ浓度间呈弱负相关关系(ρ=-0.256)。说明,血液免疫细胞的基因表达可能受甲基化的调控,且与柯乐猪的抗病力强有关。 展开更多
关键词 柯乐猪 基因组DNA甲基 甲基敏感增多 细胞因子
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不同感温性甘蓝型冬油菜DNA甲基化差异及At4g02000-like结构预测 被引量:5
10
作者 白静 孙万仓 +8 位作者 刘丽君 武军艳 马骊 何辉立 常瑜 蒲媛媛 米文博 方彦 李学才 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期349-359,共11页
为研究甘蓝型冬油菜(Brassica napus L.)在低温胁迫后DNA甲基化水平及模式的变化情况,以强抗寒的15TS306和14NS52-3等13个甘蓝型冬油菜为材料,利用甲基化敏感扩增多态性技术,选用12对引物组合对低温(4℃)胁迫后的冬油菜DNA甲基化水平及... 为研究甘蓝型冬油菜(Brassica napus L.)在低温胁迫后DNA甲基化水平及模式的变化情况,以强抗寒的15TS306和14NS52-3等13个甘蓝型冬油菜为材料,利用甲基化敏感扩增多态性技术,选用12对引物组合对低温(4℃)胁迫后的冬油菜DNA甲基化水平及模式的变化情况进行检测,并对差异片段进行序列比对及克隆。结果发现:低温胁迫后,弱抗寒的14美切实7、14美切实16、14美切实20、14美切实3和美切实38等品系DNA甲基化水平有所升高,且具有较高的甲基化程度;而强抗寒的15TS306、14NS52-3、15TS309、14NS54-7和15TS312等品系去甲基化程度较高。经过对22条DNA甲基化特异片段的序列分析,有16条片段序列与已知和假定功能的酶及蛋白具有同源性,其中以At4g02000-like蛋白变化最为明显。克隆及生物信息学分析显示,At4g02000-like蛋白等电点9. 20,相对分子质量38. 89kD。甘蓝型冬油菜受低温胁迫后,抗寒性强的品种DNA甲基化水平降低,以去甲基化为主;抗寒性弱的材料DNA甲基化水平升高;而且油菜对低温环境的适应性与某些特定基因不同的甲基化模式密切相关。 展开更多
关键词 甘蓝型冬油菜 低温胁迫 DNA甲基 甲基敏感增多
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二倍体和同源四倍体甜叶菊的DNA甲基化差异分析 被引量:14
11
作者 杨岚 李红 向增旭 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1125-1130,共6页
以甜叶菊(Stevia rebaudiana Bertoni)二倍体和同源四倍体为材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术研究不同倍性植株基因组之间的DNA甲基化水平及其模式变化。四倍体和二倍体甜叶菊甲... 以甜叶菊(Stevia rebaudiana Bertoni)二倍体和同源四倍体为材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术研究不同倍性植株基因组之间的DNA甲基化水平及其模式变化。四倍体和二倍体甜叶菊甲基化敏感扩增多态性分别为46.10%、46.53%,与二倍体相比较,四倍体基因组DNA的总甲基化率和全甲基化率均有所降低,而半甲基化率则有所升高;四倍体基因组DNA甲基化模式有29.72%(过甲基化为12.8%,去甲基化为11.81%,次甲基化为5.12%)发生了改变。 展开更多
关键词 甜叶菊 二倍体 同源四倍体 甲基敏感扩增多态性(MSAP) 甲基化差异
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家鸡胚胎发育过程DNA甲基化的MSAP检测 被引量:7
12
作者 班谦 赵宗胜 曹体婷 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第21期9902-9904,共3页
[目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果... [目的]检测鸡胚不同发育阶段时的DNA甲基化水平。[方法]以不同发育阶段的家鸡胚胎为试验材料,提取基因组DNA,采用甲基敏感扩增片段多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对其甲基化水平进行了初步检测。[结果]共发现甲基化位点880个,CCGG位点单链外侧的胞嘧啶甲基化位点比例为20.48%,双链CCGG位点的内侧胞嘧啶甲基化19.30%,两者总比例为39.78%。[结论]鸡胚发育过程,DNA甲基化随着胚胎的发育呈升高趋势。 展开更多
关键词 甲基敏感扩增多态性 表观遗传 鸡胚 检测
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二倍体和同源四倍体西瓜的DNA甲基化差异分析 被引量:18
13
作者 聂丽娟 王子成 +2 位作者 王一帆 李国申 何艳霞 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期80-84,共5页
为了解植物不同倍性之间的表观遗传差异,对3个西瓜(Citrullus lanatus)品种克西、中金和枚选的纯合二倍体和同源四倍体进行甲基敏感扩增多态性(MSAP)分析,10对引物共扩增546条带,其中,二倍体较同源四倍体材料之间有3条特异性条带,这些... 为了解植物不同倍性之间的表观遗传差异,对3个西瓜(Citrullus lanatus)品种克西、中金和枚选的纯合二倍体和同源四倍体进行甲基敏感扩增多态性(MSAP)分析,10对引物共扩增546条带,其中,二倍体较同源四倍体材料之间有3条特异性条带,这些特异性条带无品种差异,系倍性不同所致。带型变化表明,同源四倍体较二倍体有DNA甲基化减少和单链甲基化增加现象,但从DNA甲基敏感多态性差异上来看,品种内二倍体和同源四倍体间的DNA甲基敏感多态性差异不大,仅0.02%左右。 展开更多
关键词 二倍体 同源四倍体 甲基敏感扩增多态性(MSAP) 甲基化差异
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冷驯化不同阶段茶树DNA甲基化模式的变化 被引量:17
14
作者 周艳华 曹红利 +4 位作者 岳川 王璐 郝心愿 王新超 杨亚军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1047-1055,共9页
低温胁迫是影响茶树产量、生长发育和地域分布的重要环境因子之一,需要通过冷驯化的诱导来提高其抗寒性。DNA甲基化是植物表观遗传的重要方式,环境胁迫会引起植物DNA甲基化状态的改变。为研究DNA甲基化是否参与茶树的低温响应,本研究利... 低温胁迫是影响茶树产量、生长发育和地域分布的重要环境因子之一,需要通过冷驯化的诱导来提高其抗寒性。DNA甲基化是植物表观遗传的重要方式,环境胁迫会引起植物DNA甲基化状态的改变。为研究DNA甲基化是否参与茶树的低温响应,本研究利用甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)和高效液相色谱法(HPLC),分析了不同冷驯化阶段茶树基因组DNA甲基化水平及状态变化。MSAP分析结果表明,50对选择性扩增引物在对照、驯化后和脱驯化样品中分别扩增出905、968和970个甲基化条带,总甲基化位点比例分别为50.6%、54.1%和54.2%。与未驯化的样品相比,冷驯化后和脱驯化的样品基因组DNA甲基化水平升高。HPLC的检测结果与MSAP结果类似。进一步分析甲基化模式发现,与对照相比,茶树冷驯化过程中同时发生了甲基化和去甲基化现象,但总体变化趋势表现为甲基化水平的增加。表明茶树在抗寒响应中出现DNA甲基化现象。 展开更多
关键词 茶树 冷驯化 DNA甲基 甲基敏感增多(MSAP) 高效液相色谱(HPLC)
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^(60)Co-γ射线诱导的小麦基因组DNA的甲基化变异 被引量:18
15
作者 杨震 郭会君 +3 位作者 赵林姝 古佳玉 谢永盾 刘录祥 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期1-9,共9页
诱发突变技术在小麦品种改良中具有重要作用,辐射诱变能通过改变DNA甲基化的方式而影响基因组稳定性。本研究分别采用100和150Gy60Co-γ射线处理小麦品种京411(J411)干种子,利用甲基化敏感扩增多态性技术检测处理后幼根和幼叶基因组甲... 诱发突变技术在小麦品种改良中具有重要作用,辐射诱变能通过改变DNA甲基化的方式而影响基因组稳定性。本研究分别采用100和150Gy60Co-γ射线处理小麦品种京411(J411)干种子,利用甲基化敏感扩增多态性技术检测处理后幼根和幼叶基因组甲基化相对水平的变化及甲基化模式的变异规律。结果表明,γ射线处理对幼苗的苗高和根长都有显著抑制作用。与未处理对照比较,处理后小麦幼苗叶片和根部DNA胞嘧啶甲基化相对水平均发生变化,叶片的甲基化相对水平下降,而根中升高。2种处理剂量下,叶片和根的甲基化模式变异均表现为CG位点变化率高于CNG位点变化率。不同位点的甲基化模式变异在诱变后也存在一定的差异。叶片中不同剂量下CG位点和CNG位点的去甲基化率都高于相应位点的甲基化率;根部CNG位点在所有剂量下的去甲基化率都低于相应位点的甲基化率,而CG位点在100Gy剂量下去甲基化率高于相应位点的甲基化率,而在150Gy剂量下的去甲基化率则低于相应位点的甲基化率,反映出同一组织同一位点在不同诱变剂量处理下甲基化模式变异存在一定的差异。 展开更多
关键词 小麦 60Co-γ射线 甲基敏感增多 变异
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镉胁迫下二倍体和同源四倍体油菜DNA甲基化差异分析 被引量:16
16
作者 孟华兵 杜雪 +3 位作者 姜宇晓 朴学成 郭万里 蒋立希 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1297-1304,共8页
二倍体与四倍体在逆境抗性上的差别可以从表观遗传学的角度予以解释。本研究以"矮脚黄"纯合二倍体和同源四倍体油菜为材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性分析(Methylation-sensitiveamplification polymorphism,MSAP)方法和HDA... 二倍体与四倍体在逆境抗性上的差别可以从表观遗传学的角度予以解释。本研究以"矮脚黄"纯合二倍体和同源四倍体油菜为材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性分析(Methylation-sensitiveamplification polymorphism,MSAP)方法和HDA-GT12TM全自动凝胶毛细管核酸电泳检测技术,在全基因组水平上研究了CdCl2胁迫下油菜二倍体和四倍体DNA序列中CCGG位点的甲基化水平及模式变化特征差异。采用56对引物在4个处理样品中共检测出9 687个基因位点。结果显示,二倍体和四倍体在镉胁迫下,其总甲基化水平、全甲基化水平和半甲基化水平较各自的对照均有一定程度的上升。由此可见,镉胁迫导致四倍体和二倍体甲基化水平的提高,但四倍体基因组在镉胁迫下拥有更高的DNA甲基化水平。DNA甲基化模式分析表明,镉胁迫导致二倍体和四倍体的过甲基化位点数均高于去甲基化位点数,二者在镉胁迫下去甲基化位点数差异不大,但四倍体发生过甲基化的位点数要明显多于二倍体。 展开更多
关键词 二倍体 同源四倍体 甲基敏感增多(MSAP) 镉胁迫
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双胚苗水稻单倍体及其杂交后代基因组DNA甲基化特异位点的分析及功能探讨 被引量:11
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作者 吴绍华 薛晶晶 +2 位作者 张红宇 徐培洲 吴先军 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期249-255,共7页
采用甲基化敏感性扩增多态性技术对水稻单倍体SARⅡ-628及它与蜀恢527、蜀恢363的杂交后代基因组DNA甲基化位点进行了分析。用16对选择性扩增引物在双亲及杂交后代中共检测到765个DNA甲基化位点,与双亲相比,杂交后代DNA甲基化水平均有... 采用甲基化敏感性扩增多态性技术对水稻单倍体SARⅡ-628及它与蜀恢527、蜀恢363的杂交后代基因组DNA甲基化位点进行了分析。用16对选择性扩增引物在双亲及杂交后代中共检测到765个DNA甲基化位点,与双亲相比,杂交后代DNA甲基化水平均有不同程度的降低。通过分析两个杂交组合与双亲的甲基化带型差异,发现非单倍体遗传及单倍体独立遗传两种甲基化差异位点。对部分甲基化位点的序列进行功能分析,发现这些位点主要涉及细胞构造、代谢途径、应激反应等生物学功能。推测这类功能基因的甲基化修饰调控着相关基因的开启与关闭,为植物的生存、生长、发育及进化提供动力。 展开更多
关键词 双胚苗水稻 单倍体 甲基敏感增多 DNA甲基
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铅胁迫下萝卜基因组DNA甲基化分析 被引量:15
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作者 何玲莉 沈虹 +4 位作者 王燕 王娟娟 龚义勤 徐良 柳李旺 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1278-1284,共7页
利用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术,分析不同浓度铅(Pb)处理下萝卜基因组DNA甲基化水平的变化,探讨DNA甲基化在植株对Pb胁迫反应中的作用。结果表明,经100、400和800 mg·L-1Pb(NO3)2处理后,MSAP比率分别为12.7%、14.2%和17.0%,... 利用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术,分析不同浓度铅(Pb)处理下萝卜基因组DNA甲基化水平的变化,探讨DNA甲基化在植株对Pb胁迫反应中的作用。结果表明,经100、400和800 mg·L-1Pb(NO3)2处理后,MSAP比率分别为12.7%、14.2%和17.0%,均高于对照;全甲基化率分别为9.7%、10.2%和12.8%,而其对照为9.5%,表明重金属铅胁迫后,某些位点发生了重新甲基化。萝卜肉质根中总甲基化水平随Pb处理浓度上升而提高。甲基化变异可分为重新甲基化、去甲基化、不定类型以及与对照相同等甲基化类型。萝卜Pb胁迫处理引起的植株基因组甲基化程度的提高主要是重新甲基化。研究为从DNA水平揭示重金属Pb毒害机理及植物对Pb胁迫的响应机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 萝卜 铅胁迫 DNA甲基 甲基敏感增多
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虾夷扇贝选育群体与野生群体基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量:9
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作者 吴彪 杨爱国 +5 位作者 董迎辉 郑利兵 刘志鸿 周丽青 孙秀俊 郑言鑫 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期976-982,共7页
基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sen... 基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分析了两群体的DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果表明,筛选得到11对引物组合能够在两个群体中得到稳定扩增、清晰且多态性丰富的片段;11对引物在"玉贝"和对照群体中分别共检测到1432和1442个位点,其中发生甲基化的位点分别为306和341个,总甲基化率分别为21.5%和23.65%,"玉贝"总甲基化率下降2.15%;全甲基化位点分别为152和236个,全甲基化率为10.68%和16.37%,"玉贝"全甲基化率下降5.69%;半甲基化位点分别为154和105个,半甲基化率为10.82%和7.28%,"玉贝"半甲基化率上升3.54%;"玉贝"群体的甲基化多态性条带所占比例高于对照群体,分别为31%和29.167%,尤其是B类型条带链,"玉贝"群体明显高于对照群体。这说明,通过对虾夷扇贝生长和耐热性状的累代选育导致了DNA甲基化水平和模式的改变,本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了参考数据,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 展开更多
关键词 虾夷扇贝 “玉贝” DNA甲基 甲基敏感增多(MSAP)
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重金属铅镉对濒危植物中华水韭(Isoetes sinensis)DNA甲基化的影响 被引量:10
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作者 丁国华 郭丹蒂 +2 位作者 关旸 刘保东 池春玉 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期246-249,共4页
为研究古老植物对重金属胁迫的分子水平的响应,探究重金属对濒危植物DNA甲基化影响的特点,选择两种重金属Pb和Cd对濒危植物中华水韭进行胁迫处理,每种重金属设置3个处理浓度,胁迫处理至第28 d选取叶片,采用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)... 为研究古老植物对重金属胁迫的分子水平的响应,探究重金属对濒危植物DNA甲基化影响的特点,选择两种重金属Pb和Cd对濒危植物中华水韭进行胁迫处理,每种重金属设置3个处理浓度,胁迫处理至第28 d选取叶片,采用MSAP(甲基化敏感扩增多态性)技术测定DNA甲基化程度。试验结果表明:重金属铅和镉均能够对中华水韭DNA甲基化产生影响,甲基化总体水平基本一致(对照、Pb处理和Cd处理分别为46.96%、48.23%和48.1%),但全甲基化水平(Pb处理是28.34%,Cd处理是20.25%)均低于对照(33.91%),而半甲基化水平(Pb处理是19.89%,Cd处理是27.85%)均高于对照(13.04%)。甲基化增强的变化,以无甲基化或内外侧胞嘧啶半甲基化向内外侧胞嘧啶全甲基化变化的模式为主。去甲基化的变化,以内外侧胞嘧啶全甲基化向无甲基化或内侧胞嘧啶半甲基化或全甲基化变化的模式为主。铅和镉胁迫在导致中华水韭DNA甲基化增强所占比率方面几乎相等(39.04%和39.71%),而在去甲基化所占比率方面镉(46.86%)高于铅(33.92%)。 展开更多
关键词 中华水韭 DNA甲基 甲基敏感增多(MSAP)
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